潁川接近洛陽，對封建統治威脅最大，因而激烈而殘酷的戰爭首先在這裏展開。當年四月，波才義軍擊敗來犯的朱和皇甫嵩，乘勝圍皇甫嵩於長社。但波才“結草為營”，遂為皇甫嵩所乘。東漢官軍深夜縱火，義軍軍營③《後漢紀》卷二四。
④《後漢書·皇甫嵩傳》。
①《後漢書·靈帝紀》。
②《後漢書·皇甫嵩傳》。
③《後漢書·皇甫嵩傳》。
④《後漢書·靈帝紀》。
延燒，陣勢為之混亂。皇甫嵩乘勢進攻，騎都尉曹操的援軍恰又趕到，皇甫嵩與曹操、朱合兵進攻，義軍因之大敗，幾萬人遭到血腥屠殺。接著，波才義軍餘部於陽翟，彭脫義軍在西華，又遭到鎮壓而告失敗。之後，皇甫嵩軍調赴東線，在倉亭擊敗卜己領導的義軍，卜己被皇甫嵩護軍司馬傅燮俘殺。朱一軍則繼續南下進攻南陽一帶義軍①。
南陽義軍張曼成起兵，稱“神上使”，有眾數萬，攻殺太守褚貢之後，在宛下屯駐了一百多天，軍事上沒有新的進展，而在六月裏被新任南陽太守秦頡擊敗，張曼成犧牲。義軍繼推趙弘為帥，“眾浸盛，遂十餘萬，據宛城”。從六月至八月，義軍粉碎了官軍多次進攻，堅守住了宛城，幾乎迫使東漢政府撤掉朱。趙弘在戰鬥中犧牲後，義軍又推韓忠為領袖，繼續堅守宛城，抵抗朱。“兵少不敵，乃張圍結壘，起土山以臨城內，因鳴鼓攻其西南。”義軍全力奮戰，官軍“連戰不克”，遂用計故意解圍，引誘韓忠出戰，使義軍中計失敗，韓忠被殺。義軍再推孫夏為首領，在宛城進行了反複的衝殺。十一月，宛城陷落，孫夏率義軍轉移到西鄂精山，才被朱鎮壓下去②。
鬥爭的中心轉移到河北地區。河北義軍在張角親自領導下攻占廣宗（今河北威縣東）、下曲陽（河北晉縣西）諸城邑。但在三月以後即遭受到北中郎將盧植率領的東漢官軍的壓力。張角、張寶分別率義軍固守廣宗，下曲陽。盧植“築圍鑿塹，造作雲梯”①，未能攻下廣宗。代替盧植的東中郎將董卓，圍攻了兩三個月，廣宗依然屹立。八月底，東漢政府調皇甫嵩代替董卓，投入廣宗戰場。盧、董二人，“並無功而還”。這時張角病死，角弟張梁統帥廣宗義軍。義軍勇猛善戰，“梁眾精勇，嵩不能克”，皇甫嵩不得不“閉營休士，以觀其變”②，窺測方向，以求一逞。由於義軍一時疏忽，皇甫嵩“乃潛夜勒兵”，趁拂曉時進撲義軍陣地。義軍倉促接戰；張梁陣前犧牲，英勇戰死者三萬多人，不甘屈服而投河犧牲的五萬多人。同年十一月，皇甫嵩與钜鹿太守郭典攻破下曲陽，張寶等十多萬義軍被殺害。各地區起義人民都遭到東漢統治者的殘酷鎮壓。連張角的屍體，也遭受到“剖棺戮屍，傳首京師”的毀壞③。
各地人民繼續堅持的反抗鬥爭黃巾主力雖僅幾個月便被鎮壓下去，但農民起義的熊熊烈火並未能撲滅，許多地區的黃巾軍依舊堅持鬥爭。散見於各種史籍的起義武裝，以首領姓名、綽號或地名為號者就有一百多支（股），他們是：冀州黑山軍：這批義軍由黑山、黃龍、左校、郭大賢、於氐根、青牛角、張白騎、劉石、左髭丈八、平漢大計、司隸掾城、雷公、浮雲、飛燕、白雀、楊鳳、於毒、五鹿、李大目、白繞、眭固、苦蝤等組成。這批義軍“並起山穀間，不可勝數”。他們樸素的稱呼多是由起義首領的某些特征而得名，“其大聲者稱雷公，騎白馬者為張白騎，輕便者言飛燕，多髭者號於氐根，大眼①《後漢書·皇甫嵩傳》。
②《後漢書·朱傳》。
①《後漢書·盧植傳》。
②《後漢書·皇甫嵩傳》。
③《後漢書·皇甫嵩傳》。
者為大目。”①這批義軍“大者二三萬，少者六七千”。其首領“善得士卒心”，活動在中山、常山、趙郡、上黨、河內等郡之間，互相聯絡呼應，“眾至百萬”，“朝廷不能討”②。此外，尚有少數民族起義軍，四營屠各、雁門烏桓等。初平四年（公元193年）三月，袁紹進攻黑山軍，“與張燕及四營屠各、雁門烏桓戰於常山。燕精兵數萬，騎數千匹，連戰十餘日，燕兵死傷雖多，紹軍亦疲，遂各退。”③黑山軍多次挫敗官軍的猖狂進攻，堅持了抗擊袁紹割據勢力的鬥爭。
西河白波軍：中平五年（公元188年）二月，黃巾餘黨郭太等複起於西河白波穀，轉攻太原，遂破河東，有眾十餘萬。活動於太原、河東諸郡，抗擊董卓的軍隊。當時內遷於汾河流域的南匈奴於夫羅，將其部眾與白波車聯合，攻破太原、河內等郡④。對洛陽城形成嚴重威脅。
青徐黃巾軍：“中平五年（公元188年）冬十月，青徐黃巾複起，寇郡縣。”⑤他們在擊敗北海相孔融後，又把青州刺史焦和打得狼狽逃竄。“初平三年（公元192年），青州黃巾眾百萬入兗州，殺任城相鄭遂，轉入東平。兗州刺史劉岱欲擊之，..遂與戰，果為所殺。”①黃巾軍鎮壓了兗州刺史劉岱後，部眾發展到百萬人，成為東方最強的一支起義軍。同年四月，在曹操殘酷鎮壓下失敗。