二、崛起湖北
1913年，北洋軍閥的勢力不斷向長江流域拓展，袁世凱派段祺瑞為湖北都督，以代替武昌首義的元勳黎元洪。為配合段祺瑞，王占元第二師進駐湖北，4月24日，正式任命王占元為“幫辦湖北軍務”。
孫傳芳隨王占元來到湖北，一待就是十年，從一個名不見經傳的營長成為長江上遊總司令兼第二師師長，成了令各方矚目的實力派人物。孫傳芳十年的發展成就，首先得益於湖北得天獨厚的戰略地理位置，南北要衝，東西樞紐；其次就是這個****的時代，所謂時勢造英雄，此之謂也。當然，其個人傑出的才幹也是重要的組成部分。
入鄂不久，孫傳芳便被提升為第六團團長，成為王占元倚重的股肱部下。孫傳芳為報答王的知遇，也是竭盡全力，勇於任事。此時河南悍匪白狼正時常出沒於鄂豫邊界，攻城略地，搶官府，殺官兵，神出鬼沒。王占元奉命派隊進剿，頭疼不已。孫傳芳於是主動請纓，為王分憂。白狼軍行蹤飄忽，數次圍攻都讓他逃脫了，有幾次反而遭到白狼軍的反擊，損失不小。但是孫傳芳收獲也不小，畢竟是親自帶兵，得到了實戰的鍛煉。之後王占元對孫傳芳更為看中，派其率所部第六團駐紮京漢線上的重鎮信陽。
1915年9月，王占元將孫傳芳調回省城，升任第三旅旅長。1916年1月8日，王占元正式擔任湖北將軍，以何佩瑢為參謀長，但何長期在北京做王占元的駐京代表，遂以孫傳芳代行參謀長之職。不久，孫又升任第二十一混成旅旅長。由於王占元的信任，給了他施展才華的機會，時常充當湖北代表對外接洽公務，有時還代表王占元檢閱部隊，逐漸的使其產生了個人的野心，也成為湖北軍界的重要人物，在部隊中的影響力甚至超過了過於貪鄙的王占元。王占元略有覺察，他雖然離不開孫傳芳的輔助，但是自己的地位也是決不能受到威脅的。
王當上督軍之後，按規定理應讓出第二師師長一職。當時在第二師的旅長中孫傳芳無疑是佼佼者，然而王占元卻把師長一職讓給了平庸懦弱的王金鏡。王占元說：“王金鏡為人老成持重，為我小站練兵時的舊袍澤，物望素孚，遇事絕不會反側。”這件事令孫傳芳極度心寒，但他不露聲色，隻是坐待時機。
王金鏡當上第二師師長不久，便爆發了南北戰爭（即護法戰爭）。南軍（湘桂聯軍）擊潰北洋軍第八師、第二十師，兵鋒直指嶽陽。王金鏡被任命為嶽陽防守總司令，統帥第二師之第三旅（旅長孫傳芳）、第七師之第十四旅（旅長吳新田）、第十一師之第二十二旅（旅長蕭安國）和直隸之第二混成旅（旅長閻相文）、第三混成旅（旅長蕭耀南）防守嶽陽。
北軍雖然擁兵數萬，但是王金鏡的兵力配置極不合理，留下極大間隙、破綻，而且孫傳芳及直軍諸旅長根本就不聽指揮。在數千湘軍的進攻之下，嶽陽失守。戰後為了推卸責任，王金鏡指責團長寇英傑作戰不利，王占元欲殺之，經眾人苦勸方才得免。經此之戰，湖北諸將開始對王占元各懷二心，各有打算。
直軍將領吳佩孚在此次戰爭中大放異彩，名動一時，孫傳芳於是與之大相結納，後來吳佩孚在衡陽駐軍期間屢次發出政治性通電，孫傳芳與湖北各將領都列名其後，表示支持。1920春，吳佩孚率部北歸時，途徑漢口，孫傳芳特意由宜昌趕來歡迎，並代表王占元及湖北各將領，在一江春番菜館招待吳佩孚和直係諸將閻相文、王承斌、蕭耀南等人，賓主盡歡。