忍術對於身體訓練的強度也是非常殘忍的。忍術所包括的內容，每一項忍者都必須精通。並且每項訓練，全都是死亡淘汰賽，無法承受的人是不允許生存的。除了常規訓練外，忍術還包括多種“怪力訓練”，忍者通過它進一步磨煉意誌、忍耐力、生存能力等等。這種怪力訓練諸如連續數天不食不動、殺死自己的同伴，以及與猛獸搏鬥等，是令人難以想象的。
通過這些死亡率極高毫無人性的修行，忍者從精神到肉體都實現了超人的飛越，獲得了超越常人的毅力、耐力、戰鬥力。通過忍術的訓練而幸存的忍者，個個都是一部絕對可靠的全功率戰鬥機器。
戰國時代中，雖然同為大名服務，不過忍者和武士的身份分別可謂天上地下，形象一點說就是忍者是家奴，武士是家臣。由於忍者們幹的大都是涉及上層權力爭鬥的秘密事件，而且危險性相當大，因此他們的結局往往十分可悲。危險首先來自雇主。這些陰險毒辣的社會頭麵人物在不擇手段達到自己的目的後，怕事情內幕泄露，往往將執行任務的忍者殺死滅口。
忍者最可怕的敵人是武士。武士在明處，忍者在暗處，防不勝防，故武士最憎恨忍者，忍者一旦被武士捕獲，必然受到最殘酷的刑罰處死。活剝皮就是酷刑的一種，皮膚被一片片剝下來，極其痛苦，而又不能立即死掉。所以忍者是絕對不肯讓武士活捉的。例如傳奇般的忍者猿飛，他叫這個名字是因為他有像猿猴一樣在樹上攀緣飛躍的本領，來去無蹤；同時他徒手格鬥的武功也很好，人們根本無法捕捉他。有一次他被派去偵察住在某城堡中的一個大名，偷聽到大名和一位大臣的密談。可當他離開城堡時被守衛發現，他立即躍上城牆，巧妙地避開了追趕的人，但當他跳落花園時，踩上了一隻暗設的捕熊鋼夾，將他的腿緊緊夾住。這時將軍手下的衛士圍了上來，猿飛見狀，一刀將夾住的腿砍斷，單腳逃了很長一段距離。可終因失血過多，難以支持。猿飛見衛士越來越近，知道自己沒有希望逃脫，便索性站定，大聲辱罵了追趕他的衛士，用劍毀掉自己的麵容，使人無法辨認，然後揮劍砍斷自己的脖子。一個聞名遐邇的忍者就這樣可悲地結束了自己的一生。
三、忍者的最後舞台
1562年，80名忍者進攻一個叫做神代的城堡。他們的任務是在城外200名士兵的協助下縱火，這是忍者在襲擊敵人城市時最常用的手法。因為多地震台風，日本房屋大多由薄木板製成牆壁，屋頂鋪著稻草，所以一點火星就足以釀成大禍。忍者在攻城時寂靜無聲，他們從城外隱蔽的地方衝進城裏，用各種方法偷襲哨兵，在無聲中滲透進去。這些忍者換上被殺死敵人的軍服，在城內各處放火。城內一片大亂，200餘人被燒死，城外的士兵們輕而易舉地占領了城堡。
在1638年的島原之亂最後階段，幕府雇傭來的忍者們表現出極高的間諜素質。這些忍者們對原城堡進行了詳盡的偵查，包括護城河、周圍的道路、工事和陷阱、城牆的厚度與高度、坍塌部位和薄弱點、瞭望哨位和射擊口位置等等都被詳盡記錄。此外，忍者們還換上起義軍的服裝混入城內，他們竊取了口令摸到糧庫旁邊，確認了城中已經沒有糧食，這份情報直接宣判了起義者的死刑。
忍者們在回報以後，鬆平信綱卻擔心其中有詐，他要求忍者再度潛入確認一次。武士們明確告訴忍者們這是一項有去無回的任務，因為城中肯定已經因為被滲透過一次而提高了警覺，但是忍者們毫無懼色。因為“為完成主人交代的任務而赴死”是忍者的基本信念，在他們還是幼兒時就已經被灌輸了這種思想。
為了掩護忍者再度潛入，幕府軍隊在夜間炮擊城堡，那些守衛者被迫熄滅了火把。一片黑暗中，兩名被挑選出來的忍者再度出發了。他們依舊穿著敵人的軍服，爬過城牆進入城堡。這次為了證明自己到達敵軍內部，兩名忍者竊取了一麵基督教旗幟。當守衛者再度燃起火把時，兩名忍者從起義軍士兵中間飛奔而過，從城牆上沿著事先係好的繩索一下子滑下去。起義軍朝他們猛烈開火，兩名忍者都身負重傷，但是出色地完成了使命。
忍者雖然本領超人，但執行任務中也經常有失算的時候。有一個忍者冒著夏日的酷暑，潛入一個諸侯住宅行刺。為了不發出聲響他硬是用手在土中挖洞，用了十幾天的時間才潛入室內的榻榻米之下。就在即將大功告成的時候，他身上的汗臭招來了蒼蠅和蚊子，昆蟲的嗡嗡叫聲引起一個衛士的懷疑，於是衛士抽刀向下刺穿地板，將藏匿在下麵的忍者殺死。
那些幸存下來的忍者也往往很寂寞地了卻殘生。侍奉德川家康多年的“鬼半藏”可謂黑白道俱通的忍者，他深得德川家康信任，無數次地拯救過德川家康的性命，還多次揮戈上陣參加三河軍團的征戰，他的一生可謂是忍者最輝煌的典型了，臨死時的俸祿也隻是8000石而已，隻是同等功勳武士出身將領待遇的零頭。他的兩個兒子都是悲劇型人物：長子服部半藏正就因為自私自利和愚蠢而激起部下忍者集體叛亂（這是極為罕見的），後被德川家康貶為平民。後來為了重振家道，正就參加了1615年德川家康進攻豐臣秀賴的“大阪夏季戰役”，在戰鬥中陣亡。次子服部正重也因為妻子娘家涉嫌叛亂而遭到株連，遭到流放的處罰，最後窮困潦倒的客死異鄉。
1638年起義之後，日本進入了長久的和平時期。忍者在這段時間毫無作為，逐漸被社會淘汰。至於明治維新之後的日本間諜，就又是一副新嘴臉了。