天命六年（1621年）三月，八旗軍進駐遼沈，十月十九日，額爾德尼因功由參將升為副將。在這個國家擴展強盛和個人晉職雙喜臨門的形勢下，額爾德尼的智慧、才幹、學識和功勳，贏得了人們的信賴和尊敬，他萬萬也沒有想到，風雲即將變化，災禍就要臨頭。
天命七年正月十三日，額爾德尼被自己轄領的牛錄之人塔布興阿首告。額爾德尼遂告豪格父貝勒說：是雅遜、烏納格挑唆塔布興阿首告我的。不可不令雅遜與烏納格離開汗。雅遜、烏納格聽到以後，向汗報告。
法司遂搜查額爾德尼家，“抄出漢官所饋之退毛整豬八頭，以及雞、雉、稻米、麵等”，將漢人所送一切物品送到汗之衙門內後，又抄額爾德尼家，“盡沒其綢緞、蟒緞、毛青布、翠藍布、衣物和家產”。努爾哈赤一麵說，“汗之近身之人，何可無此財物”？令將其財產盡行還與額爾德尼；同時又說，“漢官之饋，少受尚可，所受過多也”。將其治罪，革副將職，貶為閑人，“留下阿哈六對、馬七匹、牛三頭”，“其餘人、馬、牛皆沒之，賞給阿巴泰阿哥”，其所管牛錄，賜與蒙阿圖。
這件案子的處理，很不尋常。就事實而論，額爾德尼收受漢官的饋物，自然不對，但問題在於饋物的數量和送納的情形。送來之物的數量和價值，是裁定此案性質的關鍵，送的東西很多，值價巨萬，並且是受納之人依仗權勢，逼索財帛，自然是行賄納賄的性質，可是，觀看漢官所送之物，為首者是“退毛之整豬八頭”。一頭豬，值銀幾何，一二兩銀二三兩銀而已，八頭豬不過值銀一二十兩，以下是雞、雉、米、麵，既未寫明數量，且排在豬的後麵，可見為數不多，至少超不過豬的價值，如果是兩百隻雞或幾十石米、幾千斤麵，老檔定會一一列出，且排在豬的前麵。並且，這些豬、雞，還不是一個漢官送的，而是好些人。
額爾德尼是文官之魁，是汗的近身之人，眾漢官當然願意與他拉上關係，從而送點禮品，這又何足為怪，連努爾哈赤也說“漢官之饋，少受尚可”。可見，額爾德尼所受之物，是漢官的小小饋贈，不是行賄納賄，不是逼索財帛，完全屬於當時的人情通例。這種情形，法司隻須說上幾句，對額爾德尼有所斥責，即可了結，根本值不得如此大驚小怪，立即將豬、雞等物送到汗的衙門，並籍沒額爾德尼之家。
法司的這種做法，就是存心要將此案由小作大，將交際說成是貪汙，是納賄，大造聲勢，定成貪婪之罪，促使汗承認他們造成的事實，將額爾德尼置於死地，其用心之險惡，手段之卑鄙，令人膽寒，使人氣憤。果然，努爾哈赤中了圈套，以其收物“過多”，而定其罪，革除額爾德尼副將職，取回牛錄，籍沒多餘的人畜。對於一個長期效勞功勳卓著的“汗之近身之人”，聲名遠揚的大巴克什，如此處理，如此羞辱，是太過分了，太不應該了。這是一件不大不小的冤案和錯案。
這個原告雅遜，何許人也？查查其經曆，便可知曉，此人品質惡劣，名聲不佳，既膽小怕死，臨陣怯戰，又慣於弄虛作假，捏造軍功，討官要職，而且還貪戀帛緞，違令私買。就在上述之事定案時，額爾德尼實在難以壓下滿腔的憤怒，冒險向汗控告雅遜偷買覆蓋祭器的“蟒緞四匹、倭緞一匹”。努爾哈赤聽後，十分生氣，斥責雅遜說：“原曾頒諭，督堂、總兵官以下，備禦以上，各買一匹緞，汝若以錢隨意購買綢緞、蟒緞，則他人焉能購買。”定為死罪，後念其“原本癡呆”，免死，革參將職，貶為閑人，留下人六對、馬六匹、牛六頭，“其餘的人、馬、牛，盡皆沒收”。
額爾德尼被問罪革副將職以後，仍是巴克什，仍在汗身邊，繼續工作。天命七年正月十八日努爾哈赤統領大軍親征廣寧時，額爾德尼隨汗從征，並與達海一起，迫使戚家堡投降，又奉汗命，與阿巴泰返回遼陽，去迎接從蒙古古爾布什台吉處逃來的蒙古。
盡管額爾德尼繼續勤勤懇懇為汗效勞，但是仍然扭轉不了厄運，一年半以後，便被冤枉殺害。《滿文老檔》太祖朝卷五十，載述此案經過如下：
天命八年五月初，額爾德尼的婢女告發主人收了朝鮮人送來的絹，把得獲的東珠、珍珠與金子藏在井裏，在遼東（即遼陽）沒收家產時，主人到其妻弟之家隱藏東珠、珍珠和金。努爾哈赤傳問額爾德尼有無此事，並諭告說，如有隱藏，交出後可免罪，設若隱藏，定了罪，就不能幫助了。
額爾德尼巴克什對曰：“我豈能以金、珠為寶，自身為賤乎。蒙汗眷顧，獻出即可免罪。今獻出所藏之東珠，此乃雅遜之妻所贈。昔日雅遜之妻曾將此類東珠二十餘顆送與哈達格格，（哈達格格）未受。我妻往雅遜家，正逢其開箱，傾倒容器。因我子有牙病，故乞索之，以研敷患處。所給之東珠、珍珠，係購於漢人王國臣者。經與王國臣核對，其珍珠多於王國臣所售之數。
因此，眾督堂審問額爾德尼巴克什曰：若係雅遜夫妻所給之東珠，在遼東抄家時，雅遜家所有米、肉既已搜盡，如此之多之東珠為何未被抄出？汝當時為何不聲明此係雅遜之妻所給之東珠？此類東珠雅遜家尚有二十餘顆？汝藏匿東珠，為何卸罪於雅遜？為何在抄家時將東珠送藏他處？遂擬處額爾德尼巴克什夫妻死罪。又以為何窩藏額爾德尼巴克什送來之東珠、珍珠、金等物？婢女前來首告，爾額爾巴圖、布爾哈圖、布彥圖等，為何與額爾德尼逐出包衣，閉門私議？當初已頒禁令，父有罪，子勿涉，兄有罪，弟勿涉，若涉之，則死罪同死，罰罪同罰。爾等何故涉之。”遂告於汗。
汗怒，命殺額爾德尼夫婦。遂盡殺之。額爾科圖鞭一百，刺耳鼻。布爾哈圖、布彥圖各鞭五十，刺其耳。
此案的審理和判決，完全錯誤，額爾德尼之死，純屬冤枉。按照《滿文老檔》的記載，眾督堂斷定，額爾德尼隱藏了東珠，拒不承認，進行詭辯，因此定為死罪，妻亦同斬，親戚也要懲治，努爾哈赤依議而行。這個結論，太不公正，這個裁決，十分荒謬，它的根據，貧乏無力，漏洞百出。
其一，所謂隱藏之過，本身就不能成立。天命七年正月，法司借口額爾德尼收納漢官饋物，而抄沒其家，將綢緞、蟒緞、布衣等財產送請汗看閱時，努爾哈赤曾明確宣布：“汗之近身之人，何可無此財物！”命令退給原主。這就是說，督堂未經汗之允許，就擅自抄沒額爾德尼之家，這籍沒本身，就是錯誤的，就不該抄家。那麼，額爾德尼因畏懼法司而藏存東珠，就沒有錯，他沒有犯下應該抄家之罪，他的財產應該歸他所有，是合法的，並且應當受到國法的保護，旁人不得侵占偷盜，他願意放置客廳當中，可以，他願藏於井中，也可以，他把它丟掉或砸碎，也可以，他有權自由支配，這怎能說是觸犯國法，犯了大罪？
其二，退一萬步講，就算是“隱藏”，努爾哈赤講了，隻要額爾德尼承認，就不追究，就免其罪。額爾德尼害怕受罰，承認了是有東珠，但解釋說這東珠不是得獲的，而是從雅遜之妻處要來的。常言君無戲言，額爾德尼既然承認了曾將東珠放於井中，就應該算是遵諭而行了，就應免罪了，為什麼又要在東珠的來源上大作文章？督堂開始追問的是隱藏之過，並未問東珠的來源，講了就行了，為什麼還要揪住不放？
其三，就算是“隱藏”有過，應當懲治，也不算是大罪，不應該重懲。金國曆史上，出現過不少官將私拿、私藏俘獲的行為，都沒有按大罪、死罪懲治。比如，天命四年六月，八旗軍攻下開原，掠取了巨量人畜財帛，許多官將趁機潛匿私藏，努爾哈赤下令清查，查出族弟卦勒察貝勒、第四子湯古岱貝勒、一等大臣眾額真費英東、固山額真博爾錦、梅勒額真什拉巴蝦、五牛錄額真圖勒伸“隱藏暗地私取之金、銀、緞、蟒緞、毛牛角、毛青布、翠藍布、貂皮、毛皮”。
努爾哈赤雖然生氣，狠狠地把他們訓斥了一頓，但也未定罪，並未貶官革職，沒有罰銀監禁，更沒有處以死刑，而僅僅是將“這些大臣盜取之財物”沒收，分給那些“沒有盜竊之公正之諸大臣”。“盜取”之罪，尚且隻是沒收其財，那麼，援照此例，額爾德尼最多是罰以交出“隱藏”之物，既可了結了，為什麼要定為大罪，為什麼要斬首誅戮？豈不是小題大作，太過分了！
其四，額爾德尼解釋東珠是從雅遜之妻處要來的，雅遜之妻曾將此二十餘顆東珠送與哈達格格，格格未收。這一解釋，得到了哈達格格的證明。當額爾德尼被冤枉斬殺後，哈達格格出來證明確有其事，並說曾告訴諸貝勒。四貝勒皇太極、德格類貝勒、濟爾哈朗貝勒和嶽托貝勒，都知道此事。
正因為額爾德尼未犯大過，此案純屬鍛煉而成，額爾德尼死得太冤，兼之其在金國朝野之中聲望很高，因而他無辜冤死之後，反響異常強烈，盡皆為其慘遭陷害而嗚不平。努爾哈赤知道以後，不僅沒有冷靜思考，檢查此案的處理是否恰當，理由是否充足，根據可靠與否，反而下達長篇汗諭，強辭奪理，巧言詭辯，惡語威脅，一意孤行，硬說額爾德尼犯了大罪，死有應得。天命八年五月初三日，努爾哈赤召集八旗貝勒、大臣，專門就額爾德尼案件大發議論，警告群臣。《滿文老檔》太祖朝卷五十一就此載述說：
初三日晨，汗召集諸貝勒、大臣曰：聞額木德尼曾言，以忠效死。倘哈達格格將雅遜之妻曾饋進東珠二十餘顆之事如實告訴諸貝勒，爾等諸貝勒亦確已聞知，則我是謬誤也。獲他國之人，亦當視為僚友而豢養之，則差遣如此眾多之僚友，焉可輕易殺之。一枝箭，尚且惜之矣。額爾德尼豈能謂忠？昔大阿哥在時，額爾德尼、烏巴泰，爾等曾進讒言。攻克遼東城時，非爾一人之力，爾為何獨取三十頭豬之肉矣。我得一物，尚且平分共食矣。
哈達、葉赫之諸貝勒，皆不善養已之僚友，而誘其他貝勒之僚友，彼此授受財物，其政亂矣。有鑒於此，故當初訓示曰：若貝勒有賞，則賞各該旗之人，諸申有求，則求各自之旗主貝勒，勿越旗賞賚，勿越旗索求，倘越旗賞賜、請求，則罪之。並由爾額爾德尼親手書之。爾乃多鐸阿哥所轄之人，為何越旗而索求於八旗諸貝勒耶？即使遇有請貝勒傾囊給賞之時，無論如何，亦難為爾所遇。貝勒等有賞，為何不賞他人，惟獨賜爾一人耶？於遼東時，一尋額爾德尼，即已去四貝勒巡察之處。複尋之，仍又去四貝勒巡察之處。往而不問，歸而不告其所往，如此之舉，不為挑唆，豈有他哉！
雅遜之妻饋爾哈達格格二十餘顆東珠，爾豈非似我之心肝之子耶，為何不告於我？若格格告於諸貝勒，爾等諸貝勒為何未曾告我？此即爾等所謂之公正耶？
烏拉之哈斯瑚貝勒，有用斛盛置之東珠，然其賣於我等者，僅一、二顆。我等賣於漢人者，亦僅一、二顆。如此二十餘顆東珠，不知雅遜係從何處得之？莫非雅遜有用斛盛置之東珠冬乎，抑或有用鬥盛置之東珠乎？
爾等承審此案之大臣，當持公正之心。上有天，下有地，我等惟有盡力秉公審理，即使無能為力，亦隻有秉公審理而已。哈達、葉赫、烏拉、輝發等國之眾大臣，不持忠心，好讒貪婪，故國亡而彼等自身亦亡。上天注定，國各有巨。天佑忠正，君王得福，則臣等亦將得福。天譴邪惡，君王無福，則爾等亦無福矣。哈達、烏拉、葉赫、輝發之國已亡，今其國之臣安在，皆已為囿中之人矣。君毀則臣亡，君福則臣亦貴。望爾等諸大臣，皆以忠心為之。
這次汗諭，很不尋常，一係專為一人之事，汗召集諸貝勒、大臣訓話；二是汗諭長達千字，又為《滿文老檔》全文載錄，實為罕見；三是汗為己過辯解，力言此案定得正確，是額爾德尼之非，自己是對的，堂堂一國之汗，竟下降為此案之一方，與對方互相爭辯，大損君威，這又是金國少見之事；四為詭辯不足，則加以惡言威脅，明明是一個臣仆之事，卻大訓群臣之不忠，以“君毀則臣亡，君福則臣亦貴”，來勸誘和脅迫八旗貝勒、大臣同意他對額爾德尼的斬殺籍沒。這一切，正好表明了，努爾哈赤內心是不安的，明知有錯，但又偏要文過飾非，一錯到底，壓服臣民。
不過，聰明反被聰明誤，努爾哈赤萬萬沒有想到，他的這次汗諭，不僅沒有定死額爾德尼之過，說通和壓服八旗貝勒、大臣、官將和兵士，反而事與願違，提供了有利於額爾德尼、使自己過錯暴露於天下的確鑿可靠的根據。這次汗諭，讓人們知道了，親為皇女的格格，出麵為額爾德尼作證，四大貝勒之一的皇太極，以及嶽托、濟爾哈朗、德格類三位“議政貝勒”，也聲明知道東珠之事，有力地證明了額爾德尼沒有說謊，沒有“隱藏”，他是無辜的。
並且這次汗諭還泄漏了天機，使人們明白了斬殺額爾德尼的真正原因，那就是額爾德尼常去“四貝勒巡察之地”，使汗懷疑他們有私交，有密謀，卷入了諸貝勒爭奪嗣位的鬥爭。因此，額爾德尼之死，並不是什麼東珠之隱藏，而是最高統治集團權力之爭的犧牲品。這在稍後所述《訓斥愛子》中還可以進一步了解。
盡管金國汗努爾哈赤為錯殺額爾德尼之事絞盡腦汁，極力辯解，嚴格控製，但它畢竟是一件錯案，是個冤案，無論是誰，哪怕是威震天下的無敵君汗，也不能改變這一事實，不能長期掩蓋此案的真相。
就在額爾德尼屈死之後的第十年，天聰汗皇太極便正式給他平了反，高度評價他創製滿文的豐功偉績，讚其為“一代傑出之人，今也則亡”。順治十一年，又追諡額爾德尼為“文成”，其子薩哈連官至鑾儀衛冠軍使。一代文豪額爾德尼死後有知，也可聊以自慰了。
罷官額附
烏爾古岱是哈達國主蒙格布祿貝勒的兒子，娶努爾哈赤的女兒莽古濟格為妻，後來升官至督堂，人們稱之為額附。
烏爾古岱為嶽父竭力效勞，在戰場上打拚多年，對金國的擴展可以說立下了很多功勳，天命六年（1621年）三月二十一日打下遼陽後，鞍山、海州等七十餘城“官民俱削發降”，但鎮江民拒不剃頭，不但如此還殺了前往勸降的官員。五月初五日，努爾哈赤遣“女婿烏爾古岱副將、撫順李永芳副將”，領兵一千，前往查看，勸令歸順。烏爾古岱二人去後，殺拒降者，迫使鎮江漢民剃發降順，俘獲拒降之人妻子，帶回一千。汗命以尼堪三百賞給督堂、總兵官以下，至遊擊職官員，以六百俘獲賜與出征兵士。
天命七年正月，烏爾古岱帶兒子額色德裏參加了進取廣寧的戰爭，額色德裏在杏山附近墜馬而死。努爾哈赤聽到外孫去世消息後，悲哀痛哭，命費揚古貝勒和嶽托貝勒帶領數百旗兵，護送遺屍回遼陽。
烏爾古岱還肩負調查軍情處理漢民事務的責任。天命六年九月初六日，湯站堡守堡向上報告：“駐守軍士擾害界內已降之國人，俘獲萬人，殺人之多，血染草地。”努爾哈赤“命督堂阿敦、副將烏爾古岱率五十人前往察視，若實為我界內之國人，悉令撤回”。
由於烏爾古岱是汗的大福金富察氏所生莽古濟格格之夫，尊稱額駙，又曾經是海西女真哈達部之長，來歸以後，為金國效勞立功，因此備受汗嶽父的寵愛，很早就當上了副將，天命七年又升任督堂和總兵官。在七年六月初七日改革官製明確職責時，努爾哈赤下諭說：
委任總兵官達爾漢蝦、總兵官巴篤禮、督堂烏爾古岱額駙、總兵官索海、副將阿泰、遊擊雅護、參將葉古德、參將康喀賴、遊擊南濟蘭、遊擊武善、備禦瑚裏、備禦托克推、備禦博博圖、備禦星嘉、備禦魏和得、備禦郎格等十六人，審斷國人各種罪行。
審斷案子，一向是金國要事，努爾哈赤十分重視，親自掌握。烏爾古岱能被授與審案之權，確係為汗重用。在這十六位審案人中，有四位總兵官、一位副將、三位遊擊、二位參將、六位備禦。很顯然，參將、遊擊和備禦是作具體工作的，實權歸四位總兵官掌握，烏爾古岱不僅名列第三，僅次於達爾漢蝦和巴篤禮總兵官之後，這本身已足以表明其地位之高和權力之大。並且，達爾漢蝦已開始失寵，六年十一月革了督堂職，從一等總兵官降為三等總兵官，還被禁止“參議政事”，七年六月十一日，就在此次委任審案以後的第五天，又因過再降為副將，巴篤禮也因同案降為參將，四個總兵官隻剩下兩位，烏爾古岱名列第一，他還是督堂，索海雖是總兵官，但既不是督堂，又係費英東之子，是烏爾古岱的晚輩，當然聽烏爾古岱的話。可見，此時烏爾古岱已是具體掌握審案大權的最高官將。