如所闡明的，法律文化對司法裁判的積極效應當肯定，但是法律文化具有時間性、地域性和局限性，它對司法裁判也具有消極的作用，正是這些消極因素也給司法裁判帶來不少困惑，主要表現以下幾種：
困惑一：地方性法律文化下人的性格對司法裁判帶來的困惑。一個地區的人性格同一性，是經過了漫長的曆史才形成的。一個地區的曆史進程和曆史文化對人的性格有潛移默化的影響。在“秋菊打官司”的故事中，像秋菊那樣不惜血本隻為“討一個說法”的當事在人在我國不乏其人。筆者在基層人民法院審理民事案件近20年，深深體會到在進行裁判時的困惑――不是法律適用問題，而是人的因素。“從當事人角度來看，裁判的功能取決於不同當事人所追求的不同的訴訟目的――獲得利益，了卻糾紛，還是為爭一口氣？在對當事人程序需求作出基本估計時，筆者不敢苟同那些認為當事人尋求司法救濟的基本目的是追求公正（正義）的觀點。當事人訴訟的基本目的與其說是追求公正，毋寧說是為了追求程序利益最大化，即以最小的訴訟成本獲得可以預測的最大訴訟收益。”中華文化源遠流長，博大精深。任何文化演變的過程既具有時代性又具有地域性。外部條件、環境的變化以及其他種種複雜因素的滲入影響。使同宗同種文化在演變中出現地域性差別和分野。中華文化存在著鮮明的南北差異早為人們所熟知。隻不過人們多從民風民俗和飲食習慣上來感受，而沒有從地域文化的特點上來總結罷了，雖然“一方水土養育一方人”，但是在特有的自然和社會生態環境中形成的地域文化是地域人認知和感知外部世界的特有方式。由於它的地域文化個性的差異。因之，它的文化性格也不相同，而衝突和揚棄愈益明顯。在西北各省中，陝西是文化最為發達的省份，西安高校林立，人才濟濟。陝西人為人溫厚而又豪放，秦腔高亢激越，信天遊悠遠單純，這些都反映了陝西人的某些特點。傳統是陝西人的財富，也是陝西人的負擔，它使陝西人往往保守偏執。陝西女子表麵溫柔順從，內心剛烈，秋菊打官司再現了陝西人的保守偏執和女子的剛烈。
作為多年從事民事審判工作的法官，說實話碰到秋菊這樣的人的確是一件令人苦惱的事情，然而我們無法回避，雖然苦惱但還得麵對。同時，法官在進行裁判時不得不考慮這種人的性格，法官在法律效果與社會效果之間進行痛苦的選擇，很難做到兩者的統一。然而和諧司法要求法官必須做到兩者的統一，法官不得不相機而為，即考慮當事人的性格，同時還得考慮不能違反法律的基本原則，這對法官來說無疑是非常艱難的，往往因不能把握這個度而造成法律效果與社會效果的脫節。可見地域法律文化下人性格對司法裁判影響之大。
困惑二：熟人社會對司法裁判帶來的困惑。在秋菊打官司的故事中我們發現熟人社會依然沒有消失，“麵子”仍然是維護人們日常生活秩序的最重要的因素。秋菊打官司不是為了維護自己的權利，而隻是“討個說法”，要個麵子。更奇妙的是，秋菊的丈夫力勸秋菊不要糾纏下去的理由也是“麵子”，村長不肯道歉的原因也是“麵子”，一直到了最後村長憑借他幫助秋菊把孩子順利生下來的行為贏回來的還是“麵子”。也就是說，“麵子”在整個故事中遠比表征上的法律程序或者判決結果更重要，或者說，“麵子”才是故事得以發展下去的主線和動力，法律隻是表征而已。而“麵子”的重要性則清楚地表明熟人社會肯定仍然大範圍存在。在熟人社會裏麵，公力救濟很難獲得發展滲透的空間，即使有了所謂的“公力救濟”，其私人色彩仍然十分濃厚，例如電影中的李公安自己掏錢買點心送給秋菊以求了事等等，都說明私下的排解糾紛更深入廣大群眾包括“公家人”的內心。