蘇格拉底一生述而不作，後人關於他的思想言行，主要是通過他的兩個學生——克塞諾芬尼(勿與愛利亞學派的克塞諾芬尼相混淆)和柏拉圖的記載而 得知的。前者側重於記錄蘇格拉底的生平事跡，後者則更多地轉述了蘇格拉底的思想。在柏拉圖的三十多篇對話體作品中，多以蘇格拉底為對話的主角。學術界一般認為，柏拉圖早期的一些對話作品，如《申辯篇》《克力同篇》《斐多篇》《普羅泰戈拉篇》等較為真實地反映了蘇格拉底的思想，而晚期的著作則更多的是借蘇格拉底之口來表述自己的思想了。
認識你自己在柏拉圖的《申辯篇》裏，蘇格拉底講述了一個他為什麼要鍥而不舍地探尋智慧的故事：蘇格拉底的一位朋友凱勒豐曾到德爾菲神廟去問神，有誰比蘇格拉底更有智慧，傳神諭的女祭司回答說沒有。蘇格拉底感到非常困惑，因為他認為自己並沒有智慧，於是他就遍訪了許多著名的政治家、詩人和工匠，試圖發現他們比自己更有智慧。然而結果卻是令人失望的，這些人不僅沒有真正的智慧，還自作聰明，對自己的無知一無所知。蘇格拉底因此明白了神為什麼要說他是最有智慧的，因為隻有他“自知其無知”。蘇格拉底由此進一步推論，真正的智慧隻有神才配享，而人充其量不過是愛智慧而已。“那個神諭的用意是說，人的智慧沒有多少價值，或者根本沒有價值。看來他說的並不真是蘇格拉底，他隻是用我的名字當作例子，意思大約是說：‘人們哪!像蘇格拉底那樣的人，發現自己的智慧真正說來毫無價值，那就是你們中間最智慧的了。’”正是受了這條神諭的啟發，蘇格拉底畢其一生都在堅持不懈地以一種批判的態度探尋智慧，對那些自稱有智慧的人(特別是智者)進行揭露，因此得罪了不少人。當他被推到法庭上時，他依然不改初衷，公開表示：“時至今日，我仍然遵循神的意旨，到處察訪我認為有智慧的人，無論他是本城公民還足外地人；每想到有人不聰明，我就試圖通過指出他是不聰明的來幫助神的事業，這個事業使我無暇參與政治，也沒有時間來管自己的私事。事實上，我對神的侍奉使我一貧如洗。”
與探索自然奧秘的愛奧尼亞哲學家們相反，蘇格拉底認為人隻應該關心自己身邊的事情。因為自然界是神創造的，充滿了神的特殊旨意和目的，是神的智慧的對象，是人無法認識的。如果人堅持要去認識自然，這乃是一種狂妄自大的僭越，其結果不僅不能認識自然，而且也不能認識自己。蘇格拉底引用鐫刻在德爾菲神廟門前的名言來號召人們：“人啊，要認識你自己。”在他看來，哲學應該研究正義、美德、勇敢、虔敬等與人生相關的問題，而不要把眼光盯在深邃玄奧的自然界。正因為如此，西塞羅才說蘇格拉底把哲學從天上拉回了人間。從某種意義上說，蘇格拉底的“認識你自己”與普羅泰戈拉的“人是萬物的尺度”似有異曲同工之妙，都是要人們將注意力從自然界轉向自身。但是普羅泰戈拉把人理解為一個個孤立的特殊主體，因此“人是萬物的尺度”就導致了相對主義；蘇格拉底則把人看作是理性的思維主體，“認識你自己”正是要求人們去發現人的共同的和普遍的本質。智者派通過強調“人是萬物的尺度”而拋棄了本質，蘇格拉底則通過強調“認識你自己”而重建起本質，隻不過這本質作為普遍的邏各斯 (定義)，主要是指精神和道德世界中的事物。所以智者派教人說話隻是為了賣錢，蘇格拉底與人論辯時則有一種道德使命感，認為自己是神派到雅典來的一隻大牛虻，為的是刺激雅典這隻行動遲緩的笨牛快步前進。
神學目的論蘇格拉底早年受自然哲學的影響，具有豐富的自然知識，但他始終不滿於自然哲學無法圓滿解決萬物運動、包括精神活動的原因問題。後聽說阿那克薩戈拉的“努斯”學說，便抱著希望讀了他的著作，結果大失所望。原來阿那克薩戈拉隻是談到努斯推動和“安排”了萬物，並沒有說到它是如何安排和推動的，在具體解釋事物的運動時仍然訴之於那些偶然的自然條件。蘇格拉底則認為既是“安排”，就應當有目的，就像人的行為絕不是由他的肌肉、骨頭及周圍的空氣、聲音等等決定的，而是由他所選擇的目的決定的一樣。克塞諾芬尼在《回憶錄》中記載了蘇格拉底在牢獄裏與一位不信神的犯人的談話，蘇格拉底用人的器官為例，向這位犯人說明神造萬物都是有著特殊目的的。神不僅為了讓人感受事物而創造了各種器官，而且還用心良苦地將它們設計得如此精致：“比如因為眼睛是很嬌嫩的，就用眼瞼來保護它，好像兩扇門似的，當必要用視覺時就打開，而在睡覺時就閉上。又使睫毛長得像簾幕，免得風傷害眼睛。在眼睛上麵用眉毛做一個遮簷，使頭上流下的汗不會妨礙它。使耳朵長得能接受所有各種聲音，而又從來不會被阻塞住，使所有動物的門牙都長得適宜於咬東西，而後麵的臼齒則適宜於從門牙接受食物並且來咀嚼它。”這一切倘若不是出於神的精心安排，又怎麼會如此和諧?神把靈魂賦予人，使人成為比動物更優越的生靈，並把整個自然(無生命物、植物、動物)都安排成一個以人為目的的係統，人則是以認識神作為其最終目的。蘇格拉底的這些論證成為西方思想史上關於上帝存在的設計論證明的最初雛形。
正是由於懷著這種神學目的論的信念，蘇格拉底從生到死都表現出一種強烈的神聖使命感，他宣稱自己始終都聽從一個“靈異”聲音的指引，就是這聲音驅策他去探尋智慧，鼓勵他到法庭上來為自己辯護，並且讓他義無反顧地選擇了死亡。麵對著死刑判決，蘇格拉底坦然地說道：“我以為我碰上的這件事是一種福氣，而我們極為錯誤地認為死亡是一種惡。我這樣想有很好的理由，因為我做的事情若非肯定會有好結果，那麼我習慣了的靈異不會不來阻止我。”在行刑之前，蘇格拉底一直在與斐多等人談論靈魂不朽的問題，並描繪了靈魂在擺脫肉體之後與神為伴的美好景象。他說道：“哲學家的事業完全就在於使靈魂從身體中解脫和分離出來”，因此，“一個真正把一生貢獻給哲學的人在臨死前感到歡樂是很自然的，他會充滿自信地認為當今生結束以後，自己在另一個世界能發現最偉大的幸福。”蘇格拉底所信仰的神並非希臘傳統的有血有肉的奧林匹斯諸神，而是一個無形的“靈異”，非常類似於愛利亞派的克塞諾芬尼所設想的那個以思想支配世界的神。此外，畢達哥拉斯關於靈魂不朽和輪回轉世的思想也在蘇格拉底這裏發展成為一種向死而生或者以死為生的唯靈主義，如果說在前者那裏肉體還是靈魂的驛站，那麼在後者那裏肉體已經成為了靈魂的囚牢。
美德即知識在西方哲學史上，泰勒斯被稱為自然哲學之父，蘇格拉底則被認為是道德哲學的創始人。蘇格拉底號召人們把目光從自然界轉向人自身，如果說對人的身體的認識導致了神學目的論，那麼對人的心靈的認識則導致了道德哲學。心靈的內在原則就是美德(或德性)，因此美德問題就成為蘇格拉底關注的主要對象。在柏拉圖的《美諾篇》等著作中，蘇格拉底對美德的一般定義進行了探討，最終得出了“美德即知識”這一結論，具體地說，即美德是關於善的概念的知識。
一般說來，知識論解決真的問題，道德論(或倫理學)解決善的問題，蘇格拉底的“美德即知識”這一命題則把真與善統一起來。真正的知識必然是與最高的道德範疇——善——密切相關的。在蘇格拉底看來，任何一種具體的行為本身並不足以構成美德，因為同一種行為對於不同的人可能會具有不同的道德含義，例如欺騙朋友是一種惡行，而欺騙敵人卻是一種善行。但是善本身(善的概念)卻並不會因為每一種具體善行的相對性而失去它的絕對的和普遍性的意義，相反，每一種善行之所以是善行恰恰是因為它“分有”了善的概念。隻有關於這種絕對的、普遍的善(即善的概念)的知識，才是美德。由於善本身有著不可改變的絕對內容，美德也就獲得了客觀的規定性，成為普遍的知識，而不再是個人的任意活動。
蘇格拉底把美德完全等同於知識，因此，一種行為之符合於善不在於這種行為本身，而在於對這種行為的正確認知，一個無意中做出某種善行的人稱不上美德。由於“一切善的東西都是有益的”，而惡的東西都是有害的，而人不會自己害自己，所以“尤人有意作惡”，作惡都是出於無知。於是，從“美德即知識”中又引申出“知識即美德，無知即罪惡”這一結論。這種把美德與知識完全等同起來的觀點開創了西方倫理學中的一個重要思想流派，即唯智主義倫理學。
蘇格拉底一方麵強調美德是心靈的內在原則，另一方麵又認為美德作為一種知識是可以通過教育而獲得的，這樣一來，在人的向善本性與後天教育之間就出現了一種矛盾。蘇格拉底在與美諾討論美德問題時曾表述過一個著名的“知識悖論”，即人既不可能學習他已知道的東西(已經知道就不必學習了)，也不可能學習他不知道的東西(還不知道的東西如何能去學習)。這一“悖論”恰恰表明，在蘇格拉底看來，美德是某種介乎於已知與未知之間的東西。作為人的向善本性，美德隻是潛在於人心之中，並未被自覺到，因此人對於美德既非完全的無知，亦非完全的已知，而後天的教育正是要把這潛藏在心中的內在原則揭示出來，使人充分認識到自己心靈固有的向善本性。蘇格拉底的這一思想在柏拉圖那裏被進一步發展為靈魂回憶說，從而得出了“學習即回憶”的結論。
歸納推理和普遍定義蘇格拉底對美德問題以及其他問題的探討是以一種對話的方式進行的，這種在問答中詰難對方，使對方陷入矛盾，從而逐漸修正意見，最終達到真理的方法被稱為“蘇格拉底式的討論方法”，也被稱為“辯證法” (dialectic一詞在希臘文中的原意是“對話”、“論辯”)。克塞諾芬尼《回憶錄》中寫道：“他注意到διαλεγεσθαι。［辯證］這個詞導源於人們的一種活動，就是聚在一起討論問題，按對象的種屬加以辨析［διαλεγοντεs］。因此他認為每個人都應當下決心掌握這種藝術。”蘇格拉底在與人討論問題時，往往從對方所承認的前提出發，然後通過不斷提問，讓對方自己從這前提中引出自相矛盾的結論，再嚐試另辟蹊徑，一步一步剝離出個別事例背後掩藏著的普遍原則，歸納出關於討論對象的一般定義。他把這種通過啟發讓對方發現自己心中隱藏的真理的方法稱為“精神接生術”，並說這是從他母親那裏學來的，隻不過他母親接生的是肉體，他接生的卻是事物的共相或定義。
在《美諾篇》裏，蘇格拉底運用這種“辯證法”來與美諾討論美德的問題。蘇格拉底首先承認自己對美德一無所知，他請教美諾：“什麼是美德?”美諾回答說，男人的美德是能幹地管理城邦事務，女人的美德則是小心地照管家庭事務，孩子和老人也各有自己的美德。蘇格拉底說，我問你什麼是美德，你卻給了我“一窩美德”，什麼是這些美德的“共同性質”呢?美諾回答說，這就是“統治人的能力”。蘇格拉底反駁道，這種美德能適用於兒童和奴隸嗎?美諾不得不承認自己關於美德的一般定義並不能普遍適用，於是又進一步把美德說成是正義、勇敢、節製、智慧、尊嚴等等。但是蘇格拉底卻表示，所有這些都還隻是“一種美德”，而不是美德“本身”，正如圓形隻是一種圖形而非圖形本身，白色隻是一種顏色而非顏色本身一樣。蘇格拉底的詰難再一次令美諾陷入了矛盾之中，他不得不在蘇格拉底的啟發之下，一步一步地從具體的美德種類走向美德的一般定義，最終得出了“美德即知識”的結論。在其他許多作品中，蘇格拉底也是通過一步一步地揭露對方矛盾而逼近真理。雖然在通常的情況下，蘇格拉底的對話並沒有得出明確的答案，但是這種試圖通過在具體事例中揭示矛盾、解決矛盾而上升到事物的本質定義的做法，卻具有極其重要的方法論意義。這種意義還不僅是亞裏士多德所說的作為“科學的出發點”的“歸納推理和普遍定義”，而且是在思想的對話和交鋒中發現矛盾、並在矛盾的逼迫下飛躍到更高思維層次的方法，即“辯證法”。
麵對著智者派的相對主義和懷疑主義，蘇格拉底堅持從特殊的現象背後去尋求普遍性的東西(事物的一般定義或共相)，從而肩負起拯救本質的曆史重任。從這種意義上來說，蘇格拉底哲學構成了畢達哥拉斯學派、愛利亞學派等早期希臘形而上學與柏拉圖“理念論”之間的重要理論中介。當然，蘇格拉底僅僅把事物的一般定義或共相視為主觀辨析的成果，並未將其看作是脫離個別事物而獨立存在的客觀實體。柏拉圖則進一步把普遍本質或共相(“理念”)從人的主觀世界擴展到整個客觀世界，將其當作與個別的可感事物相分離的獨立客觀實體，從而建立了古希臘第一個純粹思辨哲學的理論形態——理念論。