打了二十杖，兵部尚書張學顏和戶部尚書畢鏘出班阻刑，張學顏說：“董基出言無忌，念他正直無私，為將士說話。請皇上饒恕他。”畢鏘說：“求皇上念董基為君為國的一片苦心，留他生命吧。”他倆的話剛說完，張鯨湊到皇上耳邊說了幾句話，皇上立即怒衝衝地說：“董杠子羞辱皇祖你二人為何不說話？想結黨欺朕嗎？”他訓斥了二人，又掃視眾臣一眼說：“誰也不準為董杠子說情，朕今天要看看，這根杠子有多硬。”說完，令武士再打。
又打了二十杖，董杠子已經奄奄一息了。首輔大臣申時行實在看不下去，他大聲說：“皇上，有道是明君麵前出直臣，董杠子敢在殿堂上如此說話，因為他看皇上是一代明君。明君若杖斃直臣，會遭天下人非議，請皇上開恩。”大臣們聽了這話也紛紛上疏，大家誇著皇上賢明，變著法為董基求情。皇上被誇得轉怒為喜，他笑了笑說：“朕也知董杠子是個直人，打打為的是讓他懂得點朝規。”他看了看眾大臣，想了想又說：“他在萬全衛有些屈才，就讓他做大理寺丞吧。”
皇上發話封董基為五品官，武士們急忙救醒他。董基艱難地抬起頭來，朝臣們以為他要跪謝皇恩，未想到他向前爬了兩步，很吃力地喊：“皇上，我還得要將士們的餉銀啊。”一位侍者將此話轉奏給皇上，皇上搖搖頭說：“真是打不彎的杠子啊。”說完，苦笑著回宮去了。
董基躺了一個月。傷勢未全愈，就忍著痛來萬全衛找楊化，他想問清餉銀沒撥下時，再寫本章向皇上要錢。楊化卻氣恨恨地說：“餉銀不能要了。”他讓左右人退下，又低聲說：“畢鏘尚書曾找過我，說調兵入宮時，張鯨私自提走戶部的十萬兩賑災銀子。他找張鯨要求退還，張鯨卻說已發給將士們了。”董基聽了此話，吃驚地說：“這麼說銀子被張鯨私吞了？”楊化歎了口氣說：“這閹賊受皇上寵信，整日狐假虎威，專進饞言害人。你闖宮那天頂撞他幾句，他都讓我尋機殺你。對他咱躲都躲不及，餉銀的事千萬別管了。”他的話剛說完，董基憤憤地說：“這事非管不行。我再去戶部查證一下，若張鯨至今未退還銀子，定不與他幹休。”說完匆匆走了。
第二天早朝，文武大臣剛剛列班站好。董基雙手舉著本章走進金殿。他三呼萬歲跪下，說：“小臣董基有本呈送我主。”皇上看著他愣了半晌，說：“董基，朕上次杖責你，為的是讓你記住朝庭規矩。你是五品官，要經宣召才可上殿，怎麼越級呈本啊? ”董基說：“臣自知官小職微，本不該驚憂朝庭。但事關重大，轉呈本章怕上司因此獲罪。才冒然上殿。”他不等接去本章，又大聲說：“皇上近侍、太監張鯨私吞十萬兩賑災銀子，求皇上追查此事。”他這話剛說完，滿朝文武紛紛議論起來。皇上皺著眉看了張鯨一眼，向董基揮了揮手說：“朕知道了，你下殿去吧。”說完把臉扭向一邊。
董基見皇上有包庇張鯨之意。跪直身子大聲說：“張鯨假皇上之威，私提賑災銀子說充軍餉。今軍營未見餉銀，寒了將士之心。饑民盼望救助，難得皇上已賜的恩惠。張鯨害軍害民，十惡難赦啊。”他這句話一出口，文武大臣齊聲要求處死張鯨。申時行看了皇上的臉色，上前低聲說：“皇上，朝野皆稱您是有道明君，今日不能被奸佞毀了賢名。張鯨應該交給刑部處治。”他見皇上低頭無語，揮手讓武士將張鯨押送刑部。
皇上看著最寵信的人哭嚎著被拉走，心中的氣惱全撒到董基頭上，他見董基還跪在殿堂上，站起來帶著火氣說：“今日早朝朕本想議定幾個大事，如今全被董杠子攪亂了。這個不懂規矩的人不配做官，讓他回家種田去吧。”大臣們未想到皇上會出如此口喻，正想聯合保本，卻見皇上怒衝衝地走了。
申時行上前拉起董基，他歎了口氣說：“你才三十六歲，也許皇上何時還能召你回朝，千萬不可荒廢學業啊。”說著竟流下幾滴淚來。董基苦笑著點點頭，拜辭了申時行和眾朝臣，領著妻兒回了老家。令人想不到的是，盡管不少大臣時常上書，要求皇上重新啟用這位直臣。然而皇上聽到董基的名子就搖頭，將他放在家中一住就是三十三年。