由於科舉考試在人才選拔中所起的決定性作用，官學已完全淪為科舉的準備場所，學校授課日益減少，專重考試，生員已很少或根本不在校學習。官學教育的衰落和教育內容的空疏導致了學風的敗壞，生員們專事練習寫八股文，走投機取巧的捷徑，就連為啟蒙教育而設的學塾，其教學也被納入了科舉考試的軌道。
盡管如此，明中葉以王守仁為代表的教育思想和教育主張還是在當時和對後世產生了深遠的影響。王守仁（1472—1529年），字伯安，因他曾在陽明洞讀書、講學，自稱陽明子，別號陽明，封“新建伯”，諡號“文成”，後人因此亦稱其王文成公，亦尊稱其為陽明先生。他在從政之餘，一直熱心創建書院，設立社學，並不拘形式，隨處講學，傳播自己的學說，曆經數十年，終於形成了理學新流派——陽明學派。
王守仁提出了“致良知”的教育目的論，認為良知在每個人身上的天然體現是一樣的，隻是常人因為被物欲所誘惑、蒙蔽，就無法循著良知去發展，所以學習的目的就是“致良知”，即“學以去其昏蔽”，“明其心”。他還提出了許多教育原則和方法，主要有知行並進，自求自得，循序漸進和因材施教等。他在哲學上提出“知行合一”說，針對程朱理學知而不行的“空疏謬妄”，表現出更加重視行的傾向，提出“真知即所以為行，不行不謂之知”的觀點。他強調要引導學生“各得其心”，學習貴在自得，要達到自求自得，必然要采取獨立思考的方法，提倡懷疑，不盲目迷信書本和聖賢，並勇於堅持。他的這種思想在當時的社會條件下是極為難能可貴的。王守仁還多次提到為學要循序漸進，教學必須注意“從本原上用力，漸漸盈科而進”。與循序漸進相聯係，他還強調因材施教，要根據學生的資質、個性、長處給以不同的教育。
在王守仁的思想中，關於兒童教育的論述也很值得重視。他從良知說出發，認為樂是心中本體，教學必須引起學生的樂學情緒，要用培養、誘導、順應兒童情緒，鼓舞兒童興趣的方法進行教學，要誘之歌詩，導之習禮，諷之讀書，來“訓導其意誌，調理其性情，潛消其鄙吝，默化其粗頑。”同時，他對當時的兒童教育狀況進行了批判，指出當時訓蒙稚者對待兒童“鞭撻繩縛，若待拘囚”以致使兒童“視學舍如囹獄而不肯入，視教師如寇仇而不欲見，窺避掩複，以遂其嬉遊，設詐飾詭以肆其頑鄙，偷薄庸劣，日趨下流。”他的批判深刻地切中了時弊。
至明末清初，浙江大地在教育思想界湧動起兩股先進思潮。一股是以黃宗羲、朱之瑜、陳確為代表的早期啟蒙思潮，他們繼承和發展了先秦以來務實、重人、重經世致用的學術觀點，還結合了當時的時代要求，提出了別開生麵的教育思想和教育主張。這一思潮發展對封建專製主義和封建蒙昧主義的批判，具有早期啟蒙思想性質，並成為中國古代教育思想向近代教育思想轉化的中介和橋梁。這一思潮由學術思想領域而影響至政治、經濟、科學和文學藝術。其基本特點是尚實學、重實證、講求經世致用，反對空談心性，力倡務實之風。實學思想的出現預示著中國教育發展的曆史即將進入資產階級啟蒙教育的新階段。
另一股是西學入浙的影響。16世紀歐洲宗教改革運動興起，耶穌會開始派遣教士前往南美、非洲和亞洲傳教，自此，中國與歐洲在曆史上開始展開文化與教育交流。雖然當時的明政府實行的海禁政策使早期的耶穌會教士在進入中國境內傳教時困難重重，但教士們的熱情和執著最終還是為西學東漸鋪出了一條道路。其中對浙江教育直接產生重要影響的是李之藻對西學的引入和艾儒略對西學的譯介。
進入19世紀，中國封建社會走向窮途末路，在教育思想上出現了頑固派與改革派的鬥爭。其中改革派中最具代表性的人物是龔自珍。他對封建專製製度腐朽沒落的揭露和批判可以說是振聾發聵，驚世駭俗，他認為改革不但勢在必行，而且還希望不要等外力強行改革，應自行改革。在教育上，他倡導經世致用的學風，在反對空疏無用的理學的同時，還尖銳地批評了脫離實際的訓詁考證。對於治學與治世相脫節的學術弊端，他極為不滿，強調“一代之治，即一代之學也”，無論是研經還是讀史，都需與時事相連。他主張研究有價值的學問，甚至要學西洋奇器，主張學習外國科學知識，以富國強兵。他還大聲疾呼“不拘一格降人材”，認為人才是社會興衰的尺度。他說“世有三等”，即“治世”、“亂世”和“衰世”，而“三等之世，皆觀其才”。他深刻地觀察到當時的清王朝已到了不可挽回的“衰世”階段，這個“衰世”集中體現在人才的缺乏和人才的被壓製、被扼殺上。他認為人才缺乏的原因是封建的八股取士製度和人才任用製度，因此主張改革任用人才的弊政，改革科舉製度，倡導“漢世的諷書射策”，廢除資格論，培養造就真才實學之士。