但他隨即又對何充：“我既決心拒華，又豈能半途而廢啊？裴該於我為晚輩，我終不能向其屈膝。”於是打點精神，重整兵馬，固守武昌，以拒華師。
華軍水陸並進，主將乃是陸衍。按照原本的規劃，西、中兩路軍彙合後，陸衍即從甄隨指揮，待破武昌，航向上遊，再受陶侃節製——沒辦法，甄隨名位常在陸衍之上，若陸和在，或尚可與甄隨相拮抗，陸衍是根本壓不住那蠻子的。
隻是甄隨跑去江南打應詹了，陸衍就此獲得了指揮權，一路勢如破竹，直取武昌。舟師先至，王敦乘船來迎，逆水而擊，大敗華軍，焚毀包括一艘連舫在內的六十多條戰船——終究從巴中出來的船隊，論數量尚不如敗殘之晉師，而論起水兵素質來亦遠遠不如，最關鍵的，沒有能夠指揮艦隊作戰的能將主持啊。
陸衍聞報大怒，當即斬殺兩名校官以正軍法，隨即命舟船退守沙羨，他自將步軍自江南挺進，而命姚弋仲將騎兵自江北繞路，複從薊春西麵涉渡，兩路包夾武昌。
武昌西北有來山，西南有鄂縣，與郡城呈犄角之勢，王敦分兵守護。雙方激戰四日，陸衍首先攻取了來山，即從山上向武昌城內發射火箭，迫使王敦隻能閉門固守；又三日，與姚弋仲部相策應，攻克了鄂縣。
兩處險要既失，則武昌城有如甕中之鱉——倘若不是背靠長江，舟師尚能策應，估計不用打便自破了。但王敦亦非無能之將，便仗著舟師援護之力，堅守城池，陸衍竟然百計難克。
不久後，甄隨擊破應詹，遣歸蠻兵，亦向武昌而來，得訊大怒，：“陸衍好不濟事，這般坐守之寇，竟然都拿不下嗎？”即命士卒砍木做筏，堆滿柴草，點燃了一大片一大片地往武昌附近江麵上漂去，然而王敦嚴加戒備，亦使火筏不能建功。中遊的戰事，就此陷入膠著狀態。
然而此時，陶侃已率船隊逼近了建康，沈充拚死來拒，但船數既寡，又當下遊，根本就抵擋不住。最終他被迫乘坐船，東逃到丹徒上岸，隨即領著數十家兵，逃回老家吳興去了。
剩下鄧嶽獨木難支，被陶侃水師封鎖江麵，先破白鷺洲，複壓縮於石頭城內。隨即水師便一船一船地，把江北華軍陸續送抵了南岸。
消息傳來，庾亮還欲奉司馬睿南逃吳興，往依沈充，但司馬睿卻：“大勢已去，何必再讓孤受此顛簸奔躥之苦，江湖亡命之累呢？且沈士居豈是可信之人？！”正好華朝的勸降使節也到了，正是那位當年從建康狼狽逃躥出去的劉隗劉大連，他拍著胸脯保證，絕不會傷害司馬睿一家，司馬睿乃道：“大連我故吏也，絕不肯欺我。”就此肉袒自縛，領著王導、周顗等人出降了。
庾亮本不願相從，還打算孤身落跑，劉隗派人去安慰他，：“元規昔日寬縱之德，令弟稚恭已明告於我，則我必有報元規，不使罹罪——然元規若走，吾無能為力矣。”庾亮這才跟隨在司馬睿、王導身後，同往華營而去。
陶侃棄舟登岸，旋即出迎，親解司馬睿之縛，：“微大王，臣無今日；且大王雖然拒江抗命，實為宵所挾，非本意也。”司馬睿流涕道：“吾實感念陶公厚恩……”
他也明白，倘若華軍主將不是陶侃，而是那票北人——尤其是出身低微，從前不識其名，跟著裴該才得榮顯的北方將領——多半一登岸就會直接殺入建康城，而不會先派劉大連來勸降了。
陶侃言及“宵”之時，王導、庾亮等皆不敢抬頭，且麵有愧色。隨即陶侃左右望望，問：“吳興王（司馬充）既在，何不見太妃啊？”不等司馬睿回答，他急忙又道：“也是，吾當親往拜謁太妃。”
臨行前商議如何處置江南諸人，裴該的意思很明確：“南人任卿所為，北人皆當送歸洛陽，由朕處置。”他不打算多所屠戮，尤其王導等人勉強也算可以受任郡縣的人才了，殺之可惜；則僑客隻要全都押歸中原，而又不許歸籍，別擇地方安置，就等於掘了他們的根啦，還能夠再形成一大勢力，從而影響到國計民生嗎？