傳說，朱元璋當年攻打南京集慶時，連攻數日都未成功，於是他便用牛首山宏覺寺中46000斤重的青銅鍾熔鑄成一批大炮，並許願日後打下江山定將重鑄一口同樣的銅鍾還於寺中。
朱元璋在南京建都後，命八大王之一的蘄國公康茂才鑄造大鍾，且對鍾的規格、花紋、重量都有嚴格規定，要求鍾的頂部鑄陽紋蓮瓣一周，提梁上飾以雲紋和波浪紋，用紫銅澆鑄，而且鍾聲要能響徹百裏。
康茂才想盡辦法，也很難如期完成，於是工期一再拖延，最終惹怒了朱元璋，限其3日內一定要鑄成，否則將有殺身之禍。
聖旨一下，康茂才左右為難，他的憂愁被3個女兒得知，她們不願見到父親和眾多工匠身首異處的悲劇，於是就借鑒春秋時期莫邪以身祭劍的做法，在限期臨近時，義無反顧地縱身躍入冶煉爐，溶入銅液，一瞬間，冶煉爐內青煙驟起，直上九霄，大鍾也因此而一舉鑄成。
3個孝女舍身救父，世人深受感動，人們建祠立像紀念她們的孝心和獻身精神，建了三姑廟，內設神鍾樓，以懷念她們的孝義和獻身精神，這口鍾被稱為“神鍾”。
為此，後人有把此鍾稱神鍾者，並於此建三姑廟，以祀之，門旁對聯道：
三妹孝義垂青史；
千斛鏗鍾聲白門。
[旁注]
天象 泛指各種天文現象，如太陽出沒、行星運動和日月變化等。我國早在三四千年前就注意觀測和記錄天象了，而且記錄內容豐富、詳實，在世界上是獨一無二的。
劉伯溫 （1311年～1375年），本名劉基。元末明初傑出的軍事家、政治家及文學家，通經史、曉天文、精兵法。他以輔佐明太祖朱元璋完成帝業、開創明朝並盡力保持國家的安定，因而馳名天下，被後人比作為“諸葛武侯”。在文學史上，劉基與宋濂、高啟並稱“明初詩文三大家”。
南雍誌 是明朝國子監專誌，由明代進士、南京國子祭酒吳節、黃佐負責編撰，刊印於1544年，共24卷。後曆朝增訂，黃儒炳又於1626撰《續南雍誌》，分事紀4卷、職官表2卷、雜考12卷、列傳6卷。體例仿《史記》之紀、表、誌和傳，而略有不同。
漏窗 俗稱花牆頭、花牆洞、漏花窗、花窗，是一種滿格的裝飾性透空窗，外觀為不封閉的空窗，窗洞內裝飾著各種漏空圖案，透過漏窗可隱約看到窗外景物。為了便於觀看窗外景色，漏窗高度多與人眼視線相平，下框離地麵一般約在1.3米左右。也有專為采光、通風和裝飾用的漏窗，離地麵較高。
雲板 也稱“鍾板”、“響板”、“鐵板”、“雲版”，俗稱“點”，是一種用鐵鑄厚板製作成的雲形擊奏體鳴樂器，上麵係繩，懸而用槌擊板發聲。多用作傳訊 ，也作為一塊兩端雲頭狀的扁形鐵片，懸於木架上，敲擊可發聲。舊時官署或貴族大家庭用為報事，集眾的信號。
陽紋 就是太陽紋，形似太陽，居於鼓麵中心，是銅鼓中最早出現和最基本的紋飾，幾乎在每個銅鼓上都有。傳說是對太陽的崇拜和信仰。也有認為是，鼓麵中心突起的太陽紋，是敲擊的主要部位，突出厚實，聲音易傳，有利於在重槌之下，防止塌陷。
康茂才 （1313年～1370年），人稱“茂才公”，為人知書達理，孝順豪爽，名聞鄉裏。因其作戰勇猛善謀，屢屢獲勝，元朝廷曾授予他淮西宣慰使、都元帥。後率部起義，追隨明太祖朱元璋，屢立戰功。1370年，他率部進攻陝西漢中時受傷，在還軍歸途中病故。朱元璋親往祭奠，追封他為“蘄國公”。
[閱讀鏈接]
在明朝洪武年間時，南京鼓樓堪稱是明朝都城的象征，而自當時流傳下來的幾首歌謠，則更好地詮釋了古都南京“暮鼓晨鍾”的傳說。
當初沒有鍾表計時，南京鼓樓每天按更擊鼓，以催促文武官員勤於政務，提醒百姓勤於勞作，因而有歌謠：“警鍾一敲震官心，不懶不貪勤為民。衙門高懸如明鏡，大公無私不講情。”、“洪武鼓樓有報時，暮鼓晨鍾聲聲至。震醒官員為民思，催得百姓莫起遲。”
明朝實行宵禁，百姓按鍾鼓聲作息，所以有歌謠說：“黃昏豎耳聽鼓聲，十三快馬朝外奔。莫等關了大城門，妻兒老小不見人。”、“鼓樓城門八丈高，樓頂鍾聲緊緊敲。家裏米缸快空了，不許老爹睡懶覺。”
清朝時期重建南京鍾鼓樓
明朝末年，南京鼓樓隻留下了城磚砌成的台基，而主樓的上下層都被摧毀，明初樓宇和器物早已無存，僅下部的台座和台坪上的石柱基礎留存了下來。