總之，什葉派激進派勢力在戰後急劇上升，與溫和派的關係惡化。各派為在戰後確立什葉派的政治地位及自身在什葉派中的影響而相互競爭。美國主要依靠庫爾德人和什葉派確立其在伊的影響，但對什葉派的宗教傾向也持懷疑態度，尤其是對薩德爾。
伊拉克的混亂局勢迫使美國改變初衷，決定提前移交主權。2003年11月中旬，布雷默與臨管會簽署協議，規定在2004年6月底之前組建過渡政府，占領當局將向其移交政權。
2004年3月8日，伊拉克各派簽署了臨時憲法，其要點如下：一是政治重建。在從2004年6月30日到最遲於2005年12月31日結束的“過渡期”內，由獨立的伊過渡政府從美英當局接收政權，舉行大選，再由選舉產生的國民大會起草永久憲法草案，成立新政府。憲法草案應交付全民公決；3個省的否決即不能通過（此舉意味著庫爾德人可以否決憲法）。二是政治體製。實行聯邦製；庫爾德族有充分的自治權，庫爾德語與阿拉伯語同為官方語言；總統為禮儀性的國家元首，總理掌握實權。三是公民權利。明確規定了公民各項權利；國民大會中至少要有1/4婦女代表。四是世俗體製。伊斯蘭教為國教，是立法淵源之一。
以聯邦製為特點的新憲法是各派妥協的結果。對於未來的國家體製，什葉派希望確保自己的主導地位，並使國家具有明顯的伊斯蘭色彩。遜尼派對於失去以往的政治主導權十分不滿，希望盡可能地擴大自己在新政權中的地位和影響。兩派中的多數組織或信徒一致反對美國的占領，什葉派要求通過直選產生過渡政府，由聯合國接手伊拉克事務；許多人也對美國提出的聯邦製持保留態度，反對臨時憲法中關於全民公決的規定；什葉派還要求憲法將伊斯蘭教列為唯一的立法淵源。文件簽字當天，臨管會13名什葉派成員中的12人發表保留聲明。
為了進一步改善形勢，聯軍當局於2004年4月宣布，取消對原複興黨官員擔任公職的禁令。2004年5月，布什提出一項五階段過渡計劃，包括選舉過渡國民議會，起草新憲法，並據此組建永久政府。他承諾幫助伊拉克重建民用基礎設施。
三、伊拉克重建的第二階段（2004.6-2006.1）
2004年6月1日，伊臨時過渡政府宣告成立。6月28日，聯軍當局提前兩天向伊拉克移交主權，從而在形式上結束了占領。過渡政府開始實施新的聯邦製政治製度，出任臨時過渡政府總統的是臨管會提名的遜尼派穆斯林加齊·亞瓦爾，什葉派和庫爾德人分別出任副總統。總理由與美國關係密切的海歸派什葉派人士伊亞德·阿拉維出任，副總理為庫爾德人。顯然，什葉派在政權中占有優勢，而伊拉克的教派政治由此固定化了。
6月8日，聯合國安理會通過了1546號決議，此決議是根據美英有關向伊移交主權的要求而製定。決議宣布結束聯軍對伊拉克的占領，認可伊臨時過渡政府，並授權美國領導的多國部隊繼續留駐伊拉克。它為美國駐軍提供了合法依據。
為了加強主權移交的印象，6月30日，占領當局將薩達姆（他於2003年12月被捕）的“司法羈押權”移交臨時政府，後者展開了審判薩達姆的準備工作。然而，過渡政府無論在行政、財政，還是在立法、司法等方麵都不享有實權。美國新設置了一個監督委員會，它對過渡政府的行動享有監督權和否決權，另有一個新建立的國家安全委員會為政府提供建議，同時設立一個有3000多人的駐伊大使館全盤負責伊拉克事務，取代了聯軍占領當局，內格羅蓬特出任大使。同時，喬治·凱西接替桑切斯擔任駐伊多國部隊最高指揮官。美國對撤軍含糊其辭，始終不提最終撤軍時間。
伊拉克人對臨時過渡政府成立和其接管主權反應冷淡。西斯塔尼在臨時過渡政府剛成立時就發表聲明，指責新政府缺乏合法性。
8月15日至18日，伊拉克舉行千人國民政治會議，會議產生了由100名議員組成的臨時議會，其主要使命是對臨時政府進行監督，並負責籌備2005年1月過渡議會選舉事宜。
2005年1月30日，伊舉行過渡國民議會選舉。15萬美軍、3萬英軍和10多萬政府軍警參加了安保工作。來自全國75個黨派、9個政治聯盟以及27名獨立候選人在內的共計7471名候選人參與了275個議席的角逐。許多遜尼派組織和群眾進行抵製，而什葉派和庫爾德人十分積極。大選能夠相對順利地舉行，主要是因為伊拉克人民已經厭倦了一年多來的暴力衝突，包括反美武裝的濫殺亂炸。
根據公布的結果，有850萬選民參加大選投票，占登記選民的58%。什葉派政黨聯盟“伊拉克團結聯盟”獲407萬多張選票，得票率約為47%；其次是一個庫爾德政黨聯盟，得票217萬多張，得票率25%；阿拉維領導的什葉派組織獲116萬多張選票，得票率13%：遜尼派得票率僅為2%。4月，過渡國民議會選舉遜尼派人士哈桑尼為議長，庫爾德領導人塔拉巴尼為新總統。同時，總統委員會提名號召黨總書記易卜拉欣·賈法裏為過渡政府總理。盡管遜尼派抵製選舉，但希望參與政權，因而直到5月3日才正式組成臨時政府。而且，遜尼派十分不滿，認為自己得到的均非要職。
8月28日，過渡議會聽取並接受了憲法起草委員會提交的憲法草案，伊戰後首部正式憲法草案出台。9月18日，過渡議會批準了最終的憲法草案，並將其提交聯合國。10月15日，伊拉克就新憲法草案舉行全民公決，草案以78%的支持率勉強通過。事實上，憲法草案受到遜尼派代表抵製，結果全民公決中草案在兩個遜尼派省份遭到徹底否決，從而嚴重加劇了各族群的對立局麵。
遜尼派始終反對實行聯邦製，認為這將導致國家分裂。新憲法最大限度地保留了各省的地方權力。各地區在國家重建初期可以保留其建立在政治勢力或種族派別基礎上的民兵武裝。新憲法還規定保留地方議會的權力，由地方議會來規劃各地區的日常事務。
為了籠絡人心，美國在伊拉克進行了一係列活動，包括開辦電視台、發行報紙、恢複學校、修複油井和輸油管、重新發行和印製貨幣等。另一方麵，美國由於情報門、虐囚門等醜聞而遭受國際形象的重大挫折。2004年7月，參議院情報委員會公布了一份關於戰前伊拉克情報的報告，宣稱當時關於伊大規模殺傷性武器的情報“或者誇大其詞，或者缺乏關鍵的情報報告的支持”，而基地與薩達姆之間也沒有“正式關係”。同年4月，美國哥倫比亞廣播公司率先披露了美軍虐俘事件，引起國際社會震驚，伊拉克民眾更是義憤填膺，推動了反美組織的報複。虐囚事件揭露了美國無視人權的真麵目，進一步打擊了美國所謂推動中東民主的目標，促進了“誌願者聯盟”的解體。在此背景下，同年11月，布什又出台一項名為“為在伊拉克獲勝的國家戰略”的政策，但他沒有為“獲勝”列出一個時間表。
2005年12月，伊拉克舉行戰爭結束後第一屆任期4年的正式議會的選舉。
四、伊拉克重建的第三階段（2006.1至今）
2006年1月，官方公布了議會選舉的結果。名為“伊拉克和諧陣線”的遜尼派政黨聯盟獲得44個議席，而什葉派的伊拉克團結聯盟得票最多，但仍無法單獨組閣。伊拉克團結聯盟推出賈法裏為總理人選，但遜尼派、庫爾德黨派和世俗派政黨均表示反對，美國也擔心他無法駕馭武裝組織。直到4月下旬聯合政府才告組成，另一位號召黨領導人努裏·馬利基出任總理。
2006年5月，新政府宣誓就職，6月布什飛往巴格達，參加新政府施政方案的發布會。這項新計劃目的是改善國內安全，實現全國和解和經濟改革。新方案名為“共同行動向前進”，計劃增加在巴格達的伊拉克安全部隊人數。計劃施行6周後即告失敗（原定12周）。
2月，位於薩邁拉的什葉派聖地金頂清真寺被炸，爆炸對清真寺造成重大破壞，它標誌著伊拉克進入了一個新階段，即更加血腥的以教派屠殺為特點的準內戰時期。在隨後的一個多月裏，遜尼派與什葉派展開了相互的仇殺，死亡人數已達千人。教派屠殺加深了教派矛盾，使大批居民逃往本教派居住區。4月，伊拉克內政部副部長侯賽因·卡邁勒對英國廣播公司記者說，“在過去的12個月中，伊拉克事實上已發生了未經宣布的內戰”。根據聯合國的統計，2006年平民死亡人數較上年增長77%。英國權威醫學雜誌《柳葉刀》刊文指出，死於戰亂的伊拉克人超過10萬，而美國約翰·霍普金斯大學的一份調查報告指出，開戰以來死於戰亂的伊拉克人已超過65萬。此外，到2007年初，約有200萬伊拉克人逃到鄰國，逃到國內其他地方的難民有190萬。
2007年3月美國五角大樓公布的一份關於伊拉克安全與穩定的季度評估報告，也首次使用“內戰”一詞描述伊拉克境內的暴力活動。報告指出，2006年第四季度是伊戰爆發以來駐伊聯軍、伊安全部隊和平民傷亡最為慘重的一個季度，認為“伊拉克局勢的某些因素完全可以稱為內戰，如教派隔閡加深、暴力活動性質轉變以及大量人口流離失所。”2006年9月，一位西方政治學家指出，伊教派暴力的“烈度已超過1945年以來的大多數內戰”。