3.敵後抗戰和《論持久戰》
太原失守後，華北戰局發生了一個根本性的變化：以國民黨為主體的正規戰爭已經退居次要地位，以共產黨為主體的敵後遊擊戰爭開始處於主導地位。
毛澤東敏銳地看清戰局的這種變化，立刻對八路軍下一步戰略行動相應地作出新的部署。
在南方，日軍占領北平、天津後，又集中兵力約28萬人，實行陸、海、空3軍聯合作戰，加緊對上海、南京地區發動更加猛烈的進攻。國民黨當局在這個地區，指揮軍隊進行了頑強的抵抗。在敵軍的猛烈炮火下作出了巨大犧牲。日軍原以為這次戰役很快就可結束，夢想在3個月內滅亡中國，沒有料到在上海地區戰爭就持續了3個月。但是，以這種硬打硬拚式的單純防禦，來對付優勢裝備的日本強盜，中國軍隊付出了巨大的犧牲。
1937年11月12日，日軍攻陷上海。一個月後，12月13日，又占領南京，製造了慘絕人寰的南京大屠殺。這使整個中國戰場上的局勢發生了重大變化。接著，日軍把作戰中心北移到津浦鐵路一線，企圖攻下徐州，打通南北交通線，同華北方麵南下的日軍會合。
3月23日，中共中央召開常委會，再次研究八路軍在華北的工作。毛澤東在會上根據堅持長期作戰的要求，又提出在各區域建立新的遊擊兵團的主張。24日，毛澤東和劉少奇致電八路軍各部，提出組織遊擊兵團的具體任務。電報指出：為了在八路軍主力轉移至其他地區後，我黨仍能在統一戰線中有力的堅持與領導華北抗戰，必須立即組織以八路軍名義出現的遊擊兵團。這種以八路軍主力連隊為骨幹、吸收大批新戰士以組成若幹新支隊的做法，是適應全民族抗日戰爭實際情況的新主張。它使八路軍的隊伍能迅速壯大，而又能保持相當的戰鬥力，收到了很好的效果。
1938年春，毛澤東在延安窯洞撰寫《論持久戰》。1938年春，日軍采取南北對進的方針夾擊徐州，盡力打通津浦鐵路。為了執行這一計劃，華北日軍主力被抽調南下，造成河北、出東等平原地區兵力空虛，為已經在山區站穩了腳跟的八路軍向華北敵後更廣闊的地域發展帶來了機會。徐州地區正麵戰場在李宗仁指揮下進行的英勇抗擊，對華北敵後戰場的發展也起了重要的支持作用。
毛澤東立刻調整部署，作出從華北山地進入到平原地區開展遊擊戰爭的重大決策。
1938年4月21日，毛澤東同張聞天、劉少奇向八路軍總部發出具有戰略意義的指示：“黨與八路軍部隊在河北、山東平原地區，應堅決采取盡量擴大發展遊擊戰爭的方針，盡量發動最廣大的群眾走上公開的武裝抗日鬥爭。”
第2天，在山西前方的八路軍總部根據這個指示精神，立刻電令第129師主力和第115師344旅一部迅速從太行山區向冀南、豫北平原及鐵路沿線展開。不久，又令宋時輪、鄧華兩支隊組成八路軍第四縱隊挺進冀東、熱南、察東北創造抗日根據地。這樣，抗日遊擊戰爭在華北平原上逐步發展起來。
考慮到日軍占領徐州後將會進一步奪取武漢的形勢，毛澤東還對組建不久、已開始活躍在長江南北的新四軍的工作作出部署。
1938年2月15日，毛澤東致電項英、陳毅，指出新四軍應“力爭集中蘇浙皖邊發展遊擊戰。但在目前，最有利於發展地區還在江蘇境內的茅山山脈，即以溧陽、溧水地區為中心，向著南京、鎮江、丹陽、金壇、宜興、長興、廣德線上之敵作戰，必能建立根據地，擴大新四軍基礎”。
1938年5月19日，徐州失守。對戰局下一步究竟會怎樣發展，黨內出現不同的認識。有的人一度估計日軍在打通津浦鐵路後將把主力轉向華北，肅清後方，遊擊戰爭將麵對空前嚴重的困難，不宜廣泛發展。這是一個重要時刻。如果領導人對局勢作出不正確的判斷，就會喪失時機，對八路軍、新四軍敵後抗日戰爭的發展帶來難以彌補的損失。
毛澤東審時度勢，冷靜地指出：日軍主力轉向華北“這一步驟的到來將在稍後”。目前日軍進攻的目標是武漢、廣州。他由此得出結論：“華北遊擊戰爭還是廣泛開展的有利時機”。為了鉗製日軍向大西北的進攻，他提出應加重注意山東、熱河及綏遠大青山脈，並同意朱德、彭德懷提出的派李井泉率騎兵或步兵開創大青山根據地的意見。同時，為準備應付今後華北局勢可能到來的變化，毛澤東要求冀中、冀熱察等抗日根據地要注意鞏固現有武裝，做堅持長期遊擊戰爭的準備。
6月中旬，武漢會戰開始。針對國民黨當局采取的單純防禦的作戰部署和淞滬會戰時中國軍隊損失過大的教訓，毛澤東和中共中央致電長江局各負責人，向他們提醒：“保衛武漢重在發動民眾，軍事則重在襲擊敵人之側後，遲滯敵進，爭取時間，務須避免不利的決戰。至事實上不可守時，不惜斷然放棄之。”電報中指出：如果中國軍隊在武漢會戰中再損失過大，將會增加各將領對蔣介石的不滿，投降派會起而乘之。