而且，無論是美軍還是伊拉克軍警對此都無能為力，部分警察甚至直接卷入仇殺，而遜尼派對以什葉派為主的警察也全然缺乏信任。美國對馬利基政府感到失望，認為他無法擺脫與薩德爾的聯係，從而對什葉派的暗殺小分隊采取有力措施。
但對美國也有好消息。2006年6月9日，伊拉克基地組織頭目阿布·穆薩·紮卡維在美軍對巴古拜發動空襲時被炸死，紮氏以對美軍和伊平民發動血腥襲擊而著稱。2006年11月5日，伊拉克高等法庭對涉及杜賈爾村案的薩達姆作出判決。法官以反人類罪和故意殺人罪的控罪，判處薩達姆及其同母異父兄弟巴爾讚·提克裏提絞刑。12月30日，薩達姆被執行絞刑。參與審理案件的許多法官和檢察官都接受過聯合國的培訓，經費由美國提供，據說在美國使館還集中了一批美國律師在幕後指導，這充分顯示了美國對審判的影響。但這兩件事均未對反美活動產生大的影響。2005年10月美國軍方和情報部門的評估認為，伊境內反美武裝的人數在5000人至2萬人之間，伊情報部門則認為伊境內反美武裝人數高達20萬，其中至少有4萬人是核心。
2006年7月，布什與馬利基總理製訂了一項新安全計劃，旨在讓更多美軍專家協助培訓伊安全部隊，同時對巴格達周圍的美軍進行重新部署。10月，美軍承認這一行動宣告失敗。進入2007年以後，出現了有關伊反美武裝與基地組織發生衝突及美國與遜尼派反美武裝進行談判的消息，但迄今為止尚沒有明顯結果。
另外，伊拉克新軍隊目前的人數、紀律、裝備和訓練水平及後勤供應能力都很低，不足以完成維持治安和國防的任務，需要美軍的支持。而且，軍隊中存在不同民族和教派，並受到反美武裝的滲透。同時，各政黨均有自己的民兵，包括海歸派政黨，這些民兵控製了他們所在地區的形勢。2003年8月以後，聯軍正式授權各民兵組織負責維持地方治安，從而承認了他們的合法地位。這在事實上削弱了中央權威。
各種情況妨礙了伊拉克的經濟重建。伊石油官員透露，2005年全國各地發生了186起針對石油設施的破壞活動，造成的經濟損失達62.5億美元。戰前，伊原油日產量為280萬桶，而2006年僅有200萬桶。到2006年9月，在2003年美國國會批準提供的伊拉克重建資金中，使用的僅有10億美元（占6%）。同時，美軍於2006年1月2日宣布，在本年最後一筆援助資金到位後，美國政府將不再追加對伊重建的援助。另一方麵，已提供的援助經費也被大量挪用。據報道，在美國國會批準向伊提供的184億美元緊急重建資金中，有56億美元被挪用於治安等項目。許多完成的項目，因為勘測失敗、電力不足、管理不善、公開掠奪和設備閑置而無法使用。此外，還存在著美國公司濫用資金的情況。2006年4月，美國特別總檢察官對參與伊重建的公司展開了72項調查。
由於局勢持續動蕩，民眾的生活水平反而低於戰前。《紐約時報》2006年2月援引美國參議院國際關係委員會的報告指出，伊拉克目前的石油生產、電力供應、供水和垃圾處理等公共設施比戰前更差。目前，伊全國日平均供電不到12小時，住房、供水和醫療都無從保障，半數以上居民處於失業半失業狀態。2006年7月，國內的通貨膨脹率接近70%。
戰爭對伊拉克社會也產生了負麵影響。由於惡劣的安全環境，學生上學和婦女外出都成問題，大批知識分子出逃，加上其他因素，教育醫療的發展受到很大限製。同時，反美武裝的興起也使保守思想流行，並通過武裝組織強加給社會。伊拉克的文物在戰爭中損失慘重，而戰後什葉派控製的政府對前伊斯蘭的上古文明缺乏興趣，使情況更不容樂觀。當然，新的環境也確實促進了思想的自由，戰後出現了大批新報刊。
正如許多觀察家所指出的，伊戰改變了地區格局，伊朗是戰爭最大的受益國。它為伊朗除去了薩達姆這個死敵，同時伊朗通過伊拉克的什葉派得以對伊拉克的局勢進行控製，以致有人驚呼在戰後中東出現了一個“什葉派新月”（包括黎巴嫩的真主黨在內）。盡管美國一再指責伊朗和敘利亞在幕後支持伊拉克的反美活動，並進行公開的威脅，但收效不大。同時，沙特阿拉伯、埃及等遜尼派阿拉伯國家對伊朗在伊拉克的影響十分擔憂，有媒體報道沙特曾向伊的遜尼派組織提供援助，而土耳其則對庫爾德自治區未來的獨立前景倍感警惕。因此，伊戰使伊拉克成為危及地區穩定的重要因素。
到2007年年中，美軍陣亡人數達到3705人（CNN公布數據）；受傷人數接近3萬。據美聯社報道，4年裏美國在伊拉克的開銷將近5000（一說為3250）億美元，除去通貨膨脹幾乎接近在越南12年的花費。因此，布什和共和黨在國內的威望日漸低落。早在2003年10月，反對布什對伊政策的人數已超過支持人數。民主黨的支持率相應上升，後者在2006年11月的國會中期選舉後一舉控製了國會參眾兩院。
麵臨巨大壓力的布什不得不尋找出路。共和黨中期選舉失敗後，伊戰主要策劃兼指揮者、國防部長拉姆斯菲爾德黯然下台，隨後羅伯特·蓋茨出任國防部長。此前，白宮成立了由前國務卿貝克和民主黨議員漢密爾頓共同牽頭的“伊拉克研究小組”，探討擺脫困境的良策。12月6日，伊拉克研究小組經過數月調研後，提交了研究報告和政策建議。其主張是：伊政府應擴充軍隊，承擔起保衛國家安全的責任；美國應向伊軍大幅增派軍事人員，而美軍的主要任務將轉變為向伊軍提供支持。
但布什反其道而行之。2007年1月10日，布什發表全國電視講話，宣布了美國對伊拉克的新政策。內容包括將向伊拉克增派2.15萬（後增至約3萬）名軍人，要求伊政府盡快承擔起更多責任，以及尋求美國中東盟友的支持等。此外，美國還將斥資10億多美元振興伊拉克經濟，重點為創造就業機會，並向海灣地區派遣一艘航母，以“警告敘利亞和伊朗”。布什也要求在2007年年底之前，伊政府必須能接管所有省份（目前僅有3省的安全控製權掌握在伊政府手中）。但是，許多美國議員對新政策持懷疑態度，其中包括共和黨議員。另外，國會和一些學者開始討論通過伊拉克三個地區自治實現安全的可能性。
民主黨人不斷在國會裏為布什的增兵計劃設置障礙。眾議院於7月通過兩項法案，分別要求布什政府在2008年4月1日前從伊拉克撤出所有作戰部隊及禁止美軍在伊拉克建立永久性基地。但民主黨在參議院通過撤軍法案的努力宣告失敗。
2007年1月，戴維·彼得雷烏斯出任新的駐伊美軍最高指揮官。同時，美軍的增兵開始，到6月結束。新增的美軍主要加強巴格達的安全，他們從2月開始在巴格達實施新安全計劃，投入了對反美武裝的攻勢。盡管伊拉克整體的安全形勢沒有改觀，彼得雷烏斯在9月11日提交給國會的伊形勢評估報告中卻指出，增兵伊拉克的目標大部分已實現。9月13日，布什發表全國電視講話，宣布在2008年7月前將駐伊美軍兵力由目前的20個旅減為15個旅，使其恢複至增兵前的13萬人。布什的計劃顯然旨在謀求共和黨贏得2008年大選。
2006年10月，馬利基政府提出了一項法案，正式確立了國家實行聯邦製的具體方案，立即遭到遜尼派和部分什葉派的反對，盡管法案在國會勉強獲得通過。2007年4月，薩德爾集團的6名部長宣布退出馬利基政府。8月，遜尼派的伊拉克和諧陣線的6名部長也掛冠而去。一周之後，阿拉維領導的跨教派政治聯盟“伊拉克名單”的5名部長也宣布抵製政府。馬利基政府已經陷入合法性危機之中。不過，7月政府通過的石油法草案得到了各派支持，該草案的目的據說在於以“公平原則”確定各省對油田的控製權和石油收入的分配、吸引外資，以及籌建一家國有石油公司。草案將為外國石油巨頭提供30年的石油開采合同。
在國際上，美國也被迫展開與敘利亞、伊朗的溝通。2007年3月，有上述三國和安理會五常任理事國等參加的伊拉克安全問題國際會議在巴格達舉行。會議達成的一個共識是，實現伊拉克的安全與穩定符合各國利益。美國駐伊拉克大使與伊朗副外長第一次進行了直接交談。
美國的盟友也在逐漸離去。英國首相布萊爾於2007年2月宣布大幅削減駐伊英軍人數，給予美國新的沉重打擊。2004年以來，先後已有西班牙、荷蘭、意大利、日本等14國撤軍。
總之，美國的伊拉克戰爭和重建基本上是失敗的。從伊拉克國內的情況看，什葉派和庫爾德人確實擺脫了薩達姆時期遭受的壓迫，但最終形成一個民主、穩定、平等的多元政治結構還需要相當一個時期。戰後伊拉克形勢的特點可以概括為五“化”：越南化，黎巴嫩化，波黑化，阿富汗化，伊拉克化。越南化，指美國在伊拉克駐軍長期化，戰爭大量消耗美國的人力財力，從而使伊拉克成為陷阱；黎巴嫩化，指伊拉克新的政權結構是黎巴嫩式的教派政治，具有潛在危險，同時各教派之間存在尖銳矛盾，政黨以教派為基礎並擁有自己的武裝，形成地方割據，並與外國建立密切聯係；波黑化，指伊的教派矛盾已發展為教派清洗和大規模的強製人口遷移，造成嚴重的人道主義危機，並危及國家認同；阿富汗化，指伊拉克像阿富汗那樣成為為伊斯蘭國際極端力量反美的重要基地；伊拉克化，指美國推動伊拉克軍隊和警察的擴編，實現戰爭“伊拉克化”，同時，它未來也可能指伊拉克在國際政治中的獨特經曆：在外來軍事打擊之下，一個主權國家發生政權更迭，陷入極端無政府狀態，麵臨解體前景。