張勳複辟僅存在12天，7月12日，在全國人民的一片反對聲中，複辟以失敗告終。段祺瑞重新掌權。因張勳複辟失敗，湖南的《明恥日刊》和出省北伐旋即停止。
（三）南下護法
中國自民國初年製定約法之後，執行約法幾經周折。起初是袁世凱恢複帝製，廢除約法，繼而是張勳複辟，解散國會，再就是段祺瑞不願國民黨控製的國會存在，拒絕召開新國會。孫中山對北洋軍閥踐踏約法十分憤慨，在段祺瑞重新執政後，指斥段祺瑞“以叛討叛，以賊討賊”，竊權盜國，肆意踐踏約法，號召國民武裝擁護約法，發起護法戰爭。孫中山致電參眾兩院，號召議員南下護法①。孫中山抵達廣州後，號召議員來粵，召開國會，決定大計。
段祺瑞在孫中山南下護法後，以北洋武力相對抗，聲稱要“武力統一”，發動第二次南北戰爭。其軍事戰略有兩個目標：對湖南用兵以製兩廣；對四川用兵以製滇黔。1917年8月6日，段祺瑞派心腹大將，號稱北洋“四大金剛”之一的傅良佐為湖南督軍；其內弟，北洋“四大金剛”之一的吳光新為長江上遊總司令兼四川查辦使。 -湖南革命黨人在孫中山發出護法號召後，積極響應，其活動以護法和驅逐傅良佐為中心。運動的中堅，是覃振領導的中華革命黨正誼社。革命黨人楊思義的回憶錄較為詳細地記述當時的情況：“當時為護法和驅傅奔走最力者是中華革命黨分子（在湖南的黨員，統由覃振領導，組織了正誼社）。他們聞廣州宣布護法，急起響應，分頭運動獨立。”②
覃振奉孫中山之命，在湘南和湘西作了部署。湘南方麵，與湖南兼第一旅旅長趙恒惕、陸軍第二旅旅長林修梅、零陵鎮守使劉建藩聯係，密謀零陵獨立。湘西方麵，派廖湘芸等隨周則範赴湘西活動，以聲援零陵獨立。劉建藩、林修梅均為同盟會會員、中華革命黨，廖湘芸在反袁驅湯時期曾與楊王鵬奉覃振之命，一同回湘從事秘密活動，他們都與覃振是多年的老同誌，彼此相知。廖湘芸還在家鄉安化建立了遊擊隊。據稱：“安化廖湘芸更聯合一部分文學社的老同誌，以護法遊擊司令的名義，在寧鄉、益陽、安化一帶，收集潰兵散槍達一千餘，後來續有擴充，成為中山先生在湘西的一支主要部隊。”③
從其後的表現看，廖湘芸部應該說是孫中山在湘西最得力的武裝。
覃振在湖南對工作作了布置之後，於8月初，與湘籍議員陳九韶、李積芳、彭允彝、田永正、席綬等南下廣州，參加孫中山召開的“國會”④。
8月中旬，追隨孫中山到達廣州的國會議員人數達150餘人。8月25日，到達廣州的國會議員召開“國會”，因到會人數僅150餘人，距法定人數甚遠，稱為“非常會議”。9月1日，非常會議決議在廣州成立中華民國軍政府，推舉孫中山為海陸軍大元帥，桂係軍閥首領兩廣巡閱使陸榮廷、滇係軍閥首領雲南督軍唐繼堯為元帥①。這一政府，又稱廣東護法軍政府或廣東軍政府，其所屬軍隊，稱護法軍。陸、唐兩位軍閥並非真心護法，更不願受孫中山節製，他們拒不受元帥職。軍政府雖然勉強成立，但空有其名。
廣東軍政府成立後，段祺瑞不能容忍在廣州出現另一政府，提出“武力統一”，出兵湖南、四川。因湖南是兩廣門戶，滇黔咽喉，南北爭奪的戰爭主要集中在湖南。
9月18日，湖南零陵鎮守使劉建藩發表聲明讚成護法，宣布自主。
孫中山為加強軍政府在湖南的影響，於9月19日任命覃振、田桐等為大元帥府參議②，21日，發表委任狀。“大元帥府職員名錄（民國元年）”內容如下：任命日期受任姓名任命職務任狀號數繕狀姓名校狀姓名發狀日期9月19日覃振大元帥府參議151萬黃裳萬黃裳9月21日今坤元大
1917年孫中山委任覃振為參議的大無州
因覃振是湖南人，又是中華革命黨在湖南的領導人，孫中山特地委派他為湖南民軍檢閱使，令其由粵抵湘，繼續負責部署湖南軍事。林祖涵為勞軍使，與覃振同行。
零陵宣布自主，令北京政府十分惱火，9月28日，段係將領湖南督軍的傅良佐任命第八師師長王汝賢為湘南司令、第二十師師長範國璋為副司令，統一指揮湘南戰事。10月初，兵分三路，夾攻湘南護國軍。桂係方麵，以陸榮廷為首的桂係軍閥深知湖南的戰略地位，想趁機擴大地盤，於10月3日召開南寧會議，決議推桂督譚浩明為兩廣護國軍司令，率軍護法援湘。譚浩明入湘後，自稱湘粵桂聯軍總司令。滇係方麵，唐繼堯也利用護法戰爭時機，向四川擴張，誓師北上，自稱滇黔靖國聯軍總司令。
10月6日，湖南護法軍大舉行動，各路將領齊集衡陽，宣布建立“護法軍湘南司令部”，公推程潛為總司令。至此，以南北對峙為主要形式的護法戰爭，正式開戰。
同一天，孫中山致電林德軒，電文稱：
衡州劉鎮守使探轉林德軒先生鑒：豪電悉。知率所部北伐，熱忱毅力，甚堪嘉慰。望即與覃理鳴君妥為策劃，與在湘各軍接洽，勉事進行，以樹大勳。譚兼督處已另行電告矣。此複。孫文。①
覃振被任命為湖南軍民檢閱使，隻是一個虛銜，既沒有可以調動的軍隊．又沒有管轄地方的權力。他到達湖南後，利用舊日關係，在湘西地區聯絡張學濟、田應詔、周則範、林德軒、胡瑛各部，設法緩解湘南護國軍所承受的壓力。
辰沅道張學濟首先致電孫中山，表示願意護法，被孫中山任命為湘兩護法總司令，於10月下旬在沅陵宣布起義，通電響應零陵獨立。張學濟又將舊友胡瑛招至辰州共事，推舉胡瑛為湘西招撫使。湘西鎮守使田應詔、副使周則範聞張學濟在沅陵起義，於1 1月上旬同時宣布起義，廖湘芸部編為周則範部第四梯團，廖為團長。湘粵桂聯軍總司令譚浩明委田為湘西護國軍第二路總司令，周為第三總路司令。張學濟、田應詔、周則範等與湘南零陵獨立各部形成犄角之勢，牽製了北軍。護法軍在湖南戰場屢屢告捷，形成各路護國軍及滇黔援軍圍困北軍的態勢。 傅良佐見大勢已去，於11月14日攜帶印信，放棄長沙逃遁。傅良佐臨陣脫逃，令段祺瑞十分氣餒，不得已，令王汝賢代理湘督。
11月15日，趙恒惕克複衡山，17日，陳複初在常德宣布獨立。代理湘督王汝賢見北軍頹勢已無法挽回，放棄長沙，與範國璋逃往嶽陽。 北軍在湖南的失敗，宣告了段祺瑞“武力統一”政策破產，傅良佐逃遁後，段即向代大總統馮國璋提出辭去國務總理職務，11月20日，再一次辭職，22日，馮國璋下令準許免除段的職務。段祺瑞第二次內閣倒台。段內閣倒台後，皖係在北京政府仍然很有權勢，馮國璋為了製衡皖係，暗中與西南軍閥加強了聯係。 11月23日，程潛率軍進入長沙。這時，北軍前方崩潰，後援不濟，直皖矛盾尖銳，湖南出現了有利於軍政府的形勢。28日，湖南各界公推譚浩明為湖南督軍，程潛為省長。至是，湖南局勢初定。覃振參與了組織政府事宜及與各方聯絡協商，於同日致電孫中山，告知湖南公推譚浩明兼任湖南督軍，程潛任湖南省長，會辦軍務，建議護法軍乘勝推進。 覃振電文如下： 孫大元帥鈞鑒：湘城自義軍到後，日就安寧，各界以軍民兩政主持無人，公推聯軍總司令譚浩明兼任湖南督軍，湖南總司令程潛任湖南省長會辦軍務。程省長業於敬日視事，譚督軍尚駐衡州，意存辭讓，已由各界公推代表歡迎，並分電敦勸即來就任，藉資維係。政務廳長已委易象，財政廳長已委林祖涵①，其餘機關亦將組織就緒。潰軍負隅嶽州，我軍已節節布置，待譚督就緒就職後，即當大舉撻伐。但國人習慣苟安，每由誤會調和，至無根本廓清之望，現段逆雖畏罪潛逃，而餘孽及據要津，不謀拔除，仍滋後患。懇大元帥力持正義，會商陸唐兩元帥，一致主張，俾得直搗巢穴，鞏固國基。葑蕘之獻，伏希采納。覃振叩。二十八日。①
覃振在通電中提出趁勝奪取嶽州，“大舉撻伐”，即主張利用大好時機與北軍決戰。他擔心桂、滇軍閥擁兵自守，不思進取。，應該說，覃振的擔憂，決不是空穴來風。
12月1日，軍政府策劃湖北陸軍第一師師長石星川於荊州宣布獨立；襄鄖鎮守使黎天才在襄陽宣布獨立。這時，南軍如果乘勝前進，可以擴大戰果。但是，陸、唐兩軍閥本來就為爭奪、保存地盤，與軍政府虛與委蛇。尤其以陸榮廷為首的桂係對北京政府采用聯係直係，反對皖係的策略。段內閣倒台後，桂係與馮國璋達成默契，與北軍劃界而守，按兵不動，避免與北軍決戰。譚浩明被推舉為督軍後，至12月18日才進入長沙，宣布廢除督軍、省長，隻設民政、財政、軍政三廳，直接受聯軍總司令指揮，同時下令停戰。譚浩明的舉措即所謂廢督設廳，實行“三廳製”，他的目的，是排擠革命黨人，把持權力。
從此，湖南軍事為桂係軍閥把持。
（四）湘西護法
譚浩明把持湘局，覃振無法與之對抗，便退回湘西，在常德等地聯絡田應詔，周則範、張學濟各支武裝力量，堅持孫中山的護法事業。同在湘西活動的楊思義在文中稱：“湘人以譚浩明，廢督設廳，誌在兼並，無不為之憤慨。但在長沙者，迫於淫威，不敢公開反對。而在湘西，則為桂係鞭長莫及。適覃振奉中山先生命，率領一些同誌到常德勞軍。我也在這時銜靖國聯軍唐繼堯命，到湘西與各軍取聯絡。大家談及廢督設廳的問題，無不為之義憤填膺。征訊田、周、張三總司令意見，也均表同感。因此，大家聯名通電，反對這種離奇的三廳製。”① 覃振除了聯絡當地武裝，發表通電，抵製譚浩明的“三廳製”之外，還按照孫中山的部署，協調各軍的關係，主持湘西諸軍改用靖國軍名號及支援荊襄等等。這些部署從1917年12月28日孫中山致章炳麟、唐繼堯、黎天才等人的電報即可明了。 孫中山給章炳麟的複電稱：“林德軒等起兵湘西，有兵二團，令其改用靖國軍名號。請告莫帥，轉飭前線將士，與之提挈為禱。”
同日給滇黔川軍閥唐繼堯等的電報為：“雲南唐元帥、貴陽劉督軍、重慶熊鎮守使鑒：湘中同誌林德軒、張學濟、周則範、胡漢，前承文令起兵湘西，德軒有兵三千，餘眾相若，集合於常澧，合之張周諸軍，計湘西有兩師以上。決計與荊石師聯絡。護法軍現令改稱靖國軍，以歸劃一，請轉告前線各將官，妥為聯絡，是所厚望。文。堪。” 致黎天才等電報為：“襄陽靖國聯軍黎總司令、荊州石總司令鑒：湘中同誌林德軒、張學濟、周則範、胡漢，前承文令起兵湘西，德軒有精兵三千餘人，餘眾相若，經集合於常澧等處，合之周、張諸軍，兵力甚厚。常、澧接鄰鄂境，足為貴軍之助，希妥為接洽，互相提挈，毋任切盼。文。堪。印。” 致劉建藩、林修梅電：“零陵劉鎮守使、長沙林旅長修梅鑒：湘中同誌林德軒、張學濟、周則範、胡漢，前承文命起兵湘西，各路合計有兵兩師，均屬慣戰之士，與兩公誼屬舊交，又為同誌，維持搡梓，須具同心。現擬進窺武漢，希妥為接洽，互相提挈，毋任切盼。文。堪。印。”② 從上述電報可以看出以下幾點：（一）林德軒、張學濟等是遵奉孫中山的命令起兵的。（二）湘西護法軍是按孫中山的命令改稱靖國軍的。（三）湘西護法軍要進軍武漢。（四）孫中山要求湘南護法軍與湘西諸將同心協力，互相提挈。