《始末》第二部分敘述明代史事，脫漏也很多。自洪武年間趙秩出使以後，記載鄭和、趙居任、俞士吉、望海堝之役、成化時楊守臣上疏、嘉靖二年寧波爭貢事件等史事，與《吾學編·四夷考》（或《續文獻通考·四裔考》）大體類似。在行文上，甚至直接抄錄。
比如在討論永樂年間趙居任出使時：（永樂二年）帝嘉其誠，遣通政使趙居任厚賜之。又給勘合百道，令十年一貢，每貢毋過二百人。船毋過二隻，限其貢物。若人船逾數，夾帶刀槍，並以寇論。這一條幾乎全數抄錄《吾學編》的行文：永樂二年使還，遣通政趙居任賜王冠服、文綺、金銀、古器、書畫。又給付勘合百道，令十年一貢，每貢正副使等毋過二百人，若貢非期人，船逾數，夾帶刀槍，並以寇論。進入明成化之後，《始末》的行文開始轉折。在敘述嘉靖時期倭寇猖獗的史實時，主要根據的或許是《籌海圖編》卷七的《寇蹤分合始末圖譜》、《嘉靖以來倭夷入寇總年表》。同時使用《籌海圖編》中所載的奏疏，討論貢舶貿易，但從敘事線索上仍然沿用《吾學編》的文字。如成化中楊守陳的上疏，《吾學編》僅僅錄其疏中關於倭寇暴行的部分：正統四年，寇大嵩，入桃渚。官庾民舍，焚劫一空，驅掠少壯，發掘墳墓。束嬰孩竿柱上，沃之沸湯，視其啼號拍手笑樂。捕得孕婦，忖度男女，刳視中否為勝負，飲酒荒淫，惡至有不可言者。積骸如陵，流血成川，城野蕭條，過者隕涕。薑宸英根據《籌海圖編》卷十二予以補全：以為倭賊僻在海島，其俗狙詐狠貪。……正統中來而得間，乃入桃渚，犯大嵩，燔倉庾，焚廬舍，賊殺蒸庶，積骸流血如陵穀。縛嬰兒於柱，沃之沸湯，視其啼號以為笑樂。剖孕婦之腹，賭決男女以飲酒，荒淫穢惡，至不忍言。吾民之少壯與其粟帛，席卷而歸巢穴，城野蕭條，過者隕涕。……竊以為宜降明詔，數其不恭之罪，示以不殺之仁，歸其貢物，而驅之出境，申命海道帥臣，益嚴守備，俟其複來，則草薙而禽獮之，俾無噍類。若是則奸謀沮息，威信並行，東南數千裏得安枕矣，守陳言不用。薑宸英在此節討論通貢、開市時所引用的唐樞、唐順之、鄭曉、鄭若曾的言論，都能在《籌海圖編》卷十二的“開互市”、“通貢道”兩節中予以找到。
由於《籌海圖編》於嘉靖四十年成書，《吾學編》於嘉靖四十五年成書，因此不會述及嘉靖之後的史實。薑宸英接下來的敘述便主要根據顧炎武《天下郡國利病書》。如：然近海之民，以海為命，故海不收者謂之海荒。其史源來源於方誌——萬曆《紹興府誌》：說者曰，海民生理，半年生計在田，半年生計在海，故稻不收者謂之田荒，魚不收者謂之海荒。又如：萬曆初，巡撫劉堯誨請舶稅充餉，歲以六千兩為額。史源當是張燮《東西洋考》“餉稅考”：萬曆三年，中丞劉堯誨請稅舶以充兵餉，歲額六千。《始末》敘述嘉靖以後事，尚有出自王在晉《海防纂要》者：至萬曆二年，浙江巡撫龐尚鵬奏請開海禁，謂私販日本一節，百法難防。原文作：萬曆初年，巡撫龐尚鵬請開海禁，準其納餉過洋。既裕足食之計，實寓弭盜之術。蓋市禁則商轉而為寇，市通則寇轉而為商，理固然也。惟私販日本，一節百法難防，不如因其勢而利導之，弛其禁而重其稅，又嚴其勾引之罪，譏其違禁之物。如此則賦歸於國，奸民亦何所利而為之哉？
3.第三部分
薑宸英在第二部分，主要列敘了前代眾人對於通貢、開市的意見。並且作出了“有貢則商舶宜禁，貢絕則商舶者適所以為中國利也，未見其害也”的判斷。所根據的史實是：自嘉靖末年，海患既平，貢使亦絕，以至於今。不聞其國之服食器用有缺，而必取資於中國也，亦不聞倭之日為患於中國如前也。正如上文所敘，薑宸英並不清楚日本列島上發生的朝代鼎革、形勢變遷。他所知道的隻是嘉靖時代倭寇平定之後，日本人不再來貢。不再“進貢”的理由，則被他簡單地歸納為“不聞其國之服食器用有缺，而必取資於中國也”。雖然究其實並不明了日本的“服食器用”具體情況怎樣，但這並不妨礙他下這樣的斷語。第三部分的開頭，薑宸英便敘述了他所知道的日本情況：日本酋長為眾所尊者曰天文。彼中故事，每遇閏年，則諸島富家，各輸貲於天文，請得勘合入貢。中國頒賜勘合貯肥後州亦有貯山陽道周防州者，所謂天文者是也。入寇者，即九州島島夷也。實則貿遷有無，以牟厚利。利勢在上，天文所欲者。後因奸民通販，加之假稱名號者，竊錄勘合，私通酋長，遂至往來無稽，而天文之利權下移矣。故私販者中國之所惡，而亦日本之所不樂者也。從史源上來看，所謂“天文王”、“肥後州”、“周防州”等等稱呼，應當與嘉靖年間胡宗憲遣蔣洲、陳可願傳諭日本有關。這一條可能依據的是《籌海圖編》卷十二“降宣諭”：照得倭夷諸島種類雖繁，部落相聯，亦有酋長。眾所尊者，號曰天文。其法最嚴，其威懾眾，一人為盜，一家盡滅。一島有犯，鄰島移平。即奉令勘合以時來貢者，彼中故事，每遇閏年，則諸島富倭，各出己貲，輸於天文，請得勘合，方來入貢。實則貿遷有無，以侔厚利。利權在上，天文所欲者，後因海禁廢弛，奸民通番，殷實之倭，徑自貿易，不請勘合。利權下移，天文所不樂者。加之徽賊王、徐、閩賊林、陳輩，假稱名號，竊錄勘合，妄具禮儀，私通酋長。遂至招呼益眾，往來無稽，天文所不知者。薑宸英於此不僅不知道“天文”並不是日本國君的統稱，而且並沒有意識到，他所敘述的日本國事，早已是百餘年前嘉靖年間的過眼雲煙。日本自天文二十四年以來發生的一切變化對於他來說都是雲裏霧中，因此麵對受到江戶幕府嚴格操縱的長崎貿易，他發出這樣的感慨：中國主其出入，而島人潛處，帖伏而不敢動……如今日使倭之片帆不複西指，視中國如天上焉。而吾民日取其有而轉輸之，於以仰佐縣官之急，充戍守之用，而私以自寬其民力於耕商之所不及。是則上饒而下給之道，奠安萬世之良策矣。他仍然把康熙時代的東海當做了嘉靖年間寇盜蜂起的東海，把康熙年間的日本幕府當做了互相紛爭的守護大名、戰國大名。他雖然看見了日本的“片帆不複西指”，卻並不知道這是德川幕府的鎖國政策所致，並且將這樣的情勢，歸結為日本人“視中國如天上焉。”
四、與明中葉、清初、晚清其他關於日本著作的對比
1.就內容而言：
如上文所言，《始末》是“海防誌”的附錄，是為了說明沿海“設城建堡”的緣由。因此薑宸英著重敘述的是朝貢、倭寇、貿易，而對於日中交流史事卻不大了然。薑宸英本人也並非對日本事務有特殊的關懷，更沒有這一方麵的知識積累，因此在文中屢屢出現係年的錯訛。
將《始末》與李言恭、郝傑《日本考》“朝貢”條、王世貞《弇州史料·倭誌》相比，雖然二書與《始末》敘述史實來源相同，但敘事的詳略卻無法比擬。如在敘述奝然入宋的史實時，《始末》僅有引用其詩句，而《日本考》卻幾乎搬運了《宋史》中絕大部分的內容。
《始末》與這些“專著”相比，敘事的重心也不盡相同，在諸正史的日本傳裏，最為受到廣泛注意的，是《三國誌》、《隋書》、《宋史》，而最不受注意的，恰恰是南北朝部分。三國時代的卑彌呼、壹與，隋代的國書“日出處天子致書日沒處天子”，《宋史》中的奝然，都是前代有關日本的著作所津津樂道的，會占去文章篇幅的大半。而《始末》中關於這些逸事的細節，卻隻有寥寥幾筆。又如敘述倭寇史時，《弇州史料·倭誌》起止明代，篇幅雖短，然而東南沿海的倭寇史實，就占去文章的絕大部分。相較而言，《始末》中的倭寇記載僅僅是為了說明“私販”的性質，甚至沒有敘述倭寇的平定過程。
總而言之，自從嘉靖倭寇猖獗以來，倭寇的入侵和東南沿海的經略便成為有關日本著作的中心話題。雖然敘事繁簡詳略不同，但是這個話題卻經久不衰。在時過境遷的清朝初年，“倭寇”這個過時的對手仍然是各類著作的假想敵。薑宸英寫作《始末》的目的，也正是為了鞏固東南海防，防備倭寇的入侵。同時代的《天下郡國利病書》、《海國聞見錄》當中，也都還會出現大量的倭寇話題——雖然，這個時代的中日交流的主題，已經轉換為保守而和平的“長崎貿易”。
2.從體例上看：
無論是官撰的《大明一統誌》、《大清一統誌》，還是私撰的《蒼霞草·日本誌》，其有關日本的部分，幾乎都發源於前代正史中的“日本傳”。因此各著作的核心，都是敘述中日交流史的史事。同時關於日本的記述曆代不斷沿襲，幾乎形成了一種特定的敘述方式：
在開篇敘述日本國號的來曆、敘述其地理情況、敘述其國王世係（就其史源而言，來源於《三國誌》、《宋史》）。
如《蒼霞草》所敘較為簡略：日本古倭奴國，在東海中。地分五畿七道三島，又附庸國百餘，大者五百裏，小者百裏，最強大桀黠。又如《大明一統誌》：古倭奴國，後改名日本。以近東海日出而名也。地環海，惟東北限大山，相傳有五畿七道三島，共一百十五州，統五百八十七郡，其小國數十，皆服屬焉。而在文章的最後，也常常專辟出門類，羅列日本的“貢物”和“風俗”，如《大清一統誌》。
這些特征在《始末》中完全無法找到，可見薑宸英並沒有采取當時通行的有關日本的著述幾乎都有的寫作慣例。文章與其說接近於正史的“誌”和“外國傳”不如說更像一篇夾帶些許駢儷的政論文。這也似乎是黃叔琳為之重編《湛園集》時，將《始末》的歸屬門類從“擬稿”改為“論”的原因。就整篇文章的邏輯結構而言，《始末》似乎還帶上了清代考據學的特征：整齊眾家雜語，以成一家之言，廣泛搜集材料，力圖辨證事實。這點從上舉的《始末》關於海道的考證和對於明代奏疏的歸納可以看出來，這樣的風氣也可以在後來姚文棟《日本國誌》和黃遵憲《日本國誌》中看到。
如果拋開《始末》這個有些異類的“日本傳”來看，從明中葉到清中葉的有關日本著作的體例都是相當整齊劃一的：敘述日本國的概況（國號、地理、世係），以時間順序排列“朝貢”和“出使”的事件，能夠給中國提供的“貢品”如何。無論是時間經緯還是事件始末，都是以中國作為“宗主國”的視角為基準點的。如各種史料中出現的日本“國王”（實際為幕府將軍）“源道義”、“源義政”、“源義澄”、“源義植”、“源義晴”等，他們之間的人物關係、世襲罔替沒有在任何一部著作中得以說明。同時日本本國的人丁、地產、風俗等並不受到士大夫們的關心，關於這方麵的記載自《宋史》外國傳以來就隻被沿用而沒有任何的更新。
3.從材料上看：
薑宸英使用的史料，除了前代正史之外，主要是私家著述：《籌海圖編》、《吾學編》、《天下郡國利病書》等。作為《明史》的修纂者之一，薑宸英卻似乎沒有使用史館中的《明實錄》。明代曆朝實錄，自萬曆年間流出民間，已經被多位晚明史家予以采用。定本《明史·日本傳》，便是建立在《實錄》的基礎之上。如敘述鄭和的史事時，薑宸英說：永樂二年，命太監鄭和從兵下西洋，日本先納款。獻犯邊倭二十餘人，即命治以其國之法，縛置甑中蒸死。這個表述，在《吾學編》、《籌海圖編》、《日本圖纂》、《弇州史料》等書中都有類似的記載，而在《明史·日本傳》裏鄭和便被刪去了：明年（永樂二年）十一月來賀冊立皇太子。時對馬、台岐諸島賊掠濱海居民，因諭其王捕之。王發兵盡殲其眾，縶其魁二十人，以三年十一月獻於朝，且修貢。……而還其所獻之人，令其國自治之。使者至寧波，盡置其人於甑，烝殺之。原因在於，《明實錄》中有關鄭和招諭海外諸國，係年在永樂三年，同時也沒有和日本相關的記載。