祭祀開始時，主祭人會安排將“太牢”先抬於大殿祭媽祖，領海上航行者和漁人到媽祖坐像前燃香行三跪九叩禮。祭祀完畢後焚祝文，焚帛，然後移至沙灘，將“太牢”沉入大海。
然後，便會舉行舞獅、唱戲、武術表演和雜耍等，而在赤灣港停留的漁船則會爆竹齊鳴，彩旗招展，盛況空前。
後來因為各種原因，辭沙的方式發生了改變，由海邊移到了廟堂，但是人們沒有忘記到赤灣舉行盛大的“辭沙”祭媽祖活動，每到辭沙活動舉行的時候，照樣是熱鬧非凡。
整個辭沙活動會持續4天，在辭沙的第一天下午，會有一些人先到天後宮。他們會在正殿、左右殿和閱台上擺設水果、餅幹、牛奶等供品，給油燈添燈芯草和香油，做完這些他們還會在山門平台上用竹片搭好人形架子，用紙糊一個“鬼王”。
這“鬼王”右手執令箭，左手托“善惡分明”令牌，腰係大鼓，麵目恐怖。同時還會再糊一個縣令裝束的紙人和其所騎的小白馬。到了晚上，他們則要在大殿舉行一個簡單的祭拜儀式。
到了第二天上午，巫師、武術表演和舞獅表演等也會相繼趕到，巫師身著道士長袍，敲鑼擊鼓，吹奏嗩呐，誦經念文，在正殿內外帶領信眾叩首祭拜，祈禱天後娘娘保佑他們。
信眾按領頭巫師指揮，叫跪下祭拜則全部下跪，喊起來祭拜就全部起身。祭拜結束後，信眾們就開始觀看舞獅表演和武術表演了。舞獅隊共有12人，4名年長者負責敲鑼打鼓，8名童子負責舞兩隻獅。舞獅表演開始，8名男孩配合默契、動作協調，給人一種有力、陽剛、威武灑脫之感。
武術表演中，個個功底紮實，手腳有力、行動迅捷，時而翻跟鬥，飛毛腿，時而蹲馬步，金雞獨立，拳打腳踢，叫人眼花繚亂，贏得信眾們的陣陣掌聲和喝彩聲。
到了午後，會看到一位阿媽搬來一張竹椅坐在山門處，雙目緊閉，嘴上振振有詞，全身故弄抖動，百餘人在圍觀，當說到“阿媽保佑我們”的時候，引來一陣陣喝彩聲。有人看她的腳一直在抖動，就提來幾袋物品，試圖壓住，但幾袋物品全被抖動的雙腳抖掉，此舉也引來一陣笑聲。
另有一個老太太，手執一把燃燒的香，放入嘴中，煙從鼻子裏冒出，香從嘴裏取出後，竟安然無恙，圍觀者拚命鼓掌喝彩，還給這老太太口袋裏塞紅包。
在第三天晚上，大家把“鬼王”抬到院內的廣場上燃燒，在燃燒前，大家爭先恐後去撕“鬼王”腰上掛著的紙鼓。信徒們認為帶上這紙片可祛邪，很快“鬼王”的鼓就會被信眾搶去。
緊接著就要點鬼王了，巫師嘴上要念著咒語去點燃“鬼王”，鬼王點燃後大家都會把紙錢和大米撒向火海。此時，紙錢“鬼王”照天燒，整個大院火光衝天，亮如白晝。
第四天，整個辭沙活動就達到了高潮。開始舉行盛大祭拜儀式，人們給天後娘娘下跪叩首，鑼鼓嗩呐聲回蕩在大殿。
儀式結束後，會有一隻獅子表演者在震耳的鑼鼓聲中騰空而起，隨即俯首用嘴輕輕舐著放在案台上的所有供品，以示吉祥。巫師則抱著兩個紙箱，一個是裝著紅花白花，一個是用來裝錢，他們到供品放置的案台旁，逐個分發紅花白花。據說白花代表添男，紅花代表添女。
當巫師將紅花白花放到信徒供品上或放到衣服的圍蔸裏時，信徒都要合掌致謝，還要不拘多少向媽祖獻些財物。不久那隻空蕩的紙箱便裝滿了錢。
最後一個程序是，將用紅紙抄寫的所有參加這次祭祀活動人員的名單，放在用紙糊的縣令手上抱著，然後點燃縣令和小白馬，連同大家的名字一起化為灰燼。
縹緲的香煙把人們的芳名和願望一起帶給天後娘娘，給天後娘娘傳遞一個信息，讓她在遙遠的神仙國度裏知道她的信徒是如何的虔誠。
至此整個辭沙儀式也就結束了，信徒們也會漸漸離開。信眾在祭拜媽祖後，還都會到許願意樹下摘取樹葉。他們摘得樹葉有的放在供品上，有的插在抬神像的轎子上，有的插在頭發上，但大多是把它帶回到家中，插在門楣上或插在花瓶裏，表示希望把吉祥和神靈護佑帶回家。
還有一些地方的漁民每當在出海之前，都要在船上祭祀神祗，燒化疏牒，俗稱“行文書”。然後由船老大將杯中酒與盤中肉拋入大海，稱“酬遊魂”，以求出海打魚時平安無事。祭祀時要放一副“太平坊”，即棺材板，出海時，放在船上。棺材板冠以“太平坊”之名，與漁民在大海作業時很有可能被巨浪吞噬相關。
葬身大海是漁民大忌，與“入土為安”的習俗大相徑庭。因此放一副棺材板，以求太平無事，若死，也得死在家裏，才能“入土為安”。
祭祀儀式除了在媽祖廟中進行的宮廟祭祀外，還有一種家庭祭祀。家庭祭祀是指民間信眾祭拜媽祖儀式，實際上是媽祖祭祀係列最原始儀式，大致包括舟祭、海祭、家祭、堂祭等幾種。
舟祭是指在船上供奉媽祖神像，在出海、歸航或遇大風大浪危急時祭拜媽祖一種形式。從宋代一來，我國各類船上幾乎都供奉媽祖神像。船家在起航前、航行中、歸航時都要依例祭祈媽祖，祈求航程平安。
祭禮包括上供品，點香燭、三叩九跪、祈求禱告等，雖然簡單，但這種習俗成了航海人不可逾越的規矩，具有普遍性，正如宋人趙師俠詩雲：
舳艫萬裏來往，有禱必有安全。
自南宋起，邊有例定舟內載海神媽祖，朝夕拜祈。據《天後顯聖錄》記載，僅明代就有兵部尚書張悅賀慶送渤泥國王回國舟上禱神，尹璋往榜葛剌國水道途中禱神，鄭和等七下西洋舟上祈神十多例。可見，民間商賈漁人行船中拜祭媽祖是很平常的事。
海祭是古代沿海百姓祭祈媽祖最普遍形式。在明清各代文人記載中即可見到。在清代晚期，莆田涵江、仙遊楓亭、忠門港裏一帶民眾都有海祭媽祖習俗。沿海民眾每逢媽祖誕辰或升天日，便聚集海邊，備齊三牲五果，向媽祖焚香禱告，祈求海上平安。
海祭與廟祭不同之處在於，拜祭人是向大海撒鮮花、美酒，以示崇敬，而附近舟船都會聚集海邊，形成千舟朝拜壯觀場麵。特別是賢良港宋代古碼頭，正對著由三塊巨大礁石形成的天然三炷香，自古是海祭媽祖天然場所。
海祭有著“人神共樂、人海共偕”特征，是海洋文化中民俗活動生動例證，其祭事習俗影響廣泛，每年都有眾多分靈媽祖廟宇派人參加，台灣、香港、澳門媽祖廟進香團也常前來朝拜。
家祭指信眾在家中設媽祖神龕，每逢初一、十五及媽祖誕辰、升天日拜祭習俗，是信眾個體最常用祭祀方式。
堂祭指媽祖同族後裔在林氏祠堂或分布世界各地的華人聯誼堂會祭拜媽祖的民俗活動。實際上，它是一種家族性祭祀方式，尤其在莆田林氏族裔和東南亞華僑中廣泛傳承。祭祈時間一般選在媽祖誕辰或升天日。
家庭祭祀雖然沒有宮廟祭祀隆重壯觀，但經曆千年民間洗禮，一直被廣為傳承，已成億萬媽祖信眾生活習俗，對媽祖文化在民間傳播和發展有著重要作用。
其實，在我國漁民的神靈信仰中，作為海神信奉的主要還有龍王、民間仙姑、以及海生動物鯨魚、海鱉等，其中尤以龍王為重，龍王是我國漁民最早崇信的海神。
在我國古代，龍王是非常受古代百姓歡迎的神之一。在我國古代的傳說中，龍王往往具有降雨的神性。後來佛教傳入我國之後，為了擴大在本土的影響力，附會本土文化，把水蛇翻譯成龍。
唐宋以來，帝王封龍神為王。從此，龍王成為興雲布雨，為人消滅炎熱和煩惱的神，龍王治水則成為民間普遍的信仰。
唐玄宗時，詔祠龍池，設壇官致祭，以祭雨師之儀祭龍王，宋太祖沿用唐代祭五龍之製，宋徽宗還在大觀二年也就是1108年的時候特意下詔“天下五龍皆封王爵”，封青龍神為廣仁王，赤龍神為嘉澤王，黃龍神為孚應王，白龍神為義濟王，黑龍神為靈澤王。
到了清代的時候，同治皇帝又在1863年的時候封運河龍神為“延庥顯應分水龍王之神”，令河道總督以時致祭。
在道教中認為，東南西北四海都有龍王管轄，叫四海龍王。另有五方龍王、諸天龍王、江河龍王等。後來的小說《西遊記》中提到的四海龍王，即東海龍王敖廣、南海龍王敖欽、北海龍王敖順、西海龍王敖閏，使四海龍王成為婦孺皆知的神。
由此，龍王之職就是興雲布雨，為人消滅炎熱和煩惱，龍王治水成了民間普遍的信仰。道教《太上洞淵神咒經》中的“龍王品”稱，“國土炎旱，五榖不收，三三兩兩莫知何計時”，元始天尊乘五色雲來臨國土，與諸天龍王等宣揚正法，普救眾生，大雨洪流，應時甘潤。
古人認為，凡是有水的地方，無論江河湖海，都有龍王駐守。龍王能生風雨，興雷電，職司一方水旱豐歉。因此，大江南北，龍王廟林立，與土地廟一樣，隨處可見。如遇久旱不雨，一方鄉民必先到龍王廟祭祀求雨，如龍王還沒有顯靈，則把它的神像抬出來，在烈日下暴曬，直到天降大雨為止。