在原蘇聯的發展過程中形成的銀行體係是與計劃經濟體製相適應的，實行的是單一銀行體製，即由一家中央銀行加上少數幾家專業銀行構成，體係龐大，結構單一，且囊括了全國的金融信貸業務。在80年代中後期雖然出現過幾家股份製商業銀行，但是並未得到法律上的認可。直到1990年12月2日，剛上台的葉利欽欽簽署了《俄羅斯聯邦中央銀行（俄羅斯銀行）法》（以下簡稱《中央銀行法》）和《銀行及銀行活動法》（以下簡稱《銀行活動法》），在法律上明確了二級銀行體製，並對中央銀行和商業銀行的職能作了區分。“休克療法”的自由化重要內容之一就是進行建立二級銀行體製，即建立以中央銀行為領導，商業銀行為主體，多種金融機構並存的分工協作的金融體係。中央銀行直接對議會負責，而商業銀行又主要受中央銀行的監督管理，從而使整個金融係統能保持一種相對獨立的地位。這一舉措使得俄羅斯的商業銀行得到迅速發展，1990年8月，全俄僅有3家專業銀行和202家商業銀行，到1992年10月，商業銀行超過1600家，其分行已接近2800家，截止到1996年3月1日，俄羅斯的商業銀行達到2275家，分支機構達到5500家109。1995年5月1日，央行的職能也轉向宏觀調控和監管金融體係安全，不再從事具體的信貸和結算業務，但還是保留了部分專項貸款項目，如對軍工綜合體、農業項比北部邊區及列人國家專項發展綱要的項目等，保障信貸規模和保證資金的專款專用。
快速形成的二級銀行體製在經濟飄搖的背景下發展的並不順利，存在不少缺陷。
首先，中央銀行幹預不力和央行內部的管理混亂導致商業銀行的經營活動受到影響。中央銀行的重要特征是其具有“獨立性”，表現為：獨立於政府，自主地製定和執行貨幣政策；獨立於財政，堵住財政赤字向銀行透支的口子，保證貨幣幣值穩定和經濟需求；獨立於商業銀行，不直接經營一般商業銀行業務。而俄羅斯中央銀行的獨立不是像經濟轉軌那樣激烈，而是漸進式的，直到1997年中央銀行獨立製定並發布《國家統一貨幣信貸政策基本方針》，才標誌著中央銀行獨立地位的真正確立。
在中央銀行獨立過程中，金融市場的混亂削弱了中央銀行通過公開市場業務對商業銀行業務經營活動的幹預，而金融工具的短缺也使中央銀行缺乏調控商業銀行經營活動的手段。當時，在俄羅斯，像法定存款準備金、再貼現率、利率等基本的金融工具還無法發揮其應有的作用，而隻是借助於原有的信貸規模控製、工資管製等手段來調節商業銀行的經營活動，而經濟環境惡化也使利率等調節手段不能達到預期的效果。
另外，央行本身的管理無序也讓當時的管理層頗為頭疼。1998年7月20日，俄羅斯前中央銀行行長杜比寧以“托收”的方式將財政部在中央銀行賬戶上的15億美元劃走。央行的這種以錢犯上的舉動迫使財政部長立即寫信給葉利欽，葉利欽於7月29日突然從舒伊斯卡亞丘帕返回莫斯科。分析家們認為，杜比寧此舉是想利用財政部的錢購買短期國債，然後再賣出以賺取高額利潤，這筆交易可得到10%的收益；還有人認為，央行為了與財政部爭奪48億美元的貸款，最好的辦法就是令其破產；另外一些人認為，央行旨在搞跨基裏延科政府，製造一場深刻的政治危機。也就是說，央行從事著數額巨大的商業活動，它買賣數十億美元的有價證券、投資子公司和銀行、擁有國外的資產，這些業務不都是合法的，在政治上也不都是忠誠的，而推卸責任的惟一辦法就是使國家陷入混亂110。
其次，俄商業銀行規模小，分布集中。俄羅斯的商業銀行基本上集中在經濟發達的西部——歐洲區，特別是莫斯科地區，在俄羅斯50家大銀行中，莫斯科就有36家，占72%。各商業銀行的實力也是相差懸殊，排在第一位的俄羅斯聯邦外貿銀行資本額達7億多美元，而排在第50位的銀行資本額隻有3700萬美元。從數量上看，中小商業銀行占大多數。這些銀行成立時間短，區域局限性強，加上金融管理人員和銀行專業技術人員短缺，銀行業務經營種類單一，管理不善，往往成了經濟動蕩的頭號犧牲品。
再次，商業銀行資金來源緊張。俄羅斯商業銀行資本來源過於單一，大約4/5的銀行法定資本金來自國營企業，國營企業在1992年“休克療法”的衝擊下發生財務危機，使銀行陷入困境。這種情況使銀行不能擺脫對政府的依賴，很多商業銀行最重要的資金來源隻能靠國家預算資金，而預算危機又反出來衝擊銀行，結果是，銀行不良債務增加，導致銀行資信力不佳。並且隨著“休克療法”的失敗，一方麵使得宏觀經濟的長期惡化，居民手裏本來就沒多少積蓄，另一方由於長期實行的緊縮性貨幣政策，企業正常經營用的資金還不夠，更不用說存入銀行了。因此，商業銀行很難從社會上吸收閑散資金以彌補自有資金的不足，從而不能擺脫對政府的依賴。所以很多商業銀行的長期穩定的資金來源隻能是靠國家預算資金和預算外資金。