前麵說過，窺基法師是唯識宗的實際創始人。唯識宗是佛教中許多派別之一。佛教的唯一目的是解決人生痛苦。但是，人是宇宙萬物之一，因此，要解決人生痛苦，就得先研究宇宙之所以成立及人生之所以存在，然後再進一步研究宇宙與人生的關係，方可找到解決人生痛苦的方法。由於這三重工作極其複雜，所以觀察的立場、觀點、方法即有不同，於是就產生了許多不同的派別。唯識宗的這個“唯”字，具有三種意思：一是簡持義，二是決定義，三是獨勝義。言簡持者，是簡棄外境，持取內心。換句話說，就是站在唯識的立場上，心境隻是一個事物的兩個方麵，這兩個方麵相倚並存，劈不破，掰不開。如此的心境就是內心內境，即自己認識自己。否則，離心取境，或離境覓心，就是將心分成了孤立的兩片，這樣就解決不了自己的痛苦。唯識認為自己的痛苦是自己主觀上的迷惘，於實際是不存在的。所以說，簡棄外境是破“有見”的，持取內心是破“空見”的。“空”、“有”隻是兩個抽象概念，不一定能與“實事”、“實理”符合，因此，我們要破除這個自纏自縛的見網。決定義者，就是說，真理與事實本來就是融合無間的，它們既不是分開的，也不是離我們太遠、太高的，就是在我們的日常生活之中，正如《中庸》所說：“道不遠人”，“不可須臾離也。”《五燈會元》卷十二載：“僧問穀泉禪師：‘不知客來用什麼招待，’師答：‘雲門餬餅趙州茶。’”意思是佛法就在平常日用之間，即日用即道。獨勝義者，這是說，在五位百法之中，識是最重要的高知成分，是我們解除煩惱、改善個人和社會生活的關鍵。故言“唯識”，絕不是說“唯識”獨真，餘法如幻影泡沫。他隻是強調知識是改善我們生活的先決條件而已。
唯識論認為，宇宙萬物的構成可以歸納為百種元素，名曰百法；百法又可分為五類，名曰五位。這五位百法就是我們實際生活中的元素。其中，第一位是心法，它包括眼、耳、鼻、舌、身等五識，合稱前五識。它相當於我們通常說的感覺認識。而第六是意識，意識能思想事理，相當於我們通常說的綜合感覺所形成的知覺，即概念上的知識。這六識顯而易見，佛教的大小乘諸派、印度哲學、中國哲學，乃至西方哲學都是如此解釋。但對小乘來說，因為它不管宇宙萬物的真實存在，也不管他人的行為造作，而隻是在自己的心意識上下功夫，但求眼不見色，耳不聞聲，鼻不嗅香，舌不嚐味，身不感覺觸摩，意不思想宇宙萬法，久而久之，六根退化，六識不起，達到了“灰身滅智”的所謂“涅槃”境界。上述這幾種解釋，都不是唯識哲學的精奧。但對大乘佛教特別是唯識宗來說，它不僅要研究宇宙的本原，更要探索人生的本原，所以，它首先要研究識的由來。唯識宗認為，眼根、耳根、鼻根、舌根、身根都有一種攀緣取相的作用，而色境、聲境、香境、味境、觸境都有一種引誘迷妄的作用。因此，根境和合，便產生了眼、耳、鼻、舌、身等五識。而第六意識呢？就是對前五識所得事物之理，即法境，進行想像、推理、判斷和思維，即思量辨別，是前五識的共同依據。因此，唯識界說，識就是“了別”。第七識叫末那識，梵文為Manas，意譯為意。其自相和行相是“恒審思量”，即不停動地起思慮作用。其特點是：我們通常說的“自我”——“私我”即“私心”。是萬惡之源。所以要通過一定的修行達到轉依位時，就變成了“恒審思量”、“無我相”，即去掉了“我見”，成了“無我”，即我們通常說的“公心”。但又以其具有“恒審思量”的特點，故不同於時有中斷的第六識意識。所以，我們通常把它視為潛在的自我意識。第八識，叫阿賴耶識，梵文為Alagvijnawa，意譯為“藏識”、“無沒識”，別稱“阿陀那識”、“種子識”、“異熟識”等。所謂“藏識”，就是說它含藏著諸法種子；所謂“無沒識”，就是說它執持著諸法種子不失，是宇宙萬法之本原。所謂異熟識，就是說它能按照前世所作善惡等行為（業），引生出後世的相應報應，保證其精神主體永恒相續，並以不同的形體和身份生於特定的環境。阿賴耶識具有三種功能，一是能持諸法種子（能藏），二是受熏形成新種子（所藏），三是由第七識執為自我（執藏）。這就是說，阿賴耶識由其前七識的雜染熏習構成種子，此中的“熏習”為因，“種子”為果；而阿賴耶識的種子又能生起前七識的雜染現行，此中的“種子”為因，現行為“果”。這種互為因果、連續不斷的識體，使一般人認為它就是“內我”（靈魂），故此識被認為是物質世界和自我的本原、輪回果報的精神主體和世間證得涅槃的依據。可見，在唯識哲學看來，識外無境，識是第一性的，故名“唯識”。
上述心法的主要成分是知識，那麼，心所有法如何呢？心所有法分為六位，它們分別是：遍行五法、別境五法、善十一法、煩惱六法、隨煩惱二十法、不定四法，總計五十一法。其中，十一個善心所、六個根本煩惱和二十個隨煩惱及遍行中的作意、受、思、想、別境中的欲、不定中的惡作等，其主成分是“情”與“意”。八個心法和五十一個心所有法都是對人的心理活動的說明。一切法的本性都是真實的常住的，這就是真實不妄的沒有生住異滅變化的無為法，即終極真理，亦名絕對真理。總之，唯識所說的五位百法是對宇宙人生所有諸法的概括總結，諸法平等，相互牽涉，如《華嚴經》說的帝釋網。但唯識哲學是以知識來統攝五位百法的，是人為的思想體係。
1.五重唯識觀
五重唯識觀為窺基所創，是他對唯識學說的重要貢獻。以其是說明觀“三性”的順序和方法，所以，首先要闡述一下“觀”和“三性”之說。
觀，指在佛教“正智”指導下對特定對象或義理的觀察思維活動，就是眾生主體以佛教智慧觀察世界，觀照真理，主體的心靈直覺契入所觀對象，並與之冥合，達到主客能所無所分別，這就是觀。觀是智慧的一種觀照作用，是一種冥想，即直觀、直覺。直覺是人類的一種普遍的心理現象，即一種不需要經過分析、推理，而對客體直接洞察、完整把握的認識能力和思維方式。通常說來，佛教之觀不同於我們認識上的感性、理性活動，也不同於我們通常說的分判、理解。它觀的對象為心、法、佛等等。觀心就是觀照主體自身的精神。以心有本質和現象之別，所以觀心又分為觀現象之心和觀本質之心。“法”，泛指一切存在。觀法就是觀照一切存在的不同現象與真實本性。佛教十分重視對法的現觀，也就是說，運用智慧對現前之境加以直觀。對佛教的般若學來說，它非常注重觀照對象的普遍、絕對的真實本性——空。觀佛是心上升起對佛的念想，專心念想佛身的相好莊嚴和佛的無量功德，以進入沉思冥想的境地——佛境。由於所觀對象的不同，觀的類型、層次的不同，所以，在各種觀法中，我國佛教比較重視內觀，即以自省來觀照的。內觀就是觀照內觀者自身，自己觀照自心的本性。中國佛教也重視觀空。觀空的方法很多，主要是縱觀事物的前後延續和橫觀事物的彼此依存及直觀事物的當下體性——空。於此，對於唯識來說，其觀是以別境中的慧心所為自性的。那麼，何為慧呢？窺基在其《大乘百法明門論解》卷上說：“言慧者，於所觀境，簡擇為性，斷疑為業。謂觀得失俱非境中，由慧推求，得決定故。”這是說，以慧有斷疑簡濫擇正的作用，所以要用它來觀察諸法三性，悟得“唯識無境”之真理。換言之，我們現前的身心世界，俱為所觀之境。身心世界的起源本質，活動的規律後果等等，我們都應該精密觀察，透徹觀照；以便明辨染淨，知所修斷。因此說，觀是我們修行的最珍貴的儀器，也是我們轉迷啟悟、轉凡成聖的法寶，還是我們不用花錢自有的用之不竭的靈泉。
三自性說：存在的三種形態
印度佛教的瑜伽行派相當重視對諸法現象的探討。此派的三自性說就是關於諸法的三種形態或三種存在層次的理論。
三自性是印度瑜伽行派和法相宗宗教理論體係的中心觀念，是指遍計所執性、依他起性和圓成實性，也稱三自相，簡稱三性、三相。《成唯識論》卷八概括總結說：
三種自性，皆不遠離心、心所法。謂心、心所及所變現，眾緣生故，如幻事非有似有，狂惑愚夫：一切皆名依他起性；愚夫於此橫執我法、有無、一異、俱不俱等，為空華等性相都無：一切皆名遍計所執；依他起上，彼所妄執我、法俱空，此空所顯識等真性名圓成實。是故此三不離心等。
總之，三自性是心的三種層次（實際是染淨二層，依他起無染淨之別）的活動，是心的染淨活動而引生的種種存在的不同表現。心識通過變現而貫徹於依他起中，從而使現象和本體統一。同時，三自性說以圓成實性的真如為真實本性，以依他起的諸法為事相，從而又使現象與本體處於相互對立之中。
五重唯識觀，又名五重唯識。法相宗為了確立宇宙萬法都是“唯識所變”的宗旨，遂提出了觀想“唯識”之理的五個層次或五種觀點。窺基在其《大乘法苑義林章》卷一《唯識義林》第三中說：
一、遣虛存實識，二、舍濫留存識，三、攝末歸本識，四、隱劣顯勝識，五、遣相證性識。
第一重唯識觀：遣虛存實識，遣謂遮遣，意為否定；存謂詮表，意為肯定。用什麼來遮詮呢？能觀之慧。觀什麼呢？所觀之境，即唯識三自性：遍計所執自性、依他起自性和圓成實自性。《唯識三十頌》解釋“遍計所執自性”曰：“由彼彼遍計、遍計種種物；此遍計所執，自性無所有。”在僅僅的20個字中，就有三個遍計，初一為名詞，次一為動詞，第三是承接一、二說的。初一遍計是指主觀上的情見，我們就是拿著這個不正確的情見來應付生活，逐境應緣，故言“彼彼”。當我們拿這“彼彼遍計”來遍計景物時，就產生了絕緣孤立的堅固不變的“實我”、“實法”的“種種物”。這個“實我”、“實法”的“種種物”的自性，都是主觀上情執裏麵的幻影，是虛妄的“無所有”的，故須遣去遍計所執性的虛妄幻緣。
《唯識三十頌》解釋“依他起自性”認為，宇宙萬物中，沒有一件是絕緣孤立的凝固不變的事物，都是“因緣所生法，我說即是空。”這性空之真理就是我們生活的實相。
《唯識三十頌》解釋“圓成實自性”時說：“圓成實於彼，常遠離前性。”這裏的“彼”是指“依他起自性”，即性空之真理。全麵貫徹依他起法，就謂之“圓”；真理是本身具有的永恒存在，故曰“成”；真理是真空不虛的不可改變的道理，故曰“實”。可見，“圓成實”是對真理的絕妙描述，或者說“圓成實自性”就是真理的代名詞。總之，因為“依他起自性”和“圓成實自性”是諸法之體相和實性，以其為真實，故名“存實識”中的“存實”。所以，“依他起自性”和“圓成實自性”要留存之。
佛教認為，識謂了別。了別，分為能了別和所了別。能了別就是唯識宗說的見分，見分即心；所了別就是唯識宗說的相分，相分即境。
據實說來，宇宙萬物，歸納起來，不外是“能了別的心”和“所了別的境”。它們都不是孤立的單純的存在，都是緣生的。緣起性空就是我們生活的實相。
第二重唯識觀：舍濫留純識，在第一重唯識觀時，依他起之事與圓成實之理都不離識，且“心”、“境”都是待緣而生，相依並存的，即心與境、境與心是平列的。為什麼要偏偏成立唯識呢？《成唯識論》答曰：“識唯內有，境亦通外，恐濫外故，但言唯識。”由依他起和圓成實所成之境雖不離識，但與內識中有的客觀之境（相分）相較，前者為心外之境，後者則為心內之境，“以識唯內有，境亦通外”，為恐相分之內境與心外之境混淆，無法得到正觀，故須舍境留心。這裏的境是指心外之境，心是指具有相分和見分、自證分之識，故稱純識。此為第二重唯識觀。
第三重唯識觀：攝末歸本識，第二重唯識觀舍離了與心境相對的濫境，留下了具有相分、見分和自證分的心識。以識有體用、本末之分，離體無用，離本無末，故要攝末歸本識，渾然一體。
第四重唯識觀：隱劣顯勝識，識之自體為心王和心所，而心王和心所的自體，雖然都能變現見分和相分為能緣和所緣，但因心所為心王的伴屬，作用較劣，故須隱劣之心所彰顯優勝之心王。前麵講過，心王，亦即知也；心所，亦即情與意也。知、情、意三者，是人人本來就具有的，而且是渾然一體的。從佛教人人都有佛性的觀點看來，世間沒有一個人是無知無情無意的。第四重唯識觀告訴我們要“隱劣顯勝識”，就是要我們重視理智，不要盲目地被情與意驅使，更不要像某些人說的佛教是扼殺情欲的。那麼，怎麼辦呢？這裏說“隱”，隱就是不要顯露。為此，就要用理智來洗練情欲，用戒律來節製情欲，用法律來製止縱欲。因為情欲是人與生俱來的，扼殺不了的，況且它還有積極的一麵，如果運用恰當，將會是人生智慧幸福財富的源泉，也是推動社會進步的動力。誠如了亢居士所言：“我人之智，即佛大智；情，即佛大悲；意，即佛大雄大力。佛，即是憑著我們這些珍寶成的。我們沒有這些珍寶，也就休想成佛。”
第五重唯識觀：遣相證性識，在第四重唯識觀中，雖已顯存心王，但心王有了事理即相性之別。其識相為事用之依他起性，識性為理體之圓成實性。因此，乃須遣去依他起之相用。但是，有人認為依他起是緣起法，“緣起如幻，本自無相可遣”，其實不然，誠如呂澂先生在《慈恩宗》一文中說：“此處說遣相證性，並不同於舊譯家（真諦、菩提流支等）所言遣除一切依他起的現象，而隻是伏斷依他起（染分）法的知解分別。從前陳那的《掌中論》裏，曾依據《攝大乘論》所說作了一個很精彩的頌：‘於繩作蛇解，見繩知境無，若了彼（繩）分（麻）時，知（繩知）如繩解謬。’這就是觀中伏斷依他起法知解的扼要說明。依他知解既斷，所緣染相自然不會當情而現。不過這還是觀中境界，應該再聯係到踐行，明對治法門，逐漸引生，鞏固種種淨法（即依他起法的淨分），代替染法的地位，這才得著轉依的實效，而圓滿唯識的理行。”《唯識三十頌》裏解釋圓成實性那第二十五頌：“此諸法勝義，亦即是真如，常如其性故，即唯識實性。”這就點明了圓成實性就是“唯識”之義。
總之，唯識五重觀之第一重觀是總觀，其餘四觀是別觀。前者就是見道之前的修法，後者就是見道之後的修法。如此逐層刊定，指出了觀法的樞紐所在，可說是很切實的。
2.四重二諦
四重二諦是佛教的基本教義之一。它有兩種：一是三論宗創始人吉藏所開的四重真、俗二諦，二是窺基所開的四種勝義諦和四種世俗諦合成的四重二諦。
二諦原為古印度婆羅門教的用語，後來佛教把它沿用下來。它是指真諦與俗諦，即真俗二諦。諦，謂其實不虛之理。真諦，又稱勝義諦，或第一義諦；俗諦，又稱世俗諦，或稱世諦。真諦，謂出世間之真理；俗諦，謂世間之真理。二諦之義於大小乘諸經論所下定義也不盡相同。現就小乘、大乘概括於下：
小乘有部認為，凡是把複合的、可以分解的對象視為真實存在的認識，稱為世俗諦；而把單一的、不可分解的對象也視為真實存在的認識，則稱為勝義諦。如瓶、衣等物，其外形、狀態一旦毀壞，就再也不能稱其為瓶、衣等名。又如水、火等，若以勝慧分析，即成為“色、香、味”等各種元素，也再不能稱其為水、火等名。凡此，給予假名（施設有），而為世間一般常識所認可者，稱為世俗諦。換句話說，我們通常那世間的道理就是世俗諦。對上述色、香、味等構成萬物存在的元素來說，其形態縱然碎至極微（很小很小），或以勝慧再分析之，其本質也是恒常不變的存在，故被視為出世間的佛教真理，稱為勝義諦。佛教那出世間的道理就是勝義諦。
大乘中觀學派認為，因緣所生諸法，自性皆空，世人不懂這個道理，誤以為真實。這種世俗以為正確的道理，就謂之俗諦。佛教認為世俗認識是虛妄不實的、顛倒的，而它所懂得的“緣起性空”之道理才是真實不虛的，此種道理即是真諦。空是事物之體，體會產生作用，而這個作用所顯現的事物，就是我們所施設的假名言說，就稱為俗諦。要認識真諦，還得通過這個所施設的假名言說即俗諦來實現。總之，對大乘佛教來說，它是要借用“二諦”來調和世間和出世間的對立，在斷定世俗世界和世俗認識的虛幻性同時，還要肯定它們認識的真實性，為佛教深入世俗生活提供理論依據。將此真俗二諦聯係起來觀察事物，就是佛教說的中道、中觀。這是大乘佛教最基本的原則和方法。
窺基繼承了前麵說的瑜伽行派的二諦學說，綜合了《瑜伽師地論》卷64、《顯揚聖教論》卷6所說四種世俗和《成唯識論》卷9所說四種勝義的名稱和義理，在其著的《大乘法苑義林章》卷2《二諦義》中全麵論述了四重二諦說。他說：
瑜伽、唯識二各有四：一世俗諦，亦名隱顯諦，二勝義諦，舊名第一義諦，亦名真諦。列別名者，今明二諦有無體異，事理義殊，淺深不同，詮旨各別。故於二諦各有四重：亦名名事二諦、事理二諦、淺深二諦、詮旨二諦。世俗諦四名者：一世間世俗諦，亦名有名無實諦；二是道理世俗諦，亦名隨事差別諦；三證得世俗諦，亦名方便安立諦；四勝義世俗諦，亦名假名非安立諦。勝義諦四名者：一世間勝義諦，亦名體用顯現諦；二是理勝義諦，亦名因果差別諦；三證得勝義諦，亦名依門顯實諦；四勝義勝義諦，亦名廢詮談旨諦。
這四重真俗二諦的內涵有一定的交叉，具有一定的對應關係。
窺基對上述四重二諦進行了深入細致地探討和解說，最後他強調說：“世謂隱覆，可毀壞義；俗謂顯現，隨世流義。世俗諦理應名隱顯諦，隱覆空理，有相顯現，如結手巾為兔等物，隱本手巾，兔相顯現。”這是說，世俗諦是隱覆真理，顯現有相，為把手巾結為兔子，就把本來的手巾掩蔽了，而顯現出了兔子的相貌。然有無不虛，即稱為諦。勝義諦是“前之三種名安立勝義，第四一種非安立勝義”。這是說，勝義有境界和道理兩重意義，前三種是殊勝智慧認識真理的境界，第四種是廢詮談旨的依道理所立之義。又因其是理事不謬，故稱為諦。這是窺基法師對於四重世俗諦和四重勝義諦各自關係的總結。在四重二諦的內容上，其中四個世俗諦中的道理世俗諦、證得世俗諦、勝義世俗諦和對應的四個勝義諦中的世間勝義諦、道理勝義諦、證得勝義諦是同一的，隻是從真俗兩麵觀照而有所區別。至於四個世俗諦中的世間世俗諦和四個勝義諦中的勝義勝義諦，則是前者為“唯俗非真”，後者為“唯真非俗”。這就是說，在四重二諦中，既有真俗相對區別之義，又有真俗絕對對立之義。由此可知，窺基法師是在竭力溝通世俗真實和佛教真實、世間認識和佛教真理的同一關係，但又堅持世間認識與佛教最高真理的根本區別。