一、《孫子兵法》的倭島傳人
日本德川時代初期的島原大名鬆倉勝家是個虐待狂，他喜歡強迫交不起租子的農民穿上沾滿油的蓑衣，然後一把火燒死，還把這種酷刑命名為“蓑衣舞”。這種行為無論放在哪裏都是民眾無法忍受的，而且島原曾是耶穌會的根據地，當地農民中隱藏著數量很大的天主教徒，還有大量因為是基督徒而成為浪人的前武士混跡其中。所以對於德川政權鎮壓天主教懷恨在心的殘餘基督徒趁機在1637年10月20日發動了大起義，起義者有數萬之多，史稱島原之亂。起義首領是16歲的天草四郎時貞，這個名字是化名，他真正的名字是益田時貞。益田時貞從小就居住在長崎港，在與耶穌會的長期接觸中，他成為一個極其虔誠的信徒。當日本開始迫害基督徒後，益田時貞流浪到島原，成為那裏的基督徒浪人首領。雖然沒有證據表明益田時貞是正式的耶穌會修士，不過他的煽動手法卻和耶穌會慣用的很類似，起義者相信益田時貞是上帝派下凡的“天使”，將拯救日本的教徒於水火之中。
當時的幕府將軍德川家光大為惱火，他沒想到境內還有這麼多的“伴天連”（古日語基督徒）分子，於是命令派遣大軍鎮壓。起義軍退守到被廢棄的城堡原城堅守，由於起義軍中有很多參加過戰國混戰的浪人，所以幕府軍隊始終無法攻克原城。1638年元旦，平叛總指揮板倉重昌都被流彈擊中身亡。將軍家光趕緊派詭計多端的鬆平信綱趕赴前線指揮，鬆平不愧是日本了不起的智謀之士，他盤算半天之後拿出了萬全之策：大夥就在城下守著，先派人進去看看城裏糧草多不多。派誰去呢，那就是剛從古賀雇傭來的職業間諜——忍者。
在日本的曆史上使用忍者做間諜是有著悠久傳統的，忍術是由忍者的家族世代相傳的。在各流派中，也有類似中國青、洪幫內那種森嚴的等級。忍者分為上忍、中忍、下忍。上忍又稱“智囊忍”，專門策劃作戰整體計劃。中忍是實際作戰時的指揮頭子，當然忍術也得超群出眾才行。下忍又稱“體忍”，相當於現代的特種部隊，是在最前線衝鋒陷陣的炮灰忍者。
忍者這個稱謂是在日本江戶時代開始有的，不過忍者的曆史從更為久遠的時候便開始了。據說在日本首次派遣“忍者”完成任務的是聖德太子。在當時，忍者被人們稱為“誌能便”。根據時代和地點的不同，有各種各樣的稱謂。以下是各個時期忍者的稱謂：飛鳥時代為“誌能便”；奈良時代為“斥候”；戰國時代叫法甚多，流傳最廣的叫法是“亂波”，這是武田信玄給起的名字；江戶時代為“忍者”。
忍術，又名隱術。關於忍術和忍者的起源說法不一，中國有學者認為，忍術起源於中國漢代的五行術，後來傳到了日本。同空手道、柔道、少林寺拳法等日本武技一樣，忍術是由中國古武術傳到日本後逐步發展起來的日本特色武術。日本的古典忍術權威著作《萬川集海》中指出，忍術思想的根源來自中國周朝的薑子牙。是他首先提出了忍術概念，並寫在了傳世名著《六韜》之中。後來，孫武、張良、韓信等相繼對忍術理論進行了完善。特別是孫武的《孫子兵法》備受忍者階級推崇。此時忍術也基本形成了由權謀、形成、陰陽、技巧等幾部分構成的雛形。隨著忍術傳到日本，忍者也就在日本出現並發展起來。
忍術的理論基礎是由中國傳來的《孫子兵法》演化而來的，之後再加上修煉道和山中伏擊戰技巧綜合而成。735年返回日本的遣唐留學生吉備真備帶回了《唐禮》13卷和曆書、兵書、音樂書、武器、樂器、測量器具等，他是將中國《孫子兵法》引入日本的第一人，也是忍者思想的引路人之一。關於神秘的山中伏擊戰，其實它的起源是貧瘠地區的日本農民在山穀中埋伏搶奪旅客財物的強盜襲擊，後來發展為所謂的“風、林、火、山”四字真言。在平安時代時武士階級興起之後大力吸取了山中伏擊戰的兵法加以發展。到了源平時代，源義經成功地使用了山中伏擊的技巧，完成了攻擊麵戰法的理論。在南北朝時期，楠木正成發展出防禦麵的兵法，到此為止，忍術跟武術才分成不同的係統正式獨立出來。在日本的早期官方史書《續日本紀》中詳盡記載了《孫子兵法》的內容，並對其中的間諜內容讚歎不已。在早期的武士戰爭故事中，就有過使用忍者間諜的記載，在編撰於940年的《繩文記》一書中就記載了一個被雇傭的內間執行刺殺任務的故事。
來自中國和朝鮮的移民與日本忍者的發展也有極大的淵源。因為古代日本很落後，所以日本政府非常歡迎來自科技文化高度發達的中國移民到日本定居，因而受到中華文明熏陶的朝鮮人也受到歡迎，日本人把這些移民叫做“歸化人”。雖然歡迎，但日本還是歧視他們，移民很難進入上流社會，而且不能沿用原居住地的語言和文化，必須改成日本姓名使用日語。這些古代的技術移民將大量的先進科學技術和文化知識帶到了日本，例如製造陶器、盔甲、服裝技術，以及決定性地促進了日本忍術發展的中國武術。因為忍者多半來自社會最底層的農民，而不是出身高貴的武士，所以作為很難被上流社會接納的移民，“歸化人”們也大量進入了忍者這一行業。“歸化人”通常都定居京都，隨後有大量的人遷移到附近的伊賀或甲賀去居住，這也是這兩個地方忍術異常發達的主因。例如大名鼎鼎的服部半藏正成就是中國人，他姓秦，秦氏家族是公元3世紀末4世紀初時從中國吳國（日本和服的傳統稱呼是“吳服”，正是取自秦氏家族出身的吳國）渡海定居日本的，之後就改了個日本姓——服部。服部半藏投效德川家康，後來移居江戶。傳說中這位忍者最終悟出了忍的真諦，這是多少代忍者所不曾有過的，至今日本人提起他來還是交口稱讚，成就了“鬼半藏”的傳奇。