進入晚清，太平天國運動曾對山西票號造成一定程度的衝擊，山西票商在南方的許多分號撤莊或收縮營業。但這場運動也給山西票號的發展帶來難得的機遇。太平軍從廣西進入兩湖地區沿長江而下，最後定都南京。其勢力發展全盛時橫貫華夏中部，許多南方省份與北京的聯係受阻中斷。太平天國後期，由於山東、河南、安徽等地撚軍活動切斷了清政府財政來源的南北渠道，太平天國起義廣東、福建、浙江等省應解京餉不能按期上交，致使鹹豐十一年（1861）各省上解京餉700萬兩，由於交通斷絕，直到當年陰曆八月北京戶部才收到京餉100萬兩，尤其是兩廣地區的餉銀無法運送到北京。而此時清政府調集大軍進行打壓太平天國運動，急需大筆的經費，1862年初，情況最為嚴重，北方撚軍的活動和回民起義讓清政府疲憊不堪。為解財政困窘難題，清政府三令五申催促各地官府全力支援中央，運送各地款項。當時兩廣總督劉長佑為此受到朝廷多次督責。戶部一方麵責令他限期送到餉銀，另一方麵不得不略微通融，給他三種選擇：或繞道行走，或由商人彙兌，或由輪船運津轉解。廣東地方官員經過慎重考慮，認為票號彙兌是最為簡便穩妥的方法，於是就委托在廣州的山西票商負責彙兌這批餉銀，數額達一百餘萬兩白銀。這是由清政府容許的首批由山西票號彙兌的官款。一有先例，其他邊遠省份也借口運餉困難，紛紛仿效廣東省的做法，托付山西票號向京師彙解公款。如各省解部款項，原來是由各省直接向中央戶部解款。但是手續繁雜，戶部財庫人員常常挑剔刁難，各地方人員上京運送銀兩時暗中叫苦不堪，由山西票號上繳款項卻不用受此刁難，這是因為他們有龐大細密的人際關係網絡。上至尚書、郎中，下到門房、庫兵，手續嫻熟，關係甚廣，交款毫無阻攔，所以各省都把通過山西票號交款視為捷徑。山西票號交款時從庫兵以至郎中，都有厚禮，每逢年節也必贈禮。年關時節，自舊曆臘月二十起至三十日止，票號每天派出二三輛轎車到官員家中挨個送禮，自管事至老媽子都有名單，按名奉送。龐大精心的公關活動成就了晉商結交官吏的成功基礎，進而獲得商業的順利發展。
京餉的嚴重短缺，使清政府的財政捉襟見肘，不得不利用票號彙兌以解燃眉之急了。同治元年（1862）十月，清政府終於同意戶部由商彙兌京餉的請求。從此，票號的業務增加了一項新的重要內容。不僅餉銀，其他一些地方政府之間的經費往來，也開始合理合法地讓山西票商彙兌或存儲。此後，山西票號在全國各地的分號承擔了彙兌京餉和其他官款的任務，彙兌官款的主要內容包括彙解京餉、海防經費、鐵路經費、協餉、河工經費、賑款、庚子賠款、四國借款等。山西票號承攬的彙兌官款業務，持續了三四十年之久，各票號資本大多數十萬兩，但彙兌總額動輒數百萬兩，如此巨大的周轉資本，主要靠吸納彙兌官款來周轉。在光緒二十八年至三十二年（1902-1906）間，每年彙款總額達1000萬兩，多的達2000萬兩左右。祁縣喬家大德通票號於光緒十一年（1885）正月初八在北京開業，同其他票號一樣，四年算一個賬期，也就是說大德通每四年進行一次分紅。光緒十四年（1888）票號每股分紅為850兩銀，光緒二十六年（1900）的賬期每股分紅達到4024兩銀，到光緒三十四年（1908）這個賬期的分紅是每股17000兩，所得紅利為甲午戰爭前的20倍。真正達到“一紙之信符遙傳，百萬之巨款立集”的氣勢。從此，票號進入一個迅速發展的時期，大量的官款的彙兌為票商帶來源源不斷的豐厚利潤。
左宗棠像李宏齡在《山西票商成敗記》中稱：“鹹豐初年，……嗣遭洪氏之變，南七省用兵籌餉，急如星火，而道路梗塞，轉運艱難，朝廷環顧各商，惟票商一業忠實可恃，於是軍餉丁糧，胥歸彙兌。同治以後，基礎愈固，規模愈宏，即邊陲之協款，內地之賑撫，皆資票行以為挹注。一紙之信符遙傳，百萬之巨款立集。及逢庚子內亂，天子西巡，大局岌岌，各商停滯。而票商之執券兌現者，上海、漢口、山西各處雲合霧集，幸賴各埠同心應付裕如。至是之後，信用益彰，即洋行售貨，首推票商銀券最足取信，分莊遍於通國，名譽著於全球。”
票商積累的雄厚資金，使得一些朝廷大員不僅將彙兌的重任交給票商，甚至向票商伸手借貸，這就更加鞏固了山西票商與清政府的合作關係，這裏最典型的是左宗棠向票商借款的事例。他在同治年間對西北用兵時，遇到的最大難題便是軍餉無從著落，情急之下隻得借款維持，左宗棠一方麵向外國洋行借款，另一方麵向國內商人求助，這其中主要是山西票商。向洋行借款由著名紅頂商人胡雪岩承辦，胡深受左宗棠的賞識，他從1867年4月到1881年5月，共借款1595萬兩，包括來自彙豐銀行、麗如銀行等有名的洋行。按照慣例，英法等國向外貸款利息為3.5厘，最高也不得超過4厘。洋行乘人之危給左宗棠的貸款利息要求名臣左是8厘以上，而胡雪岩一轉手，又把利息轉為1分5厘。相比之下，向山西票號借款就可靠便利得多。百川通票號的牌匾據統計，1866年11月到1888年1月共向上海、漢口、西安等地山西票商借款達880餘萬兩白銀。山西票商的貸款條件也非常優惠，可以不限銀數，不限年月歸還，利息也低於洋商，當然無論是向外國洋行借款還是票商貸款，彙兌的業務都由山西票商承擔。山西票號在同治年間進入一個迅速發展的時期，大批官款的彙兌為票商帶來源源不斷的豐厚利潤。