公元1620年，萬曆四十八年，是明朝曆史上的多事之秋。
萬曆做了近半個世紀的皇帝，丟下一個臃腫潰爛的龐大國家，在與朝臣的冷漠隔閡中死去。那位曾經被大臣們爭論長達十五年的皇長子朱常洛，終於可以名正言順登上帝位了，是為泰昌帝，天下大赦，萬民矚目，人們迎來新的希望。
可是，大臣們很快發現自己錯了。泰昌帝剛剛登極，就縱情聲色之中，大肆享樂，再加上以前身體不好，僅僅一個月後，就縱欲過度病倒。宮人和大臣忙得團團轉，急忙請太醫，掌管禦藥房的太監崔文升向皇帝進了一濟瀉藥，認為皇上火氣過旺，豈料服藥過後，當晚泰昌皇帝就腹瀉三十次，陷入虛脫，身體立刻垮了下來。
此時的首輔大臣是方從哲，受先帝托付，掌管朝政大事。在皇帝允許下，方從哲推薦了另外一名宮人李可灼的藥方，據說是民間靈丹妙藥，配製成紅丸，可令人起死回生。
泰昌皇帝急不可待吃下一粒，似乎覺得神情清爽了不少。大臣們也非常高興，首輔方從哲決定重賞宮人李可灼。到晚上，皇帝又服用了一粒紅丸，沉睡過去，誰知第二天早晨，宮內就傳來消息：皇帝駕崩了！
所有人腦子裏一片空白……
萬曆帝逝世的悲痛尚未消去，新即位的泰昌帝竟也在一個月後死亡，這對於為“國本之爭”努力十多年的朝臣來說，無疑是晴天霹靂。人們紛紛質疑，一定有人背後搗鬼，這其中東林黨人楊漣、左光鬥言辭最為激烈，要求嚴查那兩位進藥的宮人崔文升和李可灼，抓出幕後指使，但首輔大臣方從哲從當時大局考慮，淡化此事，並嘉賞了二人進藥之功。此事被擱置下來，遂成為明朝著名的疑案“紅丸案”，也為後來東林黨爭埋下伏筆。
一個月時間死了兩個皇帝，泰昌帝十六歲的兒子又倉促登極，年號天啟。這一年的明朝皇宮裏，故事跌宕，撲朔迷離，各派政治力量也隨之粉墨登場。
九月初一的清晨，已有瑟瑟秋風的涼意。泰昌帝剛死，他的寵妃李選侍與心腹太監魏忠賢就蠢蠢欲動，想控製泰昌帝的兒子——天啟皇帝，作為以後飛黃騰達的資本。兩人把小皇帝約束在乾清宮裏，與大臣們討價還價，尤其是李選侍，作為泰昌帝身前寵愛的妃子，一直想被封為皇太後，享受榮華富貴，堅持不把小皇帝交給群臣，一定要條件談妥才行。
大臣們在乾清宮外焦急等待，找不見新皇帝天啟，於是憤然大呼：“誰敢隱匿新天子！”殿內一個太監偷偷將小皇帝帶出來，抱起就跑，想交給群臣，這時控製乾清宮的李選侍急了，命令其餘太監衝出去搶奪小皇帝，東林黨人楊漣、左光鬥等朝臣立刻衝上來，與太監們撕扯爭搶，一場皇宮鬧劇上演。
大臣們搶得了小皇帝，就擁有了控製權，強烈要求李選侍移出乾清宮，不得與小皇帝住在一起。禦史左光鬥是東林黨人，性格執拗，言辭刻薄，上書譴責道：“李選侍既非皇長子嫡母，又非生母，沒有名分，卻至今不早做決斷，搬出乾清宮。這是借撫養皇長子之名，行幹政專製之實。武後之禍，將再見於今日，將來之後果，不忍道出！”
但首輔大臣方從哲認為不必操之過急，先立新帝要緊。這引起了東林黨人的強烈反對，楊漣等人又上書，其他內閣大學士也紛紛加入進來，在宮門外抗議，大有逼宮之勢，終於逼迫這個想當皇太後的妃子搬離了乾清宮，此乃同時期的“移宮案”。
天啟帝即位後，因為在之前的“紅丸案”、“移宮案”中東林黨出力頗多，支持新皇，所以大力提拔東林黨人，任用他們為內閣、六部重臣，一時間，東林黨在躍然上升，控製朝廷言論，成為當時最重要的政治勢力。
東林黨的稱號源起於江蘇無錫的東林書院，最早是萬曆年間的大臣顧憲成，因政治鬥爭辭官回鄉，在家鄉講學，吸引江南地域眾多學子前來，“講習之餘，往往諷議朝政，裁量人物”，其言論被稱為清議。朝廷上的各種政治代表人物也紛紛慕名而來，“朝士慕其風者，多遙相應和”，楊漣、左光鬥等人就是這個派別，久而久之，這些聚集在東林書院的人士成為一個具有極強政治意味的政治團體，時人稱為“東林黨”。
明朝內部不止東林一黨，早在萬曆時期，文官群體就已分裂，他們不僅僅是向皇帝發難，指責、漫罵鋪天蓋地，也相互攻訐，大打口水戰。除東林黨外，還有以沈一貫為代表的浙黨，以亓詩教、韓浚為首的齊黨，以官應震、吳亮嗣為首的楚黨。古人稱“黨”乃朋黨，是為貶義，朋黨之爭，是文官們最熱衷內鬥的方式之一。
這些名目繁多的黨派大多以地域關係形成，無所謂正義與不正義，齊黨、浙黨、楚黨、東林黨……明爭暗鬥，水火不容。他們連皇帝都敢攻擊，對同僚就更無所顧忌了，為的隻是自己派係的利益和聲名。
相比較其他群體，東林黨內部有許多“君子”，也稱“君子黨”，他們以清流自命，自認為是道德的最高準繩，維護至高無上的天理和皇權——這在傳統文化中，是受褒揚的。
然而也正是這樣一群“君子”，承接了昔日方孝孺、海瑞之風，不顧現實，隻講仁義道德，為了追求純潔的信念，常常采取極端做法。
天啟皇帝剛剛上台，東林黨人就舊事重提，開始以“紅丸案”、“移宮案”打擊那些在他們眼中不是“君子”的人，其中內閣首輔方從哲成了首要目標。
方從哲不是東林黨人，他把持朝政六七年，政策觀念也與東林黨不同，尤其在“紅丸案”、“移宮案”中，方從哲主張不應操之過急，對進獻丹藥的宮人、軟禁小皇帝的妃子都采取淡化方式，這正好與慷慨激昂的東林黨人觀點截然相反。在東林黨看來，首相方從哲是非不分，善惡不辨，包庇奸邪，絕非君子，於是群起而攻之，指責“紅丸案”中的宮人崔文升、李可灼罪大惡極，要求將二人斬首示眾。一時間，給事中魏應嘉、太常寺卿曹珍、光祿寺卿高攀龍、主事呂維祺等東林黨人士連番上書，更稱方從哲本人有“十大罪狀，可殺三次”。