窺基（632-682），又稱靈基、乘基、大乘基，俗姓尉遲，字洪道，朔州善陽（今山西省朔州市）人，後居長安（今陝西省西安市）。生於唐太宗貞觀六年（632）。父親尉遲敬宗，曾任“六軍卿胄之職”，唐時任左金吾將軍、鬆州都督，受封為江油縣開國公。母親河東裴氏。祖父尉遲羅迦為隋代州（今山西省代縣）西鎮將，受封寧國公。伯父是唐代開國功臣鄂國公尉遲敬德（585-658）。敬德戰功卓著，在“玄武門之變”中，又立下“安社稷之功”，唐太宗論功行賞稱，“敬德與長孫無忌為第一”，圖形淩煙閣。
窺基出身顯赫的武將之家。《宋高僧傳》中說，從小與“群兒弗類，數方誦習，神晤精爽”。窺基稟性聰慧，少習儒書，善屬文，凡經史皆一覽無遺。相貌端莊，體態魁偉，言行豪邁不群。當他9歲時，母親去世，幼小的心靈上留下了不滅的創傷。失去了母愛的他常常感到十分孤單，漸漸疏遠了浮俗。他家的一些變故，讓他看到了世態炎涼，人世無常，對追求功名地位產生了厭惡之情。窺基的伯父尉遲恭為人訐直，負功驕傲，每見長孫無忌、房玄齡、杜如晦等人的缺點錯誤時，總是公開批評，結果和這些老朋友的關係惡化。不久，他便離開京城出任地方官。他地位下降，對朝政不滿。一次，唐太宗在慶善宮設宴招待群臣，他見有人坐於自己上首，就怒氣衝衝地責問那人：“汝有何功，合坐我上？”任城王李道宗位在尉遲恭之下，便解釋說，當年我勸你歸唐時，也曾位居你上，現在不是也位在你下嗎？尉遲恭聽了這話勃然大怒，便揮拳毆打李道宗，幾乎打傷眼睛，唐太宗見此非常不悅。他由此失寵，被排出京城，至晚年“篤信仙方，飛煉金石，服食雲母粉，穿築池台”，“不與外人交往，凡十六年”。窺基對此頗生感慨，很早便有了出家修道的誌向。唐貞觀十九年（645），玄奘從印度留學歸國，並帶回大量經典，回到長安後，開始翻譯經典，同時還選拔優秀人才共同從事譯經事業。一天，偶然在路上遇見了窺基，見其眉清目秀，舉止超凡，便想度他出家為弟子，隨即就親自和他的父親商量，得其允許。貞觀二十二年（648）在他17歲時，在玄奘的請求下，窺基正式舍家依玄奘剃度。先住弘福寺，同年十二月大慈恩寺建成，隨玄奘遷入，躬事奘師，學習五印度文，以及佛教知識，憑著他那聰慧過人的才智，再加上精勤刻苦的鑽研，沒幾年就通曉梵語、領悟佛教義理，深受僧俗讚歎。窺基22歲時，高宗“特旨度基沙彌為大僧”。25歲時，他奉詔跟從玄奘翻譯佛典。窺基“聰慧穎脫”，能夠“解紛開結，統綜條然”，“凡百犍度跋渠，一覽無差，寧勞再憶”，“聞見者無不歎服”，而且在隨侍奘師參加譯場之後，又能一麵隨翻受旨，當任筆受；一麵隨侍受業，聽講新論，遇有疑難，隨時請示，多聞第一，切問近思。窺基博聞強記，悟性極高，所以他學業優異，筆受卓著，深得奘師厚愛與器重。從此，他一直跟著玄奘參加慈恩、西明、玉華等寺的譯場，隨從受業。28歲時參譯《成唯識論》並作述記，詳加解釋。又從玄奘學因明學。龍朔元年（661），玄奘主譯《辨中邊論》、《辨中邊論頌》、《二十唯識論》，後譯《異部宗輪論》、《阿毗達摩界身足論》等，窺基為筆受，除《阿毗達摩界身足論》外，都作了述記。
關於窺基出家，《宋高僧傳·窺基傳》記載說：玄奘在長安街上碰見了窺基這個“眉清目朗，舉措疏略”的英俊少年，脫口自語：“將家之種，不謬也。脫或因緣，相扣度為弟子，則吾法有寄矣！”於是，玄奘便去跟窺基父親商量，敬宗說：“伊類粗悍，哪勝教詔？”奘師說：“此子器度，非將軍不生，非某不識！”敬宗然諾。但窺基畢竟是豪門公子，生活優裕，不願出家。後經玄奘再三激勉，窺基提出三個條件：“不斷情欲、葷血、過中食”，並獲同意，方才出家。玄奘善權方便，先以欲勾牽，破戒允諾。窺基做了法師，車駕出門，“前乘經論箱帙，中乘自禦，後乘家妓、女仆、食饌”，所以有些人就稱他為“三車和尚”。對於“三車和尚”的說法，傳記作者讚寧說：“基自序雲‘九歲丁艱，漸疏浮俗’。若然者，三車之說，乃厚誣也。”呂澂《中國佛學源流略講》中說：窺基“在晚年講《法華經》，和天台家有了正麵衝突，以致他對於經喻三車為實的解釋，也被論敵們歪曲了來誣蔑他為三車法師。這是說他外出的時候有飲食、女眷的後乘相隨，完全不守清規；其實不是這一回事。”《釋氏稽古略》提及時人稱其學派為“三車法相顯理宗慈恩教”，可見“三車”當指他在法華觀上主張的“三車說”。
麟德元年（664），玄奘圓寂，譯經事業中止。窺基由玉華寺扶柩回到長安，住錫慈恩寺，專事撰述。以後曾有一段時間，在他的祖籍附近遊曆，從事弘化。窺基離開長安，到達太原、五台山以及定州。窺基《說無垢稱經疏》後記中說：“基以鹹亨三年十二月二十七日，曾不披讀古德章疏，遂被並州太原縣平等寺諸德迫講舊經……又以五年七月，遊至幽明薊地，更講舊經，方得重覽。文雖疏而義密，詞雖淺而理深，但以時序怱迫，不果周委言。今經文不同之處，略並敘之，諸德幸留心而覽也。”此文明確說，窺基於鹹亨三年（672）在今太原平等寺宣講鳩摩羅什翻譯的《維摩詰經》，鹹亨五年則在今河北保定宣說《無垢稱經》。