（一）基本原則
1.權利救濟原則。《中華人民共和國行政訴訟法》（以下簡稱《行政訴訟法》）的宗旨就是要在行政訴訟中平衡權利救濟和維護行政的合法與公正，但對公民、法人和其他組織合法權益的救濟，是現階段我國實行行政訴訟的出發點和主要目的。《行政訴訟法》雖然規定了法院隻審查行政機關具體行政行為的合法性，但由於現代行政權力的擴張和行政管理的深度和廣度隨著社會經濟、文化的發展在不斷延伸，使同一行為既構成行政違法又構成民事違法，從而產生了大量的行政爭議與民事爭議交織在一起的案件。如對同一違法事實，法律賦予行政機關行政處罰權和處理該違法行為引起的民事糾紛的損害賠償的權力，如治安管理、食品衛生、藥品管理、環境保護、醫療衛生、產品質量、社會福利、專利和商標等許多方麵，行政機關在對違法行為人進行處罰的同時，如產生損害賠償糾紛時，權益受到損害者可以依法要求行政機關作出裁決，確認賠償責任和賠償金額，行政相對人不服行政處罰也不服行政機關對民事糾紛的裁決；另一方麵，公民、法人和其他組織在這種交叉糾紛中正確維權意識不足、訴訟法律知識方麵的缺失，導致其不能實現維護自身合法權益的目的。如行政訴訟的起訴期限與民事訴訟的訴訟時效，起訴時超過行政訴訟的起訴期限，相對人就沒有了起訴權，如果起訴，法院就會裁定不予受理或駁回起訴；而起訴時超過民事訴訟的訴訟時效，原告具有訴權，但喪失了勝訴權，訴訟中如果被告不願自覺履行義務，法院隻能判決駁回訴訟請求。公民、法人和其他組織在上述諸多因素的共同作用下，其權利救濟變得比以往更複雜、困難，在行政訴訟與民事訴訟交叉審理中，應著重強調權利救濟原則。
2.權力監督原則。權力監督原則是法治原則的重要內容，它體現了權力必須製約的法理本質，隻有對權力進行監督，才能利用法律的剛性特點實現“規則之治”，防止權力的專橫、恣意和腐敗。行政權力在現代社會生活中的日益擴張，更加需要強化對其運行的程序和實體的監督。在此，要注意以下幾點：第一，法律授予行政機關解決民事爭議的權力並不是弱化了法院民事審判權力。隨著科學技術和社會進步，許多民事糾紛具有的專業技術成分和自身特有的規律，決定了法院審判活動在解決這些糾紛方麵，無論從專業技術，還是效率方麵，訴訟成本和社會成本都是相當巨大的，由具有相關專業技術的行政機關處理這些民事爭議，不僅降低了社會各方的成本支出，提高了效率，而且由行政技術人員對爭議作出的裁決，更易被社會接受。美國行政當局對其相關行為采用聽證裁決的方式，正是體現了行政機關處理民事爭議的價值。第二，在民事審判中，對相關行政行為的合法性應進行一定的審查。比如對行政行為形式的完備性和明顯的錯誤等，可以通過司法建議和對當事人進行必要釋明後，作出合乎司法邏輯的裁判。第三，雖然法律賦予行政機關解決民事爭議的權力，但最終解決民事爭議的權力還應在法院。司法作為維護社會公平、正義的最後屏障，應對任何爭議的最終解決肩負神聖的職責。
3.緊緊圍繞核心爭議進行處理的原則。正如前文所述，在行政訴訟與民事訴訟交叉案件中，當事人之間的糾紛總是圍繞著核心爭議產生的，這個核心爭議決定了其他糾紛的最終的處理結果。這項原則具體要求：第一，當事人在起訴到法院後，審查該訴訟的法官或合議庭必須對當事人的訴求作出準確和慎重的釋明。除非是當事人自己提起訴訟，否則不能隨意對當事人進行訴訟指導。實踐中，有相當一大批的交叉訴訟的發動，是由於法官或合議庭的非慎重解釋，導致了案中案、案外案的發生。第二，兩個訴訟在不同業務庭處理時，必須互相知曉對方案件處理的具體情況。必要時應通過法院的審判委員會對兩個訴訟的處理進展及處理理由進行溝通，保證兩個訴訟處理的一致。第三，當涉及核心爭議訴訟的裁判未產生法律效力之前，其他訴訟應暫緩作出裁判。尤其是在核心爭議訴訟的裁判因各種原因，未及時作出時，其他訴訟絕對不能先於核心爭議訴訟作出裁判。道理很簡單，生效的裁判對正在訴訟的案件處理具有約束力，由於這是兩類訴訟，如果前者在處理時，未慎重對爭議的焦點作出適當的裁判，就會影響案件的最終處理。第四，在對核心爭議沒有處理前，在當事人已經起訴的案件中，如果對其他法律關係沒有進行必要的自我約束，而作出不慎重的判定，將會對將來整個糾紛的處理產生消極的影響。如一起兩學校合並辦學合同糾紛中，雙方當事人由於對兩個學校合並後的管理權和收益權產生爭議，其中一方要求解除合並辦學合同。法院在該案的民事判決書論理部分，對聯合辦學後學校申辦的社會力量辦學許可證進行了不適當的評論，導致當事人就該社會力量辦學許可證又提起了教育行政許可訴訟。實際上，當事人的核心爭議就是對聯合辦學合同是否能解除的問題，並不涉及行政許可。這樣一來，隻能增加當事人的訴累，不利於核心爭議的處理。