結婚以後，因官府追捕，覃振在國內無法安身，又逃往日本。這是他第二次東渡。
（二）激進學生
在黃興組織華興會的同時，長江流域如雨後春筍般陸續建立起許多革命小團體。一些革命小團體把發動武裝起義和組織暗殺定為主要任務。其中，華興會影響最大。其他如科學補習所、光複會、嶽王會等，也有一定的規模和影響。這類小團體的出現，反映出反清革命的深入和普及。在排滿愛國情緒普遍高漲，青年不惜犧牲性命的情況下，革命的總領導機構——同盟會，應運而生。 長沙起義失敗後，華興會重要領導都集中在日本。這一時期，中國留日學生人數大為增加。更為重要的是，留學生革命情緒十分強烈。當時，在留學生中，華興會人員最多，影響也比較大。1905年6月，宋教仁與田桐等發起組織雜誌《二十世紀之支那》發刊，宣傳革命。 1905年7月，孫中山到達日本，與黃興會麵，暢談革命形勢和辦法。孫中山建議將革命小團體聯合起來，共同致力於革命，得到黃興的讚同。 但是，華興會內部對與孫中山聯合，意見並不一致。宋教仁日記記述了華興會7月29日在黃興寓所開會，討論此事經過為：“星台則主以吾團體與之聯合之說；慶午則主形式上人孫逸仙會，而精神上仍存吾團體之說；劉林生則主張不入孫會之說；餘則言，既有人會不入會者之別，則當研究將來人會者與不入會者之關係如何。其餘亦各有所說，終莫能定誰是，遂以‘各人自由’一言了結而罷。”① 陳天華字星台、黃興字慶午、劉揆一字林生。
當時，華興會領導人是各說各話，意見各異。 7月30日，興中會、華興會、科學補習所、光複會等各組織的成員70餘人在東京開會，決定聯合起來，成立“中國同盟會”。全國除甘肅省外17省皆有人與會。與會者接受孫中山建議，以“驅逐韃虜，恢複中華，創立民國，平均地權”為同盟會宗旨。 8月20日，同盟會召開成立大會，設立了領導機構。同盟會最高領導為總理，下設執行部、評議部、司法部。這一領導機構是按三權分立的原則建立的，其最高領導及評議員、司法部職員也是用選舉的辦法推定的。孫中山被推舉為總理，黃興被推舉為執行部庶務，宋教仁為司法部檢事長。同盟會成立的第二天，二十世紀之支那社移交與同盟會總部，不久，該社改組為民報社，出版《民報》，作為同盟會的機關刊物。 覃振在同盟會成立之初並未加入同盟會，他在華興會內部醞釀成立同盟會階段所持的觀點現在還不得而知。但是，覃振一直以華興會骨幹的身份，參與革命活動。1905年底，他參與取締風潮。1906年初受黃興派遣，回國運動湘軍，重整會黨。 所謂“取締風潮”，是留日學生發動的學生運動。留日革命學生在同盟會成立和《民報》發刊後，有了統一的革命組織領導，革命影響日益擴大。清政府意識到留日學生對其統治構成威脅，以學生滋事為由，請日本政府采取措施。1905年1 1月，日文部省頒布“取締清韓留學生規則”，對留學生嚴加限製。規則激起留學生的強烈反對，12月4日，留日學生實行千人總罷課，爆發學生運動，史稱“取締風潮”。胡瑛在留學生集會上發表演說，痛斥日政府無理，聽眾悅服，選其為中國留學生總會代表，主持留學生全體總退學之事。從此，胡瑛名聲大噪。 這時，革命黨人分成兩派，陳天華、宋教仁、秋瑾等大多數人反對仰人鼻息，主張立即回國自己辦教育，即所謂“返國興學”。以汪精衛、胡漢民為首的少數人主張忍耐，待學成然後歸國。雙方各執一詞，互有辯駁。較激進的學生，紛紛罷學歸國，如秋瑾、孫武、姚洪業、林祖涵。覃振也在這一時期回到國內。 取締風潮後，中國留學生內部意見不一，日本報刊攻擊中國留學生“放縱卑劣”，陳天華①見狀，大為憤恨，留下絕命辭，於12月8日赴橫濱大森灣蹈海自殺，時年30歲。12月16日，東京留學生舉行追悼會。會後，反對取締又掀高潮，迫使日本政府取消取締規則，承認學生會館的十多項要求，取締風潮平息。 陳天華自殺的消息傳回國內，學界大為震動，香港、湖南舉行了追悼會，湖南學界還專門派人至東京，扶櫬回歸故裏。 翌年春天，又發生湖南留學生姚洪業自殺事件②。 種種跡象表明，覃振在取締風潮中與陳天華、宋教仁同屬激進派，他回國後，也是建立留學事務所的積極參與者。 覃振回國具體日期已不可考。從宋教仁日記看，1906年3月14日，宋教仁接到覃振自長沙的來信，可以斷定他此時已回到國內。日記記載說：“又得覃禮門自長沙來信，稱湖南去冬此間取締風潮事，倡設留學事務所，擬有運動建設，忽因風潮已平，事務所亦已解散矣，大概理鳴為此甚為不平也。”③
姚洪業死後，覃振參與將姚洪業與陳天華的靈柩護送回湖南之事，協助禹之謨①、寧調元組織了規模空前的公葬儀式。
1906年5月，陳天華、姚洪業棺櫬運抵長沙，禹之謨、覃振等人發動各校學生，身著白色製服，高唱哀歌，手執白旗，整隊送葬，護送靈柩至嶽麓山。隊伍一片縞素，延綿十餘裏。據目擊者稱，送葬的隊伍分兩隊，“一隊出南門在朱張渡過河，禹之謨同十幾個教員抬著陳天華的靈柩領隊先行，另一隊在小西門渡河，寧調元同十幾個教員抬著姚宏業的靈柩領隊先行”②。
安葬儀式上，禹之謨代表商界、覃振代表學界致祭，外國人美國長江聖公會主教吳德施、會長孟良佐，日本立達女學校長小林彥五郎也發表演說。葬禮備極一時哀榮，是日送葬者人數逾萬，湖南民氣之盛，於此可見一斑。
客觀的說，陳天華、姚洪業自殺一事應具體分析。他們是革命青年，用自殺這種偏激的方式表達愛國情懷，其誌可嘉，其行可憫，但不可為訓。禹之謨、覃振舉行公葬活動，因勢利導，宣傳革命，激勵人民，這一做法是值得充分肯定的。
事後，禹之謨、陳家鼎等成立中國同盟會湖南分會，禹之謨任會長。官府對湖南民氣伸張程度感到恐懼，欲羅致罪名逮捕禹之謨、覃振等。友人事先得到消息，勸禹之謨躲避，禹之謨不肯，終被逮捕殺害。覃則在得到消息後再次逃往日本，進早稻田大學讀書。這是他第三次東渡日本。 《革命人物誌》稱：“先生不顧一切，奔走呼號，誓不屈服，益遭滿吏之忌，下令逮捕。幸預獲警界同誌密報得免，乃重赴日本。”③
這次回國期間，覃振除了參與領導公葬活動之外，還遵照黃興指派，參與運動湘軍、重整會黨的活動。湖南自馬福益被害後，哥老會一直醞釀為其報仇，形勢一觸即發。1906年春，全國各地遭受水旱災害，春夏之交，萍、瀏、醴地區洪水成災，不少地區出現饑荒，米價飛漲，民怨沸騰。安源煤礦工人因米貴減工，生活無著落。而官府依然橫征暴斂，萍、瀏、醴三縣接壤地區百姓喊出“殺韃子”、“官逼民反”、“挖富濟貧”等口號①。同盟會認為起義時機已經成熟，作出如下布置： 派居正、胡瑛、程克與湖北日知會首領劉家運、周震鱗會商合作，等待時機，奪取武漢。遣劉道一、彭邦棟、覃振、成邦傑運動湘軍，重整會黨。命劉揆一駐申江，以圖湘、鄂、江、浙之聯絡。四川方麵，囑李肇甫、謝持等邀約熊克武、但懋辛、餘藎臣等協力合作。黃河流域一帶，以丁惟汾、餘洪起、王用賓、焦亦堂負責主持同盟分會，使革命潛伏勢力，日益滋長。興自擔任聯絡南京新軍軍官趙聲，並負責籌劃兩廣先舉義旗，各省從而響應之。②