批注是幫助讀者理解史事的，大至可分三類：第一類是解釋名詞或說明史事前後關係的。如《南北史演義》十三回講到十六國中的五涼、四燕、三秦、二趙，每個名詞下都注明是哪幾國。此外如地名、官名、人名或年代也有一些注解。至於後事和前史有關係的，如已見前一演義，或已見本書前若幹回也擇要注明。這是用胡三省注《通鑒》的舊例，對讀者是有幫助的。可惜這種小注，還不夠多。第二類是對史事作一些考證，或注明史料出處的。這種注份量比較少，但對讀者有啟發。第三類是專為批評演義內容是非，或故為驚人之筆，或提醒讀者注意的，這一類份量最多。如《唐史演義》第廿七回，講到張公藝書百“忍”字以進高宗一節，注雲：“不沒公藝。治家宜忍，治國不專在忍，王船山曾加論辯，可為當世定評。”《明史演義》第廿七回，講鄭和下西洋一節，注雲：“鄭和三次出洋，……論其功績，不亞西洋哥侖布。”這是對人物的評論，從這裏可以看出作者的思想。至於欲擒故縱，故為驚人之筆，這是小說家慣技，有時有點意思，多了就膩了。本書中有時講到男女關係，也有些批注，這就沒有什麼意思了。
總批是每一回結束後的總論，內容主要是評論史事，有時也講“演義”結構，都是用文言寫的。這好像史論，借以抒發作者對曆史的見解。用今天的觀點來看，裏麵有可取之處，也有不可取的。
二、本書的史料根據
《中國曆代演義》的特點，是取材比較審慎可靠，它主要根據正史及各類比較可信的曆史記載，也參考一些野史。蔡東藩沒有而且也不主張像一般演義小說那樣用虛構故事來寫曆史演義，他自認為《中國曆代演義》是曆史演義，不過較為通俗而已，卻不是一般演義小說。像《三國演義》，大家已認為是“七分實事，三分虛構”（見章學誠《丙辰劄記》），總算和史實不很相遠了。他是學《三國演義》的，但他又不滿意羅貫中的寫法。他在《後漢演義》第一回裏說：
羅貫中嚐輯《三國演義》……風行海內，幾乎家喻戶曉，大有掩蓋陳壽《三國誌》的勢力。若論他內容事跡，半涉子虛。一般社會，能有幾個讀過正史？甚至正稗不分，誤把羅氏《三國演義》當作《三國誌》相看。……小子所編曆史演義，恰是取材正史，未嚐臆造附會；就使采及稗官，亦思折衷至當，看官幸勿誚我迂拘呢！
他這種主張，和章學誠《丙辰劄記》所說：“實則概從其實，虛則明著寓言，不可虛實錯雜，如‘三國’之淆人耳！”可謂不謀而合。他在《唐史演義》自序中說：
以正史為經，務求確鑿；以軼聞為緯，不尚虛誣。徐懋功（勣）未作軍師，李藥師（靖）何來仙術？羅藝叛死，烏有子孫？叔寶（秦瓊）揚名，未及兒女。唐玄奘取經西竺，寧惹妖魔？……則天淫穢，不聞私產生男；玉環伏誅，怎得皈真圓耦？種種謬妄、瑣褻之談，辭而辟之，破世俗之迷信者在此，附史家之羽翼者亦在此。子虛、烏有諸先生，諒無從竊笑於旁也。
《宋史演義》序亦雲：
宋代小說，亦不一而足，大約荒唐者多，確鑿者少。龍虎爭雄，並無其事；狸貓換主，尤屬子虛。狄青本麵涅之徒，貌何足羨？龐籍非懷奸之相，毀出不經。嶽氏後人，不聞朝中選帥；金邦太子，曷嚐胯下喪身？種種謬談，不勝枚舉。而後世則以訛傳訛，將無作有，勸善不足，導欺有餘。為問先民之輯諸書者，亦何苦為此憑虛捏造，以誣古而欺今乎？
從這裏可以看出蔡東藩是注重曆史的真實性，極力反對杜撰的。小說可以出於虛構，舊小說中有涉及曆史人物故事的，往往無中生有，故弄玄虛，無非引人入勝，達到它宣傳諷喻的目的。這是小說的特定體裁所決定的，即使是所謂曆史小說，也不能純粹以曆史的角度來要求。蔡東藩寫《中國曆代演義》，是當作通俗的曆史讀本來寫的，這就和舊的演義小說有很大的不同。他的全書中體現最強烈的是忠實於史料，這主要表現在三方麵：
第一，是考證異同。他這些“演義”都是根據舊有史書的記載寫的，史料彼此舛互時，他必須決定采取一種說法。大概一般的問題，他隻是根據比較可信的史書來寫，不作說明。有時他覺得非要說明不可，那就在正文或批注中加點考證，注明出處。像《後漢演義》八十二回，講到劉備請到了諸葛亮，與關、張同至新野，由徐庶接入，故人聚首，注雲：
“徐庶走馬薦諸葛，出自羅氏‘演義’，按‘蜀誌’諸葛傳中，庶尚留新野，未曾詣操，今從之。”
八十四回徐庶辭劉備歸曹操，注雲：
《三國誌》諸葛亮傳詳載此事，庶歸曹操，係在備當陽敗後，且庶毋亦不聞自殺，與羅氏“演義”不同。
《唐史演義》十七回吐穀渾伏允自經死，注雲：“從李靖傳文，不從《通鑒》。”《宋史演義》三十七回知廣德軍朱壽昌棄官尋母條注雲：
《宋史》壽昌本傳謂劉氏方娠即出，壽昌生數歲還家。但據王偁《東都事略》、蘇軾《誌林》皆雲壽昌三歲出母，今從之。
這些考證辦法，大致是學《通鑒考異》的，以演義而加考證功夫，他不以一般演義自視可想而知。
第二，是大力辟妄。這裏所謂辟妄，主要是指史書上沒有記載，而由演義小說虛構出來的事情，他怕讀者把這種虛構當作實有其事，故在正文或批注中大力駁斥。如《宋史演義》十六回寫陳摶之死，有雲：
陳摶係一隱君子，獨行高蹈，不受塵埃。若目他為仙怪一流，實屬未當。俗小說中或稱為陳摶老祖，捏造許多仙法，作為證據，其實是荒唐無稽，請看官勿為所惑哩！
第三，是存疑。如《宋史演義》十二回中說：
小子遍考稗官野乘，也沒有一定的確證。或說是太祖生一背疽，苦痛得了不得，光義入視，突見有一女鬼，用手捶背，他便執著柱斧，向鬼劈去。不意鬼竟閃避，那斧反落在疽上，疽破肉裂，太祖忍痛不住，遂致暈厥，一命嗚呼。或說由光義謀害太祖，特地屏去左右，以便下手。致如何致死，旁人無從窺見，因此不得證實。獨《宋史》太祖本紀隻雲：“帝崩於萬歲殿，年五十。”把太祖所有遺命及燭影斧聲諸傳聞，概屏不錄。小子也不便臆斷，隻好將正史野乘，酌錄數則，任憑後人評論罷了。從這三種情況看來，蔡東藩對史料的選擇和運用是經過一番審慎考核的，這不是小說家的任務，而是曆史學家的工作。他這十一部“演義”可取之處和可貴之處就在這裏。當然，他是一個舊知識分子，沒有曆史唯物主義觀點，選用史料不可能完全正確，解釋史料更有他的局限性。何況史料本身還有很多問題，他亦不可能一一加以考核和辨別。像明建文帝這個人，當“靖難”之師入南京後，他是死了呢？還是做和尚去了？這個問題，明朝人談得很熱鬧，像《致身錄》等書，寫從亡諸臣及飄泊經過，繪影繪聲，究竟可信程度有多少，這是很成為問題的。但蔡東藩卻相信它，他在《明史演義》廿五回中大寫特寫，在總批中又說：
建文出亡，剃度為僧，未必無據。就王鏊、陸樹聲、薛應旗、鄭曉、朱國楨諸人所載各書，皆曆曆可稽。即有舛訛，亦未必盡由附會。這種說法，仿佛能自圓其說。其實，他所舉這幾個人，都不是明初人，他們也是傳聞而來，蔡東藩這種看法，未免有點武斷了。
不過，總的說來，蔡東藩是個史學湛深的學者，他對待史料的態度是嚴肅認真的，即使個別地方取舍未必盡當，也不能不承認他是盡了相當的力量的。特別是《元史演義》的前十回，他從蒙古先世寫起，包括西征和四大汗國的建立，事情是極複雜的。蔡東藩嫌《元史》記得太簡單，從《元秘史》、《蒙韃備錄》、《蒙古源流》、《元史譯文證補》，旁搜東西洋有關蒙古史籍譯本，源源本本地寫。這段曆史今天我們讀來還覺得費力，他寫這些事情所費的力量更可想見。這個人也可以說是有曆史考證癖的。