確認股東資格究竟需要什麼樣的要件事實，法律並無明確規定。但從股東取得其資格的過程看，無論是原始取得中的章程的製訂、出資的認繳，還是繼受取得中的股權轉讓合同、贈與合同的訂立，或是對公司增加注冊資本的認繳，一般都有意思表示包含其中。受民商分立觀念的影響，許多人認為公司法作為典型的商法，具有商行為公示主義、外觀主義的特征，因而在股東確認問題上，對意思表示棄之不顧，僅著眼於行為的外部特征，對於出資證明書、股東名冊、章程、工商登記等證據緊盯不放，試圖就此從中找出確認股東資格的路徑，這種思路有一定的道理，但隻適合於用來分析解決公司外部糾紛。當股東資格糾紛發生於股東與股權轉讓受讓人、股東與公司債權人之間時，基於商事活動的公示主義和商行為效力確定上的外觀主義，為保護外部第三人利益，此時對股東的意思表示在所不問，以公示於外的證據（或事實）確定行為的法律效果，是符合法理的。《公司法》33條第三款的規定，就體現了這種精神：“公司應當將股東的姓名或者名稱及其出資額向公司登記機關登記；登記事項發生變更的，應當辦理變更登記。未經登記或者變更登記的，不得對抗第三人。”此處的第三人，在法律上直接被推定為善意的第三人。
但是司法實踐中更為常見的股東資格確認糾紛是一種“內戰”，當糾紛發生於股東與股東之間、股東與公司之間，沒有不知情或不應知情的善意一方時，意思表示作為民事法律行為核心要素的一麵自然必須加以特別關注。在我國民商合一的背景下，商行為本身也是一種民事法律行為，它具有民事法律行為以意思表示作為核心要素的共性。
分析公司法的相關規範，可以看出在取得股東資格的過程中，除繼承和法院強製執行是單方意思表示外，其餘取得方式中間的意思表示，都表現為合意。是否意思表示一致形成合意，合意是否得到履行，應該才是對內確認股東資格的要件事實（或者說標準）。至於此種合意的主體是誰、內容是什麼，因股東資格取得方式而異，不能一概而論。股東資格的取得有三種方式，第一種是原始取得，第二種是增資取得，第三種是繼受取得。下麵針對不同取得方式中的股東資格確認問題逐一作一探討。
（一）原始股東的資格確認
1.確認原始股東資格的要件事實
原始取得股東資格者，在有限責任公司就是發起人。在設立公司過程中，首先發起人與發起人之間有設立公司的合意，通常表現為設立協議。當然在一人公司中，發起人無需與他人合意，但仍須將設立公司的意思以章程的形式表示出來。由於一人公司很少出現股東資格糾紛，故以下內容除作特別說明外，均不包含一人公司。其後發起人共同製訂公司章程，是對前麵合意的一種法律上的完善和固定。從意思表示的角度看，此時的章程實質是一個共向性多邊合同。接著發起人共同決定公司名稱和住所、確定資本總額和出資方式、繳納出資、選舉董事、監事、辦理工商登記等，這一係列共同進行的民事行為，目的就是使公司得以成立並取得獨立主體資格，可以看做是對前麵合意的履行。公司領取《企業法人營業執照》，宣告依法成立之日，即為發起人取得原始股東資格之時。
確認原始股東資格，需要查明的要件事實就是該股東就設立公司與其他股東達成合意，並且以繳納出資等一係列民事行為履行了該合意。產生於設立過程中的能夠證明合意存在及履行的所有證據，均對證明原始股東的資格具有意義。
公司成立後，向股東簽發出資證明書、製備股東名冊、將股東登記於工商檔案中等，這些隻是對股東前期進行的設立行為的一種認可。隻要股東真正參與了發起設立，忠實履行了設立中的義務，即使沒有這些證據，其股東資格也不能被抹殺。2006年11月16日最高人民法院下發的《關於適用〈中華人民共和國公司法〉若幹問題的規定（征求意見稿）》（以下簡稱《公司法解釋意見稿》）第13條規定：“民事主體依法取得有限責任公司股權後，請求公司簽發出資證明書、記載於股東名冊、記載於公司章程以及辦理公司登記機關的登記，公司拒絕辦理，權利人起訴請求公司履行義務的，人民法院應予支持。”該條規定也暗含著股權取得（即股東資格取得）在先，出資證明書等法律文件形成在後，二者之間是前因後果關係這一認識。
股東在公司成立後實際行使各項股東權利的事實，是其取得資格後的結果，而非取得資格的原因，所以隻對確定資格具有反向證明的輔助作用，不能僅因為其行使過股東權利就認定其為股東。
2.簽署章程、繳納出資是最重要的事實
在設立行為中，簽署章程、繳納出資是最重要的事實。簽署章程是達成設立公司合意的集中體現；繳納出資是該合意中最重要的一項義務，是履行該合意的集中體現。這兩項事實是原始股東資格的真正源泉。如果這兩項事實均不能被認定，則原始股東資格會失去基礎和依托，就不能被確認。在其他事實可以被認定的情況下，缺少兩項事實中的一項，並不足以否定股東資格。雖未簽署章程，但有達成設立協議、繳納出資等事實，或者雖未實際出資，但有簽署章程、實施其他設立行為等事實，也可確認股東資格。
3.出資瑕疵並不必然導致股東資格的喪失
股東在發起設立公司過程中，沒有繳納出資或沒有完全繳納出資的，公司及公司債權人有權要求瑕疵股東承擔補足出資的責任，並可要求其他股東承擔連帶責任。已適當履行了出資義務的股東，可以追究瑕疵股東的出資違約責任。從法律對於資本充實責任和出資違約責任兩項製度的規定可以看出，即使股東出資存在瑕疵，隻要他與其他發起人有過合意，簽署過章程，參與了發起行為，那麼他仍可通過承擔這兩項責任予以補救，並不必然喪失股東資格。“通過出資而成為股東者，其出資瑕疵並不必然導致股東資格的喪失。”由此可見，是否真正繳納出資，並非衡量發起人股東資格缺一不可的必要條件。繳納了出資的發起人具備股東資格，沒繳納出資的發起人並不必然沒有股東資格。
《公司法解釋意見稿》第12條規定：“自然人、法人或其他組織向人民法院主張確認其股東資格的，應提供下列證據：（一）已經依法向公司出資或者認繳出資，或者合法繼受公司股權；（二）已為或者應當為公司章程和公司股東名冊記載為公司股東。”本條款第一項中的證據，包括了“認繳出資”的證據。此處“認繳出資”與“出資”相並列，其含義顯然是指認購出資後，實際沒有依章程約定繳納出資或沒有足額繳納出資的情形。可見最高人民法院在起草上述規定時，已經認同了實際繳納出資並非衡量發起人股東資格缺一不可的必要條件，對瑕疵出資股東的資格，留下了活路。瑕疵出資股東的資格雖予以保留，但如賦予其與足額出資股東同樣的權利，顯然有失公平。《公司法解釋意見稿》第14條規定：“記載於股東名冊的股東依據公司法第33條第二款向公司主張行使股東權利，公司以其沒有按期繳納出資或者出資不足，主張在其補繳出資前相應限製其表決權、利潤分配請求權及新股認購權的，人民法院應予支持。”這一規定，與第12條第一項的規定前後呼應，很好地平衡了瑕疵出資股東的權利義務，有利於督促瑕疵出資股東及時足額繳納出資。
4.股東資格可因其出資瑕疵而被解除
股東瑕疵出資，損害了公司和足額出資股東以及公司債權人的利益，公司能否解除該股東的資格？合同法規定在構成根本違約的情形下，守約方是可以單方解除合同的。將設立公司的合意看成共向性多邊合同，股東瑕疵出資顯然違背了合同約定，構成違約，這也正是法律要求其承擔出資違約責任的依據。
那麼此處的合同內容，是以設立協議為準呢，還是以章程為準？《公司法》在有關設立有限責任公司的規定中，並沒有明確規定設立協議，設立協議在法律上是一個任意性文件，它雖然對證明股東資格有意義，但在分析違約責任構成時，卻不應該成為衡量的標準。《公司法》第28條規定：“股東應當按期足額繳納公司章程中規定的各自所認繳的出資額。股東以貨幣出資的，應當將貨幣出資足額存入有限責任公司在銀行開設的賬戶；以非貨幣財產出資的，應當依法辦理其財產權的轉移手續。股東不按照前款規定繳納出資的，除應當向公司足額繳納外，還應當向已按期足額繳納出資的股東承擔違約責任。”可見股東繳納出資和承擔責任的依據，是有限責任公司的章程，而非設立協議，所以此處的合同內容應以章程為準。
那麼瑕疵出資是否構成根本違約？股東資格作為一種資格能否被解除？繳納出資雖非確認股東資格缺一不可的必要條件，但對於設立公司而言，出資的繳納是發起人最重要的義務，不履行或不完全履行該項義務，會使與其達成設立公司合意的其他股東對該股東出資的預期落空，並導致公司資本在設立之初就先天不足，進而影響公司的正常經營。如果因此使得公司實收資本低於法定最低限額，將導致公司設立失敗。所以不履行出資義務，必然構成根本違約；不完全履行出資義務，也可能構成根本違約。
此種情況下，有學者建議“公司可催告瑕疵出資股東在合理期限內承擔資本充實責任；倘若瑕疵出資股東逾期仍不承擔，公司有權根據公司實收資本額以及每位股東的實際出資額重新核定股權比例。瑕疵出資股東出資金額為零的，公司有權將其除名。”《公司法解釋意見稿》第16條規定的第一種意見為：“公司以其沒有按期足額繳納出資為由，起訴請求解除其股東資格的，人民法院應當給予被告適當的寬限期，責令其在期限內履行出資義務。被告在規定的期限內仍未出資，並且公司因此履行了相應的法定減資程序，或者有其他主體向公司繳付相應出資而為公司接受為股東的，人民法院可以判決解除被告股東資格。”第二種意見為：“公司或者公司股東以未按期足額繳納出資、履行出資義務方式不符合約定，或者公司股東會決議等為由，請求對股東除名的，應不予支持。”