萬曆四十八年五日，皇上病重，他自知不久人世，把太子朱常洛叫到身邊囑咐後事。朱常洛問父親誰是忠心秉正之臣，皇上說了幾個名子，猛地想起董基來。他拉著兒子的手說：“董杠子是天下第一直臣。為父今生愧對此人，你可要重用他啊。”安排好這事，他才咽了最後一口氣。
朱常洛登基後辦的第一件事，就是將董基召回朝庭。看著這位剛正不阿的老人，朱常洛感歎地說：“朕小時候聽到不少你董杠子的故事。在心中曾敬你為正直之神。今日先封你為都禦史，代朕巡撫四川。等回朝後再加封你。”說完令人捧出一套二品官封誥，並下旨讓工部為董基建造府第。
看到新皇上如此厚待董基，一些大臣示意他趕快謝恩。董基輕輕搖搖頭，說：“草民今年六十九歲了。已過慣了田園生活。皇上要讓我來做官，得先讓我說三件大事。我聽了您的意思後，再決定這官做不做吧。”文武大臣聽了這話，一時間都驚呆了。皇上從未聽說封誰當官還有要條件的。他愣了一會，笑了笑說：“董杠子之直率果然名不虛傳。你說說三件事吧。”董基點點頭說：“我在野三十年，目睹了不少政令弊病。朝庭應該減少稅收，給百姓一些生息機會。此為其一。”皇上聽罷想了想說：“此事可以議定。說第二件事吧。”董基說：“軍營中將士大多家庭貧寒，要給他們增加餉銀。”皇上聽了這話，眉頭慢慢地皺緊了。
秉筆太監魏忠賢看了皇上的表情，上前一步說：“董杠子老糊塗了，快讓他下殿去吧。”說著招來兩位侍者。
兩位侍者來拉董基，董基掙脫了二人的手，質問魏忠賢說：“皇上要我說三件事，你因何不讓我說完？”魏忠賢“哼”了聲說：“誰不知軍餉來之國稅？你要減稅收，又要加軍餉，這分明是在刁難皇上。”皇上點點頭說：“你說的這兩件事自相矛盾。給百姓加稅，才能給軍士加餉。有道是羊毛出在羊身上嘛。”董基聽了此話搖搖頭，他笑了笑說：“皇上，草民要說的第三件事是羊毛出在牛身上。”這話剛落音，朝臣們一齊笑起來。皇上看了眾人一眼，站起來說：“羊毛出在牛身上？這裏可不是說笑話的地方啊。”魏忠賢瞪了董基一眼，說：“董杠子，你小心犯欺君之罪。”說完，雙手扶皇上坐下。
董基轉身麵對朝臣們，他大聲說：“各位大人大慨都知道，正德五年，皇上處死太監劉謹，籍得家私千萬兩。嘉靖四十四年，奸臣嚴嵩父子被懲治，抄出其家的財寶抵過國庫。這些銀子能充多少軍餉啊。”他正要說下去，魏忠賢喝了一聲：“不要羅嗦，說正事。”董基瞪起雙眼，看著魏忠賢說：“急什麼？下麵我還要說你呢。”他向皇上施了一禮說：“請皇上恕臣直言，萬曆爺老來對官吏疏於管束，致使上下腐敗之風愈刮愈烈。我到京城才三天，就聽到一位大臣一次受賄幾萬兩銀子的事。”說著話他走到魏忠賢麵前，指著他說：“這麼個小人物，都敢以能在新皇上麵前進言為由，向三位朝臣索賄。”說到這裏，他大吼一聲“你敢不承認？”嚇得魏忠賢“咚”的一聲跪下，爬到皇上麵前磕起頭來。
皇上看了魏忠賢一眼，又看了看低聲議論的朝臣們，起身從侍者手中取來官衣說：“董愛卿這些事不宜在此聲張，改日我洗耳恭聽好吧？”說著把官衣送到董基麵前。
董基看了看皇上手中的官衣，搖搖頭說：“皇上，對草民的三件事你還沒說話呢。”皇上笑著說：“這三件都是強國利民的好事，朕得讓你為主辦啊。”董基聽了此話，喊了聲：“謝主隆恩”，他雙膝跪下又說：“為國為民，臣萬死不辭。”
侍者要為董基穿上官衣，董基笑著站起來。突然，他身子晃了幾晃，又慢慢地倒在地上。等太醫聞訊趕來，這位正直的老人已經離開人世了。
文武百官看著董基的屍體都哭出聲來。皇上朱常洛哭著說：“董基不輔佐當朝，說朕福薄啊。”他親手將官衣蓋在董基身上，走到龍書案前，提起筆慢慢地寫了“一代直臣，百官楷模”八個大字。