但是，這個決定卻遭到這裏道士們的強烈反對。
後來，漢明帝在洛陽白馬寺舉行道士與高僧的賽
法，結果兩位高僧獲勝，取得了在清涼山一帶建築佛教寺院的權利。
寺院落成後，命名為“靈鷲寺”。漢明帝劉莊為了表示自己對佛教的重視，就加“大孚”兩字，因而寺院的全名為“大孚靈鷲寺”，也就是後來顯通寺最初的規模。從這個時候開始，清涼山成為我國佛教的中心，大孚靈鷲寺和洛陽白馬寺同為我國最早的寺院。
後來，曆代都對大孚靈鷲寺進行修葺，北魏孝文帝時期對大孚靈鷲寺進行修葺後更名為“花園寺”；唐太宗時名為“華嚴寺”；明太祖朱元璋重修後賜額“大顯通寺”，形成後來的規模。
顯通寺占地80000平方米，各種建築400餘間，中軸線殿宇有7座，由南至北依次為觀音殿、文殊殿、大佛殿、無量殿、千缽殿、銅殿和藏經殿。這些殿宇造型各異，獨具特色。
在懸掛“大顯通寺”匾額的山門外兩側，各有一通石碑，石碑上模仿龍形和虎形，寫有“龍虎”兩個大字。寺廟中用龍虎把守大門，甚為奇特。
觀音殿又名“南殿”，殿內供奉的是觀音菩薩像，左右兩邊陪祭的是文殊菩薩和普賢菩薩像，所以又稱“三大主殿”。殿內兩側放滿了經架，架上有各種經書，所以又稱“藏經殿”。過去曾將救助水陸眾生的大法會水陸道場設在這裏，所以又叫“水陸殿”。
文殊殿是顯通寺的第二重大殿，殿前有兩座碑亭，亭內立有兩通漢白玉的石碑，石碑高不足3米，寬不足1米，一通是“有字碑”，就是後來康熙皇帝的禦筆；一通碑上沒有任何字跡，人們稱作“無字碑”。
相傳這兩個碑亭的地方原是兩個圓形的水池，池裏的水清澈如鏡。
有一年，康熙皇帝朝台，巡遊顯通寺，來到文殊殿前。他抬頭一望，隻見絢爛的菩薩頂端端正正坐落在靈鷲峰下，好像一條英武的龍，昂著頭高臥在那裏。
這座牌樓正是龍頭，兩根幡杆正是龍角，108層台階從牌樓上延伸下來，正是龍吐出了舌頭。康熙越看越像，也越看越怕：這不就是出真龍天子的地方嗎？難道我大清的江山要讓別人奪去嗎？於是，他就想找些理由來證實這不是一條龍，或者是一條死龍，那他可就放心了。
當時的住持和尚在皇帝身邊接駕，聽到皇帝在念叨菩薩頂，便湊上去說：“啟奉萬歲，那靈鷲峰是一條龍，菩薩頂的牌樓，正好在龍頭上。”
康熙最怕說的話就這樣被住持說了出來，康熙皇帝不露神色，仔仔細細看了菩薩頂一會兒，像是發現了什麼奧秘一樣掉轉頭對住持說：“靈鷲峰是條龍，但不是條活龍，你看，它沒有眼睛。”
本來，康熙帝是想讓住持接住他的話茬，也說一句“這條龍沒有眼睛。”
可住持沒有領會到皇帝的本意，隻是一心想把自己所知道的統統告訴皇上：“啟奏皇上，我主有所不知，這龍是有眼睛的。每日午間時分，太陽照到這兩個池上，那菩薩頂的木牌樓兩側就會出現兩個圓形的光環。”
這一來，康熙再也忍不住，發了雷霆，“龍長了眼睛，不會飛走嗎？龍飛走了，那五台山的靈氣還會有嗎？這兩個水池，你給我填平，上麵再立兩通石碑壓住！”
住持嚇壞了，立即命人填平了水池，並立起了石碑。
住持請康熙寫碑文，康熙忘了有兩通石碑，就欣然寫了一篇，住持無奈，隻好請工匠把碑文拓刻在左邊那通石碑上，右邊則空了下來。
文殊殿殿內供奉著7尊文殊菩薩像：正中的為大智文殊菩薩，前麵的5位從左至右依次為西台獅子文殊菩薩、南台智慧文殊菩薩、中台孺者文殊菩薩、北台無垢文殊菩薩和東台聰明文殊菩薩，大智文殊菩薩後麵是甘露文殊菩薩。