第二，《論語學案》的表述方式，是以太極“生”陰陽談起。而“生”的概念，是在《學言》中被劉宗周反對的表述方式。若說太極滋生、養生陰陽、四象乃至於天地萬物，表示太極或者在時間序列上，或者在邏輯次序上，必須先於萬物存在。如此一來，則與《學言》所說：“故道器可以上下言，不可以先後言”同上，第408頁。的概念相抵觸。所以上述《學言》引文明確反對周敦頤“太極生之（陰陽）”的說法。
第三，《學言》認為，如果以為太極生陰陽，則太極乃一實有之物。這樣就與前引《學言》內文：“故道其後起也。而求道者，輒求之未始有氣之先，以為道生氣。則道亦何物也，而能遂生氣乎·”相抵牾。《學言》反對在氣外另有一生氣之物，所謂的理、道，乃是氣本體中本具的氣化條理，因氣立而後寓。因此，《學言》認為《河圖》二氣“自相生”的看法是正確的，而周子的說法是對孔子的誤解。《論語學案》則直言：太極生陰陽。既然《論語學案》認為太極可以“生”物，表示《論語學案》認為太極就是一存在於萬物之前的另一存在之物，此物能化生萬物，所代生之萬物背後，均有一太極之理作為依據。這正是《學言》所反對的。
以下再舉一例。《學言》與《論語學案》都引過“天命流行，物與無妄”一句，但其說解方式則有不同：
天命流行，物與無妄，天之道也。人得之以為性。天不離人，人不離形。推之日用、動靜，以至綱常倫理之大，溲渤瓦礫之小，無往而非性，則無往而非天道。性者道之本然，而天道即其自然者也。［明］劉宗周：《論語學案》，《劉宗周全集》（一），第328頁。
“天命流行，物與無妄”，言實有此流行之命，而物物賦畀之，非流行之外，別有個無妄之理也。［明］劉宗周：《學言中》，《劉宗周全集》（二），第410頁—411頁。
《學言》認為“天命流行，物與無妄”在說明，宇宙氣化生成萬物，在此流行之中萬物各有其稟賦。流行之命呈顯於事事物物之中，透過功夫，可以在此事事物物之中可以看到“理”，並不是在氣化流行之外，另外有一個無妄的真理存在。仍是強調理不在氣外。
《論語學案》則反其道而行，他說“天命流行，物與無妄”，就是“天之道”，這種想法是把“天之道”單獨提點出來，成為一個獨立的概念。下文“人得之以為性”，以“天道”為人所“得”之物，則更是把“天道”視為與“人”對言的概念。好像在“人”的概念產生之前，已經先有一個“有物先天地生”的天道存在，此天道在人們所存在的這個世界，無時無刻、無所不在的起著作用，因此天道雖然無形跡可考察，視之不可見，聽之不可聞，但人們可以在日用動靜、綱常倫理、溲渤瓦礫之中看到天道的作用。《論語學案》顯然有天道本體的概念，再由天道流行在事事物物之間，看到事事物物存在之根源，而其根源便是道，便是性。
《學言》強調由氣化流行中見天命流行之真實無妄，《論語學案》則是由天道之流行，看到事事物物得此天道以為性，乃知性乃天道之所命於人物者，故知性乃真實無妄之存在。其說解方式差異甚大。
三、《論語學案》不可證成“氣即理”
依上述可知《論語學案》與《學言》對理（或稱道、或稱太極）氣關係的說解方式實有不同。尤其《論語學案》顯然仍保有“有物先天地生”的概念，至少在描述宇宙生成的過程，以及事事物物具體存在的世界時，“道”仍占有優位性。不過《論語學案》也曾被引用以證明劉宗周理氣渾一、形上形下渾倫而不可分的思想，似乎《論語學案》也有證成此義的可能性。接下來本節要針對此一部分，作一說明。《論語學案》有雲：
形而上者謂之道。道不可言，其可言者皆形下者也。雖形下者，而形上者即在其中，故聖人之教莫非下，亦莫非上也，……雖居處恭、執事敬，亦上也。［明］劉宗周：《論語學案》，《劉宗周全集》（一），第351頁。
這段文字看似可用以說明形上、形下渾倫，一體圓融的概念，因為他說“雖形下者，而形上者即在其中。”似乎說明了道、器二者乃一體兩麵，渾然為一斷不可分。如陳立驤博士論文《劉蕺山哲學思想研究》就如此理解這段文獻：
這很明確地告訴我們：形上之“道”與形下之“器”，根本就是一體渾融地存在與呈現的，它們所指相同，而稱謂不同，乃是一體之兩麵。我們若僅從聖人之“教”的外在麵與儀式麵來看……它們都是形下的、有形可見、可感的“器”或“物”，但若我們能善觀、善學、善體聖人之“教”，則這些形下的、有形可見的、可感的“器”或“物”，它們可說是全部都涵蘊著無限的價值與意義。陳立驤：《劉蕺山哲學思想研究》，台南：成功大學中國文學研究所博士論文，2003年，第68頁。
陳立驤的解讀方式固然可以解通這段文獻，但是若以朱熹的理氣“不離不雜”、“理先氣後”之思想來看待這段文獻，亦可解通。因為這段文字隻描述了：形而上之道不可言說，可以言說的均是形而下之器；而形下之器裏，一定有形上之理存在。就字麵意義而言，也可以說這段文獻與朱熹所說的“及此氣之聚，則理亦在焉……隻此氣凝聚處，理便在其中”［宋］朱熹：《朱子語類》（一），北京：中華書局，1994年版，第3頁。意義相符。而且朱熹也說：“天下未有無理之氣，亦未有無氣之理。氣以成形，而理亦賦焉。”同上，第2頁。
就描述的方式而言，與上述所引《論語學案》若合符節，都表現出理在氣中，理氣不離的概念。當然，相同的描述語，可能來自不同的理論架構，代表完全不同的概念。並非因為《論語學案》與朱熹使用類似的描述語，就證明了兩者具有相同的理氣觀。但《論語學案》這段文字，的確具有兩種以上的理解方式。若先對劉宗周的義理有一個既定的想法，再以此想法看待《論語學案》的內容，就可能局限了解讀《論語學案》的視野，造成理解上的錯誤。因此應先放棄所有對劉宗周思想的既有了解，專心考察《論語學案》的內容。
另外，《論語學案》另外兩個段落也很容易引起誤解。其原文如下：
命即天道之流行，而付與物者。一氣流行，而理在其中。隻是一個，更無氣數、義理之別。言太極則有陰陽，言陰陽則有變化，而盈天地間，平陂往複之數該於此矣。變變化化，遊於無窮，方見太極之妙。人與天地萬物同遊無窮之中，小之日用動靜，大之進退存亡，莫非命也。故曰：“莫之為而為者天也，莫之致而至者命也。”莫之為而為，莫之致而至，即陰陽不測之神也。然則學不窺神化之奧，不足以言知命矣。［明］劉宗周：《論語學案》，《劉宗周全集》（一），第555頁。
命隻是氣數之命，氣數之命即義理之命。同上，第279頁。
所謂“隻是一個，更無氣數、義理之別”，其意義似乎與“而陰陽太極隻是一事”［明］劉宗周：《學言上》，《劉宗周全集》（二），第378頁。相通。而“一氣流行，而理在其中”，似與“有是氣則有是理”之義理相符。不過回到這段文獻的語脈來看，則知兩者不同。此文原是解釋“不知命，無以為君子也”中“命”的意涵。《論語學案》認為，命就是運轉流行之天道落在人物身上。落在人物身上的“命”，沒有氣數、義理之別，它隻能是一個，因為那是太極之理的來往變化。
天道流行，化生萬物，物物所受之命，因其中已蘊含太極之神妙作用，蘊含了天理於其中，故可稱為義理之命；因太極之理落實在具體的物物之上，萬物在其有限的生命中呈顯了氣化後的千差萬別，故又可稱為氣數之命。氣數之命，與下節所要討論的“氣質之命”並不是相同的概念。“氣質之命”在《論語學案》乃為一駁雜不純之存在，極有可能處在不合天道之狀態，因此需要被轉換。而“氣數之命”乃天之所命，既是天之所命，則表麵上看起來有好壞之別，實際上是天道的一部分，故不可改變，隻能順受。因此《論語學案》說：“氣數之命即義理之命。”
《論語學案》對“命”下的定義是：天道流行而賦於物者。這樣的定義，必然先預設一個先於萬物存在之本體，才能談由此本體“付予”萬物之“命”。因此，《論語學案》講氣數之命即義理之命，不能放在“理隻是氣之理”的脈絡下來理解。反而以朱熹所說的“人物之生，吉凶禍福，皆天所命。然惟莫之致而至者，乃為正命，故君子修身以俟之，所以順受乎此也。”[宋]朱熹：《四書章句集注》，台北，鵝湖出版社，1984年版，第349頁—350頁。來理解較為貼切。人物的吉凶禍福，皆是天之所命，然而人人稟受不同，無法求則得之。