哈雷才恍然大悟，也相信了有神存在。
牛頓臨終前，麵對仰慕他智慧和稱頌他偉大科學成就的人，卻謙虛地說：“我的工作和神的偉大創造相比，我隻是一個在海邊拾取小石和貝殼的小孩子。真理浩瀚如海洋，遠非我們所能盡窺。”
安葬在英國倫敦威斯敏斯特大教堂的牛頓的墓碑上，銘刻著他以哲學證明了全能神的偉大。
牛頓不但是一位偉大的科學家，而且是一位虔誠的宗教信徒， 研究宗教經典的濃厚興趣絕不在科學以下。在他沉默的年代中，研究宗教經典所用的時間，遠遠超過研究科學所用的時間。
17世紀70年代末期，他開始撰寫教會史，主要是四世紀和五世紀曆史，重複他對《啟示錄》的解釋說明。
牛頓不僅在科學上的成就達到登峰造極的地步，而且對宗教經典的研究和認識，也令許多宗教學者大為驚奇。牛頓認為值得以生命作為資本投資在宗教經典研究上，他相信自己的勞苦不會付諸東流。
看了牛頓有關研究宗教經典著作的人，都確信他的信念是完全正確的。牛頓隨著科學成就的增多，名氣的提高，對神的信仰也更加虔誠。牛頓所信仰的神，是《聖經》所啟示和記載的高級生命。
牛頓說：“我們應當把神的話---聖經，看為至高無上的哲學。根據研究的結果，聖經記載是有證，實在遠非世俗的曆史所能比擬。”牛頓始終相信聖經中的預言，他說：“聖經預言有許多可信的憑據。”
有人認為牛頓研究科學遇到無法解決的問題才轉向神，才轉向宗教。也有人以為牛頓後半生如不研究神學，則會在科學上取得更大的成績，而為牛頓大為惋惜。
事實上沒有任何科學家像牛頓取得那麼大的成就，也沒有任何科學家在《聖經》研究方麵花這麼大的功夫。說實在，世界上沒有一個科學家夠資格指責牛頓！
在哈雷博士還未走入宗教前的一天，他對牛頓講了一番不信神的話，牛頓不留情麵加以斥責，正告他說：“哈雷博士，我對你關於天文數理的高見，一向樂於接受，因為你是研究有素的，但你對宗教，最好不要隨便發言，因為我知道你對此毫無研究，並且我敢斷然地說，你根本是個門外漢。”
牛頓這樣斥責他，是有重要理由的，因為他正是一個盲目反對者。後來哈雷博士經過徹底而嚴謹地研究，也走入了宗教。
對於任何問題，照理必應先徹底研究，然後才能反對。牛頓的駁斥和見證，實在為一般盲目反對者的當頭棒喝。
在牛頓的後期，他在資本主義世界裏青雲直上以後，資產階級的動搖、妥協的一麵完全支配了他，他在神學、唯心論道路上越走越遠了。
他埋頭於煉金術的研究，寫下了大量的筆記和文章；他熱衷於年代學和神學，拚命考證聖經裏的事跡和古希臘、埃及傳說的“科學”年代，妄圖證實但以理先知夢中看見的巨獸頭上十隻角是十個王國，一隻小角是羅馬教會，他還埋頭於約翰啟示錄的研究等等。
在留給他的侄女婿的大量遺稿中，有關宗教、神學、年代學的著作竟達150萬字。這些徒勞無益的工作占據了他的整個後半生，使他完全淪落為神學的奴仆。在牛頓的後半生裏，主流是唯心論。牛頓的自然哲學隻能在上帝那裏找到他的最後歸宿。
牛頓對中國的影響
牛頓的經典力學絕不隻是影響了自然科學界、工業和技術界，更重要的是它喚醒了人們對科學真理的認知，從而推動了社會變革和人們的思想革命。
如同法國伏爾泰等人在18世紀宣傳和普及牛頓物理學，從而推動了法國的啟蒙運動一樣，牛頓學說在中國的傳播也為清末資產階級改良派掀起社會運動提供了輿論準備。如果前者為眾所周知，那後者就似乎鮮有所聞了。
1898年，變法運動的主將康有為、梁啟超和譚嗣同等人，都無例外地從牛頓學說中尋找維新變法的根據，尤其是牛頓在科學上革故圖新的精神，鼓舞了清末一切希望變革社會的有誌之士。
在1840年之前，歐洲文藝複興運動以來的科學學說和科學思想、因為與聖經和神學相抵觸而基本上未曾傳入中國。明清之際雖有來華教士參與中國編撰曆法工作，但隻是在不得已情況下，才采用了開普勒或牛頓的一些天文數據。
鴉片戰爭之後，哥白尼的太陽中心說、開普勒的橢圓軌道、牛頓的萬有引力三者才光明正大地相繼傳入中國，它們和中土奉為圭臬的“天動地靜”“天圓地方”“陰陽相感”的傳統有天壤之別。這就不能不引起中國人的巨大反響。
1859年刊行了三部和牛頓物理學關係密切的譯著，一是李善蘭和偉烈亞力合譯的《談天》，二是李善蘭和艾約瑟合譯的《重學》，三是李善蘭和偉烈亞力合譯的《代微積拾級》。這三本書原是歐美的科普著作或大學低年級的教科書。第一本譯書主要講述牛頓的萬有引力概念及其定律，第二本譯書介紹了牛頓的運動三大定律，第三本介紹了牛頓的微積分計算方法。
牛頓的光學實驗和光學理論較為詳細、準確地介紹到中國是1879年的事，這是通過趙元益和傳教士金楷理合譯英國物理學家丁鐸爾的《光學》而完成的。可以說，1859年，是牛頓的物理學、天文學、數學比較全麵、集中地傳播到中國的一年，中國學者李善蘭為此作出了傑出的貢獻。
早期牛頓的中譯名為“奈端”，力學譯為“重學”，萬有引力譯為“攝力”。李善蘭在譯《重學》之前曾請教傳教士艾約瑟“何謂重學？”艾約瑟答曰：“幾何者，度量之學也；重學者，權衡之學也。昔我西國，以權衡之學製器，以度量之學考天；今之製器考天，皆用重學也。故重學不可不知也。”
李善蘭通過譯書，極大地提高了自己的科學水平，甚至超過了許多傳教士。他在《重學》自序中簡潔地總結了牛頓的三大運動定律就是一個例證。
在《談天·序》中，李善蘭指出，古希臘托勒密的學說和天地運動不能盡合”。 李善蘭指出：開普勒求其故，則知五星與月之道皆為橢圓。其法行麵積與時恒有比例也。然僅知當然而未知所以然。奈端求其故，則以為皆重學之理也。
接著，李善蘭簡略地敘述了牛頓怎樣以“攝力”解釋和計算天體的運動，並且大聲疾呼：牛頓的運動定律定論如山，不可移矣。牛頓的萬有引力理論精深神妙，不可改也。牛頓的物理學和天文學就這樣在中國學者之間流傳了。
由於明末清初來華傳教士傳入中國的宇宙觀主要是附屬於神學的托勒密地心說。後來，這些教士為了向中國皇宮和中國人交出一份較中國傳統更為準確的曆法，才不得不采用開普勒的橢圓軌道和等麵積定律。但是，他們絕不放棄地心說，拒絕將地球放在橢圓的一個焦點上。這樣，就在中國學術界曾一度引發了關於宇宙觀激烈爭論。
通過李善蘭等學者翻譯並出版上述三書，尤其是李善蘭在序言中對於近代科學的宇宙觀發出不可更改的呐喊，並且聲稱自己“主地動及橢圓之說”，又告訴讀者，此二者之故不明，則此書不能讀，這才使近代科學的宇宙觀得以在中國傳播開來，中國傳統的蓋天說、渾天說，來自西方的神化了的地心說等從此才煙消雲散。
李善蘭的《談天·序》是當時中國一批先進學者接受新的科學宇宙觀的宣言書，成為中國人從傳統宇宙觀向科學宇宙觀轉變的一塊曆史界標。
因此，李善蘭出版《談天·序》的1859年，是中國人宇宙觀發生根本轉變的標誌性的一年。李善蘭本人在譯完《談天》之後，也曾興奮地預料這種轉變，他說：“此書一出，海內談天者，必將奉為宗師。”
《談天》出版之後，引起了中國人極大反響，以致該書前後重印了13次，之後又以活字印刷。1874年又由徐建寅將那些迄1871年為止的西方天文、物理最新成就作補充，由江南製造局增訂出版。
梁啟超稱此書最精善。他認為，人每日居天地間而不知天地作何狀，是謂大陋，因此，《談天》一書不可不急讀。
《談天》和《重學》兩書中述及的科學思想和宇宙觀不久為青年學生熟練掌握。上海格致學院1889年春季考課作文中，孫維新、車善至、鍾天緯三人的答卷將新宇宙觀描述得清晰明了，以致他們三人分獲超等一、二、三名。在戊戌維新運動、辛亥革命過程中，這個科學的新宇宙觀曾被人們當作變革社會的鼓舞力量。
在戊戌變法之前，各地相繼成立學會。他們聚徒講學，介紹西學，倡導新說，給維新變法運動提供包括自然科學方麵的理論根據。
曾經遊曆英國並精通西洋科學的王韜，撰有介紹牛頓學說的《西國天學源流》和《重學淺說》。曆史學家範文瀾在其著《中國近代史》中說，王韜著書多種，對變法運動有很大影響。
梁啟超在1897年用半年時間讀完了當時各地譯出的西書，其中包括有關牛頓學說的各種著作。
在一部以收集支持變法維新的論著為己任的《皇朝蓄艾文編》裏，宋育仁作《序》說：“昔人雲通天、地、人謂之儒。由漢迄今，實踐無愧者，頗難其人；唯泰西名家，如培根、奈端、蘭麻克、哥白尼輩，各以穎悟辟新理，卓然名某家者，稍稍近似。豈西人智而華人愚耶！”既然不是“西人智而華人愚”，在維新變法者心中，自然隻有“除舊布新”。正如103天的維新運動所頒布的命令一樣：廢八股、辦學堂，獎勵新著作、新發明，廣開言路、提倡實業，準許私人辦廠等。
在維新派與頑固派鬥爭激烈的湖南，力主變法的皮錫瑞在譚嗣同創辦的南學會講學，而他的兒子、一個在哥白尼和牛頓學說影響下的年青人，旋即著《醒世歌》：“若把地球來參詳，中國並不在中央。”換句話說，大清帝國不在地中央，地不在天中央。日月五行都依據萬有引力定律在宇宙太空中繞日作橢圓軌道運動。這在封建王朝的統治者和頑固派看來是多麼可怕的世界觀呀！難怪《醒世歌》一傳開，就招來了許多訓斥。
“戊戌六君子”之一的譚嗣同奮筆疾寫了一篇維新運動的激烈的宣言書《仁學》，他在“自敘”中高聲疾呼：“吾將哀號流涕，強聒不舍”，“衝決君主之網羅，衝決倫常之網羅，衝決天之網羅。”曾經積極推行維新變法的梁啟超概括《仁學》的實質說：“《仁學》內容之精神，大略如是。英奈端倡‘打破偶像’之論，遂啟近代科學；嗣同之‘衝決網羅’，正其義也。”
康有為在《康南海自編年譜》中自稱“大購西書，大講西學”，“大攻西學書，聲、光、化、電、重學……專精學問，新識深思，妙悟精理，俯讀仰思，日新大進。”他在《諸天講》中又寫道：“至康熙時，1868年，英人奈端發明重力相引、遊星公轉互引，皆由吸拒力。自是天文益易明而有所入焉。奈端之功以配享哥白尼可也，故吾最敬哥、奈二子。”可見康有為對牛頓之推崇，並受牛頓學說影響之深。
可是，戊戌變法運動隻有短命的103天，它的失敗當然不能歸結為宣傳牛頓科學理論的不成功，其中的原因是相當複雜的。
牛頓的科學理論不僅影響了法國18世紀的資產階級革命，也影響了19世紀和20世紀之交的中國社會變革，對此牛頓本人是絕不可能預料到的。
在戊戌變法失敗後的十幾年，領導辛亥革命的孫中山先生，在青年時代，頑強地學習，獲得了大量而又係統的自然科學知識。其中包括達爾文的進化論和牛頓的萬有引力學說。
孫中山先生高度地評價牛頓：“達爾文發明物種進化之理，而學者多稱之為時間之大發明，與牛頓氏之攝力為空間之大發明相媲美。”他還把牛頓的科學理論作為他的“建國方略之一、心理建設”的一個思想基礎。
牛頓“見蘋果落地” 這個故事，據說最初是由伏爾泰編撰的。它流傳如此久遠，影響如此深刻，而對青少年啟迪智力如此有效，是伏爾泰當初為普及牛頓力學所始料未及的。
嚴肅的科學家時有為蘋果落地的故事而擔心。其實亦不然，隻要言者在講述該故事同時說明科學創造與科學發明是需要付出巨大艱辛的心力即可。否則，蘋果落地變為守株待兔那才可悲。
這個生動的故事是於1891年傳播到中國的。其時，任京師同文館、也就是北京大學前身的總教習的美國教士丁韙良在其著《西學考略》中，第一次用中文撰述了這個故事。可見，該故事也在中國傳播了一百多年。
經典故事
“我一定要超過他！”
牛頓童年身體瘦弱，頭腦並不聰明。在家鄉讀書的時候，很不用功，在班裏的學習成績屬於次等。但他的興趣卻是廣泛的，遊戲的本領也比一般兒童高。
平時牛頓愛好製作機械模型一類的玩藝兒，如風車、水車、日晷等等。他精心製作的一隻水鍾，計時較準確，得到了人們的讚許。