宣德以後，由於官豪勢要侵占屯田，將校侵暴屯卒，加以吏治敗壞，軍屯逐漸遭到破壞，屯田子粒逐年下降。由於商品經濟的發展，明政府又於弘治五年(1492)令商人納銀代粟，“每引輸銀三、四錢有差”，商屯也隨之廢弛。再加上土地兼並日益嚴重，農民大批破產流亡，政府從民田上征收的賦稅不斷減少，軍餉開支隻得仰賴於國庫。從正統開始，明廷便需按年補助邊鎮守軍的糧餉，稱為“年例”，由京運支付。後來，隨著募兵製的大規模推廣，年例的數額不斷增多。弘治年間，各邊年例銀約43萬兩，嘉靖時增至270萬兩，萬曆時高達480萬兩，此後仍不斷增加。巨額的軍費開支，成為明政府的沉重負擔，最後弄到太倉銀庫空虛，入不敷出。到嘉靖後期，明廷隻得采取飲止渴的辦法，增加田賦，名為加派。從萬曆末年到崇禎十二年(1639)，以遼餉、剿餉、練餉為名的幾項加派，一共增賦1670多萬兩。超過常年歲入1倍以上。
清代前期軍製
八旗和綠營軍製的興衰
八旗是滿族社會特有的製度。清太祖努爾哈赤首創滿洲八旗，清太宗皇太極又增編蒙古八旗和漢軍八旗。
明初，女真分為建州、海西、野人三大部，每大部之內又分為若幹小部。長期以來，“各部蜂起，皆稱王爭長，互相戰殺”，嚴重地阻礙了社會的發展。從16世紀80年代開始，女真社會發展到了一個嶄新的曆史階段，廣大人民盼望盡快統一，奴隸主也急需建立強大的政權，於是，生逢其時而又雄才大略的努爾哈赤，順應曆史發展的潮流，登上了曆史舞台。“隻有強力才能解決偉大的曆史問題”，而“強力的組織就是軍事組織”。明萬曆十五年(1587)，努爾哈赤開始采取一係列“定國政”的措施，萬曆十七年(1589)，又分其軍為四部：“一曰環刀軍、二曰鐵錘軍、三曰串赤軍、四曰能射軍”，後來，又用黃、白、紅、藍四種顏色的軍旗作為識別的標誌。軍隊的基層組織是以地緣和血緣為紐帶建立起來的牛錄。萬曆二十九年(1601)規定，每牛錄300人。萬曆四十三年(1615)又將原有四旗擴編為八旗：正黃、鑲黃、正白、鑲白、正藍、鑲藍、正紅、鑲紅。
八旗製度以兵民結合、軍政結合、耕戰結合為特點，實行以旗統人即以旗統兵，成年男丁皆可為兵的世兵製。初定以300丁為1牛錄，由牛錄額真統領，牛錄額真之下設代子二人為其副職。將300丁分為4個達旦，每達旦由1個章京率領，章京之下設一個管文書的撥什庫。又以5牛錄為1甲喇，由甲喇額真率領。以5甲喇為l固山，由固山額真率領，固山額真之下設梅勒額真為其副職。漢語稱固山為旗，八固山即稱八旗。又稱牛錄額真為佐領，甲喇額真為參領，固山額真為都統，梅勒額真為副都統。後金天聰五年(1631)正月，皇太極向眾漢官莊重宣布：“從今以後，凡漢人軍民一切事務，悉命額附佟養性總理，爾眾官不得違其節製”，於是開始創建漢軍旗製，先成立“舊漢兵一旗”。崇德二年(1637)將漢軍擴編為二旗，分置左右兩翼。崇德四年(1639)又擴編為四旗。崇德七年(1642)又擴編為八旗。天聰八年(1634)先創建蒙古二旗，分置左右兩翼。崇德四年(1639)又擴編為四旗。崇德七年(1642)又擴編為八旗。故滿、蒙、漢各有8旗，共24旗，旗製大同小異。
清兵入關前，按統治者的需要和客觀條件的許可，男丁抽幾出征的比例是有變化的。但一般說來，“滿洲出兵，三丁抽一”。蒙古也是“每三丁一人披甲”。而“漢人十丁編兵一名”。平均每牛錄以60名為常數。滿洲八旗的牛錄丁數大致可以300丁計算，而蒙古八旗和漢軍八旗的牛錄丁數一般是200名。總計清入關前，滿洲八旗約310牛錄，93萬丁；蒙古八旗118牛錄，約23萬丁；漢軍八旗164牛錄，約33萬丁。滿、蒙、漢八旗共約592牛錄，有146萬丁。再加上清政權可以動員的其他壯丁，總兵力可近20萬。
清兵入關後，由於人口的增加和形勢發展的需要，八旗的某些製度和職能也發生了變化。如每牛錄的丁數減少至百餘丁，而每甲喇的牛錄數卻有增加。旗主的實權被削弱，八旗全歸皇帝統帥。八旗生計困難，牛錄的軍事職能削弱。
清朝統治者在全國建立統治後，按其戰略意圖，將八旗分為京營和駐防兩部分，各10餘萬人。京營是首都禁衛軍，又稱禁旅八旗。其中由領侍衛內大臣率領的侍衛和親軍，負責侍衛皇帝，保護皇宮，稱郎衛；由都統、統領、總統、管理大臣等率領的驍騎營、前鋒營、護軍營、步軍營、火器營、鍵銳營、神機營等，負責拱衛京師，稱兵衛。駐防八旗由將軍、都統、副都統、城守尉、防守尉等率領，分駐於全國性的戰略要地，負有鎮懾地方，監視綠營，保衛邊防海防的重任。除郎衛以直屬於皇帝的正黃、鑲黃、正白的滿蒙官兵為主外，兵衛和駐防都由八旗滿蒙漢共司承擔，但京營巡捕營由綠營兵擔任。京營八旗的分布是：鑲黃旗在安定門內，正白旗在東直門內，鑲白旗在朝陽門內，正藍旗在崇文門內，以上四旗自北而東，自東而南，為左翼。正黃旗在德勝門內，正紅旗在西直門內，鑲紅旗在阜成門內，鑲藍旗在宣武門內，以上四旗自北而西，自西而南，為右翼。城門守衛製度是以安定、德勝、東直、西直、朝陽、阜成、崇文、宣武、正陽為內城九門。除正陽門以八旗滿洲、蒙古輪流當值外，其餘八門各按八旗方位由滿、蒙、漢官兵當值。外城共有七門，其中以鑲黃旗、正白旗值東便門、廣渠門，以正黃旗、正紅旗值西便門、廣安門，以正藍旗、鑲藍旗、鑲白旗、鑲紅旗值永定門、左安門、右安門，外七門均以漢軍當值。城門之外郊區，按八旗方位設營房，派兵日夜巡察。
綠營是清初根據明朝的邊防鎮戍製度，將明朝降軍和新募漢兵改編而成的各省地方軍，因以綠色旗幟為標誌，以營為基本建製單位，故名綠營。綠營建立營製的第一個原則是因官設兵，故其兵因官分類：總兵所屬稱標兵，居中鎮守，以備征調；副將所屬稱協兵，本鎮衝要，率兵協守；參將、遊擊、都司、守備所屬稱營兵，城邑關隘，領兵專守；千總、把總、外委所屬稱汛兵，道路邊境，分汛備禦。第二個原則是因地設兵，故其兵數因地而異，雖屬同級之官，同營之製，所屬之兵眾寡懸殊，甚者相差10倍。
凡標、協、營兵皆以營為編製單位，一般有l至5營，別以左、右、前、後、中營之名，惟汛兵不設營。汛兵由協、營分派出來，每汛數人至數十人不等。全國綠營兵60萬左右，汛兵約占三分之一。總兵以上官員所統綠營亦稱標兵，故除總兵的鎮標外，又有八旗駐防將軍的軍標，總督的督標，巡撫的撫標，提督的提標，河道總督的河標，漕運總督的漕標等。
綠營本來實行募兵製，但承平日久，兵皆土著，父兄在營當兵，子弟為餘丁備補。兵有缺額，按級升補，騎兵拔於步兵，步兵拔於守兵，守兵拔於餘丁，不足再募於民。“綠營兵丁世代以食錢糧為業”，實際上已由募兵製向世兵製轉化。
滿蒙八旗以騎射為根本，在平川曠野衝鋒陷陣是其長，而漢軍八旗善用火器，圍城攻堅和水上作戰屢立戰功。因八旗官兵為清王朝的建立和鞏固立下汗馬功勞，故清朝實行首崇滿洲優待八旗的政策，在各方麵都給予特殊照顧。但因八旗官兵脫離生產，貧富分化，鬥誌消沉，一代不如一代。自康熙平三藩之亂開始，八旗對綠營的依賴日益嚴重。至乾隆時，連皇帝也說，打起仗來，八旗不過隨眾行走，還不如綠營奮勇，深為可恨。這表明，八旗的戰略主力地位已逐漸被綠營取代了。
綠營兵平時擔負繁重的地方雜役，戰時又為八旗打先鋒，當後勤，而各種待遇又遠不如八旗，處處受壓製，加之裝備落後，兵將不親，自嘉慶初期五省白蓮教起義以來，綠營也開始衰落了。
八旗和綠營是政府的正規軍，稱經製兵。除正規軍外，清朝還有鄉兵。“鄉兵始自雍、乾，旋募旋散，初非經製之師”，自嘉慶鎮壓白蓮教起義，“鄉兵之功始著”。由於八旗、綠營的戰鬥力逐漸衰落，鄉勇的地位日益重要，軍政大權也隨之由滿洲貴族手中向漢族地主階級手中轉移。
中央和地方的軍事領導體製
清朝是我國曆史上最後一個封建王朝，政權機構以滿洲貴族為核心，以滿漢地主階級的聯合統治為基礎，中央集權達到空前的高度。其軍事製度既因襲曆代王朝舊製，又保持本民族的傳統特點，具有民族壓迫和集權專製的封建性質。最高軍權由皇帝掌握，皇帝年幼未親政前，暫由攝政王代理。協助皇帝執掌軍政機要的機構，雍正前是議政王大臣會議，後來是軍機處。兵部名為中央軍事領導機構，實權不大。議政王大臣會議創始於努爾哈赤時期，具有八旗旗主共主國政之意。清報告文學關後，凡軍國重務不由內閣票發者，皆交議政王大臣會議議處，或廷議，或議後複奏。康熙、雍正時期，由於旗主勢力的削弱，皇權的加強，議政王大臣會議的地位和作用也隨之衰落，至乾隆五十六年(1791)，終被廢止。早在康熙十六年(1677)，康熙帝就選親近翰林入南書房當班，替他擬諭旨，發布軍政命令等。雍正時，因西北用兵，急需一個得力的機要班子，故於八年(1730)成立軍機處。其主要職責是“掌書諭旨，綜軍國之要以讚上治機務”。自成立後，取代了議政王大臣會議的地位和作用，進一步削弱了內閣的職權。直到清末宣統三年(1911)四月，實行責任內閣製時，執政長達180餘年之久的軍機處才被廢止。
兵部成立於天聰五年(1631)，入關後為管理全國綠營兵籍和武職官員的機構。八旗則主要由八旗都統衙門管理。軍機要務由議政王大臣會議和軍機處負責，所以“名為兵部，但司綠營兵籍武職升轉之事，並無統禦之權”。到光緒三十二年(1906)，兵部改為陸軍部。
綠營以一省或數省為軍區，省內最高武官是提督。提督有陸路和水路之分，也有水陸兼任的提督，或由巡撫兼任的提督，每省一至二人，管理一省軍政，其辦事機構是提督衙門。一省之內又分若幹鎮，每鎮由總兵官統領，各鎮守一方，其辦事機構為總兵衙門。總兵也有陸路和水路之分，也有水陸兼任的，每省二至六人，惟東三省不設綠營，故無提督和總兵。提督對各鎮總兵有統領權，但無征調權。全國性的征調權屬皇帝，地方性的征調權由中央分寄於地方最高文官總督和巡撫。分統各鎮的總兵受督撫和提督的雙重節製。康熙皇帝說：“武官久任非善事。”為防止綠營中的中高級武官久擅兵權，驕縱不遵國法，造成尾大不掉之勢，清政府一方麵實行兵皆土著，將皆升轉，回避原籍，丁憂請假等製度，使兵將分離；另一方麵又通過集權分寄，以滿治漢，以文督武，大小相製等政策，使官官相製，從而巧妙地將各省兵權歸集中央。
裝備、訓練、後勤
清朝統治者自詡“以武功開國，弧矢之利精強無敵”。然而，時當火器逐漸代替冷兵器的偉大轉折時期，由於社會生產的落後和清朝統治者的保守，清軍的武器裝備，尤其是火器的發展，始終非常緩慢，用來鎮壓國內之敵尚有餘力，用來抵抗外敵入侵就顯得落後，力不從心了。
總的說來，清軍的裝備是：金、鼓以示進退之節製，海螺以定早晚之聚散，旗纛以一瞻視，甲胄以衛身體，器械以製敵人。各兵專習者為弓箭、鳥槍、火炮、藤牌，兼習者為長槍、大刀、挑刀。水師則除火炮外，仍兼習排槍、鉤鐮槍、標槍、火箭。馬兵每名馬1匹，甲胄1副，弓箭1副，囊楗1個、箭40枝、腰刀1把。步兵有甲胄1副、腰刀1把。弓箭兵有弓箭1副、箭30枝。長槍兵有長槍1枝。鳥槍兵有鳥槍1枝。武官的裝備各按其官品級別規定，戰馬、箭數等多少不一。驍騎營、護軍營、前鋒營、火器營等的裝備也不一致。總的說來，八旗兵的裝備比綠營兵的精良。
清初各處營伍所用器械向來無一定之例，往往以本部武官的愛好和習慣為轉移，故士兵武藝難以精專。雍正五年下令各省將軍督撫提鎮要“因地製宜，酌定規製，永遠遵奉”，自此各省駐軍所用器械歸於統一。根據雍正的旨意，清政府規定內地各省與沿海沿邊各省的裝備因地而異。如山東省，弓箭、鳥槍、炮、藤牌、長槍、大刀均係通設之械，每兵百名分作十分，其中弓箭三分、烏槍五分、藤牌一分、長槍一分，此外別設炮手專習演放，不得擅自更換。山西省每兵百名分作十分，其中弓箭六分、鳥槍四分。福建省陸路各營，每兵千名分作20隊，其中弓箭馬兵4隊、弓箭步兵2隊、鳥槍兵10隊、炮兵1隊、藤牌兵l隊、長槍兵1隊、大刀兵1隊。
軍器製造以實用為主，式樣有規定，給發有定數，簡閱有定期，年久朽損或出征殘缺者及時修補，多餘的武器存庫備用，私賣私典者依法處置。軍器一般由兵部定式後移交工部製造，按名給發，也有少數自備的。鳥槍一般不許民間私造私藏，子母炮等隻許八旗兵使用，不準綠營兵製造和使用。清兵入關後，其火器的發展方向是輕型化，以滿足國內需要為目的。對於某些很有發展前途的火器，如戴梓的連珠銃、伍連登的爆炸彈等，雖然引起康熙皇帝的驚喜，但並未得到真正的重視和支持。由於清朝統治者對於前人的經驗和西方的先進技術都重視不夠，所以，在火器製造方麵日益落後。各省炮位長短、大小、輕重不一，其製法亦互異。八旗和綠營的軍器本有專官負責製造、保管和檢查，但後來執行不嚴，形同虛設，以致軍隊裝備逐漸落後，嚴重影響了戰鬥力的提高。
清軍平時的訓練因時因地而異。太宗天聰年間親率八旗演習行陣，是為清代皇帝舉行大閱之始。後來皇帝每年親巡塞外校獵行圍，三年舉行一次大閱典禮，在京師南苑、玉泉山、王家嶺等地檢閱京營八旗。此外，京營訓練各有定製。如正黃、鑲黃、正白三旗親軍，每月分期輪流訓練騎射二次，步射四次。八旗驍騎營每月習射六次。春秋二季還披甲練步射和騎射。春月分操二次，合操一次，秋月合操二次，仲春孟秋還要登城操習鳴螺。漢軍每月練習鳥槍外，春秋月，每旗出炮lO位，在盧溝橋試炮五日。春秋兩季，四旗合操四次，八旗合操二次，初冬，各旗演習步圍。