焚書後還不夠，第二年，即秦始皇三十五年（公元前212年），兩個術士暗地裏誹謗秦始皇，並亡命而去。秦始皇得知此事，大怒，派禦史調查，審理下來，有四百六十餘人因此被坑殺。這就是曆史上的“坑儒”事件，現在據考證，李斯在這裏麵的“功勞”確實也不少。有史家評述，始皇帝的千古功績，一半算在他頭上，同樣萬事罵名，也一半因他而起。
其二，妒殺韓非
李斯春風得意的時候，還幹了一件令世人不能原諒的事，那就是用小人的手段殺了他的同學也是競爭對手的韓非子。這也許就是曆史上所有小文人的悲劇，一輩子想做“倉鼠”，但也怕“廁鼠”從廁所裏跑到倉庫裏，跟他搶飯碗。
有一段時間，秦始皇，突然十分喜愛韓非的才華，這讓李斯很恐慌。韓非和李斯是同學，都是荀子的學生。但是很明顯，如果李斯算上碩士研究生，韓非起碼也到了博士研究生的級別，他在老師荀卿理論基礎上，把慎到的“勢”，商鞅的“法”，申不害的“術”結合起來，並加以豐富和發展，形成了一套完整的君主專製理論。
當然因為韓非說話口吃，不善辯說，隻好悶在家裏寫書，這也充分說明很多會說的知識分子其實肚裏不一定有多少才學，倒是那些一聲不吭的，性格內向的往往是一個好作家。韓非在韓國並未受到重用，但他的書傳到秦國，書中所講的“尊主安國”的理論，一下子卻讓秦王成為了他的粉絲，秦王非常讚賞韓非的才華，並說：“我要是能見到此人，和他交往，死而無恨。”
不久，因秦國攻韓，韓王不得不起用韓非，並派他出使秦國。這時候，李斯這隻“倉鼠”開始有機會除掉韓非了。他對秦王說：“韓非是韓王的同族，大王要消滅各國，韓非愛韓不愛秦，這是人之常情。如果大王決定不用韓非，把他放走，對我們不利，不如把他殺掉。”秦王輕信李斯的話，把韓非抓起來，在李斯這位老同學的直接“關心”下，韓非很快就被逼喝了一杯毒酒……
從此以後，李斯沒有對手，更可以施展自己的才能，為秦王統一六國出謀劃策了。秦王政二十六年（前221年），秦王結束了長期分裂的割據局麵，統一了中國，建立了一個東到大海，南達嶺南，西至甘青高原，北至今內蒙古、遼東的空前的大一統國家。
（二）．
由於秦始皇的賞識，李斯不僅官運亨通，他的子女也都跟著沾光。李斯的長子李由做三川郡守，掌握了一定的軍政大權，其他子女不是娶了皇室女兒，就是嫁了皇室公子。
有一次，李由回到鹹陽，李斯擺設家宴，百官都來赴宴祝酒。門裏門外車輛數以千計，若是擺在現在，肯定寶馬、奔馳這也的豪車基本數不清，說不定要專門安排交警來維持秩序。
不過，李斯也明白否極泰來這個道理，做人還算低調，頭腦還算清醒。但曆史弄人，轉變他命運的時刻終於開始萌生了。
秦皇三十七年(前210年)，始皇決定第五次巡行。 這一次巡行，丞相李斯和秦始皇寵愛的小兒子胡亥等一同前往。巡行的路線是：從鹹陽出發，出武關，沿丹水、漢水流域到雲夢，再沿長江東下直至會稽(今浙江紹興市南)。登會稽山，祭大禹，並刻石留念。在北歸之時，秦始皇得了重病，不久死在沙丘(今河北钜鹿縣東南)。