一直主張收複瞻對的鹿傳霖早已做好準備，得了命令馬上進攻。
“將朱倭逆寨、瞻番新寨攻破，惟瞻逆則忠紮霸乘間逃遁。”鹿傳霖隨即下令提督周萬順率軍追擊，同時調集明正、裏塘各土司兵馬，“聽候調遣，以為後繼”。
這時，下了進剿命令的清÷又擔心起來，好在有了電報，消息傳遞就快多了。三天後清廷又“電寄鹿傳霖，瞻對之事幹涉達賴，恐掣動藏中全局。現在添營進剿能否得手？著鹿傳霖隨時電聞”。
而鹿傳霖思考的已是瞻對的善後事宜，主張“保川圖藏”：“擬俟收複三瞻後議設流官”。也就是說，這位勵精圖治的四川總督已經在籌劃戰後驅逐藏官，在瞻對等地“改土歸流”，建立由朝廷委派流官的行政機構。
此時的清廷對鹿的主張是欣賞與支持的，表揚他“總期自固藩籬，消弭隱患”。
清軍攻進瞻對後發現，一年前已由清廷下令革職的駐瞻對藏官對堆多結和夷喜吐布丹仍留在當地，正帶領藏軍抗拒清軍。但在提督周萬順三路齊攻麵前迅速敗退。而在章穀，奪了章穀土司印信的朱倭土司也戰敗了，帶著章穀土司和自己的印信潛逃。
戰事進行順利。鹿傳霖直接向朝廷提出：“統籌川藏情形，瞻對亟宜改設漢官。”
朝廷此時卻又猶豫起來，電告鹿傳霖：“瞻對用兵係暫時辦法，事定之後應否仍設番官，當再斟酌妥辦”，“不能因此嚴責喇嘛，轉生他釁也。藏事棘手，該督等當通盤籌計，切勿魯莽”。
奏報往還之間，周萬順所帶漢、土官兵正一路苦戰，逼近了如今新龍縣城所在的中瞻對，藏官官寨所在之地。此地在雅礱江西岸，東岸一山壁立，直逼江邊，有一座跨江橋梁通往對岸。我到當年這爆發惡戰的舊地，與當日不同的是，當年的藏式木橋，已被一座可以對駛卡車的水泥拱橋所代替。橋變了，地理狀況並未改變。江西岸山勢稍緩，江岸邊一片傾斜台地，藏官衙門和藏軍堡壘就位於這片台地之上。藏軍深溝高壘，要在此與清軍決戰。戰事是新的，對手也是新的，情勢卻與此前幾番攻瞻過程幾乎雷同。“逆巢有新舊大寨兩座，形勢毗連，均極高峻險固，新舊大寨之外，三麵環列小碉十七座，賊自焚其三，其餘棋布星羅，互為犄角”。除此之外，寨之右山有哨碉三座，形如品字，為新寨之屏蔽。其新舊兩寨之前，複有水碉四座，相為犄角，真是易守難攻之地。更困難的是，清軍在東岸，藏軍敗退時，已拆毀了通向對岸的橋梁。前線清軍一麵趕造牛皮船，“以洋槍沿岸轟擊”，掩護強渡，一麵從上遊距中瞻對近百裏處的波日橋渡河迂回，終於將中瞻對藏軍圍困起來。
在前線領兵的周萬順戰術嫻熟，“趕造極厚木牌以禦槍石”，並開挖地道，深抵寨牆後，才激勵將士發起進攻。鹿傳霖在其奏章中詳細記載了戰爭過程，給我們留下了彼時戰爭活生生的細節。
光緒二十二年八月二十八日黎明，攻擊駐瞻對藏軍中心據點的戰鬥正式開始。
“周萬順新督各營開隊前進，直攻第一水寨，賊用槍石轟擊，我軍以木牌自衛，鼓勇直前。旋前旋卻，直至昏夜，始抵寨根”。鹿傳霖還留下了那些低層軍官的名字：“曹懷甲、朱蘭亭、馬驥、李朝富、鄢明慶等，各率所部勇丁四麵攻擊，哨弁陳有珍督率勇丁、礦夫開挖寨牆，寨上槍石如雨，繼以沸湯，附近賊寨複以槍炮環擊，我軍頗有傷亡。新大寨複出悍賊數十，直前援救，陳有珍揮戈陷陣，奮勇抵禦，陣斬悍賊多人，賊始敗退。”但清軍挖掘地道卻沒有成功，因為遇到了巨石，“時天已將明，我軍始退避坎下，朱蘭亭及哨弁張玉林均受石傷，並陣亡勇丁一名，受傷者十一名”。
白天休息，二十九日夜，又對這個水寨發起進攻。同時佯攻其他寨子作為牽製，換了一個叫李飛龍的軍官帶領繼續開挖地道。“大寨複來援賊數十，直犯我軍，經馬驥與哨弁艾榮華、馬象乾等分兵迎擊，斬賊三人，賊乃遁去。惟寨上炮石如雨，鄢明慶、陳有珍均各受傷，迨至四鼓，始將地道掘成，哨弁陳長信急負洋藥二桶裝入洞中，燃火轟發，寨牆立圮，我軍乘勢攻入，立將寨賊焚殺無遺，擒獲逃出番婦一名，工曲大頭人一名，朱倭大頭人一名，乍丫大頭人二名，我軍亦陣亡一名，勇丁五名。”
這才攻克外圍四座水碉中的第一座。
三十日夜，又如法炮製，攻擊第二座水碉。不同的是，直到水寨再次被地道中的洋藥轟毀，大寨裏再無兵出援了。
九月初一，清兵見瞻對藏軍注意力都集中在剩餘兩座水碉的防守上，便出其不意，籌劃攻擊大寨右山上的哨碉。當天晚上，“令鄢明慶等乘夜率隊前往攻撲，曹懷甲、李飛龍及明正土兵同往埋伏接應，是夜二鼓，銜枚急進，直抵賊巢，賊以長矛飛石，直犯我軍，李飛龍所部哨弁陳守信伏兵突出，賊不得逞，我軍亦多受傷。此碉直立岩際，路極陡險，與新寨互為犄角，時以銅炮轟斃我軍，猝難前進，正在相持，忽聞新寨銅炮炸裂，哭聲震天，哨弁楊蔭棠急放大炮轟擊，我軍一湧而前挖成地道，急以洋藥填入，轟塌碉牆，乘勢攻入，將碉內悍賊殲除淨盡。哨弁丁玉堂、劉長勝奮勇先登，均受重傷，陣亡勇丁三名，受傷十二名”。而右山三座哨碉這才去了一座。
以後，藏軍“守禦愈嚴”，戰事陷入膠著，僵持了差不多半月時間，再也未有新的進展。
九月十三日，又有副將陳立綱率援軍兩營到達，清軍士氣高漲，周萬順當即命令於白天大舉進攻。“分派壽字後營、長勝中營、長勝副中營、新健營分路猛撲，碉內放槍轟擊，哨長餘鳳鼎勇丁一名當時陣亡，遊擊丁玉堂、龍迎廷均受重傷，眾欲退避，哨弁陳有珍，躬冒槍石，奔赴牆下，鄢明慶複自後督隊，眾始奮勇撲攏，力挖牆腳，各營槍炮環施，他寨之賊不敢出援。相持兩時之久，碉壁挖穿。陳有珍急負洋藥安放洞內，滾岩而下，俄頃火發，碉牆齊摧，守碉悍賊數十人無一脫者。”
周萬順又轉而命令攻擊水碉。
“此碉本為鎮橋而設，極為高厚，左築深池，右築圍牆，牆外掘有深濠。濠外梅花樁密布，雜以荊棘，韓國秀親督弁兵，將梅花樁奮力拔去，而牆內伏賊槍石如雨，相持時許，陣亡守備王勝美、把總張仁臣、六品軍功馬才品三人，勇丁亦多有傷亡，勢且不支。周萬順急令外委梁長泰用開花炮轟擊，時已亥刻，賊複出隊救援。各軍奮勇接戰，斃賊甚多，紛紛敗退碉內，逃出六人請降，餘為炮火轟斃，槍炮漸稀。陳有珍即督率勇丁乘勢猛撲，躍登圍牆，複督令急挖碉牆，大寨之賊迭出救援，均經擊退。時至五鼓，碉牆挖至八尺，尚未洞穿，急以洋藥轟放，僅去碉牆一角，我軍乘勢攻入，斬殺殆盡。”
清軍暫停進攻，勸藏兵投降。
九月十六日，藏兵放棄外圍剩餘哨碉和小碉，相繼撤入中心大寨。周萬順見勸降無果，“複飭各營進兵取其附近之碉，各營遂率所部四麵包抄，齊聲呐喊，賊眾驚惶無措，堅守老巢。鄢明慶遂率奮勇數十人傍山而行，撲入一碉，始知悍賊逃入大寨，僅餘婦孺三人，此碉即為我有。韓國秀、李飛龍各率所部猛撲大寨，寨內槍石如雨，時陣亡把總王懷三並勇丁一名，猝難逼近。李飛龍見附近一碉，槍聲稀少，諒無多賊，即率健勇數十人破門直入，碉內僅有數人，跳窗而下，立為我兵轟斃，此碉亦即奪得，正擬進圖大寨，適大雨如注，當即收隊。計先後奪取五碉，共陣亡弁勇十七人，受傷七十三人，攻瞻之役，此次最為惡戰。”
統計戰果：“合圍兩月有餘，先後攻破賊碉八座，現僅存逆巢新舊大寨兩座，小碉五座。”
藏兵方麵，帶兵官則忠紮霸兵敗章穀後，並沒有回到瞻對，失去蹤跡。駐守瞻對的是前一年已由清廷下旨噶廈政府要求予以革職的原駐瞻對俗官對堆多吉和僧官夷喜吐布丹。俗官對堆多吉在清軍渡雅礱江形成包圍前已經逃走，留下其子楞殊與僧官夷喜吐布丹堅守官寨。
楞殊於十三日戰死，隻剩僧官夷喜吐布丹一人率殘兵頑強抵抗。
鹿傳霖見此情形，命令周萬順“開導招降，剿撫並施”。
周萬順得令，“派令降番屢次入寨開導，令其獻寨投誠免死，賊尚負固不服”。同時還在積極備戰，於是“開挖曲折明濠，為攻取逆巢舊寨之計”。
“九月十七日，濠已開成，寨內之賊倍形惶懼，將舊寨器物移入新寨，猶抗不出降。周萬順知其已無固誌，十八日清晨，傳令各營四麵進攻。一麵仍派降番入寨，切實開導，曉以利害禍福，許以獻寨乞降，準予免死，如敢抗拒不服，即當進攻，破寨定在今日。逆番夷喜吐布丹見事機已急，始派二等番官洽桑巴出寨求見漢官，周萬順當令彭鶴年、周啟藩、張誌琦及李飛龍、鄢明慶、李朝福與之相見，洽桑巴初猶狡辯無罪，詞尚倔強。彭鶴年等曆數其苛虐瞻民，蠶食土司，參撤不遵，而複敢帶兵越界滋事，拒傷官兵種種罪狀，嚴詞詰責，並諭以事已到此，利害禍福，惟其自取，洽桑巴始懼罪戰栗。謂以前之事，皆係對堆多吉、則忠紮霸所為，兩人早已在逃，夷喜吐布丹不敢抗拒官兵，近日守禦，亦係對堆多吉之子楞殊之謀。其人已中炮斃命，夷喜吐布丹現知悔罪，懇求罷兵。彭鶴年等複勒令限三日之內，陸續獻出碉寨，不準遷延，可從寬貸。
“洽桑巴往返數回，始於午後大開寨門，將舊大寨獻出，寨內番眾均已逃亡新寨，財物器械搬運一空，韓國秀一軍，當即入居寨內。”
其間，還發生一件事情，清軍抓獲前來送信的藏兵，搜出一紙“傳牌”，內中聲稱增援瞻對的藏兵一千五百名正在向瞻對進發。但這紙“傳牌”印文模糊，也未說明這援軍是何人帶領，又是從何處而來。清軍判斷這是偽造，“希以虛聲搖惑軍心”。後來，這支紙上援兵直到瞻對戰事結束，也未見蹤影。
閑話表過，再說中瞻對戰事。
雙方談判，本來說定十九日藏軍要獻出五座碉堡，但時限到了，“五碉仍複固守如前”。
周萬順立即命令韓國秀、曹懷甲兩營兵排隊列陣，擺開進攻架勢，再派已降番目分赴各碉繼續開導勸降。這時，“守碉各番懾於兵威，知難相抗，亦即陸續繳出器械，先後投誠。即派勇弁分往各碉，共計招降番眾男女一百餘人，分別資遣散去”。
二十一日洽桑巴再次出寨到清軍營中，稱遷延不降，是害怕被清軍誘殺，並且“因結怨瞻民，深慮報複，懇求酌派兵勇護送回藏”，“周萬順當即宣布皇仁，概為允許”。
“而夷性多疑，終畏誘殺，遷延乞緩，至二十六日夷喜吐布丹率同喇嘛番眾婦孺三百餘人開門而去，呈繳大炮五尊，放出羈押明正、革什咱、德格、霍爾五土司番眾七十六人，當即訊明分別資遣，分派各營移駐寨內，三瞻地麵一律肅清。”
不久，朝中就收到前線傳來的好消息：“電奏瞻對碉寨全克，逆目遁逃。”
後來又得到消息，逃出的番官則忠紮霸已病死於察木多地方。
鹿傳霖嚐試改土歸流
關於瞻對如何善後，鹿傳霖先後上奏十數次，力主改土歸流，設立漢官。並具體提議將瞻對改設為“瞻對直隸廳”，同時，在章穀土司和朱倭土司地設立屯官兩員。
此時，清廷又擔心在中央政府與噶廈政府關係已經相當緊張的情形下，瞻對改土歸流勢必將使局麵進一步惡化。“三瞻雖已全克，或收回內屬，或賞還達賴，均於大局頗形窒礙，實屬勢處兩難。……倘達賴因此觖望，諸事掣肘，將來印藏勘界一事，更難著手，是收回一說，談何容易”。但是賞還達賴，清廷也不甘心，“又恐藏番生心，威脅鄰境各土司，以致入藏路阻，將來駝隻無人供應如何入藏？”
此時新任駐藏大臣文海尚未到達任所，清廷命令駐藏幫辦大臣訥欽說服達賴，讓藏方退出瞻對，由清廷給予賞銀，也就是付清原來所欠征瞻軍費，但藏方堅決不同意。
於是，瞻對戰勝後，善後事宜卻成為一件懸案，久拖不決。
鹿傳霖再奏文催促，上麵就不耐煩了：“總之，保川固要，保藏尤要，籌善後，設流官，此保川之計，非保藏之計也。”
鹿傳霖隻好耐住性子，等待清廷決斷。等了一年多，清廷還是舉棋不定，難下決斷。
駐藏幫辦大臣訥欽，雖不能說服達賴喇嘛放棄瞻對，但還是支持鹿傳霖的主張，專門上了一折，說“瞻對撤歸川屬無可疑慮”。時在光緒二十三年九月。此後不到一月時間，清朝中央專門管理蒙藏事務的理藩院報告，達賴喇嘛派人到京遊說，請求代為上奏，“懇求賞還瞻對”。
此間周萬順所領征瞻對清軍，“先派攻剿之四營，弁勇既多傷亡，亦甚疲乏，關外嚴寒，軍士思歸”，而瞻對地麵“瞻民歡欣聽命，從前逃亡者多已歸來，惟紛紛控訴番官之凶暴苛斂，民不聊生，求歸內屬”。在此情形下，鹿傳霖以為瞻對地麵並不需要留下太多兵力，便奏請把先到瞻對四營撤回，臨時委任張繼為瞻對彈壓委員，統帶後來進援瞻對的四營清軍，留三營“駐紮瞻對，籌辦善後。韓國秀一營駐紮道塢，兼顧章穀、朱倭善後”。
等待清廷決斷之時，德格土司派人來到瞻對，向瞻對彈壓委員張繼陳述冤情。
當地史料說，“切麥打比多吉在位期間，與下屬頭人發生矛盾，不能行使土司職權，曾請求四川總督派喬姓統領帶兵剿辦”。
《清代藏事輯要》載有鹿傳霖當時上達清廷的奏報，因為記於當時，應該更為確切：“查該宣慰司側旺多爾濟羅追彭錯克，其婦本西藏之女，生子昂翁降白仁青，向與瞻對番官對堆多吉交通，因而婦禁其夫而別居，子廢其父而自立……苛虐土民，一如對堆多吉所為。”也就是說，清廷冊封的老土司，已被由瞻對藏官支持的妻子和兒子奪位，失去土司大權了。清軍瞻對戰勝後，老土司又聽說藏官死於察木多，於是“該老土司迭次派人赴瞻彈壓委員張繼行營訴陳冤苦，而所部頭人等亦均紛紛詣營懇求”。
又查《德格土司世係》，前去告狀的應該是德格第十九代土司切麥打比多吉。十一歲?，他和其母被貢布郎加擄到瞻對南麵扣為人質多年，貢布郎加兵敗後，才被藏軍解救回德格複職。切麥打比多吉被擄往瞻對的時間是1852年，派人到瞻對彈壓委員處告狀應是1897年。也就是說，這一年，切麥打比多吉才五十六歲。如此壯年，就被其妻、其子奪了大權，心裏自是不甘。
鹿傳霖接報，命令張繼前往“相機妥辦”。
“張繼即率師深入險阻，土民牛酒迎勞，因宣布朝廷恩惠，複感激涕零。惟小土司昂翁降白仁青，梗頑如故，尚欲奮其螳臂，糾謀抗拒，不意張繼已派營據其腹心。”光緒二十三年四月十一日，“該員輕騎馳抵土寨，遂將其母子一並縛獲”。