在戰亂的戰國時代，大名們需要大量的間諜去刺探敵軍情報和對敵人城市開展破壞活動，所以忍術在這一時期出現了飛躍性的發展。忍術發達的地區有以下幾處：武藏、甲斐、越後、信濃、伊賀、甲賀、紀伊等地區，其中伊賀、甲賀的忍術在日本是最為發達的。伊賀與甲賀離京都很近，都屬於重山險阻圍繞的封閉小盆地。雖然貧瘠，但是在戰略上的位置卻是十分重要：因為它們靠近日本的中央近畿地帶。戰國時代，在伊賀與甲賀的彈丸之地上先後崛起了60多家土豪。每家的最大兵力不超過50個人，按中國的算法他們充其量就是小股的土匪武裝。地盤雖小，這裏的競爭卻是超乎外人想象的激烈。土豪們彼此虛情假意地結盟，暗中互相刺探，一旦抓住機會就予以對手無情的打擊。這兩塊充滿了殘忍、狡詐的血腥山地逐漸演化成忍術發展的大本營。伊賀跟甲賀對忍者事業的最大貢獻就是對忍術的理論基礎和技能作出了係統化，編出了一本忍者的修煉寶典——《萬川集海》。雖然流派不同，忍者們修煉的經典都是《萬川集海》這本書，這本書的內容就是教導忍者如何施行忍術的一切理論基礎與技能指導。
1676年，在德川家族第四代將軍德川家綱統治下，甲賀隱士藤林保武結合中國和日本曆代名將的思想與武學精華，參照《六韜》和《孫子兵法》的內容寫成了集忍道、忍術、忍器於一體的忍者究極修行指南。並參照中國古籍《文選·左思·吳都賦》中的“百川派別，歸海而彙”思想，將書命名為《萬川集海》。正如書名所示，《萬川集海》就是海納百川取各流派精髓的意思。
《萬川集海》由正心、將知、陰忍、陽忍、天時、忍器六部分組成。此書成為了後來忍者修行的必讀教材。《六韜》和《孫子兵法》是對《萬川集海》及忍術整體發展影響較深的兩部古代著作，由此也可以看出，這些中國古代的軍事武學思想為以後日本忍術的發展壯大奠定了充實的理論基礎，這是忍術最早的確源於中國的明證，可以說《萬川集海》是日本人學習中國古代軍事精華和密術玄學修煉之道後的概括總結。
忍術在日本戰國時代盛行一時是因為其極強的實用性。忍術是古代日本忍者所掌握的整套完善的間諜情報技術體係，包括有：追蹤、偵察、諜報、保鏢、暗殺等多方麵的內容。忍者技藝超人，擅長使用劍、鉤等各種兵器與飛鏢等暗器；他們能飛簷走壁，在沙地上飛跑不發出一點聲響；在水中屏息可長達五分鍾，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他們善於在水麵和水底搏鬥，甚至能潛到船底，偷聽船上人的對話……這種種的超人技能是通過非人的磨煉才能習得的。
忍術和其他武術流派強調體質訓練不同，它尤其強調精神上的修煉，並將其整個的訓練體係，建立在超乎想象的精神修煉基礎上。因為忍者所執行的大多是一去不回的高風險性任務，獨自一人在敵人的巢穴中完成任務要克服對死亡、孤獨、黑暗的恐懼乃至於饑餓、寒冷、傷病等諸多困難，所以擁有強大的精神力量，是忍術之所以無堅不摧的真正原因。
二、忍者的殘酷道路
作為一名忍者家族的後代，一降生就必須接受殘酷的命運現實——或者成為忍者，或者死。忍者從很小的時候起，就被灌輸以對主人絕對忠誠的思想：除了自己的主人，任何人的命令都不會聽，哪怕是日本天皇也不行。一個忍者最大的罪孽就是私自離開自己的村落，這樣做的人都是背叛者。他的親屬有義務將他捉拿回去，無論死活。通過從小開始這種精神洗腦而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂熱，更加無所畏懼。不過忍者也不是像邪教徒一樣的僵屍戰士，它有著一套切實可行的強大精神力量的訓練方法。這種技術才是忍術的秘中之秘，它就是東密的修行。東密和我國的藏密、印度的雜密一樣，是佛教中密宗的一個支派，而且東密對於人體念力的開發，向來有著自己獨特的傳承，在密教界一直以顯著快捷著稱，忍者通過東密法的修習，錘煉自己的意誌，精神變得無比純粹和堅韌，體內的潛能將得到最大限度的開發。可以完全除去心靈的迷惑和恐懼，全神貫注地投入戰鬥。此外密宗認為人的身體有許多奧秘和潛能，隻要通過密宗法門的不懈努力就能使修行者發揮全部潛力，讓身體與宇宙溝通達到天人合一的境界，這和忍者追求的極限體術不謀而合。密宗視大日如來為萬物之主，極力推崇傳承、真言和秘咒。我們在一些影視作品或者漫畫中經常可以見到忍者作出許多古怪的手勢，那便是在表述東密主要修法之一的“九字秘印”：“臨、兵、鬥、者、皆、陣、列、在、前”。
忍者家族的小孩不論男女，都必須繼承祖先的職業傳統，一般從五歲開始就接受訓練。訓練的種類有五種，即平衡、靈敏、力量、持久及特殊技巧。平衡訓練從走竹竿開始，當能夠在滾圓的竹竿上行走而不滑下，就將竹竿逐漸升高，最終要升到三四十尺高，達到奔跑跳躍如履平地的境界，這樣就能在樹上、屋頂及牆頭上下攀緣，行走如飛。靈敏的訓練也是如此跳過插著刀片的繩子，在布滿利刃、槍尖的狹道中拐彎抹角急速穿行。持久及力量的訓練最為艱苦，如雙手掛在樹上，支持全身，下麵放滿暗器，不容你鬆手跳下，以恐懼來激發體內的潛能作長久的支持。長跑更是忍者的基本功，要求連續跑上50公裏路而不停下來休息，日行百裏是家常便飯。至於特殊技巧訓練就更令人吃驚。除了上述說過的，還有徒手搏鬥、投毒解毒等。化裝術更是忍者的特長，他們能製造人皮假臉，改換性別。讓一個忍者在人群中穿行，由幾個人在一旁辨認，結果各人所見都不相同，高矮胖瘦，不一而足，真可謂“千麵人”。還有隱身術，其實是忍者事先挖好一個地洞，然後在逃跑時趁著塵土煙霧掩護跳入地洞，令追捕者失去目標，以為真有“隱身術”。不過一般這樣的洞都是挖在樹林等便於遮掩躲藏的地方，像電影裏那樣在水泥地上消失也太誇張了。