後來隻好“拆東牆補西牆”，把北京西郊暢春園中九經三事殿中的3丈6尺長的大梁拆下，並挪用至正陽門上，正陽門箭樓才終於修複。
1900年，發生了火災，這場火災不僅燒了大柵欄一條街，延燒至千家以上，還殃及了附近的正陽門箭樓，由此而釀出一場清朝“二百年來未有之奇災”。 箭樓作為外樓及正陽門樓的重要部分，當時人在筆記中往往直接以“城樓被火”稱之。
正陽門外樓被焚，在當時人看來，無疑是一場“非常奇災”，因而凡是記載這一火災的史料，幾乎無不言及這一細節。詩人也多有記載。清代詩人郭澤淫詩道：
藥店朝來起火鴉，飛煙橫卷箭樓斜。
銀房寶市繁華最，焦土淒涼剩幾家。
關於此次正陽門箭樓被火災焚毀的情形，清末學者袁昶曾記載說：“延災及正陽門，城樓塌毀”；清代書法家楊典誥則雲“懸門隳下，毀及雙扉”，可見大門也被火燒了。此外，據清末學者梁濟日記，“正陽門城樓已燼”乃是在“晡時”，就是說正陽門城樓被燒毀大概在下午3時至5時之間。
正陽門當時作為京師內城的正南門，其象征著帝國體統、皇室威嚴的巍峨城樓無疑也是民眾觀瞻之所係。而一日之間，其箭樓竟半毀於熾焰濃煙之中，幾乎隻剩下頹垣焦壁。
同年8月14日，正陽門箭樓首先遭到重創。此後，又因失火，燒毀了正陽門城樓。這次正陽門被毀程度極為嚴重，城樓、箭樓、閘樓、鋪舍等均遭到破壞，焚後僅餘城樓底座及門洞，周圍是一片頹磚斷瓦，狀極淒涼，令人痛心不已。
1902年，清政府派直隸總督袁世凱和順天府尹陳璧負責籌劃修複。在修複施工中，因所藏的工程檔案經兵火焚掠無存，隻好參照與正陽門平行的崇文、宣武兩門的形製，將高度與寬度適當加大了一些，重建了正陽門的城樓與箭樓。
正陽門這次重建，曆時最久，直至1906年才竣工。這次重建後的正陽門箭樓，添建了水泥平座護欄和箭窗的弧形遮簷，月牆斷麵增添西洋圖案花飾。
此後，正陽門又曆經了數次改建，首先拆除了正陽門的甕城月牆及東西兩座閘樓，後又將正陽門內的關帝廟與觀音廟也一同被拆除。
後來，正陽門城樓和正陽門箭樓又進行了一次較大規模的改建：在城樓東、西兩側城牆各開辟兩個洞子門。箭樓南側增建了懸空眺台、漢白玉抱柱和欄杆，並在一二層箭窗上方，加飾了水泥製成的白色弧形華蓋。原箭樓沒有匾，改建時，在箭樓門洞上增添了漢文書寫的“正陽門”橫匾。
箭樓下的城牆部分，東西兩側都加寬，並加建欄杆，增建了東、西“之”字形的登城馬道。箭樓北麵也拓寬了，形成了用混凝土仿漢白玉欄杆圍起的寬闊平台。另外，這次改建，還在抱廈兩側各增加了4個箭窗，這樣，就使箭窗的數量從原來的86 個變成了94 個。
正陽門曆經了500多年的世事滄桑，最終，成為古都北京唯一一座城樓、箭樓均保存完好的城門。
[旁注]
乾隆皇帝 （1711年～1799年）本名愛新覺羅·弘曆，清朝入關後第四位皇帝，年號“乾隆”，寓意“天道昌隆”。他在位60年，實掌朝政達63年，是我國曆史上執政時間最長、年壽最高的皇帝。他在位時，編《四庫全書》、平定大小和卓叛亂、鞏固多民族國家的發展，文治武功兼修，天下大治，為一代有為之君。
直隸總督 正式官銜為總督直隸等，負責處理地方提督軍務、糧饟、管理河道兼巡撫事，是清朝九位最高級的封疆大臣之一，總管直隸、河南和山東的軍民政務。而由於直隸省地處京畿要地，因此直隸總督又被稱為疆臣之首。
漢白玉 在日常生活中，我們經常能看到色調淡雅、紋理清晰、圖案美觀的大理石。人們常用大理石來裝飾牆壁、製作桌麵及各種文具和工藝品。北京故宮各大殿台基周圍的欄杆，就是用純白色大理石製作的。這種純白色的大理石就叫作漢白玉。
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北京正陽門匾額上的“門”字沒有鉤，據說是皇家為了避諱。
相傳，明朝開國之初定都南京後，明太祖朱元璋命一位叫詹希源的書法家題寫門匾。懸掛門匾那天，朱元璋也特意去參加揭匾，儀式非常隆重。可朱元璋揭匾後，一看到那個帶了火鉤的“門”字，就頓時龍顏大怒了。
朱元璋當即命人把那塊匾拆下來砸碎，並傳旨要刑部大堂把詹希源以居心不良之罪斬首示眾。
從此以後，書法家們稱“門”字最後一筆為火鉤，誰也不敢再寫帶火鉤的“門”字了。因為，皇家認為，“門”字帶火鉤會鉤來火災，會妨礙帝君出行、招賢納才，所以是一種忌諱誰也不許冒犯。