1517年8月，十字騎士團縱火焚燒了皮耶寧日諾市郊附近的兩個村莊，後來又在布拉涅沃郊區縱火燒毀大片民房。瓦爾米亞行政管理人自己也不止一次遇到毗鄰地區騎士團辦事人員的挑釁活動。
1517年3月，騎士團的人和神甫會的人就帕斯文克界河捕魚權問題發生了爭執。騎士團方麵的一個人在捕魚時被逮住，關進了奧爾什丁城堡。
這成了騎士團人攻擊神甫會的又一口實。後來，又因為森林砍伐問題，使雙方的矛盾日趨白熱化。
1519年，硝煙彌漫，火光連天。十字騎士團與波蘭的關係日趨惡化，而這場戰爭的主戰場就在哥白尼所在的瓦爾米亞地區。哥白尼義無反顧地站到了第一線。
十字騎士團的襲擾活動越來越頻繁，他們所到之處，不放過任何人和任何目標，連教堂也成了他們的搶劫對象。
神甫會向波蘭國王彙報了邊界緊張的狀態，國王齊格蒙特·斯塔雷給主教派來了40名騎兵助戰。
起初，國王曾試圖勸說自己的外甥——敵視波蘭的十字騎士團大首領阿爾布雷希特——放棄戰爭冒險行動。但當他意識到會談不會有多大結果時，便開始了備戰活動。
當阿爾布雷希特開始對國王的和平倡議置若罔聞、不予理睬的時候，波蘭國王說道：“現在一切都靠邊站，我要解決這個普魯士問題。我決不退讓，哪怕赴湯蹈火也在所不辭。”
1520年1月，十字騎士團對弗龍堡發起了武裝進攻，指揮官策馬叫囂道：“摧毀這個巢穴，以便在整個夏天不會再有任何一隻鳥來這裏做窩！”
戰事越來越頻繁，一場大戰已經必不可免。神甫們都紛紛離開弗龍堡，逃到沒有戰爭危險的地方去了。
神甫會成員中隻剩下哥白尼一個人還留在弗龍堡。當時還沒有大炮，十字騎士團無法越過大教堂的圍牆，於是他們就縱火焚毀城市和圍牆外麵的神甫住宅。
敵人所侵掠的地方，遍地烽火，屍骸狼藉，百姓流離失所，苦不堪言。哥白尼頂住了十字騎士團對弗龍堡發動的攻擊，但因為他的家已被焚毀，也不得不離開這裏，前往奧爾什丁城。
在奧爾什丁城，他作出了巨大的努力，義憤填膺地為與十字騎士團戰鬥積極做好備戰工作。戰爭期間，哥白尼堅定地站在波蘭一邊，忠實地繼承了與十字軍騎士鬥爭的家族傳統。
1520年11月8日，當瓦爾米亞和奧爾什丁的命運處在最困難的時刻，神甫會財產管理人的職務交到哥白尼手中。
這多半是因為哥白尼以往在行政管理工作中取得了豐富的經驗，並且在和十字軍騎士團的鬥爭中表現出的勇敢精神和堅定的立場，促使神甫會作出了這一決定。
於是，哥白尼不僅成了經濟管理人，也成為堅守瓦爾米亞南部這個最重要據點的軍事指揮者。這次的經曆對哥白尼來說，是一個將理論付諸實踐的機會。
哥白尼積極組織奧爾什丁城堡的防禦，並利用自己所學的力學、工程工藝學知識，投入戰鬥實踐。
在哥白尼的領導下，奧爾什丁城的人們築起了工事，加強防禦。2月中旬，哥白尼從埃爾布隆格調來了防禦武器和設備，其中包括17杆火繩槍。
盡管是第一次真正投身戰爭，但哥白尼已經顯示出他作為一名軍事指揮者的才幹。哥白尼深知，如果沒有波蘭軍隊援助，奧爾什丁城堡經不起十字軍騎士團的長期圍困和進攻。
1520年11月16日，哥白尼親自給國王齊格蒙特·斯塔雷寫了一封求援信，要求增加軍隊支援。
最聖明的君主大人陛下：
我們渴望最忠實地為神聖的陛下效勞。昨天傍晚，陛下的敵人侵占了奧爾什丁城。奧爾什丁城本來有著很好的防禦圍牆，但終因守城將士不足而失守。
同樣的情況也使我們有理由感到不安，因為對付這種進攻，我們沒有足夠力量。敵人已近在咫尺，我們擔心的是，不久我們也將被包圍。同我們在一起的尊貴的帕維爾·多盧斯基大人隻有100名士兵。
幾天前，他根據我們的要求給陛下派到利茲巴克的司令官雅庫布·森齊格涅夫斯基大人寫了一封信，請他給我們多派一些人來。奧爾什丁城的人也提出過這種請求。
他回答說，他的人太少了，不能再增派人。我們清楚，利茲巴克本身也受到威脅，整個瓦爾米亞主教區都處在威脅之中。
為此，我真誠地向陛下請求，請陛下盡快派援兵來，給我們以有效的支持。
因為我們渴望竭盡全力做高貴和正直的人應該做的一切，恪盡職守，毫無保留地為陛下獻身，哪怕犧牲也在所不辭。我們的全部財產和我們自己都指望仰仗陛下的關懷。