日軍對西南主要城市進行大規模持續轟炸，史語所醞釀再度內遷，派芮逸夫前往四川川南尋覓所址。後擇定南溪縣李莊板栗坳張家大院。
三年級期末，耕望與同班好友錢樹棠、鄭昌淦感到係中師資陣容的缺憾，相互商議，請學校設法約聘留在敵後方的一些名教授來校任教。當時提出的名單中有呂思勉、陳登原諸先生。時錢穆已回蘇州侍母，所以也在耕望等人希望約聘的名單中。校長王星拱俯納諸生陳情，積極與幾位人選聯絡。呂、陳兩位皆答應來校，但終不果來。錢穆因已與顧頡剛有約，要到成都齊魯大學國學研究所任教，故隻應允來武大講學一個月。
大學專門史課程，計有方壯猷的“中國史學史”，陳登恪的“中國近代外交史”，汪詒蓀的“日本史”等。
9月18日，國民政府任命朱家驊代理中央研究院院長。
10月，傅斯年兼任中研院總幹事。
耕望著手擬定畢業論文的章目，由係主任吳其昌擔任指導。
時讀《續郡國誌集解》，見前人搜集曾任郡國守相、州刺史者之姓名，往往未盡。因於搜錄史料期間，就手寫錄各郡國守相與司隸刺史任職者之姓名、籍貫與任職約略時代。
11月，聞錢穆已由蘇州到成都齊魯國學研究所履新，翌年春將到武大講學，耕望與諸生為之雀躍。時已由郡縣長吏和屬吏兩大組織係統的研究入手，開始畢業論文的撰寫。
12月，史語所遷往四川南溪李莊。
〇民國三十年辛巳（1941年）二十五歲
1月18日，史語所所長傅斯年到李莊，進行房屋分配工作。
宣布二月一日起，全所一定要開始辦公。據傅斯年的學生、曾任史語所助理研究員的何茲全回憶：
史語所用的是一家大鄉紳的房院。房舍的布局是環著一個小山頭建造的，從進口處順序排列有：田邊上、柴門口、牌坊頭、戲樓院。田邊上斜對麵有桂花院，戲樓院順小路再往前走還有一個茶花院。田邊上是圖書館，也有幾個研究室，我就在那裏，和胡慶鈞一個屋。牌坊頭是主房，史語所隻占用了前院，後院廳房和配房仍由原主人住。柴門口是眷屬宿舍，芮逸夫、勞榦、岑仲勉、董同龢等有家屬的都住在這裏。傅先生住桂花院，董作賓先生住牌坊頭。
柴門口是個長方形四合院，勞榦等四家分住主房，我和岑仲勉先生、董同龢住對麵，芮逸夫家住左首偏房。我們的房是兩層樓，順坡造的，樓上比院子略高，有木板搭在房門和院子裏梯田式的牆上，樓下有台階上院子裏來。樓上住人，樓下作飯。
山上沒有電燈，點燃兩根燈草的桐油燈。天一黑，院門一關，房門一關，滿院寂靜，滿野寂靜，宇宙間都是寂靜的。
有時候也聚到一家房裏聊天，勞貞一（榦）家的房子大些，一般是聚在他家。男男女女一屋子，海闊天空，小則家常，大則國事，無所不談。我們沒有廣播，報紙是十天半月前的，很少人去看，山外的天下大事，靠每天從山下來的代買菜的人把聽到的廣播帶給我們幾條。別小看這幾條消息，秀才們有時抓住一條就紛紛熱烈發言，討論半天。
冬春之際，耕望與錢樹棠頗感學校高層人事不理想，畢業證書由彼輩簽字，不甚光榮，希請朱光潛出任教務長。遂於星期日一早，攜呈文至校長寓所晉謁。呈文遞送進去，王星拱看完後怒氣衝衝走出來，嚴厲斥責道：“這是學校行政，你們管什麼？你們要請某人擔任某職，人家就聽你們安排嗎？”乃將二人趕出竹籬大門。但事卻出乎意外，後果然發表朱光潛擔任教務長。可能王其時本有此意，兩個傻學生的要求不過加強其決心而已。
耕望讀王鳴盛《十七史商榷》之“漢郡太守治所”條及王先謙《漢書地理誌補注》，皆從清人閻若璩《潛邱劄記》說，認為《漢書·地理誌》各郡國之第一縣未必均為郡國治所、班《誌》無義例。深疑其說，未敢遽信。乃錄於日記，未敢深論。
3月19日，錢穆自成都來到樂山武大，決定開“中國政治製度史導論”和“秦漢史”兩門課。
23日上午七時，錢穆開始講“政製史導論”。講堂原定在一間教室中，但聽的人太多，臨時改在大禮堂。諸生發現錢穆講課頗有政治家演講風度，而高瞻遠矚，尤不可及。錢穆一開講，就說曆史學有兩隻腳，一隻腳是曆史地理，一隻腳就是製度。中國曆史內容豐富，講的人常可各憑才智，自由發揮；隻有製度與地理兩門學問都很專門，而且具體，不能隨便講。但這兩門學問卻是曆史學的骨幹，要通史學，首先要懂這兩門學問，然後才能有鞏固的基礎。其時，耕望正對政治製度和曆史地理發生濃厚興趣，聞言非常興奮，增加了研究這兩門學問的信心。
其時，耕望的畢業論文《秦漢地方行政製度》已寫成四章，先成三章已送呈導師吳其昌，近成第二章先呈錢穆批閱。錢穆問耕望看了些什麼書，耕望列舉了些書名，內有《水經注》。因問何以看此書，答曰：一則喜歡看寫景文，二則想考知秦代縣名。錢穆笑曰：能知從《水經注》中考查秦縣，已是入門了！
4月9日，耕望再晉謁。錢穆曰，你的論文，原料已搜集詳備，惟後代著作，如《山堂考索》、《廿二史考異》諸書尚未閱，可取其研究成績為之補充，並建議將封建與行政分開以免有含混之弊。又垂詢畢業後作何打算，是否有家庭負擔。耕望道：一人在外，尚無家累。聞武大曆史係翌年將辦研究所，想先到中學教一年書，一年後再回校讀研究所。錢穆謂，教書頗費時間，或可到齊魯研究所任助理員為佳。耕望自感高興，惟事尚未定。又錢穆在嘉定講學期間，居在嘉樂門外一間平房中。晚上無電燈，油燈如豆，不能看書，故耕望三四度晉謁，皆在晚間，以免耽誤錢穆時間。據錢穆回憶，時錢樹棠亦常隨耕望同來請益：
錢生學業為全班第一，其昌預定其為下學年之助教。
嚴生居第二名，預請畢業後來成都齊魯國學研究所，餘亦許之。
月尾，錢穆講學期滿，計在嘉定四十餘日，除在武漢大學授課外，又應校外團體邀約作公開講演。28日，錢穆在江蘇省同鄉會演講“我所提倡的一種讀書方法”，大意謂：
現在人太注意專門學問，要做專家。事實上，通人之學尤其重要。做通人的讀書方法，要讀全書，不可割裂破碎，隻注意某一方麵；要能欣賞領會，與作者精神互起共鳴；要讀各方麵高標準的書，不要隨便亂讀。至於讀書的方式，或采直闖式，不必管校勘、訓詁等枝節問題；或采跳躍式，不懂、無趣的地方盡可跳過，不要因為不懂而廢讀；或采閑逛式，如逛街遊山，隨興之所之，久了自然可盡奧曲。讀一書，先要信任他，不要預存懷疑，若有問題，讀久了，自然可發現，加以比較研究；若走來就存懷疑態度，便不能學。最後主要一點，讀一書，不要預存功利心，久了自然有益。
30日，錢穆講學結束，史學係師生開茶會歡送錢穆。錢穆即席勉力各位同學，要眼光遠大，要有整個三十年五十年的大計劃，不可隻做三年五年的打算。
6月11日，接錢穆手教，囑即來齊魯從學，第一年工作以兩漢史為中心。耕望視之為一理想機會，遂決定從師研讀。
7月，大學畢業。《秦漢地方行政製度》已完成“統治政策”、“郡縣長吏”、“郡縣屬吏”諸章初稿（按當時分章與今本頗異），約近十五萬字。
四川天氣炎熱，史語所遷至李莊後，從7月11日起到11月10日前，辦公時間改為上午六點半到十一點半，總共五小時。時任考古組副研究員的石璋如回憶：
天氣一熱，蛇也多起來了，最先發現蛇蹤的是柴門口，一組的岑仲勉先生是廣東人，歲數較長，又愛吃，最先在廚房看見異狀，之後就看見要覓食的蛇，蛇身長度大概有一人的身高，岑也不害怕，抓了蛇之後還帶到牌坊頭給大家看。
岑就說可以跑到山下買點牛肉，可以搭配殺好的蛇，做菜請大家吃。當天晚上煮好了菜就請大家去吃，不過大家一想到蛇就會害怕，沒有人敢吃蛇，岑先生卻吃得很開心。由於山上的蛇實在太多了，所中雇用的本地工友就做了很多蛇夾對付。蛇夾是將長竹竿劈開一段，後頭有很長的把子，很像剪刀，本地人經常用。工友送給每人蛇夾一副，出門時可充作手杖隨身攜帶，碰到蛇就可以夾住其頭，待蛇身纏繞夾上後，即將蛇反複摔打，直到摔死為止，蛇身自會張開。雖然大家有蛇夾，可是卻不敢用。高去尋先生喜歡聊天，常去牌坊頭一帶，回程會經過花廳院後門，先上月台，再下台階才回到戲院樓。有一次回來，他看見月台上爬了蛇，進退不得，又不敢用蛇夾，就退回牌坊頭找人抓蛇。此後一到晚上，高先生絕不去牌坊頭聊天。
8月5日，耕望首途赴成都。
7日，坐雞公車至成都西北三十裏之賴家園齊魯大學國學研究所報到。齊魯大學國學研究所由哈佛燕京學社支持興辦，校長劉世傳兼領所長，顧頡剛以曆史係教授兼研究所主任，實際負行政責任。錢穆以曆史係教授兼研究員，另一位研究員為胡厚宣。後顧頡剛為辦《文史雜誌》而遷居重慶，所務由錢穆負責。
研究員下置助理員八九人，或兼管事務，或兼管圖書，此外有書記四五人，後又加一名編輯。在組織上近似中央研究院的學術研究機構，非教育機構。
錢穆見耕望到，很是高興，親自領往住處，於一切起居飲食，乃至鋪床疊被、整理書物諸瑣事，皆細心指點周到。且於不到一天時間內，來房間五六次之多，誠懇關切，宛如一位老人照顧自家子弟一般，令耕望感到無比溫暖。
休息幾日後，耕望開始增補大學畢業論文《秦漢地方行政製度》，並協助錢穆編撰《兩漢學術通表》，是為教育部《秦漢史》撰作計劃之一部分。
賴家園僻處鄉間，無日機轟炸之虞。當地藏書家羅氏慨然以全部藏書數萬冊無條件借交研究所利用。四川省立圖書館版本較佳圖書亦多所寄存，合計圖書逾十萬冊。全所師生不過十餘人，擁有如此豐富圖書，兼以師資優良，環境寧靜，生活安定，實為當時青年學子最理想之讀書處。
9月，傅斯年以健康原因辭中研院總幹事職，回李莊史語所。
齊魯研究所出版的刊物除《齊魯學報》外，又出《責善》半月刊，意在訓練鼓勵青年學子步入學術研究之途徑。9月尾，錢穆即囑到所不久的耕望常寫短文在《責善》刊布，最好能每月一篇。
耕望深感壓力，想到前一年元旦所寫《楚置漢中郡地望考》一文，遂回去加工增補。
九、十月間，《秦漢地方行政製度》已按原定章目初步完成。
為進一步研究“地方官吏的籍貫限製”，耕望擬將搜集到的兩漢時代曾任郡守、國相、州刺史者的姓名、籍貫、時代等材料撰集為《兩漢太守刺史考》，以作為《秦漢地方行政製度》的附錄。其時，亦已開始搜集有關魏晉南北朝時代地方行政的材料。
10月10日中午，耕望將增補後的《楚置漢中郡地望考》送呈錢穆審閱。晚餐時，得錢穆嘉許：“文章寫得非常好，若能如此，《責善》前途有望！”
讀《史記·封禪書》、《漢書·郊祀誌》，對於武帝創建年號問題發生興趣。耕望覺得史公言簡，但極正確，後人多據成帝追改後之紀年以疑《史》文，實乃大誤。因據《封禪書》、《郊祀誌》與《漢書·武帝紀》撰成《武帝創製年號辨》一短文。自以為隻據幾條少數材料，恐非佳構，未敢送呈錢穆。
其時，齊魯研究所不論研究員或助理員，都各自選定論題，自由鑽研，隻是每周六舉行一次講論會，分組輪流講演，或作讀書報告，與會者共同討論。11月1日，輪到耕望在每周一次的講論會上發言。耕望向來訥於言辭，又不曾在會議桌上講過話，加以剛來，尚無成績可言。錢穆乃囑隻講來所工作計劃。勉強講了四五分鍾後，錢穆接著自談認識耕望的經過，時間反而長了兩三倍。
5日，上午工作困倦，出門散步。遇錢穆，問耕望有無新稿投《責善》下期發表，乃將《武帝創製年號辨》一文送呈審閱，並謂不過是一短劄，不能算作文章。錢穆看後告之曰：“此文甚好，實出我意料之外！”
《楚置漢中郡地望考》刊於《責善》第二卷第十六期。
在所期間，耕望與錢穆無話不說，乃至初戀情事，也告訴了錢穆。錢穆還代耕望謀劃，擬讓其能有機會到重慶去一趟。後因女友的一時不慎，而不得不分手。耕望情緒低落，萬念俱灰。
進而招致長期傷風，精神欠旺。錢穆不時勸解，要為耕望另介紹一女友。然經此打擊，耕望深知自己太重感情，做人做學問都不執著，隻感情不免太癡執。故惟願埋頭讀書，不欲再陷入情網。
乃利用休養期間，整理前此撰集的《兩漢太守刺史考》，擬稍加詮次編為《兩漢太守刺史表》。
12月，《武帝創製年號辨》刊於《責善》第二卷第十七期。
撰寫論文《楚秦黔中郡地望考》和《論秦客卿執政之背景》。
前者為繼《楚置漢中郡地望考》後，第二篇有關曆史地理的論文。
考定楚置黔中，在今清江流域。秦因其名，而郡域大擴，兼有楚之黔中、巫郡及江南地與涪陵江流域，約當今湖北西南部，湖南西北部以及四川東南一隅之地。漢世，割楚黔中、巫郡故地以入南郡，割涪陵領域以入巴郡，而以餘地置郡名曰武陵；《論秦客卿執政之背景》係就早先為撰《秦史》而搜集之資料寫成。秦史傳統，君主與貴族鬥爭至烈，雄主以客卿為爪牙以與貴族搏鬥，貴族之勢既奪，君主之威既隆，客卿自亦因緣得勢耳。
其時，耕望臥房的小堂對麵就是助理員研究室，可坐十一二人。小堂與研究室之間為前進庭院，院子頗大，梅花數株。耕望晚飯後常在庭中散步，或由外麵散步回來，常在小堂階簷下，麵臨庭院稍坐。錢穆亦常到前庭院中散步看月，故師生接觸機會非常多。適接錢樹棠來信，謂武大史學係原擬為其增設之助教一職，迄未得置，隻得在樂山附近中學任教，表示亦想來齊魯研究所從師研習，囑耕望代向錢穆轉致此項意願。為此耕望與錢穆在庭院中談話甚久，承其同意。間亦談及耕望自身的情況，錢穆謂其治學當極有希望。耕望曰，自己雖有心向學，惟天資甚笨，身體又不好。錢穆道：“你讀書研究問題很用心思，看來天分並不壞，隻是身體要隨時注意！”
〇民國三十一年壬午（1942年）二十六歲
1月，《楚秦黔中郡地望考》刊於《責善》第二卷第十九期，《論秦客卿執政之背景》刊於《責善》第二卷第二十期。
錢樹棠來齊魯國學研究所，與耕望住同一間房中。耕望與樹棠在大學時代的讀書意向有高度聯係且相互影響，耕望選習很多中文係的課，是受了樹棠的影響。而耕望對曆史地理學的興趣，也影響了樹棠對曆史地理發生興趣。大學末期，耕望本有政治製度與曆史地理兩者兼治的打算。至樹棠來所，兩人遂相約，耕望專向政治製度史方麵努力，而把曆史地理讓給樹棠來做。
在撰寫《兩漢郡縣屬吏考》過程中，耕望得錢樹棠檢示蕭吉《五行大義》第二十二《論諸官》中的一條材料，認為對於講漢代郡縣政府的屬吏組織係統有極大幫助。
3月7日，顧頡剛看耕望所作《兩漢郡縣屬吏考》。
19日，耕望完成《秦宰相表》的撰寫，乃就先前為撰《秦史》而搜集的資料，表列自秦孝公至二世皇帝，八世君主之二十一位宰相的姓名、籍貫及爵官略曆。刊於《責善》第二卷第二十三期。
耕望初讀《國史大綱》，深感才氣橫溢，立論精辟，迥非一般通史著作可相比肩，以其將為來日史學開一新門徑。惟覺行文尚欠修飾，或且節段不相連屬，仍不脫講義體裁。故向錢穆建議，再加幾年功夫，作更進一步的整理。一方麵就當補充處加以補充，一方麵就文字加以修飾，每節每章寫成渾體論文，能力求通俗化更好。錢穆謂，意見有理，但書已出版，即不想再在上麵琢磨，隻期待後人繼續努力了。