另一方麵，由於萬曆本身有病，患有嚴重關節炎，行走不便，變得慵懶，沒有祭祀天地、宗廟，這自然引起了大臣們的不滿。萬曆隻好解釋：“朕病愈，豈不欲出！即如祖宗廟祀大典也要親行，聖母生身大恩也要時常定省。隻是腰痛腳軟，行立不便。”通過當代考古工作，挖掘定陵發現，萬曆的屍骨脊柱成畸形和S畸形，說明這位皇帝生前確實患有嚴重的足疾。
但長年的爭執已使得皇帝與大臣互不信任，大臣們認為皇帝不過在找借口，拖延時日，實則是沉迷後宮，耽於酒色，致使身體虛弱。勸諫書紛紛而來，影射皇帝有不良作風問題，更對皇帝的個人隱私進行無端猜測、誹謗。
客觀來說，萬曆本人過失嚴重，對國家不負責任，應該指責。但文官群體的偏激固執，以祖訓、禮教壓人，把皇帝逼到絕路，不給皇帝麵子，連皇帝的私生活、家事都要捕風捉影，大做文章，使得皇帝本人徹底失去信心，破罐子破摔了——這種類似現象早在明成祖、明世宗身上就有發生。
明朝文官們的固執和偏執，已經發展到令人抓狂地步：
如果說當年海瑞罵嘉靖皇帝還基於事實，言語中充滿對皇帝的期望，那麼萬曆朝的文官們則已經變味為“炒作”。他們的言論誇張，往往憑借著小道消息，空穴來風，就以大不敬的言辭對皇帝質疑，已經超出了一個“良臣”所勸誡的範圍。在《明史》中我們能發現許多這樣的指責：禦史馮從吾上書：“謂聖體違和，欲以此自掩……天下後世，豈可欺乎？”認為萬曆是故意裝病，欺騙天下。禮部主事盧紅春則說：“若真疾耶？則當以宗社為重，毋務為豫樂以為基禍，若非疾也，則當以詔旨為重，毋務以矯飾以起疑。”沒有經過任何調查，就信口開河地指責皇帝欺瞞，故意沒病裝病。戶科給事中田大益說：“陛下專誌財利，自私藏外，絕不措意。中外群工，因而泄泄。君臣上下，曾無一念及民。空言相蒙，人怨天怒，妖祲變異，罔不畢集。”認為萬曆皇帝自私貪財，欺騙臣工，導致了上天發怒，妖氣橫生。
當著那麼多人的麵被指責挖苦，這是難以容忍的。萬曆脾氣再好，也不會願意在眾目睽睽下討論自己是否“好色”、“愛財”這些問題，他被文官們激得越來越惱怒，可狂熱的士大夫們並不善罷甘休，把“國本之爭”與萬曆怠政緊密聯係起來，口誅筆伐，言之鑿鑿，在皇宮大殿上慷慨激昂地演說。
有一次，禮部尚書洪乃春指責萬曆帝：“前幾日聽說陛下因為騎馬摔傷額頭，頭暈目眩所以不上早朝。如果真是這個原因，那無足輕重，可如果‘頭暈目眩’是因為沉溺女色、飲酒作樂的話，那麼就是大禍將至了。”萬曆帝是否沉溺女色在史料中缺乏明確記載，但眾所周知他一生隻鍾情鄭貴妃，兩人感情甚好，而且萬曆患有嚴重關節炎，行走不便，常常呆在後宮靜養。
飽讀史書的文官們潛意識裏都認定，皇帝是在重蹈以往君王之覆轍，既然不上早朝，那肯定是昨晚又縱情於聲色。洪乃春這樣一批官員對萬曆的無端懷疑，讓萬曆異常惱怒，終於，這位脾氣好的帝王發威了，下令將洪乃春拖出去杖打六十，狠狠懲罰。
豈料，洪乃春遭受廷杖後，不僅沒有起到“殺一儆百”作用，反而激發了更多官員。為什麼？因為萬曆實在太仁慈，沒有太祖、成祖、世宗那樣的殘酷好殺，隻是打六十下屁股，既不抄家，也不流放，更無性命之危險，反而這些因直諫受罰的官員會以“忠臣”的名聲廣為傳播，甚至名留青史。文官們把成本、收益細細一算：用一次受罰換得名聲，實在是一件很劃算的事情。於是直諫、怒斥、指責皇帝的官員越來越多，關心的並非所論究竟是否屬實，而是能否憑借尖利刻薄的言辭嘩眾取寵，一舉成名。通過罵皇帝，罵舉足輕重大臣來證明自己存在的價值，以撈取政治資本！
一個個都從最初的懷疑到最後肆無顧及地漫罵：
工科給事中王德完上書大肆斥責：“民何負於君？而魚肉蠶食至於此極耶！”說萬曆是魚肉百姓，蠶食天下。
戶科給事中田大益痛斥皇帝：“陛下驅率虎狼，飛而食人，使天下之人，剝膚而吸髓，重足而累息，以致天災地坼，山崩川竭。”更是大罵萬曆乃惡毒虎狼，導致天下崩亂，國家災難。
大理寺評事雒於仁上奏折《酒色財氣四箴疏》，痛斥萬曆皇帝“嗜酒”、“好色”、“愛財”、“暴虐”等等，其中文辭，幾乎就是破口大罵。
左副都禦史張養蒙也指責神宗“好逸”、“好疑”、“好勝”、“好貨”，這具有異曲同工之妙的抨擊，前後相繼，如出一轍，將萬曆皇帝置於鋪天蓋地的非議之中。
文官們的漫罵越來越過分，這其中，右都禦史漕運總督李三才上書指責皇帝：“今闕政猥多，而陛下病源則在溺誌貨財”，乃至於“陛下邇來亂政，不減六代之季”，甚至說出了“天神共憤，大難將作”的駭人心魄的話來。
萬曆竟然對這些漫罵不加理會，換作是其他君王，恐怕這些文臣死十次都夠了。
盡管皇帝本人怠政，但主要原因是萬曆的心灰意冷和疾病在身，至於所謂的好色、暴虐、嗜酒純屬空穴來風，是文臣們根據曆史上諸多昏君臆想出來的一個萬曆形象。相比較其他朝代，萬曆朝的大臣們許多指責都是無中生有、乃至惡毒攻擊，沒有根據萬曆帝客觀情況就肆意漫罵，實在是喪失了士大夫的精神。
從明朝中後期，社會凋敝，世風日下，接受程朱理學的書呆子們逐漸變為假道學，一個個口中說得冠冕堂皇，其實內心叵測。文官們鮮有務實的政策利民，隻把指責、對抗皇帝當做撈取政治資本，誰罵得越狠，誰就越是忠臣。而那位罵皇帝最狠的李三才，就是因為這樣的奏疏，被朝野傳頌，成為大大的“直臣”，被大家擁戴入閣！
明朝哲學家李贄曾有句話，一語道破這些人的本質：“今世風日下，陽為道學，陰為富貴。”
追名逐利，其實本質相同。官員貪圖富貴、撈取錢財是社會腐敗現象，同樣，文官群體刻意追求名節，沽名賣直，以各種極端手法頂撞皇帝，大肆炒作自己，也是社會心理腐敗的一部分。人們看到明朝的潰爛往往是官員對於“物質”的貪圖，其實，官員們對“名聲”泛濫索取顯得更加肮髒醜惡。
當時禮部尚書於慎行看清了這點，對官場“沽名賣直”的現象深感痛心。在明人張萱的《西園聞見錄》中，記載有於慎行對官場現象一針見血的評論：“近世士大夫以氣節相高，不恤生死，往往視廷杖戍譴為登仙之路。一遭斥謫，意氣揚揚，目上趾高，傲視一世，正所謂意氣有加也。”