至於鄭和船隊的具體隊形，在我國一般史料中未記載，而僅在《三寶太監西洋記》中有所述及，摘錄如下：
每日行船，以4艘“帥”字號船為中軍帳；以寶船32艘為中軍營，環繞帳外；以坐船300號，分前後左右4營環繞中軍營外。以戰船45號為前哨，出前營之前，以馬船100號實其後，以戰船45號為左哨，列於左，人字一撇撇開去，如鳥舒左翼；以糧船60號，從前哨尾起，斜曳開列到左哨頭止；又以馬船100號副於中；以戰船45號為右哨，列於右，人字一捺捺開去，如鳥舒右翼。
這種船隊由“帥”字號船組成的中軍帳，處於隊形的核心，能環視周圍各船隊形，便於實施統一指揮。它優於單一隊形，如單縱隊、雙縱隊或單橫隊隊形，避免了隊形過長或過寬，首尾、左右不能相顧的缺陷。
由當代曆史學家張維華主編的《鄭和下西洋》一書中有一編隊示意圖，酷似一個“貴”字形。這種隊形與現代艦船的大型編隊的航行序列衛幕隊形很相似。
隊形最前方有前衛成“人”字隊或雁行隊，主力艦在大本營居中，相當於中軍帳。左右翼有展開的方位隊，如鳥之舒兩翼，大本營的主力艦周圍還有衛幕艦任保衛、警戒之責。艦隊的尾翼也有護衛艦警戒。
船隊的前後左右均有戰船形成衛幕，有利於保衛中軍帳及輔助船的安全。遇有戰鬥情況，位於四周的衛幕艦船易於展開迎敵。
當遇有敵艦從隊後來襲時，隻要各船根據統一令，原地調頭，首雁形分為燕尾形，原來的後燕尾開變換為首雁形隊，可使整個編隊迅速轉成180度，以迎敵。
指揮一個龐大的特混編隊的行動和通訊聯絡是密不可分的。在沒有無線電通訊手段的15世紀，所能用的海上通訊手段隻有視覺通訊和聽覺通訊，也就是靠旗、 燈和音響信號。從中軍帳的帥船到外圍的衛幕船，欲通暢無阻地傳遞信號，必須有嚴密的組織和嚴肅的紀律。
據《西洋記》記載，鄭和船隊的通訊手段是：“晝行認旗幟，夜行認燈籠，務在前後相繼，左右相挽，不致疏虞，如遇敢有故縱，違誤軍情，因而僨事者，即時梟首示眾。”可見通訊聯絡紀律的嚴明。
明代船隊在夜航中以燈光為號，則是常見的。各船以燈火為號，中軍船放起3支火把，一盞懸燈。其餘四方各營的情況是：前營船平列懸燈兩盞；左營懸燈兩盞，各桅一盞；右營大、小各平列懸燈兩盞，後營兩盞，一高一低，以便於識別各船所在的陣位。
如遇有霧、雨、雪等不良能見度時，則用音響信號進行聯絡。如配有大銅鑼、小鑼、大更鼓、小鼓等物件。
除作為作戰指揮用之外，還可用於傳達號令和信息，以便在能見度不佳時，保持有效的聯絡。除鑼、鼓之外，還有喇叭和螺號也用於通訊聯係。
即使天氣良好時，音響信號也有其專司的內容。如前進、後退、
舉炊、集合、起碇、升帆、拋錨等活動，便皆以音響信號指揮。嚴密的組織和嚴格的紀律，使鄭和船隊順利實現了七下西洋的宏偉目標，為我國航海史寫下了光輝的一頁。