對於侵犯知識產權刑事附帶民事案件的審理而言，理論層麵的分析論證盡管必不可少，相關製度的完善與構建無疑更加重要。
（一）侵犯知識產權刑事附帶民事案件的管轄
在當前有關刑民交叉案件管轄權的激烈討論中，傳統的“先刑後民”觀點和最新的“先民後刑”觀點反複交鋒。仔細考察各派學者的論述，我們不難發現，之所以會有不同的結論，完全是因為出發點的不同，換句話說，是論證的角度不同使然。具體到侵犯知識產權刑事案件，也許刑事附帶民事訴訟會使這類案件中的“刑”、“民”問題同步審理，同時解決。的確，我國現行《民事訴訟法》中關於知識產權民事侵權案件集中管轄的規定和《刑事訴訟法》中關於刑事案件級別管轄的規定在侵犯知識產權刑事附帶民事案件的審理中存在較大衝突，解決的辦法隻有一個，即修改現行的《刑事訴訟法》，將侵犯知識產權刑事案件由中級人民法院作為第一審。
（二）侵犯知識產權刑事附帶民事案件的訴訟時效
最高人民法院《關於執行<中華人民共和國刑事訴訟法>若幹問題的解釋》第100條規定：“人民法院審判附帶民事訴訟案件，除適用刑法、刑事訴訟法外，還應當適用民法通則、民事訴訟法有關規定”。因此，法官在審理侵犯知識產權刑事附帶民事案件時必須同時適用刑法、刑事訴訟法、民法通則、知識產權單行法和民事訴訟法的相關規定。但上述法律間由於立法的原因，在訴訟時效上存在較大矛盾。《刑法》第87條規定：“法定最高刑為不滿五年有期徒刑的，經過五年”不再追訴。而《民法通則》第135條規定：“向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為二年，法律另有規定的除外。”這就導致法官在審理案件時一方麵要注意犯罪行為的追訴時效，同時還要注意民事訴訟的時效。而有的侵犯知識產權犯罪在犯罪行為實施三五年後才被追訴，如果依據《民法通則》的規定，附帶民事訴訟原告人的相關權利將無法得到保障。筆者認為，考慮到侵犯知識產權刑事附帶民事案件的特殊性，人民法院應從公安機關對被告人刑事拘留之日起計算時效。此後如果超過二年仍不提起起附帶民事訴訟，則可以認為已超過訴訟時效，其勝訴權喪失。
（三）侵犯知識產權刑事附帶民事案件中損害賠償的舉證責任
在侵犯知識產權刑事附帶民事案件的審理中，檢察機關作為代表國家對刑事犯罪提起公訴的專門機關，對於被告人侵犯知識產權的行為和造成損害的事實無疑具有法定的舉證責任；附帶民事訴訟原告人作為被侵害的知識產權的權利人，對於其被侵權的事實及造成的損失亦具有法定的舉證義務。由於此類案件中刑事和民事兩個既相對獨立又相互關聯的訴訟是基於同一個犯罪（侵權）事實所產生的兩個不同的訴訟，因此，這兩種舉證責任無論是在法律性質，還是在法律後果上都是截然不同的。但因為兩個訴訟合並審理，相互之間在證據的來源、效力及被證明的損害後果之間就會有交叉，而有交叉就難免有矛盾，由於侵犯知識產權犯罪是數額犯，這種極有可能出現的矛盾又不同於殺人、傷害等侵犯人身權利犯罪案件中公訴機關與附帶民事訴訟原告人在舉證中可能出現的矛盾。這就必然要求法官在審理案件時認真審查各類證據尤其是相互矛盾的證據，充分聽取各方當事人的意見，準確地查明及認定犯罪（侵權）事實。隻有在附帶民事訴訟原告人對公訴機關所舉出的證據材料無異議的情況下，才可免除其舉證責任。