阿羅漢斷盡煩惱，但其異熟識體仍在，即能持舊有漏種，以致有根身壽命不斷，果報未盡。此乃用唯識宗說。唯識雲眼、耳、鼻、舌、身、意為六識，對此六識有所思唯有所意識則為第七末那識（mn），形成我執。而第八識阿賴耶識即是那個“我”，《攝論》卷一，所知依分第二之一說“或諸有情攝藏此識為自我故，是故說名阿賴耶識”，即是此意。玄奘《八識規矩頌》雲：此乃“受熏持種根身器，去後來先做主公”，便是說這個自我是受各種雜染所熏染而成的種子，而為身器之根，生之前死之後都不斷滅，因此果報也不斷。就雜染說，阿賴耶為一切因之果；就身命說，阿賴耶又為一切之因。故阿賴耶乃輪回果報的依據，“離此命根，眾同分等恒時相續勝異熟果不可得”。
依此言，阿賴耶識類似靈魂、靈魂不滅等觀念，但佛教不信靈魂，所以說是種子。阿羅漢雖斷盡煩惱，但種子仍在，就仍會有作用、有果報。隻有果報已盡，才能真正進入涅槃，蓋涅槃者：
“不受諸因緣，是名為涅槃。”（《中論·觀涅槃品》）
但我們知道，“本識及所生果不一不異”，斷果報，事實上就是斷阿賴耶。不斷阿賴耶，其異熟識體仍在，就不能入無餘涅槃（異熟識即阿賴耶識之別名）。可是要如何才能斷呢？智旭未說明，他隻講“直俟餘殘果報既盡”。
這就有幾個問題：一是種子識仍在，因仍在，果就不會消，仍會續起作用。如何想象它像電池一樣，用久了就電力越來越弱，終至停歇？二是種子識之作用及其果報，如何能斷？此處亦未指出吾人可以修持著力之法，似乎隻是等待，所謂“直俟”，待這顆電池日久自然殘餘電力既盡。三是斷阿賴耶才能入無餘涅槃，與“轉識成智”即能入無餘涅槃之說亦是不盡相符的。卷九《成論》原文說“由數修習無分別智，斷本識中二障粗重，故得轉舍依他起上遍計所執，及能轉得依他起中圓成實性，由轉煩惱得大涅槃，轉所知障，證無上覺”，顯然是說隻要能轉識成智，即能得涅槃，跟阿羅漢斷煩惱後仍不能得大涅槃之說並不相同。
智旭在這裏的注解是說：
煩惱所知二障種子，皆第八識之所執持；菩提涅槃二轉依果，亦第八識之所本具。由煩惱種，障大涅槃；由智障種，障無上覺。今二障分分轉舍，則二果分分轉證，可謂無始流轉，安樂妙常。唯此八識更非他物矣。性宗謂……“轉煩惱成菩提”，與此言“轉所知障，證無上覺”同也。
認為煩惱與菩提的種子都在第八識中，轉染得淨就可得涅槃。而且這種轉，他認為是和性宗“轉煩惱成菩提，轉生死成涅槃”一樣的，這樣解釋，就與上文所說有差了。
為何會有此參差呢？阿賴耶識本來就是個複雜的問題，智旭攪在這裏，當然也就不易清明。首先，依斷盡有漏種子才能進入涅槃之說，阿賴耶乃種子識，其性質當然應該是雜染的。它又稱藏識，謂種種我執所積藏，不斷受熏，名為種子，謂此藏識乃一切法之種子，隨時會發芽生出果來。阿羅漢“異熟識體仍在，能持舊有漏種”，說的就是這個道理。
攝論宗即依此而說阿賴耶識是雜染，轉識成智時必須要轉阿賴耶，才能由染得淨，《攝論》彼果智分第十一之一雲“轉阿賴耶識得法身”者，即是此義。阿賴耶識被視為凡夫性及煩惱之根本。慧遠《大乘義章》卷三引《楞伽阿跋多羅寶經》說：“如來之藏，為彼無始虛偽惡習所熏，名為藏識，生無明住地，與七識俱，如海波浪”者，亦指此。
可是阿賴耶識既是染汙種子，要轉化它，得靠什麼力量呢？
於是乃有其中一支另立第九識：阿摩羅識。謂此識為真如、為覺性、為無垢，靠這種覺性才能轉阿賴耶識得法身。