15日，兩軍激戰一天，浙軍大敗，折損過半。16日拂曉，潘國綱退往衢州，準備同第四旅汪鎬基合兵一處，共同拒敵。哪成想汪鎬基率七、八兩團迅速潰退，結果造成了全線崩潰。無奈之下潘國綱率殘部退至蘭溪關，司令部設在桐廬，打算扼守蘭溪關伺機反攻，豈不知此時的浙江省城已經發生了重大變化。
原來張國威投降的消息傳到杭州，盧永祥大為震驚。他深知仙霞嶺是閩浙的天然屏障，險關一丟，閩贛聯軍將暢行無阻，直撲杭州。眼下浙江的主力都集中在北線，根本抽不出兵力對付孫傳芳。事已至此，隻有孤注一擲，把全部力量集中到北線，拚死抵抗，保住上海，等待奉軍進關戰勝直係，然後派兵來援助自己。
9月18日，盧永祥召開緊急會議，決定督辦公署移至上海龍華，浙軍陳儀、周鳳岐兩部撤至嘉興、鬆江一帶。警察廳長夏超代理省長，負責處理善後，並兼任杭州警備司令。
19日，盧永祥發出通電，撤離杭州。
20日，北京政府特任孫傳芳為督理浙江軍務善後事宜兼閩浙巡閱使。
孫傳芳接到電令，並沒有得意忘形，他知道要勘平浙江還有很長的路。浙江南部除了積極抵抗的潘國綱兩個旅之外，還有張載陽的兩個旅，雖然作戰很消極，但態度還不是很明朗。而且浙江各界掀起了一股抵製孫傳芳入浙的浪潮，這些團體願拿出50萬元給孫軍，以換取他停止進攻。19日，浙江省議會發出通電，反對孫傳芳入浙。這一切使孫傳芳小心翼翼，行事、說話都很謹慎，因為浙江對他來說太重要了。
就在孫軍剛一踏上浙江的土地，孫傳芳就印發了一本《入浙手冊》，士兵們人手一冊，朝夕誦讀。其內容大意為：我們第二師在福建是被周蔭人第十二師逼走的，我們隻有一條出路，就是占領浙江。福建是再也回不去了，現在是背水一戰。如果進不了浙江，第二師將沒有就食之地，就得餓死、滅亡。士兵們一定要遵守紀律，對浙江百姓秋毫無犯，拚死殺敵，這樣就能占領浙江。全軍不論是行軍、宿營，都由營連長高聲朗讀這本小冊子，士兵們跟著背誦。這對鼓舞士氣，維護紀律都起到了重要作用。孫軍裝備很差，給養不足，士兵們大多穿草鞋、戴鬥笠、著短褲，不像正規軍的樣子，因此被稱之為“花子軍”。就是這樣一支花子軍，在孫傳芳的率領下，一步一步向杭州挺進。
就在9月18日盧永祥開會的那一天，閩贛兩軍在常山會師，他們迅速占領鬆溪、龍泉、江山，直趨蘭溪關。潘國綱在桐廬聽說了杭州的變化，得知盧永祥，張載陽已經離杭赴滬，也無心戀戰，率部退入衢州。
贛軍楊以來部入浙後還沒有什麼戰果，於是率先猛追潘國綱，一路追到衢州城下。並乘勢突入城內，展開激戰。浙軍力戰不支，退往金華，衢州遂為贛軍占領。孫軍隨後也趕到衢州。
衢州失守，杭州城一片驚慌。浙江省代省長夏超，浙軍第二師師長周鳳岐聯名通電吳佩孚、孫傳芳，宣布投降。電文稱：“浙省素服中央，此次構兵非浙人誌願，現盧永祥已離杭，張載陽亦赴滬就醫，超等理應維持地方，力圖善後，現已電令所有部隊退回原防，掃境以待後命……”
在夏、周的歡迎和接應下，孫傳芳大軍長驅直入，暢行無阻。
9月23日清晨，孫軍孟昭月旅前鋒抵達桐江，夏超派參謀前往迎接。當晚，該部進入杭州。孫傳芳本人達到建德，派參謀長劉宗紀及旅長孟昭月率騎兵三個營倍道兼程進入杭州，與夏超商談善後事宜。
25日下午一時，孫傳芳進入杭州。恰巧此時杭州西湖的雷峰塔突然倒塌，此塔建於五代時期，雷峰夕照是有名的西湖盛景之一，還有傳說白娘娘被壓於塔底。那時的人都很迷信，這兩件事聯係在一起，皆以為是不祥之兆。