八旗軍還是一支軍紀嚴明，賞罰分明的軍隊。努爾哈赤從建軍之初，便軍紀嚴、賞罰明。他製定不成文軍令，並規定：“從令者饋酒，違令者斬頭”。到一六一五年（萬曆四十三年），努爾哈赤把軍紀、賞罰製度化：
克城破敵之後，功罪皆當其實：有罪者，即至親不貰必以法治；有功者，即仇怨不遺必加升貨。用兵如神，將士各欲建功，一聞攻戰，無不忻然，攻則爭先，戰剛奮勇，威如雷霆，勢如風發，凡遇戰陣，一鼓而勝。
努爾哈赤在每次作戰以後，“賞不逾日，罰不還麵”。按功行賞，依罪懲罰，兵士們自然奮勇作戰，有進無退。
八旗軍不僅勇敢善戰、長於騎射、勤加訓練、軍紀整肅、賞罰分明，而且“最工間諜”。努爾哈赤為了刺探明軍的指揮、部署、數量、軍器、城邑、士氣、糧秣等情報，曾利用明降將李永芳，每月花銀一百兩，收買與明遼東官員有交往的劉保，按月遞送情報。他還曾派諜工男扮女裝，設計焚燒明軍在海州的糧草。努爾哈赤以善用諜工，對遼東明軍的虛實動靜，了如指掌。
努爾哈赤非常愛用詭詐的計謀，最豐厚的財物，最秘密的手段，派遣諜工，刺探敵情，取得指揮戰爭的主動權。
八旗製度不僅是軍事製度，而且是行政製度。努爾哈赤既以旗統兵，又以旗統人。八旗的軍事職能前已述及，其社會職能，又包括政治、民政、家族三個方麵：
八旗是政權組織。後金的政權組織分為三級固山、甲喇和牛錄。固山額真、甲喇額真、牛錄額真，既是軍事長官，又是行政長官。他們出則統領軍隊，入則統治人民。八旗各有族主，各置官屬，各領人民。它的基層單位為牛錄，牛錄額真是本牛錄人民的“父母官”。後金汗通過各級額真，統治其人民：
凡有雜物收合之用，戰鬥力役之事，奴酋分於八將，八將分於所屬柳累將，柳累將令手所屬軍卒，令出不少遲緩。
後金汗同各級額真是君臣隸屬關係。一六二一年（天啟元年，天命六年）二月，薩爾滸城營築竣工，努爾哈赤升殿聚諸王大臣曰：“君明乃成國，國治乃成君。至於君之下有王，王安即民安，民安即王安。故天作之君，君恩臣。臣敬君，禮也”。
由這裏可以看出後金八旗中的君臣等級是很森嚴的。努爾哈赤依靠八旗的固山額真、甲喇額真和牛錄額真等各級官吏，組成統治後金人民的政治機器。
八旗也是民政組織。固山、甲喇和牛錄，既是軍事編製單位、也是戶口編製單位。編入八旗的人戶，稱為旗人。牛錄額真及其屬下村領催等官員，掌管本牛錄、本村屯的民政事務，諸如登記戶籍，查勘田地，分配財物，經營房宅，收納賦稅，攤派勞役，拘捕逃人，埋葬死人，料理婚娶，排解糾紛，清理衛生，送往迎來等。
八旗又是家族組織。女真族到努爾哈赤時代，仍保留有氏族殘餘形態。雖然牛錄早已變成軍事組織和行政組織，但牛錄額真多為一族之長或眾族之長。一個牛錄往往是一個大家族，牛錄額真即成為該族的族長。但後來招服日眾，情況有所不同，同一牛錄內不僅有滿洲人，也有蒙古人和漢人等。盡管如此，牛錄額真仍管本牛錄內的家族事務。
八旗製度不僅是軍事製度、行政製度，而且是經濟製度。這主要表現在後金汗和固山額真除指揮作戰外，還占有土地、奴仆、牲畜，管理生產，分配財物。
八固山共同占有土地。胡貢明奏議稱：“有人必八家養之，地上必八家分據之”。這雖是努爾哈赤死後六年的奏議，但反映其在世時八固山占有土地、奴仆和牲畜的事實。後麵將較詳地敘述後金的土地所有製問題，這裏姑且從簡。
牛錄額真也組織生產。八旗製下的部眾，“出則為兵，入則為民；耕戰二事，未嚐偏廢”。即跨馬從戎時，按軍隊的編製馳騁征戰；解甲卸鞍後，又按軍隊的編製從事生產。軍卒返屯後，修整器具，治理家業，耕種田地，收放馬匹。牛錄額真又成為生產的管理者。
一六一三年（萬曆四十一年），努爾哈赤命“一牛錄各出男丁十人，牛四頭，墾荒屯田，悉蠲貢賦”。以後隨著歸並的土地和人口日漸增多，便組織莊田進行生產。牛錄額真是本牛錄生產的組織者。後來由於丁口增加，牛錄下的民戶“三丁抽一”，即每戶如有三名男丁，抽一人去作戰，另二人稱餘丁，在家從事生產勞動。隨著戰爭的頻繁，兵士不再棄戈務農，而變成職業軍人：“渾卒則但礪刀劍，無事於農畝者”。牛錄額真指揮軍事職能逐漸加強，組織生產職能日趨減弱。
八旗還是分配擄掠財富的基本單位。如一六一八年（天命三年）四月十五日攻取明撫順諸城堡，次日，努爾哈赤就在甲版野地設營，按旗分配“俘獲”三十萬人畜。他還將在戰爭中擄獲大量的人口、牲畜、金銀、布帛，按八旗分賜與貝勒和各級額真等。如薩爾滸之役後，將繳獲的戰利品堆放八處，按八旗進行分配。
女真社會曆史發展與生產關係所產生的獨特社會結構——八旗製度，既有利於其社會生產力的發展，又有利於滿族共同體的形成。努爾哈赤通過八旗把分散的女真部民組織起來，管理女真的農業、畜牧業、采集業、漁獵業和手工業生產，促進了女真社會生產力的提高。同時，隨著對瓦爾喀、虎爾哈、卦勒察、薩哈連、達斡爾、蒙古人、漢人等的征附，得到一部人就編為一牛錄。努爾哈赤把各部女真人等都包容在旗製之中，加速了滿族共同體的形成。
天命初年，已發展到約四百個牛錄。除滿洲八旗之外，一六二一年（天啟元年，天命六年）始設蒙古牛錄。一六二二年（天啟二年，天命七年），始設蒙古旗。一六三五年（崇禎八年，天聰九年），始設蒙古八旗，旗色與滿洲八旗相同。一六三一年（崇禎四年，天聰五年），努爾哈赤的繼承人皇太極將滿洲八旗中的漢人挑出，另編一旗。漢軍初名烏津起哈，因其多使用大炮等重型武器而得名，後稱漢軍，以黑色為旗幟。
一六三七年（崇幀十年，崇德二年），分設漢軍為二旗。一六三九年（崇禎十二年，崇德四年），又增設漢軍二旗，旗色為純皂（黑）皂鑲黃、皂鑲白、皂鑲紅。一六四二年（崇禎十五年，崇德七年），漢軍擴充為八旗，旗色改為與滿洲八旗、蒙古八旗相同，取消了黑色。從此，實際有滿洲八旗、蒙古八旗、漢軍八旗，共二十四旗，但習慣上仍統稱之為八旗。
努爾哈赤創立的八旗製度，對後金國，對轄區的各個階級階層，對女真滿族，都產生了強烈影響。八旗製度的建立，將分散的女真人嚴密地編製起來。分則弱，合則強，早在幾百年以前的宋朝，便有女真“兵若滿萬，則不可敵”的說法。現在，數以萬計的女真男丁，以及老幼眷屬，統一編製起來，可僉選精兵數萬，加上糧草充足，器械精良，戰馬十萬，成為具有極大威力的強大軍隊。努爾哈赤率領八旗勁旅，用兵三十餘年，戰必勝，攻必克，連下明國重鎮，大敗明軍於薩爾滸，俘獲人畜數百萬，轄地數千裏，擴大了奴隸製剝削範圍，對後金國的鞏固和擴展起了非常大的作用。
努爾哈赤創立的八旗製度，還有力地促進了滿族的形成和發展。全部人員，各按旗分、甲喇、牛錄居住，原係一族一寨之人往往分肅不同的旗或不同的甲喇牛錄。一旗、一甲喇、一牛錄之內，又有不同地方、不同部落、不同村寨的人丁，基本上打破了女真各依族寨居住的舊習，這就使八旗以女真為主吸收漢人、蒙古等人參加的幾十萬不同地方、民族、部落的人員，居住在同一地區，密切了彼此的聯係。
八旗人員在汗、貝勒和各級額真的管轄下，耕田種地，紡花織布，牧放馬牛，獵捕獸禽，采鬆摘果，生產迅速發展，改變了部分女真舊日漁獵為生的落後習俗。八旗人員大體上達到了“耕田食穀為生”的水平。
在此之前，有的女真人任意行止，自由謀生，過著原始社會末期的生活，有的地方女真人已進入奴隸社會，遼東地區的漢民卻又處於封建社會後期，編入八旗以後，各地各部人員，被俘為奴者降為阿哈，有功者上升為奴隸主，歸順者成為諸申，家主剝削阿哈的奴隸製發展為占居八旗統治地位的生產關係。
八旗人員皆須遵守國家法令。所有八旗人員，不管是女真，還是漢人，言談交際，文移往來，必須使用滿文滿語，服裝發式亦須一律，依照女真習慣剃發，不許婦女纏腳。八旗人員同居共處，互通婚姻，血緣關係更加密切。