魏伯陽以其著作《周易參同契》而聞名於世，書中排比了周易、黃老與煉丹三家貫通之處，借《易經》的爻象說明了氣功中丹藥的化學分子與效能，後人公認為是道家最具權威性的丹經。
魏伯陽的《參同契》一書是對秦漢時期以來神仙家長生久視之道和各種修煉養方術的係統總結，所以內容豐富，包含了內丹、外丹、房中諸說，其中內丹就是氣功的修煉方法。在具體的處理中，魏伯陽表現了重視內丹的傾向。《參同契》中記載了一係列的內修煉方法。
“內丹”的“丹”不是指金銀銅鐵錫等元素，而是指身體內部的精氣，而所謂“作丹”，則是指通過一定程序的特殊鍛煉，體察和掌握人類身體內部精氣的產生和變化運行，以達到健康長壽和增進體力、智力的目的。
《參同契》說道：“辰極受正，優遊任下，明堂布政，國無害道。內以養己，安靜虛無，原本隱明，內照形軀，閉塞其兌，築固靈珠，三光陸沉。溫養子珠，視之不見，近而易求。”這裏所說的“養己”、“安靜”、“內照”、“閉塞”、“築固”、“溫養”，就是具體的氣功練養方法。
魏伯陽的基本原理是：
主要掌握《易經》八卦中的乾、坤、坎、離四卦。乾坤象征天地，乾在外坤在內；坎離象征陰陽二氣，上下沉浮。日月運轉如風箱一樣一呼一吸，一進一退，一來一往，均勻而有節律。陰陽相互作用，便產生萬物和人。其中乾道成男，坤道成女。人的生命，就是天地陰陽運動在人體內的再現。
魏伯陽內丹的基本程序，有4個階段和4層境界：
第一階段是築基，築基是對人身體機能進行修複、補益，達到精足、氣滿、神旺的三全境界，這就是“內以養己，安靜虛無”道“黃中漸通理，潤澤達肌膚”。
第二階段是煉精化氣。這叫小周天功法。就是以意領氣運行體內：“知白守黑，神明自來”。氣由會陰穴沿督脈上行，過尾閭、夾脊、玉枕“三關”到泥丸即腦神，稱“三車搬運”。再沿任脈下行入丹田，這叫小周天。其作用是：“陰陽互會”、“真人至妙”。
第三階段是煉氣化神。這叫大周天功法。主要是內視元氣彌漫於中丹田，下丹田之間，由微動到不動，最後盡化，所以叫“十月養胎”。用入定之功，使人的“元神”發育成長，就像母體懷胎兒一樣。這是煉性。可以返老還童，延年益壽。
第四階段是煉神還虛。這是最高境界。它要求：“耳目口三室，閉塞勿發通，真人潛深淵，浮遊守規中。”結果是：“顏容浸以潤，骨節益堅強，排除眾陰邪，然後立正陽。”、“淫淫若春澤，液液像解冰，從頭流至足，究竟複上升。”這就達到“累積長久，化形成仙”、“百世以下，遨遊人間”的長生久視的養生目標了。
魏伯陽所煉的外丹，又稱“金丹”，仍以大易作為原理，黃老作為手段，加上基本原料有礬石、戎塩、朱砂、雄黃、雲母、空青、硫黃、雌黃八種，又稱“八石”。基本工具是爐鼎。
魏伯陽主張內外丹兼修，從天人一體的觀念出發，人同天地，人本身就是一個小天地，它和外部的大天地有著不可分割的聯係，因此，要使人與天地合為一體，即當以氣功內丹固其性命，外丹護其形體。
[旁注]
黃老道學 其名源自古代學術的一個主要流派黃老學。黃老學的根源，可追溯至更早之前的春秋戰國時的齊國稷下學派，他們都言黃帝，學黃老道德之術，並將傳說中的黃帝與老子相配，同尊為道家創始人。
須臾 形容極短的時間，依古代時間計算方法，刹那者為一念，二十念為一瞬， 二十瞬為一彈指，二十彈指為一羅預， 二十羅預為一須臾， 一日一夜為三十須臾。
八卦 據傳說起源於伏羲，八卦表示事物自身變化的陰陽係統，用3個符號按照大自然的陰陽變化平行組合，組成8種不同形式，每一卦形代表一定的事物。在中醫中，八卦指圍繞掌心周圍8個部位的總稱。
三車搬運 內丹學術語。“三車”以牛、羊、鹿拉車比喻內丹修煉火候的進展情形。“三車”實際上是“河車”的三種形態。在內丹學中，“過河”也是比喻，道教內丹學從“過河”需要使用“河車”的事聯想到煉氣的過程。
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魏伯陽寫成《周易參同契》以後，先後秘密地傳授給兩個人，一個是青州的徐從事，一個是洛陽市長淳於叔通。徐從事的名字已不可考，“從事”可能是官職名。他是《周易參同契》的第一位注釋者，由於不願揚名顯姓，因此在注釋本上也隱去了自己的姓名。
淳於叔通名斟，叔通是他的名字。他愛好道術，擅長占卜。漢桓帝的時候，曾擔任過節徐州縣令、洛陽市長等職，後來棄官歸隱，養性修真去了。《周易參同契》就是通過他們兩人而流傳下來的。