不久，明廷任用兵部尚書孫承宗為遼東經略。孫繼承熊廷弼的以守為戰的策略，采納兵部職方司主事袁崇煥的建議，大力整頓防務，派遣將領鎮守錦州、鬆山、杏山、大小淩河等要塞，以袁崇煥鎮守寧遠城。經過孫、袁二人的苦心經營，遼東防禦能力得到加強。然而天啟五年（1625）孫承宗卻在閹黨的攻擊下憤然辭職還鄉，遼東形勢再度逆轉。天啟六年，努爾哈赤率師三萬軍隊進攻寧遠，袁崇煥激勵將士，誓死守城。加上寧遠城防守堅固，又有火炮，而後金軍全是冷兵器，缺乏攻城器具，經過三天急攻仍未攻克，後金軍傷亡慘重，被迫撤退。這次戰役已被稱為寧遠大捷，這是明金交戰以來明軍取得的第一次勝利。但是它隻是明王朝末日的餘暉，不能從根本上挽回敗局。這次失敗，對於後金來說隻是勝利征程中的一次挫折，盡管努爾哈赤兵敗寧遠不久憤恨而死，但是他的繼承人皇太極和他的軍隊卻沒有消沉，反而越挫越勇。
縱觀天啟年間明金之間的戰爭，明軍盡管取得了一次小小的勝利，但從總體上來看，明朝已失去了大片土地和城市，是失敗的。
明軍之所以失敗，從主觀上來看：第一，明王朝已經進入衰退時期，政治腐敗、經濟凋敝、軍力削弱等一係列社會問題開始凸顯。第二，軍隊缺乏統一指揮。明朝在遼東既設有巡撫，又設經略、總兵等多個官職，而且隸屬不明，從而造成軍隊號令不行，熊廷弼與王化貞就是個例子。明初為了防止地方權力過大，威脅中央，實行相互牽製政策。在行省設布政使，按察使，都指揮使分管民政、監察和軍事，三者互不統屬，直接隸屬於中央，後來又設巡撫、總督進行牽製。這種製度雖然在和平時期可以通過削弱行政職權達到加強中央集權的作用，但是在戰亂時期，它起到的更多是負麵效應。兵法說“將在外，君命有所不受”就是這個道理。第三，明廷政策搖擺不定、朝令夕改，使得將帥的合理政策不能得到貫徹落實。一些原本有才能的人也因此得過且過，不肯有大作為。因為一旦被朝中的閹黨抓到把柄，自己的下場將是很慘的，他們這樣做也是出於自保。第四，臨陣換將，大賞大罰。自從薩爾滸之戰以來，明軍屢次更換統帥，其中固然有因為才能平庸、指揮不力而被罷免者，如楊鎬、王化貞、王在晉；但有才能的統帥如熊廷弼、孫承宗以及後來的袁崇煥等，也難逃厄運，他們都因為遭到朝臣的誣陷或被牽連，而被罷免甚至被殺。一句話，明熹宗及其大臣不分是非善惡，完全以戰功作為評價將帥的標準，勝則賞，敗則殺。這表麵看似乎是賞罰分明，其實不然，大罰大賞並不等於賞罰分明。大罰之下人易產生恐懼心理，這種情況到了後期越發明顯，許多明朝將領戰敗後怕被殺害而投降後金；而大賞之下人易產生驕傲心理，從而輕視敵人，最終導致失敗。最合理的方法就是賞罰有度，使人既不驕又不怯，人樂於用命，事情也容易取得成功。然而在那個腐敗不堪的時代，這是根本行不通的。
從客觀上來看，第一，女真族是典型的北方遊牧民族，他們擁有以往北方少數民族所特有的驍勇善戰、百折不撓的性格，這決定了他們不會安於現狀，中原的富庶和繁榮吸引他們不斷地南侵，直至消滅中原政權或被中原政權所消滅。回顧之前入主中原的少數民族政權，我們驚奇地發現，鮮卑人（北魏）、契丹人（遼）、蒙古（元）人這些都是北方民族，而且都出自東北。女真入主中原是有其曆史必然性的。第二，相對於明朝來講，後金剛剛建立，正處在王朝上升時期，具有旺盛的生命力和朝氣蓬勃的氣勢。後金皇帝英明果斷，善於籠絡和任用人才，許多漢族知識分子聚集在他的周圍，為他出謀劃策。相反明朝皇帝昏庸無能，雖有人才而不能得到重用。明清之爭一定意義上講就是對人才的爭奪。
在大明王朝即將衰敗之時，縱容、姑息魏忠賢專政的熹宗皇帝，還在盡情地玩樂。在盛夏之時，他喜歡穿上冬裝，模仿明太祖雪夜戎裝巡遊；有時還扮成宋太祖上台演戲，洋相百出。如果熹宗是一介平民的話，無論他如何放肆胡鬧，今人都沒有必要對他大加責備。但作為一國之君，他沒有盡到皇帝應盡的責任，我們就有權利批評他。天啟七年（1627）五月，熹宗在宮中西苑乘船遊玩時，不小心跌入水中，雖被人救起，但落下了病根，同年八月病死，年僅二十三歲。熹宗在位的七年，是明代曆史上最黑暗的時期之一。他的去世，對於整個國家來講也許是一件幸事。因為他死後，魏忠賢便失去了靠山。這個為亂明朝七年、罪大惡極的太監即將得到嚴懲。
第四節東林黨與複社：知識分子的楷模
東林黨的由來，還應該從顧憲成修複東林書院說起。顧憲成（1550—1612），字叔時，號涇陽，常州無錫（今江蘇無錫）人。萬曆八年（1580）的進士，授戶部主事，後官至吏部文選郎中。萬曆二十二年（1594），在“國本”（指冊立太子）之爭中，顧憲成力主冊立神宗長子朱常洛為太子，而神宗則有意立鄭貴妃所生的朱常洵為太子。顧憲成堅持己見，遭到神宗的記恨。同年，在推舉閣臣時，顧憲成舉薦因擁立朱常洛為太子，而被罷免的原首輔王家屏，又與神宗意見相左。神宗老賬舊賬一起算，將顧憲成削去了官籍，貶回家鄉。
萬曆三十二年（1604），顧憲成在常州知府歐陽東鳳、無錫知縣林宰的資助下，修複宋代楊時講學的東林書院，與高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟、於孔兼及其弟於允成等人，講學其中。楊時是宋代大儒程顥、程頤兩兄弟的學生，而著名的理學家朱熹則是楊時的弟子。由二程和朱熹等人創立的儒學體係，被稱為程朱理學，被南宋統治者確立為正統思想，獲得長足的發展。顧憲成重修東林書院的時候，明確地宣布他是講程朱理學的，許多知識分子慕名前來聽講。顧憲成等一批人在講學之餘，往往抨擊時政，品評人物，其言論往往影響士人升遷。這種政治性講學活動，形成了廣泛的社會影響。一些江南士紳及在朝在野的各種政治代表人物，一時都聚集在以東林書院為中心的東林士人周圍，東林書院逐漸發展成為一個輿論中心。
盡管如此，以顧憲成為首的東林士人，從不把自己稱為東林黨。中國古代的“黨”一般指“朋黨”，而不是我們現代意義的政黨。所謂“朋黨”，原本指一些人為了私利而互相勾結，朋比為奸；後來泛指士大夫結黨，即結成利益集團。所以“黨”最初是個貶義詞。如孔子就曾在《論語》中說到“君子矜而不爭，群而不黨”，又說“君子周而不比，小人比而不周”。意思是說，君子能夠和睦相處卻不結黨營私，而小人喜歡朋比為奸而不能和睦相處。東林黨的“黨”也是這個意思。東林黨是以魏忠賢為首的閹黨，對以顧憲成為首的東林士人的蔑稱。之所以這樣稱呼，就是企圖用結黨之名對他們進行陷害，因為統治者是最憎恨士夫結黨營私的。
萬曆年間，神宗長時間不上朝理政，久居深宮飲酒作樂，政務荒廢，還派遣礦減稅使到地方搜刮民財。東林黨人往往不畏強權，大膽上疏廢除弊政。在“爭國本”事件和以後發生的“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三案中，東林黨人都從維護封建禮製和倫理道德的立場出發，堅決反對立朱常洵為太子，以及鄭貴妃、李選侍的幹政，要求嚴厲追查“三案”的幕後主使者。東林黨的主張，非但沒有得到神宗的同意，反而遭到了神宗的記恨而不被重用。圍繞爭國本和明宮三案，統治階級內部意見不一，互相爭論，形成許多派別，除了東林黨外，還有“宣黨”、“昆黨”、“齊黨”、“楚黨”、“浙黨”等等，他們都以籍貫命名，確切地說應該是幫派，因為他們以同鄉之誼相結，帶有濃厚的地方主義色彩。他們拉幫結派，完全是為了個人利益而黨同伐異，並沒有什麼是非對錯之分。而所謂的“東林黨”，則是一些政治見解相同、誌同道合的士大夫們組成的團體，盡管他們當中有很多是同籍，但這並不是他們結成團體的主要原因。爭國本和明宮三案，反映了皇帝和官僚集團之間的矛盾，而皇帝的意見，又使許多立場不堅定的官員望風使舵，這樣官僚集團內部又形成了不同的派係。