戰爭初期，形勢對閻、馮是有利的。晉軍占領濟南，蔣介石本人在柳河車站險被馮軍俘虜。但是烏合之眾的反蔣軍，有的觀望不前，有的投降叛變，加上指揮失當配合不力，致使會師徐州的計劃未能實現。8月1日，蔣軍全麵反攻，戰局急轉直下，向著有利於蔣的方向發展。
國民黨部擴大會議
閻錫山7月，國民黨反蔣各派在北平成立了“中國國民黨部擴大會議”，決定另組“國民政府”，推選汪精衛、閻錫山、馮玉祥、李宗仁、鄒魯、唐紹儀、張學良為委員，以閻為主席。9月9日，閻錫山在北平懷仁堂宣誓就職。
在大戰期間處於舉足輕重地位的張學良，坐山觀虎鬥，當局勢日趨明朗時，於9月18日通電擁蔣，派兵入關。麵臨南北夾擊之勢，閻、馮等反蔣軍全線崩潰，蔣介石取得了中原大戰的勝利。撤消太原的擴大會議、“國民政府”和“陸海空軍總司令部’隨即先後解體。閻錫山於10月15日宣布下野，12月潛赴大連，托庇於日本帝國主義，一枕黃粱美夢就此收場。此戰軍民死傷近30萬人，豫魯兩省赤地千裏，餓殍遍野，國力損耗，元氣大傷；而東北軍進駐關內，邊防空虛，客觀上為日本帝國主義造成發動“九一八”事變的條件。
【自強救國】
東山再起
閻錫山在大連蟄居期間，一麵總結自己的從政經驗，一麵遙控山西軍政大局，伺機而動。他根據儒家的中庸之道，將自己20年的從政經驗總結為“中的哲學’，認為不偏不倚、情理兼顧、不過不及是為“中”，人事得中則成，失中則敗；承認矛盾，要用二的分析法分析矛盾，以求得“矛盾的不矛盾”，使矛盾對消，達到適中，以求生存；認為事理有母理與子理之別，母理講的是該不該，子理講的是能不能，母理是不變的，子理服從母理，人事以生為最高母理。這就是說，他研究和運用“中的哲學”，全是為了自己的存在。他還摭取並曲解馬克思主義著作的某些詞句，反對“金代值”，主張實行“物產證券”（產多少物發多少券，勞動者又以券換物）；反對“資私有”，主張實行“資公有，產私有”，“按勞分配”，認為“按勞分配是資本主義到達社會主義必經過的橋梁”。這個所謂“物勞學說”是無法實現，他也不打算實現的，但他卻定為幹部的奮鬥目標，目的是用以抵製馬克思主義和共產黨。
與此同時，他密切注視國際與國內形勢的發展，圖謀東山再起。當他得悉日本帝國主義將發動大規模的侵華戰爭時，便以高價收買機師，於1931年8月5日乘飛機潛回大同，隨即轉赴家鄉河邊村“隱居”。
“九一八”事變後，太原學生於1931年12月18日舉行抗日救亡的示威遊行，遭到國民黨山西省黨部的鎮壓，學生穆光四被槍殺。閻錫山深恨國民黨人在中原大戰前後對他的攻訐，遂令太原清鄉督辦楊愛源封閉國民黨山西省黨部並逮捕其負責人。這是國民黨在山西遭到的第三次厄運。
日本帝國主義在“九一八”事變後，大舉侵占中國東北，蔣介石的“攘外必先安內”政策遭到全國人民的反對，一致對外、抗日救亡的呼聲日益高漲。蔣介石無奈，不得不表示捐棄前嫌，與曾經的反對勢力言歸於好，團結禦侮。1931年12月，在國民黨第四次全國代表大會上，閻錫山的中央執行委員被恢複。閻為了取得輿論支持和蔣介石的諒解，後來向中央提出《請政府檢撥十萬勁旅死守錦州以救危亡案》和《請政府及時確定十年自強計劃案》；山西省政府主席徐永昌則通過各種關係向蔣表示自己力不勝任，隻有閻錫山可以收拾山西殘局；不久，閻錫山又指示部下將在押的國民黨山西省黨部負責人以易地審判為名，押往鄭州釋放。於是，蔣介石乃授意國民政府於1932年2月20日任命閻錫山為太原綏靖主任。
自強救國
閻錫山閻錫山東山再起後，為了緩和他與蔣的矛盾並消除蔣對他的疑慮，提出“自強救國”、“造產救國”等口號，成立了經濟建設委員會，製訂了山西省政十年建設計劃，組建了山西人民公營事業董事會，全力以赴地進行經濟建設，並把三分之一以上的軍隊用於築路，以表示不再窮兵黷武；對蔣介石的重大決策，表麵上則完全擁護。1933年3月11日，蔣介石到石家莊商討華北問題，閻在晉見之前，曾於9日電蔣表示：“山向來追隨鈞座，受國家之優遇，亦當追隨鈞座，赴國家之危難。中央為保全國土而忍辱，錫山願與鈞座分禍；如為發揚民族精神而奮鬥，願隨鈞座犧牲。”言詞懇切恭順，從而取得蔣的諒解，使他得以在山西繼續掌權。
閻錫山充分利用爭取到的和平環境，依靠自力更生，在數年之內創建了包括采礦、冶金、采煤、發電、機械、化工、兵器、水泥、皮革、毛紡、造紙、卷煙、火柴等輕重工業廠礦的西北實業公司，修築了長達860餘公裏的同蒲鐵路，成立了山西省營業公社，整頓了山西省銀行，新建了鐵路、鹽業、墾業等銀號，並為“四銀行號”成立了實物準備庫，到抗日戰爭前夕，在山西形成了一個龐大的官僚資本體係，資產達到2億銀元。其規模之大，投資之少，速度之快，效益之高，在國內名列前茅。同時，他認為不把群眾組織起來會給共產黨留下空子，須用組織來抵抗共產黨的組織，於是成立了青年救國團、建設救國社等團體，後來又將其合並組成山西自強救國同誌會，作為他推行政令的組織保證。這樣，他的經濟和政治實力都得到了增強。
【聯共抗日】
設立“防共保衛團”
閻錫山閻錫山的反共是由來已久的。1921年，他聽了僑居蘇俄的山西商人的報告，便認為“資本主義和共產主義是兩個極端的錯誤，人類應謀求適中的製度”，逐召開“進山會議”。針對馬克思主義的階級和階級鬥爭學說，以“人群組織究竟怎樣對？”為題展開討論。之後，閻錫山支持蔣介石對工農紅軍的反革命“圍剿”，曾派一個師赴江西參戰。1935年，紅軍在陝北建立了革命根據地，閻錫山開始了“思想防共，民眾防共，政治防共，武力防共”，進而要用“九分政治一分軍事來防共，七分政治三分軍事來剿共”。他在山西還準備實行土地“村公有”，作為防共的根本辦法；設立“防共保衛團”和“主張公道團”組訓民眾，“防共保鄉”。
1935年冬，日本侵略軍炮製“華北事變’，接著要求華北五省實行“自治”。1936年2月，紅軍渡河東征，晉軍慘敗，閻錫山告急，蔣介石乘機派5個師開進山西。紅軍於5月初回師陝北，蔣軍卻賴著不走，而且於6月成立了晉陝綏寧四省邊區“剿匪”總指揮部，並以陳誠為總指揮，對閻構成威脅。在這三種力量麵前，閻錫山為了在矛盾中求生存，小心翼翼，開始“在三顆雞蛋上跳舞”：蔣介石是事實上的國家元首，應該擁護，但又是自己的頭號政敵，必須拒絕蔣的勢力進入山西；日本帝國主義要滅亡中國，但他怕引火燒身，不提抗日，當日軍鐵蹄已進入綏遠時，他才於8月有條件地提出“守土抗戰”的口號；****及紅軍雖然是危險的敵人，但暫時不會危及自己的存在，而且英勇善戰堅決抗日，是一支可以利用的力量。於是他停止反共叫囂，產生了聯共的設想。擁蔣拒蔣，恐日抗日，反共聯共，成了他製訂各項政策需要考慮的關鍵問題，其中心是要玩聯共牌，抬高自己的地位並增強自己的實力，以應付即將來臨的日本帝國主義的侵略。
閻錫山自強救國同盟會
麵對日本帝國主義的侵略，“自強救國同誌會”內的左傾進步人士於9月18日發起成立了“山西抗日救國同盟會（犧盟會）”，閻怕觸怒日本帝國主義，更名為“山西犧牲救國同盟會”，自任會長。十月下旬，閻錫山邀請共產黨員薄一波主持“犧盟會”的工作。從此，中國共產黨在山西同閻錫山建立了特殊形式的抗日民族統一戰線，即共產黨員戴著山西帽子，參加閻錫山的官辦團體，運用山西的某些進步語言，貫徹執行黨的抗日民族統一戰線的方針政策，開展抗日救亡運動。在“犧盟會”的領導下，抗日救亡運動蓬勃發展，太原一時成為全國抗日呼聲甚高的城市，二十幾個省市的數千名進步青年慕名到太原參加軍政訓練，為抗日戰爭開始後組建新軍、開展武裝鬥爭和創建抗日根據地做了政治上和組織上的準備。至此，閻錫山在擁蔣的前提下，基本上確立了聯共抗日的路線。
11月，閻錫山與蔣介石會商後，命令晉綏軍傅作義、趙承綬等部對侵入綏東的日偽軍進行反擊，24日收複百靈廟。全國人民祝捷慰勞，士氣為之一振。
1937年7月7日盧溝橋事變發生，全國軍民奮起抗戰。8月5日閻錫山赴南京參加國防會議，表示擁護全麵抗戰，受任第二戰區司令長官。當月國共第二次合作達成協議，紅軍改編為國民革命軍第八路軍（後改稱第十八集團軍），編入第二戰區戰鬥序列，進入山西作戰，國共合作在山西進行抗戰的局麵形成。閻提出民族革命的口號，同意由犧盟會組建新軍——山西青年抗敵決死隊和太原工人武裝自衛隊，並給予武器裝備。9月20日，根據****的建議，又成立第二戰區民族革命戰爭戰場總動員委員會，組建新軍暫一師，以續範亭為師長。
日本侵略軍占領平津後，其一路指向山西。閻錫山於8月27日赴雁門關內的太和嶺口指揮作戰。9月初，日軍侵入山西，晉綏軍在天鎮和廣靈未能阻敵前進。9月下旬，國共兩黨軍隊配合進行了平型關戰役，八路軍殲敵1000餘人，取得抗戰以來的首次勝利，給抗日軍民以極大鼓舞。接著，閻部署晉綏軍與中央軍共同扼守忻口，與敵展開大規模戰鬥。忻口我軍堅守23天，予敵重創，在戰略上具有重大意義。由於敵強我弱，11月8日太原失守。閻錫山於4日離開太原南撤臨汾。
在此期間，閻錫山看到他的舊軍大部潰散，文官多數棄職，遂希望由犧盟會和決死隊幫助他支撐和扭轉山西危局。在他的支持下，新軍到1939年夏已發展為4個決死縱隊、一個工兵旅和一個暫編師，共轄50個團，約5萬餘人；在山西的7政區中，有5個行政區及其所屬縣的政權由犧盟會掌握，在105個縣中有70個縣長由犧盟特派員（共產黨員）擔任。山西成為全國實現國共合作、堅持抗戰的模範地區。
村本政治思想
閻錫山(3)?村本政治：搞自治一定要從村一級開始搞
1922年3月，閻氏召開山西省第一次行政會議，正式提出“村政自治”的概念。按閻氏的說法，所謂“村政自治”，就是希望山西進入“村民自辦村政之時代”。
從1922年期，“村本政治”開始在山西全省推行。其基本內容包括：(1)設立編村，每一編村管百戶人家，每村設村長、村副和村公所；(2)村以下設閭、鄰組織，以五家為鄰，設鄰長，五鄰為閭，設閭長；(3)另設村級組織息訟會、監察會和村民會議，並成立由適齡男丁組成的保衛團；(4)製訂村禁約(閻氏稱之為村憲法)規範村政；(5)在倫理觀念上提出了“村公道”和“村仁化”。山西全省先後組成四萬多個編村。
隨著“村本政治”的全方位鋪開，民國所有的割據勢力當中（包括南京的國民政府），除了****控製的根據地之外，已沒有誰的社會基層控製能力能夠超越閻錫山的山西——這種控製力是基於某種利益共同體：譬如，雖然閻氏一再告誡在選擇村長時要注重其品行，但為了防止“階級鬥爭”，同時他又規定了村長須有1000塊銀元以上的不動產，村副則須在500塊銀元以上。如此，村一級的最高權力，最終還是不得不落入閻氏所失望的那些“以無視法律為時髦，以違法為榮”的“地位很高的豪紳們”的手裏。一直倡導打倒“貪官、汙吏、土豪、劣紳”的閻氏，最後卻不得不依靠這些“地位很高的豪紳們”來充當自己的政治基礎——村幹部；而這些“地位很高的豪紳們”，也就是那幾十萬的村幹部們，也很清楚，隻有在閻氏的“村本政治”中，才有他們的立足之地。
顯然，從自治、民主的角度來看，閻錫山的“村本政治”完全失敗了。
【聯日圖存】
日軍南侵
閻錫山撤退至臨汾進行整頓，成立民族革命大學，公布了與****《抗日救國十大綱領》內容基本相同的《民族革命十大綱領》。1938年2月16日閻成立了以舊派人物為骨幹的“民族革命同誌會”，自任會長，以之與犧盟會和國民黨抗衡。
閻錫山1938年2月，日軍大舉南侵。閻錫山經吉縣渡過黃河到陝西宜川縣秋林鎮避難。在八路軍、山西新軍和晉綏軍的打擊下，日軍退縮於鐵路沿線和平原地帶，廣大山區成為抗日軍民的根據地，****領導的晉綏、晉察冀、晉冀魯豫邊區相繼成立。閻錫山根據形勢遊弋於黃河兩岸。山西抗戰進入相持階段。
閻錫山眼看共產黨的影響迅速擴大，新軍和犧盟會逐漸發展成為獨立的政治力量，感到繼續下去勢將動搖自己的統治，於是決心消除中國共產黨對新軍和犧盟會的影響。8月，他在吉縣古賢村召開的由軍師長參加的“古賢會議”上，即鼓動舊軍反對新軍，舊派反對新派，並說“天要下雨，趕快準備雨傘。一落人後，便要吃虧”。1939年1月，國民黨在重慶舉行五屆五中全會，在討論繼續抗戰、強化國民黨的同時，還提出防共、限共、溶共的一係列措施。閻錫山積極貫徹實施，於三月在陝西宜川縣秋林鎮召開了“秋林會議”，公開提出取消新軍的政治委員製度，企圖把新軍統一於舊軍；還說“不能抬上棺材抗戰，仗總要有個了結，汪（精衛）先生走的路，未嚐不可取”。這種破壞團結準備投降的論調，受到犧盟會和決死隊領導人薄一波等的堅決反對。12月初，閻又配合蔣介石的第一次反共高潮，發動了旨在消滅犧盟會和決死隊的“十二月事變”（晉西事變）。新軍各部聞警應變，閻的陰謀未能得逞。“十二月事變”標誌著閻錫山聯共抗日路線的終結。
抗日民族統一戰線
中國共產黨為了維護抗日民族統一戰線，促使閻錫山繼續抗戰，於1940年2月派王若飛、肖勁光與閻談判，確定以汾陽經離石到軍渡的公路為晉西北與晉西南的分界線，晉西北為八路軍和新軍的活動區域，晉西南為晉綏軍的活動區域。這在一定程度上恢複和保持了中共同閻錫山的統一戰線關係。從此，閻錫山在山西隻能控製晉西南的二十幾個縣。
閻錫山這時，閻錫山又運用“中的哲學”研究他同三方麵的關係。他認為大敵當前，蔣無暇整治他，毋須顧慮；共產黨和八路軍日益強大，群眾十分擁護，已不再是可以被利用的力量了，而且會同犧盟會和新軍聯合起來反對他，是威脅他存在的主要敵人；日本侵略軍仍是難以戰勝的，抗戰前途非常渺茫：於是產生了玩勾結日本這張牌以對付共產黨和八路軍的念頭。日本帝國主義也有誘閻投降以便把軍隊轉用於其他戰場的想法。雙方勾結的條件逐漸成熟。
1940年夏，閻錫山開始同日軍代表接觸。11月，閻令其第七集團軍總司令趙承綬根據“亞洲同盟，共同防共，外交一致，內政自理”的原則，與日本山西派遣軍參謀長楠山秀吉談判，達成雙方合作、日方為閻裝備30個團的口頭協議。1941年6月，日軍將孝縣城讓給閻軍接管。8月11日，趙承綬代表閻錫山與日本華北派遣軍參謀長田邊盛武以及楠山秀吉等在敵占區汾陽縣城內簽訂了《日閻停戰基本協定條款》（俗稱《汾陽協定》），商定雙方停止敵對行動，閻通電脫離重慶國民政府，日將山西政權交閻並為閻軍提供武器裝備等。會後，閻在敵占區太原、汾陽、臨汾等地設立了辦事處。至此，閻錫山已由聯共抗日轉變到聯日反共的危險境地。
與此同時，閻錫山為了適應形勢的變化，在駐地吉縣克難坡由“民族革命同誌會”對其軍政人員進行“洪爐訓練”，提出“存在即是真理，需要即是合法”的謬論。《洪爐歌》詞則強調“精神整體，合作分工，組織領導，決議是從”，為集體降日進行思想和組織準備。為了掃除降日障礙，閻強化“同誌會”的組織領導，命令所有軍政經人員及中學以上學生，都須參加“同誌會”，開會必呼“會長萬歲”等口號，以樹立絕對權威；還令其特務組織“政衛組”和“隰汾區戰工團”（後改組為“同誌會流動作隊”）“肅清偽裝分子”，大肆逮捕和殺害共產黨員、犧盟會員、決死隊官兵和進步人士。
對閻錫山與日軍秘密勾結的行徑，中國共產黨曾多次提出警告。太平洋戰爭爆發後，日本為了大舉侵略東南亞地區，迫切希望閻錫山履行（汾陽協定）的各項條款。1942年5月6日，閻錫山在日方一再要求下，與日本華北派遣軍參謀長安達二十三、山西派遣軍司令官岩鬆義雄等在吉縣安平村舉行了所謂的“安平會議”。日本侵略軍頭目要求閻立即宣布脫離重慶政府；閻由於受到八路軍駐第二戰區辦事處處長王世英的規勸與警告，又見國際形勢發生重大變化，日本的失敗隻是時間問題，同時覺得當漢奸將遺臭萬年，乃采取應付態度，提出由日方先行交付答應給他的武器裝備。雙方各持己見，未能達成協議。閻恐被劫持，在午休時刻乘機逃走。會後，日軍進行報複，擊潰閻部第三十四軍並俘虜騎兵軍兩個師。不久，各自為了自身的利益，雙方互相利用，又行勾結。這時的閻錫山一變依靠日軍而為利用日軍。除了交流物資外，他派幹部到敵區擔任縣長等偽職，並對其他偽縣長發給山西省政府的委任狀，以便在抗戰勝利後迅速摘取勝利果實。至此，閻錫山運用“中的哲學”又為自己營造了新窟：蔣介石怕閻投降，增加了對他的支援；****為了使閻繼續留在抗日營壘，減少了對他的壓力；日軍為了誘閻就範，停止了對閻的進攻，並進一步勾結。閻錫山營造的新的三窟已就，乃得苟安於晉西南一隅之地。
1945年8月10日前後，閻錫山得悉日本將接受無條件投降的消息後，即派趙承綬到太原與日軍頭目商定：日軍在原防區防堵共產黨及八路軍並聽候閻錫山受降；又派部隊向太原挺進。30日，閻在日軍保護下回到太原，隨即宣布“行者”（抗戰人員）和“居者”（漢奸）同樣有功，並委任偽省長蘇體仁、馮司直、王驤為高級顧問或高級參事，改編偽軍為省防軍，留用日俘萬餘人，作為他進行反共內戰的資本。八年抗戰的結果，在山西閻管區不過是閻日偽合流而已。