宮崎駿後來說：“她並不是為了風之穀的人才那麼做的，而是為了自己，生或死對他來說都並不重要，如果不能幫助王蟲之子回到族群中，她心裏會有一個永遠無法填補的缺口，她就是那樣的人。”
自1982年《風之穀》漫畫開始連載，直到1994年才告完結。十幾年的創作，展示了宮崎駿的內心軌跡。其間娜烏西卡所經曆的種種困難、困惑和掙紮，都可以看作宮崎駿自身的矛盾和困惑。娜烏西卡的形象也比電影中更加豐滿充實。
作品最後揭露出腐海和王蟲都是太古人的有意設計，是用來淨化自然的工具。人類社會的命運似乎早已注定，抗爭與努力都顯得蒼白而徒勞。就像《黑客帝國》中，正義與邪惡的爭鬥原來不過是兩種編碼不同的程序之間的較量，甚至連人們烤吃的香腸也不是真實的、香噴噴的實體，而是計算機設計出來的一段程序。娜烏西卡的光輝，則在於始終與虛無的宿命相抗爭。活下去並非無可奈何地活著，而是要在黑暗中勇敢閃耀。
宮崎駿後來說：“我總是試圖從人類都是傻瓜這個假設出發。我厭惡所謂人類都是被上帝選定的唯一存在的說法。但是我相信在這個世界上是存在一些美麗的、重要的，值得奮鬥的東西的。”
幻姬與阿桑
皎潔的月光下，森林之神麒麟獸即將完成變身，成為熒光巨人。幻姬舉起了火槍，盡管麒麟獸讓她的槍長出了藤蔓和花朵，她依舊射出了子彈。沒有什麼能夠阻擋她擊碎“自然崇拜”的決心。一陣爆炸後，麒麟獸的頭顱滾落。轉瞬之間，賦予萬物生命的森林之神變成了殘暴的死神。
“想要天地間所有的東西，是人類的罪孽啊。”在雲遊僧口中說出的這句話，其實也是宮崎駿最想表達的。貪婪的本性是人類社會不斷陷入混亂和鬥爭的根結。
1997年，宮崎駿在電影《幽靈公主》中繼續著他關於“毀滅世界”與“拯救世界”的思考。在《風之穀》中人與自然的衝突，上升到了人與神的衝突，並最終以“弑神”的結局宣告了一個屬於人類新時代的到來。
幽靈公主阿桑代表了自然神靈，達達拉城主幻姬則是人類崛起的代言人。她們之間的鬥爭以兩敗俱傷而告終。這意味著，人與作為母體的資產徹底決裂。神死了，沒有誰能夠再充當救世主。
故事的起因源自一場“蝴蝶效應”。躲避在深山的蝦夷族後裔受到了一隻惡魔山豬的襲擊。村中少年阿希達卡在危難之時，射死了聚恨成魔的山豬，並由此承受了詛咒。村中的神婆辨明原由，正是那烏黑的彈丸令山豬神筋骨斷裂，五髒六腑破碎損毀，而在痛不欲生之中因恨結成咒語。這咒毒也將慢慢滲入阿希達卡的骨頭，最終奪去他的生命。
“沒有人可以改變命運，但他可以決定是坐著等死，還是勇敢麵對。”神婆送給阿希達卡這樣一句話後，他就被驅逐了。阿希達卡一人上路，尋找自我救贖的辦法。
故事的背景被安排在公元14～16世紀的日本，混沌不清的室町時代。往昔的社會架構已然崩解，世風日下，爭戰連連。這個時期，日本的煉鐵技術發達興盛。煉鐵需要砍伐大量的森林，獲得木材燃料。鐵製工具的普及又加劇了人們采伐森林的力度，以原木為材料的大型城郭的建造開始流行。人類集團之間攻占不斷，人與自然的關係也開始緊張。“我感覺大約在室町時代，日本人就扼殺了麒麟獸。從此，我們失去了對森林的敬畏。”宮崎駿後來自己解釋說。這是一個人與自然關係逆轉的時代。此前人類匍匐於自然腳下，對山林充滿敬畏；而此後，人類開始成為生態圈的中心。
左、右圖：電影《幽靈公主》劇照
走出深山的阿希達卡很快就處於時代的漩渦之中。他在河穀中的達達拉城找到了自己被詛咒的秘密。為了開發周邊的森林資源，達達拉城主幻姬和森林中的動物與神靈衝突不斷。幻姬用新式火槍殺戮森林生靈，其中一隻山豬被擊中，因痛苦而成為“魔崇神”，襲擊了阿希達卡的村莊。
達達拉城（Tatara Ba）的意思就是“製造鐵的地方”。“Tatara”是煉鐵時底部的風箱，它也意味著煉鐵的一個特殊步驟，鐵砂和木炭被放在黏土製成的熔爐裏，長時間燃燒，然後爐子放倒獲得鐵錠。在這個過程中，需要大量的木炭來熔化鐵砂。所以對達達拉城的人來說，樹木比鐵砂還重要。
達達拉城的領袖幻姬，冷豔而高貴，擁有人類領袖的諸多優點：堅定、冷靜、勇敢而無所畏懼。她拯救了底層的娼妓，收容了社會流民、麻風病人，組成了一個以煉鐵為核心經濟體的社會集團。在達達拉城，人人平等，人人勞動，平等互助，是窮人世界的烏托邦。一方麵，達達拉的煉鐵事業與周邊山林的生物產生了激烈衝突；另一方麵，它煉鐵排放的汙水又汙染了下遊的農田，被其他政權攻擊。於是，幻姬所領導的達達拉，陷入到與自然生靈和其他人類集團的不斷衝突中。他們要不斷開辟山林，還要對抗其他政權。於是人類與自然、人類內部，每個群體都要生存的正當性，天經地義。
幻姬的對手阿桑，是人類留於山林的棄嬰，由犬神莫娜撫養長大。她頭戴麵具手持長矛，和自然界的生靈（狼族、山豬）一起阻擋人類的入侵。她代表著自然、混沌、嗜血，以及萬物有靈的信仰，是茫茫林海的反擊力量，她的背後是日照大神上千年的傳統。
而幻姬，宮崎駿說她“更像20世紀的人，理想明確並且付諸實施”，為了建設她的天堂，她會毫不留情地殺戮、犧牲。對於自然，幻姬並非是一個冷酷的破壞者。她引領阿希達卡進入她的秘密禁地，那裏是生機勃勃、綠意盎然的菜園。她同樣對田園有歸屬感，隻不過那裏也是她研製火槍的基地。幻姬策劃著殺死麒麟神，因為賦予自然生靈以智慧的神獸，是她實現理想的障礙。
於是在這個混亂的時代，被大和民族驅逐的蝦夷族後裔、底層社會的“賤民”、唐傘連（忍者集團的前身）以及失去家園的自然生靈，共同形成了一個社會異端群體，而他們又都被現實強勢政權所壓抑。如同擠入了一條無法錯身的小巷，他們之間爭鬥，沒有哪一方願意讓步、後退，其結果，也沒有誰可能全身而退。
宮崎駿後來說：“我想這與現實生活中的人類命運很相似。也許厄運本身就是生活的一部分。”
阿希達卡代表了人與自然和諧相處的傳統。他夾在兩個集團之間，無所適從，也無家可歸。他從幻姬的火槍口下救走了阿桑，又從犬神莫娜口中保護了失去手臂的幻姬。他以愛感化阿桑，但阿桑作為人類又始終無法原諒人類。他們終不能生活在一起。
作為獵殺與保護的對象，麒麟獸反倒置身事外，不為所動。白天是鹿身人麵，晚上則化為熒光巨人，足起足落，花開花謝，枯榮隻在一瞬間。在宮崎駿的世界裏，麒麟獸是大自然生生不息的象征，更像一個神道教自然崇拜與佛教的混合體。人類、狼族、野豬都是它的子民，所以它可以選擇治愈了阿希達卡的槍傷，卻沒有理會有同樣遭遇的野豬“拿各”，以致後者因怨恨而成魔，襲擊了阿希達卡的村莊；它可以寬恕幻姬的第一次襲擊，也可以超度野豬神“乙事主”的靈魂，使其安然死去。然而在它被幻姬打掉頭顱後，卻變身為狂暴的死神，身體化為湧動的黏液，所過之處草木凋零。當阿希達卡把頭顱重新還給麒麟獸後，大地又重新煥發了生機。
宮崎駿後來在一次訪談中解釋說：“所謂的日本的神明並沒有善神或惡神之分，而是同一個神有時會變成凶暴的神，有時又會化身為帶來恬靜綠意的神。這是日本人一直以來的信仰。”如果把麒麟獸直接對等於大自然則更好理解，大部分時候，自然都以寬容的姿態對待包括人類在內的各種生物，然而一旦傷害超過了限度，它的報複也毫不留情。
在《幽靈公主》中，宮崎駿取消了救世主的存在，放棄了“解決世界整體問題”的企圖。
幻姬與阿桑都堅定地為本集團的利益而戰，阿希達卡最終也隻能完成自我的救贖，免除了詛咒。失去了一條胳膊的幻姬，重新召集殘存的達達拉人，重新建造自己的城鎮，在混亂的時代努力生存下去。阿桑返回了森林，她告訴蝦夷族少年（阿希達卡）：“我喜歡阿希達卡，可是，我無法原諒人類。”少年則微笑著回答：“那樣也無所謂。請和我一起活下去吧。”救世主的缺位，是宮崎駿真正想要的結局。