哥白尼和哥哥、姐姐們還沒有從悲痛中解脫出來，母親也不幸染上了瘟疫，不久之後便不治身亡了。
哥白尼和他的哥哥、姐姐成了孤兒。
這一次，這個家庭是真的塌了天了。父母雙亡，留下四個未成年的孩子，這個家又該何去何從呢？
當時，哥白尼的舅舅還遠在羅馬，顧不上前來照顧他們。眼看著這個家庭就要垮掉，幸好這個時候，哥白尼的姨媽及時伸出了援手。她住到了哥白尼家裏，承擔起了管理家務、照顧孩子的責任。
孩子們在姨媽的照顧下，總算是漸漸地從陰影中走了出來。雖然他們並不缺少錢財，但是卻再也享受不到父母的關愛了。
原本歡快的家庭一下子就變得異常冷清，大房間空蕩蕩的。哥白尼仿佛在一夜之間長大了，他再也不像以前愛動，而變得沉默寡言了。
父母雙亡，對於四個年幼的孩子來說，該是一個多麼大的打擊啊。這使得他們無憂無慮的童年生活結束了。
哥白尼的大姐生性憂鬱，她不堪世俗的煩惱和痛苦，還是選擇了修道院。
哥白尼的二姐性格和大姐迥然不同，她覺得自己的兩個弟弟都是喜歡學習的人，將來如果好好讀書的話，一定會有出息的。況且姨媽家的生活條件也不是很好，如果還要帶這樣四個孩子的話，對於她們一家來說，壓力豈不是更大了嗎？
大姐性格柔弱，而兩個弟弟年紀還這麼小，她身為姐姐，一定要為這個家庭承擔起責任。
二姐決定要嫁給一個富商。
“什麼？你要嫁給富商？這怎麼可以！你才多大呢！”
姨媽聽說二姐要嫁給富商之後，忍不住抱住二姐痛哭起來。哥白尼和哥哥的拳頭也都握得緊緊的，揪著二姐的衣裳一個勁兒地哭。
兩個姐姐被安置之後，這個家庭就剩下哥白尼和哥哥了，而這個時候，他們的舅舅瓦茲羅德終於來到了他們身邊。
舅舅烏卡什·瓦茲羅德的官邸位於風景如畫的韋納河畔，雖然是一座漂亮的防禦性建築，但並不顯得呆板單調，寬大的窗子為整個城堡增添了明快的色彩。
通過護城河上的吊橋才能進入城堡的內院。庭院的周圍是兩層圍廊，二層樓上住著主教和他的兩個外甥及其隨從人員，那裏設有小教堂、圖書館和餐廳。
這座豪華的城堡，顯示出主教是一位有雄心和抱負的人。
對於如何教育和培養這兩個小外甥，成了瓦茲羅德心中的一個矛盾：是把他們培養成神職人員呢，還是讓他們繼承父業成為商人呢？舅舅一時之間也拿不定主意。
瓦茲羅德是一個十分民主的人，他從來不會強迫別人按照自己的意誌行事。
有一天，瓦茲羅德把哥白尼和他哥哥安傑伊叫到跟前，對他們說道：“孩子，對你們父母的事情，我很難過。但是現在悲傷已經過去，你們要重新打起精神，好好走以後的路，知道嗎？”
“舅舅，我們知道。”哥白尼和哥哥異口同聲地說道。
“那很好。現在舅舅問你們，你們是想要和你們的父親一樣做一個商人呢，還是想和舅舅一樣做一個神職人員呢？”舅舅語氣和藹地問道。
父親高大的形象又一次出現在哥白尼的心中，他也想過要做一個商人，就像父親那樣，成為人人仰慕的人。
但是另一個聲音告訴他，他需要研究天上的星星，他要去揭開宇宙的秘密，他要看看天上到底有沒有上帝的存在。
哥哥安傑伊問道：“舅舅，做商人有什麼好處呢？”
舅舅輕輕撫摸著安傑伊的腦袋，說道：“你這個小滑頭，如果做商人呢，就像你們父親一樣。如果經商成功，就能獲得很豐厚的回報，有了錢以後就可以參加社交活動，獲得一定的社會地位。”
“那神職人員呢？”
“舅舅不就是一個神職人員嗎？嗬嗬，神職人員有社會地位，有固定的收入，被人們尊敬。”
“那麼，做商人和做神職人員各有什麼壞處呢？”
舅舅把兩個孩子抱了起來，讓他們坐在自己的大腿上，溫和地說：“神職人員呢，可能賺的錢沒有商人多。但是商人呢，可能賺的錢很多，但是風險也一樣很大，萬一經營失敗，可能就家破人亡，什麼都沒有了。舅舅比較傾向於你們做神職人員，這樣安穩一些。不過舅舅不會替你們選擇。現在你們自己考慮一下，想要做什麼呢？”
哥白尼想都不想就說道：“舅舅，我想做神職人員。”
哥哥安傑伊考慮了一下，然後也決定聽從舅舅的建議，說：“我也是。”
舅舅開心地摸摸兩個小外甥的腦袋，說道：“要想從事神職工作，就必須要有淵博的知識和很高的學位。從明天開始，你們兩個就去海烏姆諾學校讀書吧。”
海烏姆諾學校是當時波蘭最好的中學。在舅舅的培養下，哥白尼開始走上了一條輝煌的道路。