在上官雲的帶動之下，當時朝野之中自詡為清流之士的公卿士子們都開始紛紛上書，輿論沸騰，指斥時政，眾口一詞的要求皇帝對當前朝政的糜爛和時局的混亂負責，“物議洶洶，章奏盈路；匹夫抗憤，處士橫議；品核天子，裁量公卿；鯁直之風，於斯行矣。”
一時之間天下輿論風起，聲勢頗為浩大，上書的主力乃是朝廷之內不肯同流合汙已被邊緣化的部分清流官員，和胸懷蒼生多以天下為己任的太學生。按平朝製度，太學生為天子門生，乃是朝廷未來的公卿大臣，出門應考赴任皆可乘坐朝廷的驛站車馬，因此，這次以太學生為主力，清流官員參與其中的上書施壓皇帝事件被後世史家們頗為簡略的稱為“公車上書”。
麵對群情洶洶的天下輿論，哀帝當然不會無動於衷，皇帝的性格向來是剛愎自用，怎麼可能會向區區幾個朝廷的官員和太學生認錯服輸？皇帝之所以暫時沒有懲罰帶頭上書的上官雲，那是因為不願開罪以他為代表人物的東陸武人和軍界勢力；因此這才特意將那份謝恩表不發留中，但皇帝的沉默並不代表他對於上官雲無心報複，隻是在等待合適的時機。
但是麵對上書的清流官員和太學生們，無所顧忌的皇帝可就沒那麼客氣了；在哀帝的授意之下，從延佑三年六月十八日起，緹衛所的鷹犬密探和帶刀武官聯合出動，以“誹謗朝廷，辱罵君上；越職言事，結黨亂政”的罪名大肆搜捕直言上書的清流名士，緹衛們以“奉詔搜捕黨人”的名義直接破門而入，不從者就地誅殺。
在先前的公車上書之中，在新帝登基之後依靠阿諛逢迎一直得勢的宦官、酷吏、權臣、閹黨等奸邪之輩，被上書的清流官員和太學生們在表章中指名道姓的劈頭痛罵；如今詔令在手，自然是要秋後算賬。
在他們的暗中授意之下，緹衛們按照文人士子所上呈皇帝的表章中列出的執筆人名字，挨家挨戶的持械搜捕，對敢於指摘朝政得失以及皇帝言行的太學生以及公卿士子們大加報複，“帝都晝閉九門，巷陌之間，鷹犬縱橫，株連無遺類，朝野清流為之一空。”
朝廷裏尚存一絲清白之心的公卿將相，如大理寺卿以及門下左右仆射等高官，以及以十六國諸侯為代表的地方勢力和天下百姓多站在朝野士子清流的那一邊，紛紛指責權臣亂政排斥忠良，對公車上書的合理性加以肯定，輿論一致認為，太學生和士子們縱有言辭不當，總是忠君為國的一片丹心，皇帝不應如此嚴酷的大肆報複；這一言論傳入太清宮，更加激怒了哀帝，皇帝對此的反應是進一步加大了搜捕的力度，“自此株連愈廣，搜捕愈急。”
公卿士子中的忠貞賢良之士以及有心為國的十六國諸侯再次受到了沉重的打擊，大理寺卿以“包庇禍黨”而免官，門下左右仆射以“誹訕朝政”被貶為偏郡太守流放三百裏。上書為士子們求情的十六國諸侯更是被皇帝嚴加斥責，淳、唐、晉北、楚衛等四大諸侯國的都城裏更是迎來了天子派來的監國使臣，四大強國的諸侯們甚至連屬於自己的軍隊都不能隨意調動了，羽林天軍和金吾衛虎視眈眈，隨時準備以皇帝的名義廢掉不聽話的諸侯以征討不臣，在空前的壓力之下，天下忠良之士隻能是緘口不言一片沉默。
被抓的人犯多被直接投入緹衛所的天牢，為求盡速定罪問斬以向皇帝邀功，負責審訊此案的官員多是由當朝權臣指定的的心腹或是酷吏，這幫人為求功名富貴以及媚上邀功，不惜對人犯使用酷刑，或鞭，或笞，或水火加身，或紋麵割鼻，手段狠毒備至，尚未結案，獄中便已被逼死了數人，牢獄之內呼號連天，無人能扛過如此酷刑，紛紛畫押供認。
刑訊完畢之後定罪為三等，首逆一律斬刑，次等流放遠地諸侯國，最下者褫奪仕籍終身不得再出仕於東陸，所有被捕入獄的士子以及太學生都被哀帝下詔刻名於石碑之上，永為戒律，號為“延佑黨人之碑”；凡列名於石碑之人，除了自己受刑之外，還牽連家族後代，子孫後代永除宦籍，無論男女永遠不得出仕於東陸。
負責判決結案的大理寺少卿認為此獄“用法不正，持獄不平”，拒絕在結案文書上署名，人犯的問斬遲遲不能行刑。哀帝大怒，將大理寺少卿即日罷官，皇帝等不及了，幹脆跳過朝廷的正規司法程序，命緹衛所以天子詔令的名義直接結案。