秦王明辨是非，果斷地采納了李斯的建議，立即取消了逐客令，李斯仍然受到重用，被封為廷尉。
這時，即將被殺的鄭國也向秦王進言：韓國讓秦國大興水利建設工程，當初的目的是消耗秦國實力，但水渠修成之後，對秦國也是有利的。盡管興修水利，減輕了秦國對東方各國的壓力，讓韓國多存在幾年，但修好渠卻“為秦建萬代之功”。秦王覺得鄭國的話有道理，決定不殺鄭國，讓他繼續領導修完水渠，這就是後來聞名於史的鄭國渠，它對發展繁榮秦國的經濟，起到了一定的作用。
經過這一次反複，秦國仍舊堅持招攬和重用外來客卿的傳統，這些外來的客卿在秦國統一中國的過程中發揮了重要作用。
在取消逐客令不久，魏國大梁人尉繚也來到了秦國。當時的形勢是，秦王已經除掉內部的反對派呂不韋等，大權進一步集中，積極向外擴張，東方各國都個個自危。尉繚向秦王建議說：當前，以秦國的力量消滅東方各國是毫無問題的。但是，如果各個諸侯國聯合起來，合縱抗秦，結果就很難說了。因此，不要吝惜財物，向各國掌權的“豪臣”行賄，破壞他們的聯合，隻用三十萬金，就可以達到兼並各個諸侯國的目的。秦王采納了尉繚的計謀，在同各國進行鬥爭的過程中，不少次是用此策而取得勝利的。當然，秦國的反間計是以武力為後盾的，正如李斯所講：“不肯者，利劍刺之”。
秦國堅持接納、使用客卿的政策，對其經濟、政治、軍事、文化的迅速發展，都做出了積極的貢獻。如秦始皇時代的客卿就有：王崎、茅焦、尉繚、王翦、李斯、王賁、李信、王離、蒙恬等。李斯的《諫逐客書》，對秦網羅天下人才是有功績的。
正當李斯步步高升的時候，秦王卻十分喜愛韓非的才華。韓非和李斯是同學，他繼承了荀子的學說，並在此基礎上，把慎到的“勢”，商鞅的“法”，申不害的“術”結合起來，並加以豐富和發展，形成了一套完整的君主專製理論。韓非是戰國末期的一位大思想家，學問比李斯大得多。韓非因說話口吃，不善辯說，但善於著述。韓非回到韓國以後，看到韓國太弱，多次上書獻策，但都未能被采納。於是，韓非發憤著書，先後寫出《孤憤》、《五蠹》(音妒)、《說難》等。他的書傳到秦國，由於講的都是“尊主安國”的理論，秦王非常讚賞韓非的才華，並說：“我要是能見到此人，和他交往，死而無恨。”不久，因秦國攻韓，韓王不得不起用韓非，並派他出使秦國。秦王很喜歡韓非，但還沒有決定是否留用。李斯知道韓非的本事比自己大，害怕秦王重用他，對自己的前途不利，就向秦王講韓非的壞話。他說：“韓非是韓王的同族，大王要消滅各國，韓非愛韓不愛秦，這是人之常情。如果大王決定不用韓非，把他放走，對我們不利，不如把他殺掉。”秦王輕信李斯的話，把韓非抓起來。根據秦國法令的規定，獄中的囚犯無權上書申辯。韓非到秦國以後，又得罪了姚賈。姚賈為秦國立過功，深得秦王的重用，被任命為上卿。韓非卻向秦王說，姚賈出身不高貴，當過大盜，在趙國做官時被趕跑了，認為用這樣的人是很不應該的，使得秦王很掃興。事後秦王又向姚賈問起韓非，姚貫當然不會講韓非的好話。在李斯和姚賈的串通下，韓非沒有辦法，隻好吃了李斯送來的毒藥，自殺而死。從此以後，李斯沒有對手，更可以施展自己的才能，為秦王統一六國出謀劃策了。郡縣製與焚書秦王政二十六年(前221年)，秦王結束了長期分裂的割據局麵，統一了中國，建立了一個東到大海，南達嶺南，西至甘青高原，北至今內蒙古、遼東的空前的封建大一統國家。秦王，這時巳稱為秦始皇了。為了鞏固這個封建統一的國家，李斯也是做了一定貢獻的。
（3）力駁分封定製頒法
秦統一以後，丞相王綰首先提出全國地方太大，難以管理，要求象周代那樣，封秦始皇諸子為王。秦始皇召開群臣會議討論，群臣都讚同王綰的意見，隻有李斯提出不同的意見。他說：周文王、周武王封的子弟很多，後來一個個都疏遠了，互相視為仇敵，經常發生戰爭，周天子也不能禁止。現在天下一統，應實行郡縣，天下才得以安寧。秦始皇也認為，天下已經統一了，再立許多國，不利於統一，安寧也沒有保障，所以支持李斯的意見。於是，他把全國分為三十六郡，郡以下為縣。郡縣製比之分封製是一個進步，有利於國家的統一。
秦始皇三十四年(前213年)，群臣聚集在鹹陽宮稱頌秦始皇時，博士淳於越很不知趣，向秦始皇說：殷周之所以存在千年，是因為它把天下分封給子弟和功臣。現在天下如此之大，宗室子弟沒有封地，和百姓一樣，萬一發生了田常、六卿之變，又有誰來相救呢？凡是不以古為師而天下能長久的，沒有聽說過。淳於越是以儒家的立場來看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行動是格格不入的，使得秦始皇大為不滿，把淳於越交給丞相李斯處理。李斯不讚同淳於越的看法，他向秦始皇闡述了自己的觀點。他認為：由於時代的變化，五帝三代的治國辦法也不同。三代時期的做法，也並不值得效法。那時候諸侯並列，互相爭奪，現在天下統一，情況完全不同，不必效法古代。現在的一些儒生總講古代如何如何好，這是以古非今，攪亂民心。對於造謠惑眾，不利於統一天下的言行必須禁止，否則將會影響政局的穩定，有損於皇帝的權威。最後，他又把這一切都歸罪為讀書的緣故，建議秦始皇下令焚書。
按照李斯製定的法令，那是相當殘苛的。凡是秦記以外的史書，不是博士(指掌管古今文史典籍的官)所藏的詩、書、百家語都要燒掉，隻準留下醫藥、卜筮、種樹之書。此後，如果有敢再談論詩書者“棄市”(指在鬧市區執行死刑，並將屍體暴露街頭，稱為棄市)；“以古非今者族．(指一人有罪，父母兄弟妻子皆受刑，稱為族)”；官吏如果知道而不檢舉者，與之同罪；令下後三十日仍不燒者，黥(意為用刀刺刻額頰等處)再潦上墨為“城旦”(一種刑罰，輸邊築長城四年)。有想學習法令的，要以吏為師。
這次焚書的原因，是由於討論是否分封的問題而引起的，無論是主張分封還是反對分封的大臣，都是為了秦始皇長久統治打算卜他們並無根本利益上的對立。李斯借題發揮，最後竟造成焚書的結局，：也不是沒有緣由的。
秦國自商鞅變法以來，一直是以法家理論作為治國的指導思想。秦始皇統一天下之後，也是以法家治國的。在他當皇帝的九年中，主要精力是用在建立中央專製政權，劃定全國疆域，統一文字度量衡，修築長城等，對文化思想方麵很少注意。淳於越以儒家思想為秦始皇出謀劃策，是不利於秦的中央集權統治的。因此，善於領會秦始皇意圖的李斯，為了打擊儒家勢力，鞏固統一政權，提出了上述焚書的主張，得到了秦始皇的同意和批準。於是，秦始皇下令焚書，先秦許多文獻古籍都被燒掉了，使中國文化遭到了巨大的損失。
在焚書的第二年，即秦王政三十五年(前212年)，秦始皇對儒生又進行了迫害。他下令將鹹陽的儒生四百六十多人活埋，這就是曆史上的“坑儒”事件。
（4）二世幫凶腰斬滅族
由於秦始皇的賞識，李斯不僅官運亨通，他的子女也都跟著沾光。李斯的長子李由做三川郡守，掌握了一定的軍政大權，其他子女也都與帝室結了婚姻關係。有一次，李由回到鹹陽，李斯擺設家宴，百官都來赴宴祝酒。在這種熱烈的酒席上，李斯想起了他的老師荀卿告誡他的“物忌太盛”這句話，感慨地說：“我是個平民百姓，今天卻做了丞相，可以說是富貴到了極點。但是，物盛則衰，我還不知道將來會有什麼樣的結局呢屍由此可見，李斯並沒有完全陶醉於高官厚祿之中，他對現實的認識還是比較清醒的。
秦朝建立以後，由於秦始皇對廣大人民實行殘暴的統治，各地人民群眾的反抗從來沒有停止過。除了武裝鬥爭形式外，廣大人民還以歌謠的形式咒罵秦始皇，如說：“阿房阿房，亡始皇”等。人民群眾的不滿和反抗，使地主階級也很擔心。因此，秦始皇在統一後的十餘年間，先後進行了五次遠途巡行。其目的就是到各地耀武揚威，加強對全國的控製。
盡管秦始皇到各處巡行，殘酷鎮壓人民群眾，然而反抗還是不斷發生，如有人攔截皇家使者，有人公開咒罵秦始皇：“今年祖龍(秦始皇)死。”所以，在秦王政三十七年(前210年)，秦始皇決定第五次巡行。
這一次巡行，丞相李斯和秦始皇寵愛的小兒子胡亥等一同前往。巡行的路線是：從鹹陽出發，出武關，沿丹水、漢水流域到雲夢，再沿長江東下直至會稽(今浙江紹興市南)。登會稽山，祭大禹，並刻石留念。在北歸之時，秦始皇得了重病，不久死在沙丘(今河北钜鹿縣東南)。
秦始皋死後，李斯怕引起天下大亂，每日照常令人送水送飯，不讓外火知道死訊，按照慣例，應由秦始皇長子扶蘇繼位。扶蘇思想傾向於儒家，不同意秦始皇的焚書坑儒，當麵提過意見，惹得秦始皇生氣，把他派到西北大將蒙恬那裏。這時，宦官趙高也正在進行陰謀活動，他曾是胡亥的老師，極力想讓胡亥稱帝，他就可以大權在握了。唯一需要注意拉攏的是李斯，所以他就想方設法爭取拳斯也同意胡亥上台。趙高口才極好，善於雄辯，與李斯有這樣的一段對話。
趙高說：“皇帝臨死前，曾召扶蘇參加葬禮的這封信，沒等送出去，皇帝就死了，這封信沒有人知道，現在胡亥手裏。決定由誰來繼位；全由胡亥和我來決定丁，你認為如何？”這是探聽的口氣。
李斯說：“這是亡國的言論，不是人臣應該議論的。”反映出李斯對趙高的不滿。但趙高早就對李斯的為人了如指掌，他讓李斯和蒙恬進行對比，李斯自覺不如蒙恬。於是，趙高乘機又說：扶蘇剛毅麵勇敢善戰，他繼位後必將任用蒙恬為丞相，這話很能抓住李斯當時的心情。趙高接著又威脅說，現在天下實際上掌握在胡亥和他的手裏，扶蘇、蒙恬、李斯的命運也全都攥在我們的手裏。李斯見形勢不妙，就隻好聽從趙高的調遣了。胡亥、趙高將秦始皇召扶蘇來鹹陽送葬的書信，改為斥責扶蘇“無尺寸之功”、“不孝”的信，令他自殺；同時責備蒙恬“不忠”，也令他自殺。結果扶蘇乖乖地自殺了，蒙恬不肯自殺，後被囚禁，還是服毒而死。
秦二世元年(前209年)，胡亥繼承了帝位，開始了比秦始皇更加殘忍的統治。李斯與胡亥、趙高的結合，是為了互相利用，所以後來他們之間勾心鬥角，也就是自然的事情了。
李斯是個不惜一切代價而想得到功名的政客，比昏庸無能的胡亥，當然要高明得多。他看到了秦王朝的危機，為了保存自己的既得利益，也不敢規勸胡亥。一次，胡亥責問李斯說：過去韓非曾經說過，古代的君王都是十分辛勤勞苦的，難道君王管理天下是為了受苦受累嗎？這是因為他們無能。賢人有天下，就要讓天下適應自己，如果連自己都不能滿足，又如何治理天下呢？我想隨心所欲，而又要永遠統治天下，你李斯有什麼辦法嗎？這時，李斯的兒子李由鎮壓農民起義進軍不利，大將章邯要追查李由的責任，並譏諷李斯的無能。李斯因此心中恐懼，為得到秦二世胡亥的信任，提出一套“督責之術”。
李斯在上書中說：賢主若能行“督責之術”，群臣不敢不全心全意為君王服務；不能行“督責之術”的君王，如堯、舜等比百姓還辛勞，簡直是受罪。
什麼是“督責之術”呢？實際上就是嚴刑酷法和君王的獨斷專行。李斯說：“彼唯明主為能深督輕罪，夫罪輕且督深，而況有重罪乎？故民不敢犯也。”就是對臣下和百姓實行“輕罪重罰”，使人人不敢輕舉妄動。君主對臣下要實行獨斷專行，要駕馭群臣，不能受臣下的影響。李斯認為，隻有這樣的君主才能隨心所欲，為所欲為。實行“督責之術”，群臣百姓也就不敢造反了，君王的地位才能牢靠。
李斯關於“督責之術”的主張，既有取寵於秦二世的一麵，也有他繼承法家思想的一麵。在上書中，他也是一再引申不害、韓非的話，來證實自己的看法。不過，李斯講得更加露骨而已。糊塗可笑的秦二世，不顧天下百姓的反抗，采納了李斯的“督責之術”。此後，殺人多者為“忠臣”，殘忍者為“明吏”，弄得天下怨聲載道。
在李斯，趙高的慫恿下，秦二世胡亥更加奢侈腐化，胡作非為。為了鎮壓農民起義，不斷地從關中征發人民去打仗，給人民造成極大的負擔，秦二世胡亥為了修好阿房宮，征發徭役，把人民推向苦難的深淵。當時全國人民的反秦起義已經風起雲湧，為了統治階級的共同利益，李斯同右丞相去疾、將軍馮劫勸秦二世胡亥停建阿房宮，減少一些徭役。當時，秦二世正與宮女宴飲作樂，見李斯等人上書十分惱怒，下令將他們逮捕入獄。李斯在獄中多次上書，都被趙高扣留。趙高借機說李斯與其兒子李由謀反，對李斯嚴刑拷打，刑訊逼供。李斯被迫承認謀反，在秦二世二年(前208年)七月被殺死。